genome.fa.s176.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold176
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  960511

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  1  of  6  ( 647 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7154--7184	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
7382--7419	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
9839--9912	20	3.7	20	78	10	62	36	17	17	28	1.93
9942--10010	33	2.1	33	83	5	86	37	13	15	33	1.86
14677--14716	18	2.3	17	84	16	55	82	0	17	0	0.67
15339--15542	57	3.6	56	83	5	205	27	10	15	46	1.78
15466--15543	27	2.9	26	72	14	77	30	7	15	46	1.74
17702--17742	15	2.8	15	85	10	50	65	2	17	14	1.37
18253--18283	15	2.1	15	100	0	62	38	0	45	16	1.47
21324--21357	14	2.7	12	90	9	50	85	8	2	2	0.80
21610--22090	250	1.9	250	88	3	716	41	14	14	29	1.86
23971--24076	56	1.9	56	90	3	169	48	17	8	25	1.76
27509--27603	20	4.8	20	86	0	136	38	12	16	31	1.86
28530--29366	28	29.8	28	77	6	647	24	16	29	29	1.97
28508--29366	57	15.2	57	82	6	815	24	16	29	29	1.96
28714--28747	17	2.0	17	88	11	52	29	17	23	29	1.97
28685--28776	45	2.0	48	87	6	136	27	16	27	29	1.97
28508--29366	315	2.8	314	89	3	1260	24	16	29	29	1.96
38472--38612	52	2.7	52	94	0	255	29	17	18	34	1.93
38601--38625	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
38580--38646	34	2.0	33	91	2	107	35	11	19	32	1.88
38665--38734	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38690--38714	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
47987--48063	20	3.8	20	76	6	75	38	10	15	35	1.82
49242--49292	20	2.5	20	87	0	66	35	7	15	41	1.76
50392--50442	21	2.5	20	75	6	57	39	7	9	43	1.67
50405--50513	54	2.0	54	90	0	173	38	10	11	40	1.74
50645--50734	38	2.4	36	85	7	108	54	13	2	30	1.51
50663--50745	39	2.2	38	84	4	105	54	14	4	26	1.60
55210--55277	31	2.2	31	97	0	127	51	4	23	20	1.65
55896--55949	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
65652--65693	14	2.9	15	86	13	61	16	0	4	78	0.91
65649--65693	13	3.4	13	82	14	56	15	0	4	80	0.87
66486--66548	32	2.0	32	96	0	117	17	12	33	36	1.88
66647--66738	31	3.0	31	84	10	125	25	17	39	18	1.92
67281--67346	31	2.1	31	88	5	98	16	27	21	34	1.95
67702--67773	20	3.5	20	83	12	69	31	22	11	34	1.89
67721--67773	20	2.7	20	90	0	79	32	20	9	37	1.85
67813--67861	20	2.5	20	93	0	89	30	16	12	40	1.85
68539--68606	28	2.5	26	83	6	82	25	19	29	26	1.98
68593--68709	53	2.3	51	82	5	137	39	13	21	25	1.90
68643--68791	80	1.9	81	84	7	205	35	12	24	27	1.92
71216--71240	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
71306--71336	13	2.4	13	100	0	62	32	16	12	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71290--71357	33	2.1	33	88	5	102	32	13	16	38	1.87
77500--77526	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
80026--80050	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
80037--80092	20	2.8	20	89	7	80	30	16	19	33	1.94
80137--80189	13	4.5	13	73	26	64	32	13	16	37	1.88
80121--80189	33	2.1	33	89	5	104	31	13	17	37	1.88
81198--81237	20	2.1	19	90	4	62	42	10	17	30	1.82
81221--81311	20	4.5	20	77	13	105	40	17	14	27	1.88
81371--81423	20	2.6	19	88	5	70	35	16	7	39	1.78
88054--88078	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
88142--88166	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88175--88294	52	2.3	52	94	0	204	34	17	18	30	1.94
91452--91477	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
97663--97701	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
100231--100256	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
