genome.fa.s125.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold125
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3608436

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2387902--2387967	28	2.5	26	77	18	73	39	0	0	60	0.97
2388687--2388770	20	4.4	20	76	8	77	64	5	2	27	1.29
2388663--2388808	38	3.9	36	77	16	120	64	4	2	28	1.25
2388742--2388779	19	2.0	20	84	5	51	65	0	5	28	1.14
2390500--2390538	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2392149--2392228	36	2.2	37	82	14	112	43	20	3	32	1.69
2394729--2394771	21	2.1	20	82	4	50	44	2	4	48	1.36
2397025--2397064	20	2.0	20	95	0	71	32	15	15	37	1.88
2401139--2401409	134	2.0	134	97	0	515	33	19	17	29	1.95
2402432--2402473	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
2410338--2410362	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2411690--2411736	21	2.2	21	88	0	67	27	51	12	8	1.69
2413065--2413097	7	4.6	7	92	7	57	87	0	0	12	0.53
2413064--2413097	15	2.3	15	100	0	68	88	0	0	11	0.52
2420681--2420710	3	10.0	3	92	0	51	36	33	30	0	1.58
2420680--2420764	39	2.3	37	83	6	109	34	29	23	12	1.92
2436093--2436129	13	3.0	13	84	11	51	56	0	0	43	0.99
2439221--2439333	53	2.1	53	90	3	174	30	6	9	53	1.58
2443032--2443056	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2443056--2443088	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2446062--2446091	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2446978--2447026	22	2.2	23	85	3	64	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2448555--2448606	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2450102--2450135	2	16.5	2	87	6	50	52	0	2	44	1.16
2451896--2452029	66	2.0	66	95	0	241	47	11	18	21	1.81
2456999--2457043	21	2.2	20	88	4	63	55	0	40	4	1.20
2458135--2458159	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2459438--2459469	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2459850--2459917	21	3.2	21	80	10	77	55	0	0	44	0.99
2459861--2459939	24	3.4	22	72	18	61	50	0	0	49	1.00
2459926--2459982	18	3.2	18	76	0	60	50	0	0	49	1.00
2459855--2459952	47	2.1	46	81	9	110	55	0	0	44	0.99
2460212--2460241	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2460240--2460276	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
2471160--2471228	29	2.3	31	82	7	88	43	0	0	56	0.99
2472880--2472930	15	3.3	15	76	13	50	41	0	0	58	0.98
2472898--2472930	16	2.1	16	88	11	50	42	0	0	57	0.98
2473161--2473207	17	2.7	18	80	6	53	46	0	6	46	1.28
2473301--2473339	21	1.9	19	90	10	60	58	0	0	41	0.98
2474244--2474290	23	2.1	22	84	11	60	57	0	0	42	0.98
2474530--2474591	21	2.9	22	88	4	83	38	6	6	48	1.55
2475132--2475161	6	5.0	6	91	0	51	46	0	3	50	1.18
2475132--2475171	12	3.3	12	89	6	55	50	0	5	45	1.23
2476257--2476304	14	3.7	13	81	15	55	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476278--2476343	21	3.1	21	72	21	66	48	1	0	50	1.10
2478407--2478440	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2478794--2478887	33	2.7	35	73	12	95	39	0	1	59	1.04
2480815--2480867	17	3.3	17	80	17	60	66	0	0	33	0.92
2487926--2487952	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2488796--2488846	24	2.0	26	81	11	61	49	0	0	50	1.00
2488816--2488857	11	3.6	12	84	12	52	52	0	0	47	1.00
2489792--2489824	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2490384--2490423	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2498922--2499050	64	2.0	64	93	0	222	44	16	17	21	1.86
2503294--2503342	5	10.4	5	81	14	52	34	0	0	65	0.93
2503297--2503341	23	1.9	24	90	4	74	35	0	0	64	0.94
2503345--2503404	16	3.5	18	70	25	58	50	0	0	50	1.00
2503864--2503898	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2507594--2507635	18	2.3	18	91	0	66	52	9	16	21	1.72
