genome.fa.s138.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold138
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1735418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1380868--1381525	85	7.7	85	75	9	493	17	27	18	36	1.94
1380992--1381492	43	11.7	43	75	8	398	17	27	18	36	1.93
1380907--1381520	128	4.8	128	82	4	684	17	27	18	36	1.93
1380876--1381525	43	15.3	43	71	11	288	17	28	18	35	1.94
1382010--1382054	7	5.6	8	85	15	58	75	0	0	24	0.80
1381986--1382053	22	2.9	24	82	10	86	72	1	1	25	1.02
1382003--1382056	15	3.4	15	82	12	72	74	1	0	24	0.92
1382002--1382040	7	5.4	7	87	6	60	71	2	0	25	0.98
1382458--1382712	55	4.6	55	86	0	321	42	32	11	13	1.81
1383341--1383469	66	2.0	66	92	1	215	25	14	24	34	1.94
1385608--1385722	51	2.3	51	87	4	171	45	12	13	28	1.80
1388020--1388299	79	3.5	80	82	2	316	31	23	8	36	1.85
1388020--1388475	158	2.9	156	77	7	415	31	23	8	36	1.86
1388020--1388432	78	5.2	77	76	9	280	30	23	9	36	1.86
1388384--1388438	28	2.0	28	92	0	92	29	25	9	36	1.87
1388336--1388604	128	2.1	129	84	6	350	28	23	9	38	1.86
1388508--1388682	79	2.2	79	84	5	219	27	26	11	34	1.91
1392977--1393002	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1392959--1393023	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
1397056--1397092	15	2.4	16	86	9	58	48	18	16	16	1.81
1399073--1399108	13	2.8	13	91	0	54	36	19	11	33	1.87
1399229--1399274	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1399549--1399603	20	2.8	20	97	0	101	16	43	30	9	1.79
1401610--1401635	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1404169--1404207	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
1406287--1406316	15	2.0	15	93	0	51	13	20	16	50	1.78
1408121--1408165	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1410373--1410398	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1410924--1411025	49	2.1	49	96	0	186	38	10	19	31	1.86
1411684--1411710	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1411756--1411794	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
1418311--1418357	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
1424609--1424661	19	2.7	20	85	8	72	28	13	18	39	1.88
1424609--1424667	19	3.0	18	80	14	64	25	11	22	40	1.88
1428119--1428451	169	2.0	170	95	0	605	24	25	21	27	1.99
1440291--1440318	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1440273--1440338	33	2.0	33	88	5	98	39	13	16	30	1.87
1440356--1440413	13	4.0	13	74	23	53	32	17	15	34	1.91
1440370--1440432	19	3.6	19	76	24	84	34	19	12	33	1.89
1440357--1440432	32	2.4	32	97	0	143	34	18	14	32	1.91
1442975--1443016	22	1.9	22	85	9	59	40	0	2	57	1.12
1442974--1443026	22	2.3	22	78	15	54	43	1	1	52	1.23
1444083--1444107	12	2.1	12	100	0	50	0	16	48	36	1.46
1444594--1444650	26	2.2	26	93	0	96	52	12	7	28	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449042--1449076	17	2.1	17	100	0	70	11	11	5	71	1.30
1449384--1449416	15	2.2	15	89	10	50	36	0	0	63	0.95
1449392--1449460	25	2.7	24	76	22	61	36	0	5	57	1.22
1450191--1450215	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1450170--1450231	33	1.9	32	87	9	90	27	14	17	40	1.89
1450337--1450375	20	2.0	20	90	5	62	35	5	17	41	1.72
1454341--1454371	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
1462867--1462902	11	3.4	11	92	3	56	72	0	0	27	0.85
1462858--1462905	11	4.5	11	84	7	55	66	0	2	31	1.03
1465185--1465254	26	2.7	26	76	10	72	32	14	18	34	1.91
1465259--1465910	89	7.4	88	83	7	648	29	29	16	24	1.97
1465259--1465910	28	22.1	28	79	9	576	29	29	16	24	1.97
1465943--1466109	49	3.5	49	81	4	182	22	29	18	29	1.97
1466741--1466799	20	3.0	20	82	5	75	32	16	15	35	1.90
1466741--1466961	91	2.4	91	92	0	370	30	17	12	39	1.87