100213--100276	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
100311--100353	20	2.0	22	91	8	72	46	13	9	30	1.75
101193--101217	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
101289--101313	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101353--101430	20	3.7	20	68	18	68	37	12	17	32	1.88
101336--101422	44	2.0	44	93	0	147	35	13	19	31	1.91
109507--109544	16	2.3	17	86	4	51	44	23	5	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109644--109836	31	6.3	30	88	7	264	23	29	16	30	1.96
109649--109836	61	3.1	61	90	6	265	24	29	17	29	1.97
109644--109836	92	2.1	92	89	6	295	23	29	16	30	1.96
109825--109897	34	2.2	32	81	9	92	20	32	9	36	1.85
109823--110075	37	7.1	37	79	7	254	21	32	10	35	1.88
109823--110044	71	3.1	71	86	1	300	21	31	10	36	1.87
109830--110075	108	2.3	105	86	2	330	22	32	10	34	1.89
109823--110075	71	3.5	69	82	6	265	21	32	10	35	1.88
109833--110124	37	8.2	35	78	8	190	22	31	10	34	1.89
110222--112173	92	21.0	92	89	4	1326	24	25	18	31	1.98
110174--112229	184	11.0	175	86	7	1675	24	25	18	31	1.98
111545--111612	21	3.2	21	61	19	50	25	26	17	30	1.97
111729--111796	21	3.2	21	63	19	50	27	27	14	29	1.95
112219--112319	47	2.1	47	81	0	121	24	22	18	33	1.97
113026--113050	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
113122--113146	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
113155--113283	52	2.5	52	89	0	204	33	16	20	30	1.94
118721--118758	10	3.7	10	80	19	51	52	0	13	34	1.40
118723--118760	11	3.5	11	80	20	53	55	0	10	34	1.34
120785--120923	51	2.7	52	88	1	199	41	14	15	28	1.86
123148--123213	20	3.7	20	73	26	83	33	18	15	33	1.92
123163--123226	13	5.4	13	75	21	68	34	17	14	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123147--123227	33	2.5	33	100	0	162	32	17	16	34	1.92
127202--127247	22	2.1	22	95	0	83	30	8	21	39	1.84
130738--130814	22	3.6	21	89	3	109	37	2	33	25	1.70
131434--131486	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
131418--131486	33	2.1	33	86	5	95	31	13	18	36	1.89
132525--132570	24	1.9	24	100	0	92	26	17	6	50	1.70
133351--133847	167	3.0	162	82	5	593	29	10	8	50	1.66
133351--133891	166	3.3	163	81	4	584	29	9	9	51	1.66
134223--134256	10	3.5	10	88	8	52	79	0	20	0	0.73
143343--143808	130	3.6	127	78	7	434	35	12	23	28	1.91
143501--143619	51	2.3	51	85	5	161	32	14	25	27	1.94
143633--143750	51	2.3	52	77	4	132	31	10	26	32	1.89
143716--143984	79	3.4	78	84	1	362	34	13	24	28	1.93
143919--144047	51	2.6	48	78	9	132	36	13	25	24	1.92
146336--146405	33	2.1	33	94	0	122	38	14	18	28	1.90
146336--146422	20	4.7	20	72	21	82	40	14	17	27	1.89
147157--147351	42	4.5	43	80	9	184	39	14	25	21	1.91
147191--147351	87	1.9	87	87	0	241	39	14	24	21	1.90
147318--147642	61	5.5	61	79	6	266	28	20	26	25	1.99
147507--147647	55	2.6	55	86	2	185	26	20	26	26	1.99
147651--147858	60	3.5	60	84	7	252	27	20	27	25	1.99
147477--148075	215	2.8	208	86	4	829	26	19	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147870--148399	61	9.0	61	83	11	576	26	20	27	25	1.99
147711--148161	171	2.8	155	80	10	453	26	19	27	25	1.99
147876--148429	116	4.7	115	84	7	656	26	20	26	26	1.99
147879--148399	238	2.2	232	90	2	801	26	20	26	26	1.99
149392--149455	33	2.0	32	87	3	92	28	14	18	39	1.90
149497--149548	21	2.5	21	81	9	63	28	17	15	38	1.90
152658--152721	33	2.0	32	87	3	92	26	15	18	39	1.91
152763--152814	21	2.5	21	81	9	63	28	17	15	38	1.90
153875--153953	1	79.0	1	74	0	59	0	3	10	86	0.70
153872--153950	20	4.0	20	83	9	90	0	5	10	84	0.75

Tables:   1   2   3   4   5   6