2515407--2515431	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2519037--2519070	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2530956--2531017	28	2.1	28	85	8	79	56	0	0	43	0.99
2530925--2531025	31	3.0	33	74	14	91	55	0	0	44	0.99
2536758--2536785	12	2.3	12	100	0	56	32	10	0	57	1.33
2537274--2537329	15	4.0	14	78	13	62	60	0	0	39	0.97
2537478--2537519	18	2.3	19	91	4	68	59	11	4	23	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538845--2538890	14	3.4	14	82	14	60	34	2	0	63	1.07
2538886--2538939	25	2.1	26	82	6	65	46	0	0	53	1.00
2539569--2539603	13	2.7	13	90	0	52	51	0	0	48	1.00
2539916--2539952	2	18.5	2	88	0	56	48	5	0	45	1.25
2546452--2546490	11	3.2	12	85	14	53	79	7	12	0	0.93
2549341--2549398	24	2.4	24	85	2	80	44	0	0	55	0.99
2550966--2551049	25	3.4	23	72	16	71	46	1	1	51	1.16
2551098--2551129	14	2.3	15	89	10	50	59	0	0	40	0.97
2551123--2551169	23	2.2	21	85	14	62	38	0	0	61	0.96
2551428--2551473	22	2.0	23	84	12	60	47	0	0	52	1.00
2551428--2551481	23	2.3	23	84	6	65	50	0	0	50	1.00
2551462--2551504	13	3.4	13	83	3	52	58	0	0	41	0.98
2557958--2557998	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2561942--2561988	17	2.7	19	84	15	66	55	0	0	44	0.99
2562929--2562969	19	2.2	20	86	8	59	46	2	0	51	1.14
2563127--2563154	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2563371--2563412	17	2.3	19	84	12	61	35	0	0	64	0.94
2564062--2564093	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2565781--2565817	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
2571488--2571569	41	2.0	41	90	0	128	30	25	12	31	1.92
2575038--2575076	14	2.6	14	88	8	51	58	0	0	41	0.98
2582336--2582371	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2582874--2582916	18	2.2	20	88	8	63	44	2	2	51	1.27
2585207--2585246	16	2.4	17	83	8	55	42	7	7	42	1.61
2589809--2589845	17	2.2	17	95	0	65	54	2	0	43	1.14
2592399--2592429	13	2.4	13	94	0	53	54	0	3	41	1.16
2593981--2594020	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
2595260--2595294	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
2596922--2596975	23	2.2	25	74	6	58	35	0	1	62	1.06
2604215--2604274	20	2.9	21	78	9	70	45	0	0	55	0.99
2604771--2604800	15	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
2604922--2604954	15	2.3	15	89	5	50	42	0	3	54	1.15
2605996--2606041	24	2.0	23	87	12	67	30	0	0	69	0.89
2608140--2608208	21	3.4	21	73	11	63	53	0	2	43	1.15
2613057--2613107	15	3.6	14	76	10	59	56	1	0	41	1.10
2613087--2613125	17	2.2	17	86	9	51	41	2	0	56	1.13
2613095--2613131	18	2.1	19	90	10	60	37	2	0	59	1.12
2623506--2623662	79	2.0	78	91	1	251	57	8	15	18	1.64
2623653--2623685	17	1.9	17	100	0	66	78	9	6	6	1.08
2626286--2626310	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2626919--2626967	25	2.0	24	81	14	57	48	0	4	46	1.20
2627473--2627552	24	3.4	24	70	16	58	42	0	0	57	0.98
2627485--2627535	22	2.4	22	87	9	70	37	0	0	62	0.95
2627531--2627580	21	2.5	20	87	12	68	54	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2627496--2627580	22	3.8	22	77	14	75	47	0	0	52	1.00
2627670--2627701	16	1.9	16	93	6	55	31	0	0	68	0.90
2632700--2632737	18	2.1	18	100	0	76	15	21	18	44	1.86
2638450--2638478	11	2.5	12	94	5	51	20	0	0	79	0.74
2638521--2638593	23	3.4	20	78	17	76	54	0	0	45	0.99
2638525--2638603	38	2.0	42	82	9	103	53	0	1	45	1.08
2639383--2639443	19	3.0	21	73	11	63	42	0	0	57	0.98
2640311--2640336	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2641220--2641267	24	2.0	24	88	4	71	41	0	4	54	1.20
2651901--2651950	26	2.0	25	84	4	64	46	2	0	52	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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