genome.fa.s138.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold138
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1735418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  5  of  11  ( 1296 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
694020--694128	26	4.3	26	77	19	88	53	2	0	44	1.15
694036--694146	51	2.2	49	75	13	111	54	1	0	44	1.10
694075--694122	18	2.5	19	76	10	53	56	2	0	41	1.11
694319--694359	18	2.4	18	77	22	52	53	12	4	29	1.58
694863--694901	14	2.8	14	84	0	51	33	0	2	64	1.08
698741--698868	51	2.5	52	90	2	213	29	17	17	35	1.93
698877--698901	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
698940--699029	13	6.0	13	69	26	54	34	14	14	36	1.87
698941--699031	32	2.8	32	91	0	146	36	14	14	35	1.86
698954--699014	19	3.6	18	72	25	60	36	14	13	36	1.85
699577--699622	21	2.2	21	100	0	92	21	8	17	52	1.71
702175--702216	19	2.0	22	86	13	63	33	0	4	61	1.17
706857--706946	8	10.9	8	70	23	62	38	0	0	61	0.96
706848--706926	20	3.8	20	72	20	56	43	0	0	56	0.99
706888--706956	17	3.9	17	68	18	52	31	0	0	68	0.90
706896--706956	28	2.3	26	83	10	61	31	0	0	68	0.89
706891--706962	20	3.7	19	74	12	67	29	0	0	70	0.87
718098--718131	13	2.5	14	90	9	61	76	0	11	11	1.02
718082--718113	9	3.4	9	95	4	55	71	0	9	18	1.12
718064--718142	38	2.1	36	84	9	97	74	0	10	15	1.06
718090--718133	22	2.0	22	82	4	54	77	0	9	13	0.99
718110--718140	16	1.9	16	93	0	53	77	0	12	9	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721004--721034	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
720982--721054	33	2.2	33	85	4	94	32	17	12	36	1.87
721017--721069	20	2.7	20	100	0	106	32	18	15	33	1.92
721099--721154	19	2.9	19	89	2	76	35	16	17	30	1.92
721120--721182	32	1.9	33	87	9	94	41	12	17	28	1.86
729895--729950	19	2.9	19	89	2	76	39	17	12	30	1.87
730313--730340	13	2.2	13	100	0	56	28	7	7	57	1.52
732397--732430	10	3.3	10	91	4	50	47	5	0	47	1.26
734238--734363	20	5.8	20	72	18	90	40	13	16	29	1.87
744048--744095	20	2.6	19	83	12	64	39	0	0	60	0.97
744049--744115	17	3.9	17	76	9	57	40	0	0	59	0.97
744049--744106	19	3.1	19	78	16	59	39	0	0	60	0.97
751433--751475	21	2.1	20	83	12	52	39	0	18	41	1.51
751447--751487	21	2.0	21	90	0	64	39	0	24	36	1.56
752880--752909	14	2.1	14	93	0	51	53	13	10	23	1.69
753801--753860	28	2.1	29	82	14	72	30	13	8	48	1.71
753899--753947	18	2.6	18	83	9	62	65	0	0	34	0.93
755076--755152	21	3.7	21	84	3	102	37	12	14	35	1.84
755190--755265	32	2.4	32	88	0	116	35	14	18	31	1.91
755209--755266	13	4.0	13	74	23	53	37	15	17	29	1.90
757694--757816	51	2.4	51	83	8	151	33	24	10	31	1.89
757781--758057	103	2.6	104	84	6	317	27	28	14	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757901--757953	27	2.0	27	100	0	106	24	33	18	22	1.97
771526--772200	55	11.9	54	86	7	717	27	28	20	24	1.99
771526--772200	165	4.0	165	84	7	795	27	28	20	24	1.99
772950--773003	21	2.6	21	96	0	99	33	9	20	37	1.84
773046--773118	32	2.3	32	87	0	101	38	16	16	28	1.90
775489--775611	53	2.4	51	81	8	151	32	24	10	32	1.89
775551--775824	103	2.6	103	85	6	325	28	29	13	28	1.94
775696--775772	27	2.8	27	90	5	111	23	33	19	23	1.97
775756--775855	52	1.9	51	82	15	125	31	27	10	32	1.89
777298--777369	19	3.7	19	90	3	99	34	12	16	36	1.87
781161--781185	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
781141--781206	32	2.0	33	88	8	100	34	10	18	36	1.85
781247--781271	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
781280--781408	52	2.5	52	96	0	240	34	18	17	28	1.94
785688--785732	12	3.8	11	88	11	63	84	13	2	0	0.72
