genome.fa.s1085.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1085
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1639209

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156241--156290	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
156343--156367	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
156376--156506	52	2.5	52	87	2	183	33	19	16	30	1.94
162147--162234	44	2.0	44	95	0	158	26	30	14	28	1.95
162092--162300	117	1.8	115	84	4	285	23	24	16	34	1.95
162191--162885	74	9.5	73	78	6	611	25	24	14	35	1.93
162191--162885	73	9.5	71	77	8	540	25	24	14	35	1.93
162191--162921	145	5.0	144	77	9	665	25	24	13	35	1.93
162191--162885	218	3.2	217	80	6	733	25	24	14	35	1.93
163464--163498	18	1.9	18	94	0	61	68	11	8	11	1.39
166073--166133	28	2.2	29	85	5	81	22	29	9	37	1.87
166161--166303	32	4.6	31	75	13	123	25	28	10	35	1.89
166074--166289	93	2.4	94	81	5	239	23	28	12	36	1.90
166686--166739	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
173730--173821	20	4.7	19	74	5	58	32	18	13	35	1.89
173852--173916	33	2.0	32	85	11	87	33	13	18	33	1.90
174050--175263	606	2.0	607	89	1	1855	29	17	16	36	1.92
175335--175388	27	2.0	27	92	0	90	22	33	14	29	1.94
176741--176982	85	2.8	85	70	10	222	30	25	10	33	1.89
176741--177064	172	1.9	171	79	8	368	32	22	10	34	1.88
180547--180795	79	3.2	77	75	8	241	32	15	26	26	1.95
180809--181203	52	7.6	51	71	10	251	32	11	26	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180701--181203	262	1.9	262	91	0	819	32	12	27	28	1.92
183559--183599	21	2.0	21	90	0	64	24	19	14	41	1.89
183624--183686	19	3.7	18	74	24	64	36	15	12	34	1.86
183616--183688	32	2.3	32	95	0	128	35	16	12	35	1.86
183643--183667	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
184417--184588	89	2.0	85	84	6	220	41	11	27	19	1.86
184417--184588	42	4.0	42	77	14	161	41	11	27	19	1.86
184597--184766	55	3.0	56	81	8	175	22	21	28	27	1.99
184627--184766	55	2.6	55	86	1	183	22	21	28	27	1.99
184573--184955	210	1.8	210	86	4	558	24	21	28	25	1.99
184781--185427	61	10.9	61	82	10	729	24	20	29	26	1.99
184641--184917	155	1.8	149	87	6	412	23	21	29	25	1.99
184781--185446	116	5.6	117	83	7	811	23	21	28	26	1.99
185312--185610	155	1.9	155	89	1	465	25	20	29	24	1.99
185470--185660	55	3.4	55	83	5	213	25	22	26	25	2.00
185246--185763	210	2.5	211	86	5	712	25	20	29	24	1.99
186734--186819	1	86.0	1	71	0	55	0	4	10	84	0.75
186719--186794	7	10.4	7	77	17	50	0	9	7	82	0.83
186720--186817	23	4.4	23	74	17	82	0	8	9	82	0.84
186734--186819	33	2.5	35	83	9	99	0	4	10	84	0.75
192929--192953	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
192909--192974	32	2.0	33	91	2	107	36	12	15	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193015--193039	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
193964--194010	21	2.3	20	82	13	60	25	17	14	42	1.87
206957--206989	8	4.1	8	85	14	50	87	12	0	0	0.53
206960--206990	16	1.9	16	100	0	62	90	9	0	0	0.46
206957--206994	18	2.2	18	90	4	60	86	13	0	0	0.56
208123--208276	52	2.9	52	80	6	175	24	23	15	36	1.94
208226--208352	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
208293--208487	53	3.7	52	78	4	158	24	25	15	34	1.94
208345--208487	55	2.7	52	76	4	151	24	25	15	34	1.94
209132--209197	32	2.0	33	91	2	107	34	10	16	37	1.83
210171--210217	21	2.3	20	82	13	60	25	17	14	42	1.87
218932--219187	79	3.2	78	80	5	291	31	16	27	25	1.96
219202--219596	52	7.6	52	70	10	268	32	11	27	29	1.91
219405--219480	28	2.7	28	83	4	91	22	14	36	26	1.92
219092--219585	261	1.9	262	91	1	803	31	12	27	28	1.93
