genome.fa.s170.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold170
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1632119

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  5  of  11  ( 1308 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817856--817897	17	2.5	17	80	7	50	54	0	0	45	0.99
817875--817921	23	2.0	23	84	8	60	55	0	0	44	0.99
819244--819293	22	2.4	21	75	15	50	62	2	0	36	1.07
819817--819865	15	3.2	15	85	2	62	36	0	0	63	0.95
820237--820268	14	2.3	14	94	0	55	43	3	0	53	1.16
821139--821227	19	4.5	19	75	15	74	39	0	0	60	0.97
821208--821262	28	1.9	29	85	10	78	41	0	0	58	0.98
833773--833840	35	1.9	36	82	8	86	47	0	0	52	1.00
835003--835040	19	2.0	20	89	5	60	47	2	0	50	1.15
836432--836462	15	2.1	15	93	0	53	35	0	0	64	0.94
837721--837752	16	1.9	17	93	6	57	50	0	3	46	1.17
837725--837805	30	2.8	29	80	14	78	44	0	2	53	1.14
838227--838269	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
839792--839826	17	2.1	17	100	0	70	51	5	11	31	1.61
840143--840191	13	3.8	13	78	8	55	44	0	0	55	0.99
840333--840362	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
840362--840389	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
840725--840769	19	2.4	19	81	7	56	42	0	0	57	0.98
840759--840795	19	1.9	19	94	0	65	27	2	16	54	1.56
840763--840804	19	2.2	19	83	8	50	30	2	16	50	1.58
848487--848534	15	3.1	15	77	17	53	47	0	2	50	1.12
849218--849333	40	2.9	39	78	6	117	49	1	3	45	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851720--851771	18	2.9	18	82	2	70	67	0	0	32	0.91
853981--854108	66	1.9	66	84	6	170	28	22	17	31	1.96
857573--857644	17	4.0	17	70	12	63	50	1	1	47	1.18
857570--857658	26	3.2	28	75	10	85	48	1	1	49	1.16
858542--858570	3	9.7	3	100	0	58	0	31	34	34	1.58
859191--859229	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
860801--860875	36	2.1	36	94	0	132	40	16	24	20	1.91
865818--865857	3	13.3	3	94	0	71	70	30	0	0	0.88
867378--867422	16	2.8	16	75	0	54	53	0	0	46	1.00
867363--867426	23	2.7	23	79	13	60	53	0	0	46	1.00
868611--868669	8	7.5	8	83	11	68	45	0	0	54	0.99
868612--868695	27	2.9	28	83	13	93	46	0	0	53	1.00
868611--868687	8	10.2	8	76	18	51	46	0	0	53	1.00
868999--869041	19	2.3	19	84	11	54	37	2	0	60	1.10
869692--869727	18	1.9	19	88	5	56	47	0	0	52	1.00
870101--870126	4	6.5	4	100	0	52	26	50	0	23	1.50
871228--871282	18	2.9	19	78	5	58	67	1	0	30	1.01
871226--871299	19	3.9	18	76	13	69	63	1	0	35	1.03
871272--871376	16	6.1	16	67	23	54	50	0	3	45	1.19
871301--871396	43	2.4	42	76	10	101	50	0	4	45	1.21
872605--872633	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
872913--872956	17	2.7	17	89	6	65	50	0	2	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872929--873010	13	5.9	13	72	13	65	50	0	1	48	1.08
873289--873373	27	3.2	28	82	12	101	47	0	0	52	1.00
873305--873345	20	2.0	21	85	4	57	43	0	0	56	0.99
873406--873445	12	3.5	12	80	13	57	57	5	0	37	1.21
873355--873450	22	4.5	22	79	14	87	57	4	1	37	1.25
873553--873592	14	2.9	14	92	3	64	55	12	0	32	1.38
873959--873986	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
875574--875687	29	4.0	30	77	19	93	39	0	0	60	0.97
875604--875646	18	2.3	19	80	11	54	34	0	0	65	0.93
875615--875655	20	2.2	18	86	8	55	36	0	0	63	0.95
875609--875695	27	3.1	27	81	6	95	45	0	0	54	1.00
875670--875721	27	1.9	27	88	7	79	42	3	0	53	1.19
877438--877476	18	2.2	18	90	0	60	71	2	2	23	1.10
877902--877943	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
