genome.fa.s138.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold138
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1735418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  6  of  11  ( 1296 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839981--840381	28	13.6	28	71	13	173	25	15	28	30	1.96
840007--840657	30	21.6	30	74	10	282	26	15	29	28	1.96
840123--840196	35	2.1	35	87	2	105	36	10	31	21	1.88
840366--840440	35	2.2	35	85	2	107	34	9	33	22	1.86
840018--840586	243	2.3	243	93	2	948	26	15	29	27	1.96
840418--840653	29	7.9	29	74	10	136	25	16	31	26	1.96
840419--840652	86	2.6	87	84	9	294	24	16	32	26	1.96
840561--840629	34	2.0	36	85	5	97	31	11	33	23	1.90
842089--842141	13	3.9	14	80	12	65	0	0	15	84	0.61
842089--842141	26	2.0	26	92	3	88	0	0	15	84	0.61
842101--842139	10	3.6	11	86	13	55	0	0	10	89	0.48
855967--856115	52	2.9	51	85	4	208	32	17	16	32	1.93
856104--856128	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
856173--856235	33	1.9	33	86	0	90	42	15	9	31	1.79
856543--857016	28	16.9	28	81	9	287	27	14	29	28	1.95
856540--856877	57	6.0	57	79	7	271	26	15	28	29	1.96
856800--858481	27	61.9	27	85	2	1915	29	14	30	25	1.95
864643--864812	50	3.3	50	78	6	178	32	11	27	28	1.92
864795--864870	27	2.8	28	90	6	111	22	21	32	23	1.98
867288--867313	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
867267--867333	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
867353--867420	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867375--867399	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
867356--867418	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
867476--867532	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
871052--871228	20	8.7	20	74	15	148	36	10	20	32	1.87
871074--871239	41	4.0	41	89	3	244	34	10	21	33	1.88
871054--871239	82	2.3	82	86	4	261	35	10	20	32	1.88
872708--872737	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
872399--872753	124	2.9	123	88	8	503	52	1	3	42	1.25
873071--873355	111	2.5	114	85	7	355	41	2	2	52	1.29
875354--875387	17	2.0	17	88	0	50	44	8	14	32	1.76
884107--884146	18	2.2	18	86	0	53	47	0	5	47	1.24
884324--884367	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
886941--886998	16	3.7	15	80	13	64	8	10	32	48	1.68
886972--887024	16	3.3	16	83	0	70	9	9	30	50	1.66
887035--887073	16	2.4	16	82	0	51	12	10	30	46	1.75
889434--889485	20	2.5	21	84	3	61	32	13	11	42	1.80
890057--890194	58	2.4	58	82	3	145	49	13	10	26	1.75
890115--890262	29	5.1	30	68	19	91	50	13	9	27	1.72
890115--890367	58	4.4	57	79	5	258	51	13	8	26	1.69
890115--890367	115	2.2	116	83	3	305	51	13	8	26	1.69
890212--890304	29	3.2	29	67	17	75	51	13	6	27	1.66
890116--890398	116	2.4	114	80	5	291	50	13	9	26	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891163--891197	15	2.2	16	90	5	54	2	20	0	77	0.90
891953--891993	20	2.0	21	90	9	66	34	12	12	41	1.80
894711--894819	58	1.9	57	83	5	139	33	23	3	38	1.73
896145--896186	15	3.1	14	80	16	52	21	2	4	71	1.16
898419--898476	9	6.9	8	77	15	55	62	0	0	37	0.96
898428--898477	25	2.0	25	81	18	59	64	0	0	36	0.94
899000--899041	19	2.2	19	83	8	50	38	4	7	50	1.51
899290--899321	15	2.0	17	88	11	50	59	0	0	40	0.97
899700--899734	17	2.0	18	94	5	63	51	0	0	48	1.00
899704--899751	20	2.6	17	81	12	51	52	0	0	47	1.00
904261--904301	19	2.2	19	86	8	57	0	12	0	87	0.53
904261--904301	15	2.7	15	88	0	64	0	12	0	87	0.53
904614--904683	34	2.0	35	86	5	97	45	2	1	50	1.25
906398--906426	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
