genome.fa.s1652.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1652
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  199341

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105117--105282	33	5.0	33	87	2	226	30	33	18	18	1.95
105282--105829	49	11.8	48	79	10	570	25	24	18	31	1.97
105277--105784	43	11.1	43	80	10	512	25	25	18	31	1.97
105282--105785	92	5.5	92	85	7	582	25	24	18	31	1.97
105739--106076	52	6.1	55	72	14	185	24	23	13	37	1.92
105842--105968	67	1.9	68	85	1	175	23	24	12	39	1.89
105757--106183	227	1.9	228	85	6	598	23	24	15	36	1.93
106541--106795	31	7.8	31	77	11	183	19	34	14	32	1.92
106571--106820	36	7.4	34	77	9	194	20	34	14	32	1.92
106541--106820	69	4.2	68	75	8	254	19	34	13	32	1.91
106545--106795	131	1.9	131	90	0	394	19	34	14	31	1.92
106804--106973	33	5.2	33	84	3	218	29	33	17	19	1.95
106574--106853	69	4.2	68	72	12	168	21	33	15	29	1.94
106984--107520	43	11.5	48	79	11	566	25	24	18	32	1.97
106984--107476	92	5.4	92	86	7	587	24	24	18	32	1.97
107430--107767	52	6.1	55	72	14	185	24	23	13	37	1.92
107533--107659	67	1.9	68	85	1	175	23	24	12	39	1.89
107448--107874	227	1.9	228	85	6	598	23	24	15	36	1.93
108232--108491	31	7.9	32	75	14	176	18	33	14	33	1.91
108257--108511	36	7.6	34	77	9	195	19	33	13	32	1.91
108232--108511	69	4.2	68	75	8	245	19	33	13	32	1.91
108236--108486	131	1.9	131	89	0	385	19	34	14	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108495--108664	33	5.2	33	85	3	227	28	33	18	19	1.95
108232--108544	69	4.7	68	71	13	168	20	33	14	30	1.93
108664--109269	49	12.8	49	78	10	570	25	24	17	32	1.97
108664--109167	92	5.5	92	84	7	555	25	24	18	31	1.97
108659--109123	135	3.3	135	86	6	546	24	24	18	32	1.97
108664--109166	184	2.7	184	82	7	685	25	24	18	31	1.97
109121--109380	55	4.6	56	75	13	219	24	24	14	36	1.92
109170--109447	122	2.3	123	87	3	400	23	24	14	37	1.92
109818--110013	36	6.0	31	73	15	153	19	33	13	33	1.91
109848--110033	36	5.4	36	74	13	176	20	34	12	31	1.91
109818--109979	67	2.4	67	90	1	263	19	35	14	31	1.91
109826--110033	67	3.1	67	84	6	251	20	35	13	30	1.91
110017--110185	33	5.2	33	87	5	236	28	34	17	19	1.95
110022--110185	65	2.5	66	87	4	242	29	34	18	18	1.94
110190--110742	49	11.8	48	78	11	553	25	25	17	32	1.97
110252--110319	21	3.2	21	61	19	50	25	29	17	27	1.97
110245--110687	43	9.7	43	81	9	463	25	25	18	30	1.98
110231--110688	92	5.0	92	86	6	553	25	25	18	31	1.97
110247--110732	141	3.5	141	88	6	560	25	25	18	31	1.97
110192--110741	92	5.9	93	82	9	404	25	24	17	32	1.97
110666--111006	55	6.1	55	72	13	200	24	24	14	36	1.93
110745--110871	67	1.9	68	83	4	168	24	23	13	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110812--111006	53	3.7	52	78	4	158	24	25	15	34	1.94
110662--111086	227	1.9	228	85	4	590	23	24	16	35	1.94
111444--111703	31	7.9	34	76	11	179	19	33	14	33	1.91
111448--111686	131	1.8	131	88	1	372	19	34	14	31	1.92
111444--111723	69	4.2	69	72	12	237	20	33	13	32	1.92
111707--111876	33	5.2	33	85	3	227	28	34	18	18	1.95
111876--112481	49	12.8	49	80	10	633	25	24	17	32	1.97
111871--112378	43	11.1	43	81	10	539	25	25	17	31	1.97
111876--112379	92	5.5	92	86	7	609	25	25	17	31	1.97
112333--112697	52	6.6	55	74	12	239	24	24	14	36	1.93
112436--112562	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
112353--112777	227	1.9	228	85	4	599	23	25	15	36	1.94
112555--112697	55	2.7	52	75	4	142	24	25	14	34	1.94
113135--113389	31	7.8	33	75	13	181	20	32	14	31	1.93
113169--113389	36	6.6	35	76	11	128	21	33	14	30	1.93