1466834--1467012	71	2.5	70	81	7	216	30	17	11	40	1.84
1466905--1466964	20	3.0	20	85	2	84	31	15	13	40	1.85
1466928--1467060	51	2.6	51	91	2	205	30	18	11	39	1.85
1470956--1471004	14	3.3	15	73	21	50	6	18	2	73	1.14
1470951--1471007	13	4.1	14	77	18	57	7	19	1	71	1.17
1471831--1471889	16	3.5	17	84	9	68	67	1	3	27	1.16
1477996--1478026	16	2.0	15	93	6	53	19	22	12	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1478567--1478633	37	1.9	35	88	11	102	32	13	25	28	1.93
1481855--1481879	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1482713--1482764	21	2.5	21	96	0	95	38	3	23	34	1.73
1483596--1483626	16	2.0	15	93	6	53	19	22	12	45	1.84
1484167--1484233	37	1.9	35	88	11	102	32	13	25	28	1.93
1484898--1484924	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1484879--1484943	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
1484909--1484965	19	2.9	19	89	5	78	29	17	17	35	1.93
1484995--1485047	20	2.7	19	88	11	72	37	13	18	30	1.89
1493063--1493120	18	3.2	19	68	9	57	34	3	31	31	1.74
1493681--1493707	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1493759--1493811	20	2.7	20	90	0	79	39	13	16	30	1.87
1494479--1494504	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1496695--1496747	20	2.7	20	84	0	70	41	9	13	35	1.76
1501046--1501123	32	2.4	33	89	4	124	30	14	17	37	1.90
1501047--1501104	13	4.0	13	74	23	53	31	13	17	37	1.89
1501193--1501217	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1503683--1503746	13	4.9	13	90	0	101	34	20	14	31	1.92
1503683--1503746	26	2.5	26	97	0	119	34	20	14	31	1.92
1503948--1503973	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
1509902--1509937	13	2.8	13	100	0	72	30	13	16	38	1.88
1510040--1510064	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1514080--1514209	52	2.5	51	91	3	199	31	15	19	33	1.93
1514080--1514229	52	2.9	50	82	12	162	32	14	19	33	1.92
1514283--1514349	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1514305--1514329	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1514318--1514370	20	2.7	20	100	0	106	35	15	11	37	1.83
1515921--1515996	16	4.8	16	70	6	55	50	31	13	5	1.63
1517291--1517336	16	2.8	17	77	9	60	36	36	21	4	1.74
1519485--1519535	17	3.0	17	80	11	68	45	0	5	49	1.26
1525119--1525192	19	3.7	19	85	8	87	28	16	18	36	1.93
1525237--1525267	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1525221--1525287	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
1531241--1531279	20	1.9	19	85	10	51	28	5	20	46	1.72
1531395--1531437	13	3.3	13	93	0	77	32	16	13	37	1.88
1533266--1533331	19	3.5	19	72	12	64	36	4	36	22	1.75
1533254--1533343	37	2.4	38	90	5	130	36	4	28	30	1.77
1533265--1533343	37	2.1	37	95	0	140	36	5	32	25	1.78
1533968--1533997	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
1533952--1534018	33	2.0	33	85	5	91	37	13	17	31	1.89
1534781--1534844	27	2.4	26	87	5	101	42	7	14	35	1.74
1539560--1539627	30	2.3	30	100	0	136	57	2	16	23	1.53
1540764--1540789	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1540744--1540807	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1540902--1540957	20	2.8	21	89	5	80	30	12	17	39	1.87
1541484--1541566	41	2.0	41	97	0	157	46	21	3	27	1.68
1542924--1542968	20	2.1	22	84	8	58	6	28	46	17	1.73
1543410--1543445	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
1543644--1543674	8	3.8	8	95	4	53	61	25	0	12	1.32
1548194--1548245	20	2.7	20	90	3	79	26	13	21	38	1.90
1548327--1548351	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1556082--1556161	34	2.4	34	79	6	83	41	17	13	27	1.87
1560934--1560973	13	3.3	13	73	20	50	40	10	15	35	1.80
1560929--1560973	23	2.0	23	95	0	81	42	8	13	35	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11