genome.fa.s1652.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1652
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  199341

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85687--86283	141	4.3	143	85	6	662	24	24	18	32	1.97
86193--86530	52	6.1	55	72	14	203	23	23	14	37	1.92
86296--86422	67	1.9	68	85	4	177	23	24	13	38	1.91
86211--86629	227	1.8	227	83	6	553	23	24	15	36	1.93
86995--87241	31	7.5	34	77	10	196	20	33	14	32	1.92
87006--87241	131	1.8	131	91	0	391	19	33	14	31	1.92
87258--87427	33	5.2	33	86	3	236	28	34	17	18	1.94
87427--88115	49	14.7	49	81	10	793	23	24	18	32	1.97
87473--88124	92	7.0	92	88	4	886	23	24	18	32	1.97
87629--87696	21	3.2	21	64	32	54	25	27	17	29	1.97
87427--88115	141	4.9	141	84	7	706	23	24	18	32	1.97
88025--88178	52	2.9	53	79	4	175	24	22	16	37	1.94
88128--88254	67	1.9	68	85	4	177	23	24	13	38	1.91
88043--88461	227	1.8	228	84	5	571	23	24	15	36	1.93
88827--89081	31	7.7	34	78	10	203	20	33	14	31	1.92
88831--89081	131	1.9	131	90	0	394	21	34	14	30	1.93
89090--89259	33	5.2	33	85	3	227	28	34	18	18	1.95
89259--90038	49	16.7	49	80	11	863	24	24	18	32	1.97
89305--90047	92	8.0	91	86	5	876	24	24	18	32	1.97
89948--90312	52	6.6	55	73	12	230	24	24	15	35	1.94
89956--90312	55	6.4	54	73	13	226	24	24	14	35	1.94
90130--90312	53	3.4	52	78	4	152	24	25	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89966--90392	227	1.9	228	86	4	612	23	24	15	36	1.94
90750--91029	31	8.4	34	77	11	210	20	34	13	31	1.91
90754--90991	131	1.8	131	95	0	431	19	34	14	31	1.92
91011--91182	33	5.2	33	90	0	256	28	34	18	18	1.94
91182--91637	49	9.7	49	79	10	474	25	24	18	31	1.97
91177--91592	43	9.1	44	79	10	435	25	25	18	31	1.97
91228--91593	92	4.0	89	82	10	402	25	24	18	31	1.97
91555--91911	52	6.4	55	72	13	196	24	24	14	36	1.93
91650--91776	67	1.9	68	85	1	175	23	25	11	39	1.89
91565--91983	227	1.8	228	84	4	569	23	24	15	36	1.93
92349--92603	31	7.8	31	78	11	192	18	34	14	32	1.92
92379--92628	36	7.4	34	78	9	203	19	34	14	32	1.91
92349--92628	69	4.2	68	76	8	263	19	34	13	32	1.91
92353--92603	131	1.9	131	90	0	403	19	34	15	31	1.92
92612--92781	33	5.2	33	87	3	245	28	34	18	18	1.95
92781--93474	49	14.8	48	82	9	817	25	24	18	32	1.97
92827--93483	92	7.0	92	87	5	851	24	24	17	32	1.97
92781--93474	141	4.9	141	88	5	890	25	24	18	32	1.97
93384--93748	52	6.6	55	73	12	230	24	24	15	35	1.94
93392--93748	55	6.4	54	73	13	226	24	24	14	35	1.94
93566--93748	53	3.4	52	78	4	152	24	25	15	33	1.95
93402--93828	227	1.9	228	86	4	612	23	24	15	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94186--94465	31	8.4	34	77	11	210	20	34	13	31	1.91
94190--94427	131	1.8	131	95	0	431	19	34	14	31	1.92
94447--94618	33	5.2	33	90	0	256	28	34	18	18	1.94
94618--95073	49	9.7	49	79	10	474	25	24	18	31	1.97
94613--95028	43	9.1	44	79	10	435	25	25	18	31	1.97
94664--95029	92	4.0	89	82	10	402	25	24	18	31	1.97
94983--95347	52	6.6	55	71	14	196	23	24	15	36	1.94
95086--95212	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
95001--95419	227	1.8	228	84	4	578	23	24	15	36	1.94
95785--96039	31	7.8	31	78	11	192	18	34	14	32	1.92
95815--96064	36	7.4	34	78	9	203	19	34	14	32	1.91
95785--96064	69	4.2	68	76	8	263	19	34	13	32	1.91
95789--96039	131	1.9	131	90	0	403	19	34	15	31	1.92
96048--96217	33	5.2	33	87	3	245	28	34	18	18	1.95
96217--96503	49	5.8	49	79	8	262	26	23	16	33	1.96
96312--96401	43	2.1	43	91	0	144	26	22	18	32	1.97
