genome.fa.s1652.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1652
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  199341

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 395 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
390--445	21	2.7	21	78	10	69	44	25	0	30	1.54
393--445	14	3.8	14	80	5	54	45	22	0	32	1.53
1841--1894	20	2.8	19	77	5	63	31	9	11	48	1.70
2365--2393	12	2.4	12	100	0	58	31	41	6	20	1.79
3546--3584	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
11475--11600	20	5.8	20	70	18	90	41	14	13	30	1.84
11425--11652	71	3.2	71	91	1	359	40	14	14	30	1.86
12708--12779	28	2.6	28	84	2	101	25	27	20	26	1.99
12950--13046	32	3.0	31	89	5	140	30	29	18	20	1.97
13252--13708	52	8.7	52	70	16	309	23	25	15	36	1.93
13455--13652	99	2.0	99	93	2	335	23	24	16	35	1.95
18143--18188	20	2.2	21	92	3	76	41	8	19	30	1.82
18253--18440	52	3.7	50	82	4	227	31	13	10	44	1.78
21802--21942	32	4.4	32	72	8	99	21	14	29	34	1.93
21754--21884	64	2.0	64	82	0	154	20	14	29	35	1.92
21942--22037	35	2.7	35	75	0	93	36	12	17	33	1.88
24201--24265	27	2.4	26	78	12	69	32	18	26	23	1.97
24336--24661	163	2.0	163	98	0	625	33	18	22	25	1.97
26598--26674	40	1.9	40	86	0	109	36	12	15	35	1.86
26597--26664	20	3.4	20	72	8	57	36	13	17	32	1.89
26718--26771	20	2.7	20	85	8	74	31	18	11	38	1.86
41593--41663	4	18.8	4	71	28	50	73	0	23	2	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41594--41646	20	2.7	20	100	0	106	67	0	28	3	1.07
41590--41674	20	4.2	20	84	3	80	74	0	21	4	1.00
41637--41667	10	3.1	10	95	0	53	87	0	12	0	0.55
42686--42757	4	18.8	4	70	27	50	73	0	23	2	0.96
42687--42746	20	3.6	17	82	17	65	70	0	26	3	1.03
42687--42739	20	2.7	20	100	0	106	67	0	28	3	1.07
42724--42759	17	2.1	17	89	0	54	83	0	16	0	0.65
43355--43744	196	2.0	196	98	0	762	24	22	18	34	1.96
45155--45366	106	2.0	106	99	0	415	27	25	22	24	2.00
46971--47029	13	5.1	13	71	26	60	28	18	15	37	1.91
46982--47069	19	4.9	19	76	17	89	29	20	17	32	1.95
46952--47048	32	3.0	32	92	1	149	27	18	15	38	1.91
47941--48175	118	2.0	118	86	0	326	33	15	15	35	1.89
51125--51163	20	2.0	19	90	5	60	35	0	0	64	0.94
51210--51269	11	6.0	11	72	21	51	31	0	0	68	0.90
51219--51270	8	6.0	8	75	16	50	28	0	0	71	0.87
51210--51268	19	3.0	20	78	12	68	32	0	0	67	0.91
53554--53676	52	2.4	50	85	13	160	56	4	0	39	1.18
53691--53857	52	3.3	51	81	9	200	56	5	2	35	1.35
62315--62381	1	67.0	1	72	0	53	86	8	0	4	0.69
62316--62381	11	5.6	12	83	15	68	86	9	0	4	0.70
62321--62377	30	1.9	30	85	7	80	84	10	0	5	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63729--63807	28	2.9	28	84	1	106	29	27	18	24	1.98
63979--64336	32	11.2	32	81	4	373	28	28	18	24	1.98
63979--64379	64	6.2	64	80	4	380	29	29	17	23	1.97
63979--64379	96	4.2	95	81	4	421	29	29	17	23	1.97
65618--65668	19	2.7	19	100	0	102	31	11	15	41	1.83
69651--69894	88	2.8	87	85	3	310	32	24	7	35	1.83
70804--70854	20	2.5	20	83	0	66	41	15	9	33	1.80
72091--72147	19	2.9	19	81	2	69	43	8	8	38	1.67
73344--73623	31	8.4	34	77	11	192	20	33	13	32	1.91
73348--73585	131	1.8	131	92	0	404	20	34	14	31	1.92
73607--73768	33	4.9	33	90	3	247	28	33	19	18	1.95
73776--73955	43	3.8	48	81	10	208	25	23	18	32	1.97
73865--73978	52	2.1	55	85	7	155	24	21	15	37	1.93
73783--73964	95	1.9	93	91	4	294	25	23	18	33	1.96
73976--74110	33	4.2	32	83	4	157	28	33	20	17	1.95