878150--878176	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
880230--880272	20	2.2	20	82	0	50	58	4	0	37	1.19
884482--884527	16	2.8	16	90	3	65	32	0	6	60	1.22
887162--887259	48	2.1	47	92	1	160	27	26	7	38	1.82
888131--888172	21	1.9	23	85	9	61	47	0	2	50	1.14
888131--888183	21	2.4	23	78	12	58	49	0	3	47	1.19
888154--888222	29	2.4	29	75	22	74	55	0	1	43	1.08
888166--888229	30	2.1	29	86	11	85	56	0	1	42	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888166--888229	13	4.2	16	77	18	75	56	0	1	42	1.09
888174--888237	14	4.5	15	81	14	73	57	0	0	42	0.98
892594--892627	18	1.9	17	88	5	50	38	0	0	61	0.96
893592--893635	13	3.5	13	84	3	63	43	0	0	56	0.99
895007--895037	6	5.2	6	100	0	62	0	51	0	48	1.00
896691--896739	14	3.3	15	85	8	64	57	0	0	42	0.99
896691--896727	7	5.3	7	90	9	58	56	0	0	43	0.99
897634--897663	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
898910--898968	14	4.1	14	75	14	50	45	0	0	54	0.99
899244--899285	3	14.0	3	94	0	75	35	0	0	64	0.94
899432--899468	17	2.2	17	90	4	58	27	0	2	70	1.01
899570--899600	15	2.1	15	93	0	53	58	6	0	35	1.24
900253--900292	17	2.5	16	84	8	55	32	0	5	62	1.17
900723--900761	20	1.9	21	85	15	55	43	0	0	56	0.99
901004--901084	35	2.3	35	83	12	103	64	0	0	35	0.94
901044--901100	25	2.3	26	79	17	75	56	0	0	43	0.99
901024--901100	5	15.0	5	71	10	57	57	0	0	42	0.99
901021--901085	15	3.9	16	77	22	64	61	0	0	38	0.96
901000--901079	20	4.2	20	78	16	82	63	0	0	36	0.94
901079--901108	15	2.1	14	93	6	51	46	0	0	53	1.00
901482--901538	29	1.9	29	82	10	71	54	0	0	45	0.99
901870--901895	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902077--902105	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
903242--903276	18	1.9	18	88	11	54	65	2	0	31	1.07
903242--903277	19	1.9	18	88	5	54	66	2	0	30	1.06
903311--903388	26	3.1	25	76	14	81	65	1	0	33	1.01
903226--903386	86	1.9	86	80	13	188	60	1	1	37	1.13
908176--908215	19	2.1	19	90	0	62	20	17	10	52	1.72
918741--918797	20	2.7	20	83	8	69	59	0	0	40	0.97
918770--918794	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
919130--919169	13	3.0	13	85	7	53	0	25	0	75	0.81
919129--919167	7	5.6	7	96	0	60	0	20	0	79	0.73
921537--921569	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
922082--922119	20	1.9	19	89	5	58	60	0	2	36	1.11
930246--930296	20	2.5	20	84	12	61	45	0	1	52	1.12
930270--930332	19	3.7	18	72	27	57	44	0	3	52	1.17
930346--930401	28	1.9	29	85	7	78	32	10	0	57	1.33
930819--930856	20	1.9	20	88	0	58	36	0	0	63	0.95
932687--932900	84	2.5	84	91	0	338	28	21	18	31	1.96
933535--933570	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
935083--935113	16	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
935125--935151	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
935480--935548	22	3.1	22	83	4	93	44	15	20	18	1.86
935732--935768	13	2.8	14	80	12	51	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936802--936888	6	14.7	6	74	17	67	60	3	0	35	1.13
937408--937623	84	2.6	83	85	1	279	26	24	18	31	1.97
938613--938655	21	2.0	22	90	4	70	76	0	0	23	0.78
938613--938660	24	2.1	22	84	7	60	75	0	0	25	0.81
939834--939879	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
941357--941404	15	3.3	15	77	16	64	39	8	2	50	1.44
941339--941405	29	2.3	30	85	10	95	41	7	4	46	1.52
941358--941423	29	2.3	29	84	5	89	43	6	1	48	1.36
941358--941435	15	5.4	14	70	11	50	42	6	1	50	1.36
941428--941453	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11