genome.fa.s125.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold125
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3608436

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  12  of  18  ( 2131 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2009031--2009091	21	2.9	22	85	11	83	60	3	0	36	1.13
2017485--2017562	30	2.6	30	85	4	86	47	1	7	43	1.40
2017497--2017605	30	3.6	29	79	10	121	49	1	5	43	1.36
2017497--2017630	60	2.2	60	79	7	148	48	1	5	44	1.36
2017888--2017916	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2018297--2018321	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2020223--2020277	15	3.9	14	75	15	60	52	0	34	12	1.40
2020223--2020276	21	2.6	21	93	0	90	53	0	35	11	1.36
2025793--2025832	18	2.2	18	86	0	53	45	2	7	45	1.45
2030153--2030178	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
2033289--2033325	2	18.5	2	94	0	65	51	0	48	0	1.00
2033347--2033378	2	16.0	2	93	0	55	46	0	53	0	1.00
2043053--2043102	26	1.9	26	91	0	82	28	6	16	50	1.68
2046511--2046551	17	2.3	18	87	4	57	51	0	0	48	1.00
2054102--2054136	3	11.7	3	100	0	70	0	34	0	65	0.93
2054698--2054741	22	2.0	22	100	0	88	45	9	4	40	1.56
2054704--2054753	22	2.3	22	82	6	57	52	8	6	34	1.55
2054770--2054794	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2054786--2054818	17	2.0	17	94	5	59	48	0	0	51	1.00
2054816--2054876	27	2.2	28	82	2	70	49	4	0	45	1.23
2055793--2055820	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2056440--2056567	64	2.0	64	100	0	256	35	17	14	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057459--2057493	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
2059445--2059482	18	2.1	18	90	9	60	60	2	0	36	1.11
2063521--2063550	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
2064394--2064441	2	24.0	2	91	0	78	45	4	50	0	1.21
2067117--2067149	6	5.5	6	96	0	57	66	21	0	12	1.23
2067417--2067450	15	2.2	16	94	5	61	32	8	8	50	1.64
2070144--2070177	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2071132--2071176	12	4.0	12	75	16	51	44	0	0	55	0.99
2071126--2071177	21	2.5	20	81	9	68	46	0	0	53	1.00
2075426--2075471	16	2.8	17	74	6	51	52	2	0	45	1.13
2077076--2077105	15	2.1	15	93	6	53	60	13	6	20	1.55
2082689--2082729	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2082974--2083031	29	2.1	29	90	6	93	34	1	10	53	1.45
2083707--2083738	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2085183--2085225	22	2.0	22	86	9	61	39	0	2	58	1.11
2085494--2085574	3	27.3	3	72	16	53	37	1	0	61	1.04
2085498--2085576	21	3.7	21	70	26	67	36	1	0	62	1.04
2085516--2085561	18	2.6	18	89	6	67	43	2	0	54	1.12
2086618--2086655	20	1.9	20	94	0	67	42	0	0	57	0.98
2086619--2086662	20	2.2	20	87	0	61	45	0	2	52	1.13
2088124--2088160	19	2.0	19	89	5	58	27	0	2	70	1.01
2088137--2088165	13	2.2	13	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2088664--2088705	20	2.1	20	86	8	59	59	0	0	40	0.97
2089426--2089518	27	3.7	26	73	13	70	27	4	17	50	1.64
2092046--2092091	21	2.1	22	92	4	76	34	17	26	21	1.95
2093969--2094040	27	2.8	26	93	4	119	22	8	22	47	1.77
2093969--2094068	27	4.0	24	87	11	105	21	8	25	46	1.78
2093974--2094070	24	3.9	24	86	11	92	21	8	24	45	1.79
2096854--2096881	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2100665--2100703	20	2.0	20	85	5	53	17	0	12	69	1.19
2101433--2101469	5	7.4	5	100	0	74	21	0	0	78	0.75
2101799--2101840	3	14.0	3	94	0	75	64	0	2	33	1.07
2101929--2101974	15	3.3	15	79	14	53	34	4	0	60	1.16
2103547--2103707	87	1.9	87	94	0	286	27	14	18	39	1.90
2104657--2104681	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2108273--2108323	14	3.6	14	73	17	52	58	0	0	41	0.98
