genome.fa.s138.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold138
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1735418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1051--1085	2	18.0	2	88	5	54	51	2	0	45	1.16
4624--4667	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
8336--8398	11	6.0	11	75	19	55	60	0	0	39	0.97
10232--10256	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
13429--13527	52	1.9	52	100	0	198	30	15	14	40	1.86
13919--13948	15	2.0	15	93	0	51	26	23	13	36	1.92
15062--15307	123	2.0	123	98	0	474	24	21	30	23	1.99
16045--16096	20	2.5	20	87	3	68	30	0	1	67	1.02
16113--16173	12	4.1	15	76	23	58	68	0	1	29	0.99
16121--16184	6	11.0	6	80	15	73	68	0	0	31	0.90
16113--16184	37	1.9	37	83	10	94	68	0	1	30	0.99
16127--16181	8	7.0	8	76	17	53	70	0	0	29	0.87
16121--16184	31	2.2	27	89	10	92	68	0	0	31	0.90
16121--16207	25	3.4	24	81	15	79	65	0	0	34	0.93
19465--19497	16	2.1	16	100	0	66	36	12	21	30	1.90
20813--20842	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
21180--21221	19	2.2	20	86	4	59	66	0	0	33	0.92
22958--22999	14	3.0	14	86	10	59	64	0	2	33	1.07
22959--23012	20	2.8	19	77	5	63	64	0	3	31	1.11
24136--24174	14	2.9	13	77	7	51	74	0	5	20	1.01
27159--27213	22	2.5	22	100	0	110	61	9	10	18	1.54
28122--28199	20	3.9	19	78	6	75	39	12	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28122--28199	40	2.0	39	84	2	102	39	12	12	34	1.82
36510--36587	20	3.9	20	83	6	104	39	14	11	34	1.82
36887--36911	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
37323--37726	105	3.8	104	79	6	393	46	11	12	30	1.76
39143--39184	22	2.0	21	86	9	59	59	14	0	26	1.35
39224--39273	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
39272--39300	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
40605--40681	27	2.9	27	88	0	109	20	9	23	46	1.79
40754--40787	13	2.6	13	95	0	59	8	38	5	47	1.59
43234--43279	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
45158--45228	26	2.7	26	86	2	106	19	11	21	47	1.80
45158--45259	53	2.0	51	83	11	127	19	9	23	47	1.79
45193--45259	24	2.7	25	80	17	77	20	8	23	46	1.79
46208--46233	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
52423--52461	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
52582--52627	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
59336--59374	14	2.7	14	84	4	51	71	10	2	15	1.23
59392--59433	19	2.2	20	86	4	59	66	0	0	33	0.92
60256--60289	17	2.0	17	100	0	68	35	29	17	17	1.93
62330--62358	15	1.9	15	100	0	58	17	0	0	82	0.66
63226--63265	21	2.0	21	85	9	57	55	10	5	30	1.54
64310--64336	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66243--67323	362	3.0	362	100	0	2162	34	20	13	31	1.91
68717--68743	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
68766--68814	24	2.0	26	84	8	66	51	2	0	46	1.12
68954--68987	6	5.7	6	85	0	50	35	2	14	47	1.60
69486--69547	33	1.9	33	84	15	85	53	0	4	41	1.22
69484--69557	33	2.2	34	78	7	80	52	0	4	43	1.20
69559--69595	15	2.6	14	87	8	56	54	0	0	45	1.00
73677--73749	37	2.0	37	97	0	137	39	10	12	36	1.78
73824--73887	30	2.0	33	82	14	82	46	1	1	50	1.20
78506--78589	38	2.2	39	79	12	93	71	11	11	4	1.29
79956--81037	28	38.9	28	83	4	821	26	30	14	28	1.96
79918--80007	33	2.6	34	89	3	128	25	27	7	38	1.83
79956--81039	55	19.5	55	84	4	847	26	30	14	28	1.95
80658--81082	28	15.2	28	88	1	557	31	29	16	22	1.95
82259--82291	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
86080--86221	68	2.1	68	93	3	243	31	7	6	54	1.54
87244--87283	18	2.3	18	91	4	64	45	0	0	55	0.99