908242--908335	46	2.0	47	83	6	120	45	5	26	22	1.73
908723--908764	20	2.2	20	86	4	59	64	2	0	33	1.07
908735--908776	20	2.1	20	82	8	50	71	2	0	26	0.98
910026--910075	10	5.1	10	75	20	52	28	0	0	72	0.86
910025--910086	29	2.1	31	84	6	83	30	1	0	67	1.00
912559--912596	3	12.3	3	94	5	67	34	0	2	63	1.09
914065--914112	21	2.2	21	88	7	69	31	0	0	68	0.90
914148--914206	22	2.7	21	77	12	66	45	1	0	52	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914442--914515	19	4.1	18	70	19	55	51	1	1	45	1.18
914632--914705	37	2.0	37	84	7	96	43	2	1	52	1.23
914659--914693	13	2.7	13	86	0	52	42	0	0	57	0.99
915634--915709	26	3.0	26	72	12	68	47	2	1	48	1.24
919312--919338	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
922130--922168	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
922514--922555	18	2.4	18	85	14	54	52	0	0	47	1.00
923775--924350	62	9.2	62	86	2	708	23	24	19	31	1.98
924358--925377	41	23.9	41	77	10	851	20	26	12	40	1.88
924360--925377	44	23.9	44	78	8	803	20	26	12	40	1.88
924454--925377	213	4.3	213	90	4	1320	20	26	13	39	1.89
924326--925377	172	6.1	168	79	8	893	20	26	12	40	1.89
926749--926801	21	2.6	20	82	8	63	35	15	16	32	1.90
926861--926886	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
926843--926906	33	2.0	32	90	3	101	39	20	12	28	1.89
929656--929723	28	2.4	28	87	0	100	27	22	14	35	1.93
929582--929800	107	2.0	106	84	1	242	28	22	13	35	1.92
929753--929900	74	2.0	74	89	0	224	31	25	12	30	1.93
929864--929980	51	2.3	51	83	2	155	28	27	11	32	1.92
929917--930097	79	2.3	78	82	10	222	25	25	13	34	1.93
929951--930103	79	1.9	79	88	2	227	26	24	15	33	1.95
931833--931907	26	2.8	26	73	15	73	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932219--932252	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
935727--935769	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
936604--936641	20	1.9	20	100	0	76	68	0	0	31	0.90
936595--936640	20	2.3	21	88	7	69	63	0	0	36	0.95
936673--936727	24	2.3	26	81	15	73	56	3	0	40	1.17
936984--937036	26	2.1	24	86	6	70	43	1	1	52	1.23
937034--937104	36	1.9	37	83	13	94	49	7	2	40	1.45
937489--937518	14	2.2	13	94	5	51	0	13	0	86	0.57
940435--940463	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
941485--941526	19	2.2	19	91	0	66	40	11	2	45	1.54
942139--942180	21	2.0	21	86	4	59	54	0	4	40	1.21
943191--943222	9	3.7	9	91	8	57	75	0	0	25	0.81
946289--946328	20	2.2	17	86	13	53	77	0	0	22	0.77
946283--946332	16	3.1	16	73	21	50	76	0	0	24	0.80
946283--946343	27	2.3	26	83	8	70	75	0	0	24	0.80
946494--946536	22	2.0	22	81	9	52	37	2	0	60	1.10
949110--949148	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
957051--957100	21	2.6	19	77	22	59	60	2	0	38	1.09
957054--957102	20	2.3	20	80	20	55	61	2	0	36	1.08
957061--957124	20	3.2	20	80	17	62	54	3	1	40	1.25
958110--958165	27	2.1	27	86	0	76	55	5	0	39	1.23
958479--958507	14	2.0	15	93	6	51	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
963356--963645	156	1.9	157	83	2	386	40	15	14	30	1.86
966276--966790	63	8.2	63	71	8	280	42	12	21	22	1.87
966305--966542	124	1.9	125	81	5	286	40	12	23	23	1.89
966463--966816	189	1.9	189	80	5	421	43	13	22	21	1.87
966782--967021	63	3.8	63	75	5	225	42	15	20	21	1.89
966447--967046	126	4.8	123	72	8	354	43	14	21	21	1.87
968508--968573	23	2.9	22	76	10	62	51	18	3	27	1.60
968932--969091	20	8.7	20	76	20	129	28	16	13	41	1.85
968949--969051	33	3.1	33	97	0	188	27	17	13	41	1.87
968932--969091	53	3.0	51	76	10	162	28	16	13	41	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11