96263--96454	95	2.0	96	86	4	266	25	23	16	34	1.95
96355--96476	52	2.3	53	81	4	147	27	22	13	37	1.91
96456--96584	67	1.9	67	85	3	179	23	24	12	39	1.89
96373--96791	227	1.8	228	83	5	553	24	23	14	37	1.93
97157--97411	31	7.8	31	76	11	174	19	33	14	32	1.92
97187--97436	36	7.4	34	76	9	185	20	33	14	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97157--97436	69	4.2	68	75	8	245	19	33	13	32	1.91
97161--97398	131	1.8	131	90	0	386	19	34	14	31	1.91
97420--97589	33	5.2	33	83	3	218	28	34	18	18	1.94
97589--98102	49	10.8	49	77	10	464	26	23	17	33	1.96
97589--98000	92	4.5	89	79	12	390	26	23	17	32	1.97
97584--98000	43	9.1	43	78	10	384	25	24	17	32	1.96
97962--98318	55	6.4	54	73	13	217	24	24	14	36	1.93
98057--98183	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
97972--98390	227	1.8	228	85	4	596	23	24	15	36	1.93
98756--98981	31	6.9	31	76	14	163	19	34	14	31	1.92
98786--99035	36	7.4	34	76	11	187	20	33	14	32	1.92
98756--99035	69	4.2	68	75	10	247	19	33	14	32	1.92
98767--99010	131	1.9	131	90	0	389	18	34	15	31	1.92
99019--99188	33	5.2	33	83	3	218	28	34	18	18	1.94
99193--99701	49	10.7	49	77	10	463	25	23	17	33	1.96
99193--99599	92	4.4	89	79	12	389	26	23	17	32	1.97
99193--99599	43	8.9	43	78	10	382	26	23	17	32	1.97
99561--99917	55	6.4	54	73	13	217	24	24	14	36	1.93
99656--99782	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
99571--99989	227	1.8	228	85	4	596	23	24	15	36	1.93
100355--100580	31	6.9	31	76	14	163	19	34	14	31	1.92
100385--100634	36	7.4	34	76	11	187	20	33	14	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100355--100634	69	4.2	68	75	10	247	19	33	14	32	1.92
100366--100609	131	1.9	131	90	0	389	18	34	15	31	1.92
100618--100787	33	5.2	33	83	3	218	28	34	18	18	1.94
100787--101300	49	10.8	49	77	10	464	26	23	17	33	1.96
100787--101198	92	4.5	89	79	12	390	26	23	17	32	1.97
100782--101198	43	9.1	43	78	10	384	25	24	17	32	1.96
101160--101516	55	6.4	54	73	13	208	24	24	14	36	1.93
101255--101381	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
101170--101588	227	1.8	228	85	4	587	23	24	15	36	1.93
101954--102208	31	7.8	31	77	11	183	18	33	14	32	1.92
101984--102233	36	7.4	34	77	9	194	19	33	14	32	1.92
101954--102233	69	4.2	68	76	8	254	19	33	14	32	1.92
101958--102195	131	1.8	131	91	0	395	18	34	14	31	1.92
102217--102386	33	5.2	33	83	3	218	28	34	18	18	1.94
102386--102899	49	10.8	49	77	10	455	26	23	17	33	1.96
102386--102797	92	4.5	89	78	12	381	26	23	17	32	1.96
102381--102797	43	9.1	43	77	10	375	25	23	17	32	1.96
102759--103115	55	6.4	54	73	13	217	24	24	14	36	1.93
102854--102980	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
102769--103187	227	1.8	228	85	4	596	23	24	15	36	1.93
103553--103832	31	8.4	34	77	11	210	20	34	13	31	1.92
103557--103807	131	1.9	131	92	0	421	19	34	15	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103816--103985	33	5.2	33	87	3	245	28	34	18	18	1.95
103985--104233	49	4.9	50	81	6	243	25	23	16	34	1.95
103985--104170	49	3.7	49	89	2	255	25	23	17	33	1.96
103985--104228	101	2.4	99	81	7	276	25	23	16	34	1.96
104156--104444	55	5.1	55	71	15	189	24	24	13	36	1.92
104181--104309	67	1.9	67	85	3	179	23	24	12	39	1.89
104025--104523	227	2.2	224	85	5	643	23	24	15	36	1.94
104881--105109	33	6.9	34	80	9	208	17	33	15	33	1.92
104885--105075	31	5.8	31	79	9	141	18	36	15	29	1.92
104881--105129	69	3.7	69	78	10	273	18	34	14	32	1.92

Tables:   1   2   3   4