88598--88635	20	1.9	20	88	0	58	57	15	0	26	1.38
92988--93012	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
93053--93119	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
93075--93099	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
94924--94966	3	14.0	3	95	4	77	32	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96426--96825	218	1.8	217	84	2	552	32	13	10	44	1.78
98193--98222	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
98388--98420	16	2.1	16	94	0	57	33	15	6	45	1.70
102677--102718	20	2.2	20	88	12	63	47	0	2	50	1.14
103702--103727	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
103730--103760	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
104207--104256	23	2.3	23	82	6	59	40	0	14	46	1.44
104302--104382	31	2.6	30	84	5	90	33	0	11	55	1.35
104434--104463	14	2.1	14	93	0	51	66	0	0	33	0.92
109067--109140	28	2.6	28	91	0	121	24	21	31	22	1.99
108983--109213	104	2.2	106	89	2	349	31	15	27	25	1.95
109097--109267	76	2.2	76	86	5	209	32	15	25	26	1.95
109210--109317	51	2.1	51	82	3	128	33	14	23	28	1.94
109148--109382	130	1.8	130	89	1	373	33	13	25	28	1.93
111772--111797	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
111850--111901	21	2.6	21	90	6	81	28	15	13	42	1.85
115142--115180	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
115217--115369	13	11.9	13	65	29	62	35	15	17	32	1.91
115288--115358	20	3.9	20	75	24	93	38	14	15	32	1.87
115292--115370	33	2.4	33	100	0	158	35	15	15	34	1.89
115312--115370	13	5.0	13	80	19	76	33	15	15	35	1.89
124365--124409	17	2.7	17	86	3	65	37	15	4	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127283--127339	21	2.7	21	94	0	96	33	12	19	35	1.89
127395--127462	19	3.9	19	76	21	76	33	11	14	39	1.83
127416--127440	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
127397--127459	32	2.0	32	93	0	108	33	12	15	38	1.86
127502--127527	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
127482--127548	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
129890--129962	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
129945--130115	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
130103--130179	28	2.8	27	82	7	93	24	32	15	27	1.95
136106--136162	29	2.0	29	83	10	73	64	8	5	21	1.41
144683--144732	20	2.5	20	83	6	66	38	8	16	38	1.78
144714--144755	21	2.0	22	90	4	68	26	9	21	42	1.83
145878--145908	12	2.6	12	100	0	62	35	16	19	29	1.93
150545--150585	20	2.0	20	95	0	73	58	0	7	34	1.26
150603--150650	21	2.2	23	82	14	57	62	2	6	29	1.31
152503--152547	15	3.5	13	83	16	58	26	2	0	71	0.98
154913--155270	155	2.3	155	82	3	407	43	16	12	27	1.84
155660--155988	157	2.1	157	85	2	428	45	16	9	29	1.77
157124--157355	115	2.0	115	91	1	376	52	8	7	31	1.59
157433--157980	151	3.6	150	77	8	513	49	8	9	32	1.67
157931--157979	26	2.0	24	84	15	64	61	0	2	36	1.08
159177--159218	21	2.0	21	95	0	75	30	28	26	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159198--159301	43	2.4	43	87	3	138	37	22	25	15	1.93
159347--159431	41	2.1	41	86	0	116	35	14	28	22	1.93
159655--159870	79	2.7	79	81	1	236	43	17	22	17	1.88
159567--159798	41	5.7	41	65	10	127	41	16	26	15	1.88
163358--163384	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
163792--163838	7	6.7	7	92	0	67	44	4	0	51	1.21
164005--164049	11	4.1	11	79	0	54	24	4	0	71	1.05
175632--175664	7	4.7	7	100	0	66	24	0	15	60	1.35
180804--180841	19	2.0	19	94	0	67	21	18	15	44	1.86
183187--183220	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11