genome.fa.s163.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold163
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1788591

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  2  of  13  ( 1505 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141069--141103	13	2.8	12	87	8	52	40	0	0	60	0.97
141304--141341	20	1.9	20	88	0	58	52	0	0	47	1.00
142847--142904	17	3.6	16	73	15	57	48	0	0	51	1.00
142835--142898	31	2.1	31	88	5	94	51	0	1	46	1.10
142845--142896	15	3.4	15	73	23	54	48	0	0	51	1.00
143040--143079	20	2.0	21	85	14	57	30	7	10	52	1.62
143301--143357	25	2.4	23	80	13	62	45	0	0	54	0.99
143331--143389	21	2.9	21	90	5	86	42	1	0	55	1.09
144431--144473	11	3.8	11	81	6	50	67	0	0	32	0.91
144433--144495	28	2.3	27	83	8	74	61	0	0	38	0.96
144563--144595	13	2.4	14	85	10	50	72	0	0	27	0.85
154589--154625	18	2.1	17	90	5	56	40	0	0	59	0.97
154907--154952	18	2.7	17	87	9	67	45	4	0	50	1.21
157061--157151	47	1.9	47	95	0	164	14	27	21	36	1.92
158742--158788	22	2.1	22	100	0	94	12	36	21	29	1.91
159244--159443	50	4.0	49	85	2	238	33	19	17	30	1.95
159259--159443	100	1.9	100	85	0	262	32	20	17	29	1.96
159525--159574	10	5.0	10	92	7	84	70	0	0	30	0.88
159733--159778	13	3.3	13	83	16	65	60	0	0	39	0.97
159828--159943	38	3.5	32	73	19	94	47	0	2	50	1.15
159867--159958	38	2.4	37	85	3	121	52	0	1	46	1.07
160039--160089	19	2.7	19	84	6	68	39	1	0	58	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160171--160213	23	1.9	22	85	4	59	44	0	2	53	1.13
160177--160246	32	2.2	32	79	5	79	44	1	4	50	1.30
161611--161653	17	2.4	18	84	3	52	69	16	11	2	1.28
161911--161937	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
162024--162076	17	3.1	18	76	13	58	58	5	0	35	1.22
162203--162244	17	2.4	18	84	15	61	47	0	0	52	1.00
162206--162257	18	2.7	19	82	11	54	46	0	0	53	1.00
164657--164690	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
168141--168189	12	3.6	13	81	15	55	71	0	0	28	0.86
172705--172774	4	17.8	4	81	8	72	82	0	15	1	0.73
172703--172770	22	3.1	22	76	19	54	83	0	14	1	0.71
172702--172778	25	3.1	24	89	9	111	84	0	14	1	0.69
172705--172776	36	2.0	37	83	2	92	83	0	15	1	0.72
172813--172872	30	2.0	30	83	3	75	41	0	1	56	1.09
173067--173105	12	2.9	14	81	14	55	43	0	0	56	0.99
173114--173155	22	1.9	22	90	0	66	26	2	2	69	1.13
173542--173571	15	1.9	16	93	6	53	76	0	23	0	0.78
174089--174118	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
174443--174487	17	2.5	18	82	10	56	62	0	0	37	0.96
174456--174508	17	3.4	17	72	17	51	54	0	0	45	0.99
176492--176524	15	2.3	15	89	5	50	72	0	3	24	0.98
177183--177265	31	2.8	28	75	12	76	56	1	3	38	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177182--177307	37	3.3	35	72	18	83	56	0	2	40	1.18
177261--177331	27	2.6	27	84	6	90	52	0	0	47	1.00
177236--177346	43	2.5	42	82	10	125	55	0	0	43	1.05
177260--177346	35	2.5	36	77	9	90	55	0	0	44	0.99
177322--177358	17	2.2	17	90	4	58	67	0	2	29	1.04
177697--177792	30	3.0	30	72	18	79	53	0	1	45	1.07
178448--178538	14	6.1	15	71	19	50	34	2	1	62	1.14
178469--178506	12	3.2	12	85	7	60	28	0	0	71	0.87
178472--178517	23	1.9	25	91	8	78	28	2	0	69	1.00
178458--178527	30	2.5	28	77	11	79	31	1	0	67	1.00
179078--179117	18	2.4	16	87	8	53	37	7	10	45	1.66
181633--181666	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
181676--181730	28	1.9	29	85	3	76	43	1	0	54	1.10
181731--181797	18	3.9	18	75	20	63	49	2	0	47	1.16
