genome.fa.s137.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold137
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  675198

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--7100	7	966.3	7	76	16	4873	39	43	11	5	1.64
32--4042	67	60.5	66	73	19	468	39	41	13	4	1.66
3--5669	22	256.6	22	75	18	3320	39	41	13	5	1.68
6193--6436	44	5.4	43	75	14	192	44	38	11	4	1.62
6193--6430	20	10.6	23	71	19	139	44	39	11	4	1.62
7181--7218	14	2.7	14	84	15	60	39	42	0	18	1.50
7181--7280	7	14.4	7	69	10	53	34	45	2	19	1.62
7213--7278	28	2.4	27	82	5	78	28	48	3	19	1.64
7208--7280	14	5.3	14	75	8	69	31	46	2	19	1.64
9602--9767	83	2.0	83	97	0	314	34	21	11	31	1.89
15199--15239	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
16418--16458	6	6.8	6	91	0	64	4	31	12	51	1.60
22727--22776	3	17.0	3	87	4	66	28	0	6	66	1.15
25595--25649	18	3.1	18	84	10	78	3	25	0	70	1.03
33630--33678	2	24.5	2	91	0	80	46	0	4	48	1.20
34450--34484	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
34801--34833	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
35366--35395	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
41525--41558	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
44577--44605	14	2.1	14	100	0	58	0	0	6	93	0.36
44580--44604	13	1.9	13	100	0	50	0	0	4	96	0.24
44579--44607	15	1.9	15	100	0	58	0	0	6	93	0.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45572--45612	2	22.0	2	85	14	61	46	0	0	53	1.00
48820--48861	20	2.0	22	86	9	61	71	9	19	0	1.13
51377--51404	6	4.7	6	100	0	56	28	0	53	17	1.44
52652--52685	3	11.3	3	100	0	68	0	35	0	64	0.94
53036--53077	4	10.8	4	80	14	52	26	0	26	47	1.52
57516--57637	16	7.5	18	67	22	65	54	0	0	44	1.11
57518--57634	30	3.6	33	70	16	111	54	0	0	43	1.12
57596--57644	18	2.7	18	76	17	57	53	0	0	46	1.00
57885--58018	67	2.0	67	83	0	169	38	26	9	25	1.87
59756--59788	14	2.3	15	89	5	50	51	0	0	48	1.00
60089--60127	2	19.5	2	89	0	60	51	5	0	43	1.24
68661--68706	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
69444--69507	23	2.7	24	76	11	62	60	0	0	39	0.97
72701--72732	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
72732--72756	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
74918--74992	29	2.5	30	80	8	91	40	9	1	49	1.43
74977--75025	26	1.9	25	84	12	64	38	14	2	44	1.56
75279--75310	15	2.0	17	88	11	50	62	3	0	34	1.11
75678--75731	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
78868--78901	3	11.3	3	93	0	59	61	0	2	35	1.11
80366--80401	18	1.9	19	94	5	65	47	0	11	41	1.39
87253--87279	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93715--93748	9	3.7	9	88	4	50	23	0	2	73	0.97
99460--99502	22	2.0	22	100	0	86	55	4	13	25	1.58
99460--99518	22	2.7	22	89	5	84	54	5	13	27	1.60
100211--100249	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
101161--101190	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
105956--105999	23	2.0	22	86	4	61	47	0	0	52	1.00
109692--109820	63	2.0	63	98	0	249	17	24	20	37	1.93
114219--114267	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
120040--120068	14	2.0	15	93	6	51	79	0	0	20	0.74
126902--126941	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
130842--130882	8	5.1	8	87	0	55	36	0	14	48	1.44
131149--131195	19	2.5	20	75	10	53	46	0	6	46	1.28
136897--136948	22	2.3	22	87	9	70	59	0	0	40	0.97
136917--136965	26	1.9	25	83	4	62	69	2	0	28	1.00
144810--144859	2	25.0	2	91	0	82	50	4	0	46	1.20
