genome.fa.s1085.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1085
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1639209

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  3  of  7  ( 724 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287734--287771	16	2.3	17	82	17	53	31	0	2	65	1.06
288891--288928	20	1.9	20	88	0	58	50	2	2	44	1.30
289371--289404	16	2.0	18	88	11	54	52	0	0	47	1.00
289531--289583	27	2.0	27	81	7	63	32	3	3	60	1.32
289593--289658	24	2.8	24	79	4	73	48	0	1	50	1.10
289606--289652	25	1.9	25	86	4	69	55	0	2	42	1.12
289628--289710	34	2.6	31	75	18	89	53	0	1	45	1.08
289752--289811	2	30.0	2	96	0	111	48	0	1	50	1.11
292534--292567	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
293689--293726	19	2.0	19	94	0	67	42	34	5	18	1.73
298139--298323	34	5.5	34	85	1	246	43	27	7	21	1.80
298139--298324	67	2.7	67	85	1	246	43	27	7	21	1.79
299088--299278	97	2.0	97	96	0	355	32	16	16	34	1.91
299244--299299	19	2.8	21	83	10	80	33	17	14	33	1.90
299285--299311	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
299865--299916	19	2.7	19	90	0	86	26	38	5	28	1.79
301781--301808	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
305769--305843	21	3.6	21	90	0	123	34	8	17	40	1.79
305877--305966	19	5.1	18	71	22	75	35	12	15	36	1.85
305923--305947	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
305902--305974	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
305991--306031	21	2.0	21	95	4	75	41	9	19	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306030--306097	20	3.8	20	74	25	87	26	19	14	39	1.90
306018--306096	33	2.4	33	100	0	158	27	17	15	39	1.90
306018--306076	13	5.0	13	75	23	67	28	16	15	38	1.89
308469--308940	79	6.0	79	87	3	603	27	25	13	33	1.93
308813--309048	107	2.2	107	83	0	292	25	29	16	28	1.96
308737--309126	187	2.1	186	86	3	543	25	28	15	30	1.96
308923--309157	79	3.0	78	78	6	258	25	28	14	31	1.95
308658--309142	266	1.8	266	85	4	674	26	27	14	31	1.95
321517--321560	18	2.4	18	88	3	61	88	6	4	0	0.62
322641--323062	55	7.4	54	80	13	450	26	28	21	24	1.99
322641--323062	116	3.6	116	88	4	588	26	28	21	24	1.99
322659--323062	171	2.3	174	88	5	577	25	28	20	24	1.99
323076--323278	55	3.6	55	74	12	187	25	28	21	24	1.99
323254--323477	42	5.2	42	78	12	224	19	25	13	41	1.88
323255--323477	89	2.6	88	80	11	225	19	26	13	41	1.88
326404--326896	79	6.2	79	87	4	584	27	24	13	34	1.93
326695--327080	187	2.1	185	86	3	526	25	27	14	32	1.95
326882--327080	78	2.5	79	82	4	224	24	29	16	30	1.96
330394--330446	20	2.7	19	82	11	63	28	18	13	39	1.88
330421--330607	97	1.9	97	96	0	347	32	17	17	33	1.93
330573--330628	19	2.8	21	81	10	71	35	17	12	33	1.88
330614--330640	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332982--333035	20	2.7	20	82	5	65	38	16	11	33	1.84
333063--333120	19	3.1	19	79	16	75	32	17	13	36	1.89
333138--333180	20	2.0	22	91	8	72	25	13	23	37	1.92
340348--340424	32	2.4	30	81	14	84	49	1	18	31	1.56
340567--340608	20	2.0	21	90	4	68	35	14	9	40	1.78
344519--344544	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
345478--345502	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
345565--345589	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
345598--345778	52	3.5	52	98	0	344	34	19	17	28	1.95
629562--629765	79	2.6	79	81	1	212	29	16	29	24	1.97
629720--629791	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
629779--630164	52	7.4	51	73	12	257	31	12	26	29	1.93
629670--630169	263	1.9	263	90	2	808	30	13	27	28	1.94
629983--630055	27	2.6	28	85	12	98	20	21	34	23	1.97