113146--113387	131	1.8	131	90	0	385	20	33	14	31	1.93
113398--113560	33	5.0	33	89	3	240	29	33	19	18	1.95
113567--114106	49	11.6	49	79	11	564	25	25	17	31	1.97
113634--113701	21	3.2	21	61	19	50	25	29	17	27	1.97
113627--114069	43	9.7	43	82	9	481	25	25	18	31	1.98
113613--114070	92	5.0	92	87	6	571	24	25	18	31	1.97
113629--114069	141	3.2	135	88	7	581	24	25	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114100--114390	55	5.2	55	72	15	184	25	24	13	36	1.92
114127--114253	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
114042--114468	227	1.9	228	84	4	585	23	24	15	36	1.94
114826--115080	31	7.8	31	76	9	163	20	32	14	32	1.92
114856--115105	36	7.4	34	77	9	185	21	33	12	32	1.91
114845--115080	131	1.8	131	90	0	382	20	33	13	32	1.92
115089--115258	33	5.2	33	82	3	209	30	33	17	18	1.94
115258--115805	49	11.7	49	79	10	571	25	25	17	31	1.97
115325--115392	21	3.2	21	61	19	50	25	29	17	27	1.97
115318--115760	43	9.7	43	81	9	463	25	25	18	31	1.97
115304--115761	92	5.0	92	86	6	562	25	25	17	31	1.97
115324--115760	141	3.2	135	88	7	564	25	25	17	31	1.97
115258--115760	184	2.7	184	83	7	703	25	25	17	31	1.97
115791--116079	55	5.1	54	70	17	178	25	24	13	35	1.93
115818--115944	67	1.9	68	85	1	175	24	25	12	37	1.90
115735--116159	227	1.9	228	84	5	583	24	24	15	36	1.93
116517--116771	31	7.8	31	77	12	176	20	33	14	32	1.92
116517--116796	36	8.4	34	76	12	201	20	33	13	32	1.91
116536--116771	131	1.8	131	92	0	400	20	33	13	32	1.92
116780--116949	33	5.2	33	84	3	218	28	34	18	18	1.95
116949--117496	49	11.7	49	79	12	566	25	25	17	31	1.97
117016--117083	21	3.2	21	61	19	50	25	29	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116999--117451	92	5.0	92	85	6	527	25	25	18	30	1.98
117151--117218	21	3.2	21	63	19	50	26	29	16	27	1.97
116937--117451	135	3.8	136	85	8	513	25	25	17	31	1.97
116949--117451	141	3.6	135	85	8	538	25	25	17	31	1.97
116944--117452	43	11.1	43	79	10	471	24	25	17	31	1.97
117406--117770	52	6.6	55	74	12	230	24	24	14	36	1.93
117509--117635	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
117424--117850	227	1.9	228	84	5	587	22	24	15	36	1.94
118211--118425	31	6.6	31	75	10	171	20	33	15	30	1.94
118207--118425	95	2.2	97	83	8	268	19	33	15	31	1.93
118434--118519	33	2.6	33	98	1	165	31	34	15	18	1.92
118727--118783	13	3.9	13	74	24	51	36	14	15	33	1.88
118707--118804	32	3.0	32	93	1	160	35	11	16	36	1.84
118846--118870	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
118858--118909	19	2.7	20	88	8	72	28	15	15	40	1.88
118772--118998	107	2.1	107	95	1	411	36	16	12	35	1.86
118986--119111	52	2.4	52	97	0	234	35	18	18	27	1.94
129085--129111	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
129097--129150	19	2.7	20	83	8	74	33	14	12	38	1.85
129929--130157	49	4.7	49	76	8	209	30	16	27	25	1.97
129873--130149	101	2.8	100	80	7	277	30	16	27	25	1.97
130068--130152	43	2.0	43	88	0	125	29	20	25	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130210--130474	57	4.7	56	82	8	324	21	17	28	32	1.96
130176--130470	85	3.5	84	82	5	305	21	17	28	32	1.96
130210--130472	114	2.3	113	89	2	395	22	17	28	31	1.97
130174--130473	28	10.6	28	78	8	288	21	17	28	32	1.96
130832--130916	37	2.3	37	100	0	170	43	15	15	25	1.86
131961--132006	8	5.6	8	87	7	58	8	2	2	86	0.72
131962--132004	22	2.0	22	90	0	68	9	2	2	86	0.76
131961--132009	25	2.0	25	88	8	73	8	2	4	85	0.79
135530--135706	52	3.4	52	97	0	327	28	17	18	36	1.93
135530--135726	104	1.9	104	90	2	315	29	17	18	35	1.94

Tables:   1   2   3   4