144802--144852	16	3.2	16	94	0	84	50	7	0	41	1.31
150614--150654	21	2.0	21	100	0	82	58	0	0	41	0.98
150617--150663	21	2.2	21	88	7	69	59	0	4	36	1.17
150703--150760	17	3.5	17	71	20	50	51	0	0	48	1.00
150722--150760	20	2.0	19	85	14	53	53	0	0	46	1.00
151219--151250	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
151408--151459	22	2.4	21	77	20	54	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151451--151508	16	3.6	16	82	13	57	62	0	0	37	0.96
152665--152708	20	2.4	19	82	14	56	72	2	2	22	1.07
152705--152757	27	2.0	27	84	0	70	49	1	0	49	1.12
152993--153062	15	4.5	15	77	13	79	54	0	0	45	0.99
152995--153087	31	3.1	30	82	13	111	55	0	0	44	0.99
152967--153052	19	4.8	19	74	25	89	53	1	1	44	1.15
152998--153087	17	5.9	15	70	23	55	55	0	0	44	0.99
161409--161449	21	2.0	21	90	0	64	41	2	43	12	1.55
163794--163834	6	7.2	6	86	10	50	39	0	0	60	0.96
163794--163925	17	7.5	17	70	22	67	43	1	0	54	1.09
163827--163879	14	3.8	14	74	16	56	49	0	0	50	1.00
163825--163876	15	3.4	16	76	10	63	48	0	0	51	1.00
163823--163881	18	3.6	18	70	25	58	49	0	0	50	1.00
163823--163906	30	2.7	31	83	10	102	47	1	0	51	1.08
163855--163927	12	6.0	12	72	13	60	47	2	0	49	1.15
163935--163990	29	1.9	29	82	7	69	50	1	5	42	1.35
169557--169598	2	22.0	2	88	9	61	54	0	0	45	0.99
169565--169598	15	2.3	15	94	0	59	55	0	0	44	0.99
169563--169595	17	1.9	17	100	0	66	57	0	0	42	0.98
169712--169741	16	1.9	15	93	6	51	16	0	0	83	0.65
172213--172247	18	1.9	18	88	11	54	60	2	0	37	1.12
179117--179175	11	5.0	11	74	13	55	42	0	1	55	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179117--179175	24	2.4	25	88	8	95	42	0	1	55	1.09
179950--179992	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
184890--184925	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
185179--185224	17	2.7	17	96	0	83	43	0	8	47	1.34
185976--186098	29	4.3	28	74	8	97	39	24	0	34	1.61
191617--191648	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
192757--192803	2	23.5	2	95	0	85	2	0	48	48	1.13
193758--193844	42	2.1	42	95	0	156	27	29	13	28	1.94
194051--194195	36	4.0	36	95	0	245	26	36	13	23	1.92
195870--195918	15	3.3	15	78	16	57	46	0	2	51	1.12
196310--196397	27	3.3	26	71	15	72	39	0	5	54	1.24
196308--196415	53	2.0	53	89	0	162	43	0	5	50	1.25
198143--198176	17	2.1	17	88	5	52	26	8	0	64	1.22
198645--199123	167	2.9	161	78	9	453	53	6	9	29	1.59
199684--199775	46	2.0	46	97	0	175	43	5	8	42	1.58
200094--200129	18	2.2	18	85	14	51	38	0	0	61	0.96
201122--201147	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
203155--203183	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
204788--204857	36	1.9	36	82	0	86	37	14	17	31	1.89
206249--206282	17	1.9	18	88	5	52	47	0	5	47	1.26
206681--206721	20	2.0	20	100	0	82	53	0	0	46	1.00
206852--206937	8	10.2	8	71	20	52	32	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207539--207582	22	1.9	24	86	9	65	45	0	0	54	0.99
208307--208356	26	1.9	25	84	15	66	48	4	6	42	1.46
208651--208708	20	2.8	20	75	17	57	63	1	0	34	1.04
208611--208708	19	5.1	20	70	18	66	66	3	0	30	1.07
208792--208820	15	1.9	15	100	0	58	68	0	0	31	0.89
214082--214119	20	1.9	20	94	0	67	57	0	0	42	0.98
214253--214311	20	3.0	20	71	11	59	27	5	0	67	1.11
214325--214381	26	2.1	27	81	9	64	45	0	1	52	1.11
214525--214583	31	1.9	31	83	13	77	52	0	1	45	1.10
214526--214605	16	5.0	17	68	23	57	53	0	1	45	1.08

Tables:   1   2   3   4   5