632525--632550	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
632504--632571	33	2.1	33	88	0	100	44	16	14	25	1.85
632627--632703	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
637615--637669	21	2.7	21	80	2	67	38	27	1	32	1.67
639548--639621	20	3.6	20	78	7	94	37	13	17	31	1.89
639548--639642	42	2.3	42	96	1	174	41	12	16	29	1.86
639681--639706	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
641396--641420	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
641375--641439	33	2.0	33	87	0	94	33	15	13	36	1.87
646492--646537	17	2.8	17	80	9	51	69	2	0	28	1.00
646542--646593	23	2.3	23	87	9	72	42	1	0	55	1.10
649757--649804	21	2.3	20	78	3	51	43	2	0	54	1.12
649776--649868	35	2.7	34	83	11	109	35	3	0	61	1.12
649841--649874	17	2.0	17	88	0	50	29	0	0	70	0.87
649929--649972	20	2.2	20	84	4	63	50	4	0	45	1.22
650090--650149	19	3.4	17	75	13	50	51	0	3	45	1.17
655484--655524	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
655583--655701	53	2.2	53	95	0	211	36	18	18	26	1.94
660495--660533	19	2.1	19	90	0	60	46	10	7	35	1.67
660525--660562	19	1.9	20	89	10	60	39	7	2	50	1.46
665989--666014	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
670893--671362	238	2.0	238	95	0	850	33	13	22	30	1.92
672679--672736	20	2.9	20	78	0	62	39	10	10	39	1.74
674075--674223	58	2.6	58	87	0	208	23	11	14	51	1.74
674134--674169	10	3.5	11	85	14	58	19	8	8	63	1.47
674878--675016	52	2.7	52	91	0	233	29	18	12	39	1.87
679695--679760	27	2.4	28	77	10	82	46	7	0	45	1.31
682156--682623	168	2.8	167	84	5	608	28	11	8	51	1.67
682186--682736	166	3.3	166	79	8	534	28	12	8	50	1.69
683275--683323	10	4.8	10	89	2	71	77	0	16	6	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
684925--685933	156	6.5	156	78	2	882	21	18	22	37	1.94
684925--685906	313	3.1	306	79	4	939	21	18	22	37	1.94
684925--685934	469	2.2	468	80	3	1111	21	18	22	37	1.94
693899--694062	89	1.8	89	92	0	274	26	9	24	40	1.85
695166--695905	333	2.2	333	82	5	872	29	10	8	52	1.65
695166--696019	168	5.1	165	82	7	820	28	10	9	51	1.66
696215--696248	14	2.4	14	90	9	52	35	2	0	61	1.11
698023--698661	311	2.1	310	82	4	770	23	16	19	39	1.91
698025--698719	155	4.5	156	80	5	655	23	16	20	39	1.92
704068--704125	20	3.0	19	82	9	73	36	10	12	41	1.76
704171--704217	20	2.3	20	88	0	67	34	10	19	36	1.86
704684--704763	31	2.6	31	91	0	133	28	10	27	33	1.89
706322--706361	21	1.9	21	89	0	62	55	0	25	20	1.44
706322--706374	21	2.5	21	84	3	61	58	1	20	18	1.49
709681--709720	13	3.1	13	88	0	62	30	20	12	37	1.89
709710--709760	20	2.5	20	90	0	75	37	11	15	35	1.84
710193--710287	36	2.9	32	83	13	113	32	14	22	30	1.94
711534--711594	16	3.8	16	80	8	61	78	0	18	3	0.88
711544--711596	27	2.0	25	85	7	70	81	0	18	0	0.70
712517--712593	40	1.9	40	84	5	102	29	20	16	32	1.95
713536--713632	48	2.0	48	95	0	176	37	15	11	36	1.83
715674--715724	23	2.5	20	84	12	59	80	7	5	5	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717193--717562	154	2.4	153	75	6	422	23	16	20	39	1.92
720967--721015	20	2.5	19	83	3	62	30	14	12	42	1.82
721525--721691	31	4.9	33	76	17	137	33	10	24	31	1.89
721561--721694	31	4.0	32	80	16	139	30	11	27	30	1.91
721538--721678	71	2.0	71	92	0	237	33	10	24	31	1.90
723317--723366	21	2.3	22	86	3	75	58	2	24	16	1.49
724190--724240	20	2.6	20	90	3	77	41	15	15	27	1.88
725488--725572	20	4.9	18	71	26	76	36	12	11	38	1.81
725510--725584	13	6.0	13	71	25	63	34	13	13	38	1.84
725489--725572	33	2.4	35	88	7	136	35	13	11	39	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7