74103--74742	49	13.7	49	77	11	616	25	24	17	32	1.97
74153--74697	43	12.0	43	77	10	498	25	25	18	31	1.97
74165--74697	92	5.9	92	86	6	664	24	25	18	31	1.97
74110--74697	135	4.3	138	82	7	557	25	25	18	31	1.97
74652--75016	52	6.6	55	74	12	230	24	24	14	36	1.93
74755--74881	67	1.9	68	85	1	175	22	25	13	38	1.91
74670--75096	227	1.9	228	86	3	610	22	24	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75481--75732	36	7.4	34	77	10	196	21	34	11	32	1.90
75457--75647	31	6.0	31	77	8	161	19	34	14	31	1.92
75453--75732	69	4.2	68	76	11	249	20	34	12	32	1.90
75457--75707	131	1.9	131	87	0	367	20	34	13	31	1.92
75716--75885	33	5.2	33	87	3	236	28	34	18	18	1.95
75935--76939	92	11.0	92	88	4	1353	26	25	17	30	1.97
76271--76338	21	3.2	21	63	19	50	27	27	14	29	1.95
76412--76479	21	3.2	21	63	19	50	26	29	16	27	1.97
75885--76940	460	2.3	460	95	0	1909	25	25	17	31	1.97
76804--76983	92	1.9	94	90	3	292	26	23	17	32	1.97
76912--77338	227	1.9	228	83	4	567	23	25	14	36	1.93
77116--77258	55	2.7	52	75	4	142	24	25	15	34	1.95
77695--77954	31	7.9	34	76	13	190	18	33	14	33	1.92
77699--77949	131	1.9	131	94	1	441	19	33	15	31	1.93
77962--78094	33	4.0	33	84	3	178	29	33	18	18	1.95
77962--78090	66	2.0	66	90	3	206	30	33	19	17	1.94
78161--78228	21	3.2	21	61	19	50	25	29	17	27	1.97
78105--79148	92	11.3	92	88	5	1404	25	25	17	31	1.97
78480--78547	21	3.2	21	63	19	50	27	27	14	29	1.95
78094--79149	460	2.3	460	96	0	1963	25	25	17	31	1.97
79121--79540	227	1.8	228	83	4	562	24	25	13	36	1.92
79909--80097	31	5.9	31	76	10	164	19	34	16	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79905--80123	95	2.2	98	86	5	293	18	32	16	31	1.93
80132--80307	33	5.5	32	81	7	198	27	35	18	18	1.94
80132--80296	65	2.5	65	83	3	208	27	35	18	18	1.94
80295--80799	43	11.1	44	81	10	570	24	25	18	31	1.98
80296--80799	92	5.5	91	86	6	598	24	25	18	31	1.98
80300--80799	141	3.6	137	86	7	615	24	25	18	31	1.98
80754--81091	52	6.1	55	71	14	194	23	24	14	37	1.92
80775--81198	227	1.9	228	83	4	561	23	25	15	35	1.94
81568--81781	31	6.5	31	73	14	144	19	35	14	30	1.91
81584--81835	36	7.4	34	77	10	189	20	35	12	31	1.90
81569--81810	131	1.8	131	91	0	403	19	34	14	31	1.92
81568--81835	69	4.0	67	73	11	228	20	35	13	31	1.91
81819--81988	33	5.2	33	85	3	227	28	34	17	19	1.94
81988--82544	49	11.9	48	80	10	579	24	24	17	32	1.97
82034--82491	43	10.1	43	82	8	493	24	24	18	31	1.97
82034--82491	92	5.0	91	87	6	576	24	24	18	31	1.97
81988--82535	141	3.9	141	85	8	574	25	24	18	31	1.97
82445--82782	52	6.1	55	71	14	167	24	24	14	36	1.93
82463--82876	227	1.8	228	84	4	568	23	25	15	35	1.94
83245--83505	31	7.9	33	76	13	193	19	33	14	32	1.91
83258--83500	131	1.9	131	92	0	414	19	34	14	31	1.92
83509--83678	33	5.2	33	84	3	218	28	34	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83724--84543	92	8.9	92	87	5	853	25	25	18	31	1.97
83685--84543	319	2.7	319	94	2	1468	25	25	18	31	1.97
84472--84890	227	1.8	228	83	5	562	23	25	14	36	1.93
85255--85534	31	8.4	34	75	13	176	19	33	14	32	1.92
85283--85509	36	6.7	35	76	13	128	19	33	14	32	1.92
85259--85509	131	1.9	131	92	1	423	19	33	15	31	1.93
85255--85534	69	4.2	69	73	12	228	19	33	14	32	1.92
85518--85687	33	5.2	33	85	3	227	28	34	17	20	1.95
85687--86293	49	12.9	48	79	10	634	24	24	18	33	1.97
85733--86292	92	6.0	92	87	5	729	24	24	18	33	1.97

Tables:   1   2   3   4