181732--181818	16	5.2	16	70	18	54	43	2	0	54	1.13
181726--181811	33	2.7	32	82	8	95	46	2	0	51	1.13
184327--184396	31	2.3	31	80	9	81	51	1	5	41	1.34
184429--184491	31	2.1	31	82	5	76	38	1	6	53	1.36
184508--184537	14	2.1	15	93	6	53	26	0	0	73	0.84
186117--186164	20	2.5	19	80	6	53	43	0	6	50	1.27
186376--186408	17	1.9	17	93	0	57	66	6	0	27	1.15
186783--186817	17	1.9	19	88	11	56	31	0	2	65	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186979--187020	20	2.1	20	86	0	57	33	0	0	66	0.92
187520--187568	22	2.1	24	81	7	57	38	0	0	61	0.96
188144--188198	23	2.5	21	80	13	58	54	0	0	45	0.99
190497--190537	15	2.8	14	85	3	55	53	2	0	43	1.13
190562--190636	25	3.0	25	80	5	80	49	0	0	50	1.00
190581--190667	39	2.3	38	78	11	97	45	0	1	52	1.08
191124--191176	23	2.4	23	84	12	67	37	0	0	62	0.96
191166--191228	26	2.4	25	77	12	65	58	4	0	36	1.19
194641--194679	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
195626--195686	15	4.3	15	78	19	51	36	1	1	60	1.16
195636--195686	20	2.5	20	75	15	59	35	0	0	64	0.94
195636--195687	26	2.0	27	88	3	79	34	0	0	65	0.93
195758--195789	3	10.7	3	93	0	55	34	0	3	62	1.11
196189--196219	15	2.0	16	93	6	55	45	0	0	54	0.99
196203--196241	18	2.1	19	85	9	53	51	0	0	48	1.00
196229--196331	29	3.4	30	75	13	95	52	0	0	46	1.07
196425--196558	66	2.0	68	92	2	227	28	14	17	38	1.90
199567--199623	14	4.2	14	73	18	50	57	0	0	42	0.98
200236--200300	21	3.2	21	80	8	64	61	0	0	38	0.96
200986--201040	21	2.6	21	82	0	56	43	3	20	32	1.69
209705--209754	16	3.2	16	72	16	50	52	2	0	46	1.12
210171--210204	13	2.6	13	85	0	50	23	0	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210588--210657	6	10.8	6	74	19	61	37	0	0	62	0.95
210575--210657	28	3.1	24	76	19	76	38	0	0	61	0.96
210575--210658	12	6.1	14	71	19	70	39	0	0	60	0.97
210575--210651	20	3.8	21	74	17	81	38	0	0	61	0.96
212276--212365	32	2.9	30	79	14	85	48	2	3	45	1.31
212276--212363	31	2.8	31	81	13	83	47	2	3	46	1.31
212676--212747	20	3.4	21	76	16	76	54	0	0	45	0.99
212696--212730	12	2.9	12	88	12	54	57	0	0	42	0.99
212671--212738	13	5.2	13	79	15	70	50	0	0	50	1.00
212705--212748	7	6.6	7	84	10	65	59	0	0	40	0.98
212704--212744	13	3.2	13	86	10	57	58	0	0	41	0.98
212705--212748	20	2.2	20	95	0	79	59	0	0	40	0.98
212799--212825	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
213202--213260	16	3.3	18	75	20	61	45	0	3	50	1.18
213254--213305	25	2.1	23	82	13	59	57	0	0	42	0.98
213261--213309	25	2.1	25	85	11	68	57	0	0	42	0.99
213224--213337	31	3.7	29	71	25	83	50	0	0	49	1.06
213324--213368	23	1.9	24	86	4	65	51	0	0	48	1.00
213348--213380	16	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
215640--215705	17	3.7	18	76	19	75	62	0	0	37	0.96
215828--215875	17	2.8	17	79	20	55	35	2	0	62	1.07
215870--215904	16	2.2	16	95	5	63	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216054--216090	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
216300--216333	18	2.0	18	88	11	54	38	0	2	58	1.13
217120--217154	12	2.9	12	86	0	52	48	0	0	51	1.00
217097--217143	17	3.1	17	65	28	50	46	0	0	53	1.00
217088--217156	29	2.3	31	82	14	99	49	0	0	50	1.00
217936--217962	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
218030--218088	18	3.1	18	81	13	73	64	0	0	35	0.94
218022--218079	27	2.1	28	90	3	91	62	0	0	37	0.96
219221--219246	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
222551--222581	16	1.9	16	93	0	53	12	6	3	77	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13