2108281--2108326	21	2.1	22	84	8	58	58	0	0	41	0.98
2109079--2109124	17	2.7	17	86	6	58	45	2	2	50	1.26
2109209--2109285	25	3.2	25	80	7	79	55	0	0	44	0.99
2109242--2109284	22	1.9	23	85	4	61	62	0	0	37	0.95
2111209--2111284	27	3.0	26	80	5	84	44	23	9	22	1.81
2115754--2115822	27	2.6	27	83	4	95	49	14	4	31	1.63
2122843--2122874	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2123141--2123175	16	2.2	16	89	0	52	82	0	17	0	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128400--2128449	24	2.0	24	85	11	66	42	0	0	58	0.98
2128411--2128469	12	5.0	12	71	10	50	30	0	0	69	0.89
2129573--2129599	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
2132172--2132223	26	2.0	26	88	0	77	32	23	17	26	1.96
2133387--2133430	15	2.9	16	77	22	58	52	0	0	47	1.00
2134587--2134616	15	2.0	15	93	0	51	43	13	6	36	1.70
2135635--2135666	16	2.0	16	93	0	55	15	25	21	37	1.93
2136911--2137093	34	5.4	34	89	0	269	25	7	27	39	1.82
2136911--2137093	102	1.8	101	93	1	321	25	7	27	39	1.82
2141509--2141693	34	5.5	34	89	0	273	25	7	27	40	1.82
2141509--2141693	102	1.8	101	94	1	325	25	7	27	40	1.82
2142236--2142268	16	2.1	16	94	0	57	66	6	0	27	1.15
2144175--2144199	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2146277--2146490	113	1.9	117	83	6	285	40	5	9	44	1.60
2146707--2146829	28	4.5	27	69	21	80	41	0	3	54	1.22
2146786--2146838	20	2.6	20	82	8	63	39	0	1	58	1.09
2146785--2146838	5	11.0	5	75	16	51	40	0	1	57	1.09
2146798--2146865	13	5.5	13	73	22	51	36	1	1	60	1.15
2147369--2147421	15	3.4	15	77	10	52	49	0	5	45	1.26
2147688--2147792	23	4.4	23	74	12	88	54	0	0	44	1.06
2147688--2147766	18	4.9	16	73	20	58	53	0	1	45	1.08
2147688--2147783	25	4.0	25	72	13	85	54	0	1	44	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2150409--2150629	34	6.5	33	81	9	257	40	25	7	25	1.82
2150411--2150629	68	3.2	68	86	1	298	40	25	7	26	1.82
2150409--2150629	102	2.2	101	87	1	334	40	25	7	25	1.82
2155034--2155252	34	6.5	33	80	9	235	41	26	6	26	1.79
2155034--2155252	102	2.2	101	86	1	321	41	26	6	26	1.79
2160387--2160455	24	3.0	22	76	19	68	47	1	0	50	1.09
2160399--2160449	27	2.0	24	88	11	75	54	0	0	45	0.99
2160417--2160455	21	1.9	21	89	5	62	51	0	0	48	1.00
2162631--2162659	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2162940--2163007	31	2.2	30	84	10	84	51	0	0	48	1.00
2162940--2163007	15	4.4	16	81	5	68	51	0	0	48	1.00
2164138--2164187	7	7.3	7	73	13	50	68	0	0	32	0.90
2164142--2164292	27	5.5	27	70	23	86	58	1	0	40	1.06
2164886--2164920	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
2165082--2165129	19	2.7	18	84	9	62	31	2	0	66	1.03
2165083--2165156	19	3.7	19	76	10	60	36	1	0	62	1.04
2165083--2165140	10	5.8	10	78	19	59	32	1	0	65	1.03
2165143--2165216	32	2.3	31	79	9	78	47	1	1	50	1.18
2171230--2171263	16	2.1	17	94	5	61	61	0	0	38	0.96
2171525--2171573	24	2.1	23	88	3	71	73	6	0	20	1.04
2171525--2171584	23	2.5	24	84	7	79	70	8	0	21	1.14
2171636--2171677	20	2.1	20	86	8	59	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176774--2176811	13	2.8	14	88	8	60	23	0	0	76	0.79
2177301--2177629	174	1.9	174	94	0	577	30	23	18	27	1.98
2181396--2181474	40	2.0	40	87	9	117	45	1	0	53	1.08
2181461--2181525	24	2.6	25	79	16	64	46	0	0	53	1.00
2181616--2181656	21	2.0	21	85	9	57	41	0	2	56	1.13
2181772--2181821	20	2.5	20	87	9	68	58	0	0	42	0.98
2183015--2183046	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2183611--2183635	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
2184161--2184345	34	5.5	34	89	0	273	25	7	27	40	1.82
2184161--2184345	102	1.8	101	94	1	325	25	7	27	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18