785972--786014	17	2.6	16	81	3	50	81	9	9	0	0.88
787007--787224	62	3.5	61	82	7	262	22	27	16	33	1.96
787012--787262	94	2.7	94	87	5	341	21	29	16	32	1.95
787196--787644	34	13.4	34	87	4	617	20	34	11	33	1.88
787102--787644	67	8.2	67	85	5	624	20	33	12	33	1.90
787198--787643	101	4.4	100	90	3	655	20	34	11	33	1.88
787634--787698	33	2.0	33	93	0	112	27	30	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787711--788217	43	10.7	49	80	11	594	25	25	18	31	1.98
787693--788153	92	5.0	92	93	1	753	26	25	18	30	1.98
788061--788217	49	3.1	49	83	7	224	23	26	16	33	1.96
789055--789111	13	3.9	13	72	24	51	35	14	15	35	1.88
789035--789132	32	3.0	32	93	1	169	34	12	16	36	1.86
789033--789130	19	5.8	18	69	28	81	33	12	16	37	1.86
789173--789197	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
796008--796052	12	3.8	11	82	11	54	84	11	2	2	0.80
797331--797389	31	1.9	30	89	3	91	25	32	16	25	1.97
797396--797810	34	12.3	34	88	3	567	19	36	10	32	1.87
797361--797810	33	13.5	33	86	5	568	19	36	11	32	1.88
797361--797811	67	6.7	67	88	3	583	19	36	11	32	1.88
797801--797865	33	2.0	33	93	0	112	27	30	20	21	1.98
797860--798277	43	9.1	43	81	11	449	25	25	17	31	1.97
798138--798206	22	3.2	22	63	19	54	24	23	18	33	1.97
797860--798329	92	5.0	92	87	7	673	25	25	17	31	1.97
798179--798329	49	3.0	51	85	3	198	23	25	17	33	1.96
799174--799198	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
799154--799219	32	2.0	33	91	2	107	34	12	15	37	1.84
799260--799284	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
799293--799421	52	2.5	52	96	0	231	35	17	17	28	1.93
804152--804227	28	2.7	28	91	0	116	40	10	15	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804231--804279	21	2.3	21	79	6	55	26	4	30	38	1.75
807649--807692	21	2.1	21	82	0	52	36	2	18	43	1.63
807748--807804	27	2.1	27	96	0	105	40	21	5	33	1.75
809837--809868	15	2.1	16	94	5	57	62	0	0	37	0.95
810211--810252	19	2.3	19	84	12	52	23	9	0	66	1.21
810236--810323	41	2.1	43	89	4	135	11	13	12	62	1.55
810641--810674	18	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
811590--811656	33	2.0	33	83	11	84	38	1	1	58	1.17
817412--817500	16	5.6	16	74	5	63	16	16	26	39	1.91
818508--818593	32	2.7	32	81	3	102	19	16	25	38	1.92
820587--820655	36	2.0	34	82	5	84	46	0	0	53	1.00
821425--821461	6	6.2	6	87	0	56	62	0	0	37	0.96
825591--825625	16	2.2	16	89	0	52	48	2	2	45	1.32
826960--827015	23	2.5	23	85	2	78	60	5	3	30	1.36
826799--827014	108	2.0	106	79	10	233	54	2	3	39	1.31
827322--827350	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
827323--827670	120	2.9	119	77	17	369	41	2	2	54	1.26
827637--827754	33	3.6	32	71	15	105	44	0	0	54	1.12
827622--827774	66	2.3	66	94	0	261	43	0	1	54	1.13
827677--827778	33	3.1	33	70	13	93	41	1	0	56	1.10
828207--828243	11	3.4	11	84	0	56	37	0	0	62	0.96
834131--834266	20	6.7	20	78	9	69	34	12	19	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834171--834274	21	5.0	21	79	9	133	32	12	23	31	1.92
834151--834274	41	3.0	41	92	0	212	34	11	22	31	1.89
835039--835557	28	18.3	28	81	6	573	25	16	27	30	1.97
838630--838690	32	1.9	32	100	0	122	29	16	21	32	1.95
838644--838760	52	2.2	52	86	5	157	31	15	19	33	1.93
838749--838773	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
838814--838880	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
838836--838860	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
839624--839961	48	6.9	48	81	4	363	31	18	26	23	1.97
839680--839961	149	1.9	148	92	0	474	31	18	25	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11