221955--221980	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
221967--222009	21	2.0	21	90	0	68	32	16	6	44	1.74
222025--222076	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
222033--222095	19	3.7	18	74	24	64	38	17	11	33	1.85
222025--222097	32	2.3	32	95	0	128	36	17	10	34	1.85
222064--222125	19	3.2	19	69	13	54	29	16	12	41	1.85
222853--222901	25	1.9	26	87	4	73	26	18	0	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225989--226013	13	1.9	13	100	0	50	56	8	4	32	1.47
227310--227395	20	4.7	20	69	26	73	33	17	17	31	1.93
227367--227412	21	2.2	20	84	3	56	36	17	15	30	1.91
227458--227535	21	3.8	21	75	16	90	39	14	14	32	1.85
227437--227554	41	2.9	41	85	3	157	40	15	12	31	1.84
228017--228106	34	2.6	34	80	3	101	33	12	21	33	1.90
228028--228134	34	3.1	35	80	10	105	32	13	20	33	1.91
228554--228599	18	2.5	19	82	6	60	10	15	2	71	1.23
229242--229295	19	2.7	20	72	16	58	27	14	12	44	1.82
229220--229318	49	2.0	49	88	3	146	30	12	14	43	1.81
231208--231666	165	2.8	166	84	2	609	28	11	7	51	1.66
231232--231666	167	2.6	165	85	2	593	29	11	6	51	1.64
231232--231832	332	1.8	332	80	5	721	29	11	7	50	1.67
237932--238509	43	13.6	42	73	7	299	22	29	15	32	1.95
237921--238534	128	4.8	127	74	6	436	21	29	15	32	1.95
237944--238268	171	1.9	171	83	6	417	21	30	15	32	1.94
237932--238341	171	2.4	171	79	6	406	22	29	15	32	1.95
238133--238366	85	2.7	84	77	7	231	22	28	16	33	1.95
240047--240600	166	3.3	167	83	3	636	27	12	9	51	1.69
240047--240529	167	2.9	167	86	3	618	27	12	8	52	1.66
241833--241863	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
241891--241915	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241996--242036	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
246119--246235	51	2.3	51	96	0	216	34	11	23	30	1.90
246168--246316	79	1.9	79	87	2	219	30	14	27	27	1.95
246251--246366	51	2.3	51	92	0	187	30	12	26	31	1.92
246342--246417	28	2.8	28	82	9	95	32	15	28	22	1.95
246045--246397	130	2.7	129	84	4	458	33	13	24	28	1.93
246457--246530	28	2.6	28	84	0	94	25	20	31	22	1.98
246334--246534	108	1.9	108	87	1	294	33	15	24	25	1.95
249068--249119	21	2.6	21	90	6	81	32	15	13	38	1.86
250904--250972	33	2.1	33	86	10	97	36	18	15	28	1.92
250930--250954	13	1.9	13	100	0	50	40	16	20	24	1.91
251001--251058	19	3.0	20	82	7	75	37	17	12	32	1.86
251575--251995	148	2.8	148	80	6	469	37	22	17	22	1.94
252076--252112	17	2.2	17	100	0	74	35	32	5	27	1.79
251926--252260	165	2.0	166	82	10	400	39	21	14	24	1.90
252895--253103	100	2.1	100	99	0	409	33	18	13	33	1.90
254398--254897	164	3.0	162	79	8	492	49	9	10	30	1.68
255857--256229	170	2.2	170	80	5	412	47	12	19	20	1.81
255857--256224	85	4.3	84	73	7	278	47	12	19	20	1.81
256315--256442	45	2.8	45	76	7	132	41	9	26	22	1.84
256445--256749	35	8.7	35	84	0	331	44	14	20	20	1.86
256445--256749	105	2.9	105	83	0	367	44	14	20	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258458--258503	19	2.3	20	85	11	67	10	13	0	76	1.03
263170--263225	29	2.0	28	86	10	78	41	0	14	44	1.45
270365--270419	15	3.2	19	73	21	50	58	0	7	34	1.26
270030--270830	165	4.9	165	83	4	946	51	8	10	29	1.65
270030--270830	329	2.5	331	86	3	1106	51	8	10	29	1.65
278870--278912	19	2.3	18	88	8	59	46	2	9	41	1.48
279706--279755	16	3.0	17	80	11	59	32	2	2	64	1.16
280712--280740	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
283675--283858	97	1.9	98	89	3	291	31	10	27	30	1.90
286002--286146	50	2.9	50	84	5	202	44	12	17	26	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7