genome.fa.s176.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold176
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  960511

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  5  of  6  ( 647 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672288--672356	33	2.1	33	86	5	95	36	18	14	30	1.91
672385--672440	19	2.9	19	83	2	67	37	14	14	33	1.86
675499--675545	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
677926--678910	494	2.0	494	95	0	1790	34	13	24	27	1.93
688548--688618	28	2.6	28	78	8	76	59	5	21	14	1.55
689227--689380	81	1.9	80	89	4	238	44	19	5	30	1.74
689455--689522	29	2.3	29	80	9	84	20	20	20	38	1.94
696772--697714	79	12.0	79	85	3	1125	28	25	13	32	1.93
696989--697040	27	1.9	27	88	7	79	23	28	21	26	1.99
696776--697735	315	3.1	311	84	5	1227	28	25	13	32	1.93
696785--697662	394	2.2	394	92	0	1463	29	25	12	32	1.93
699807--699849	4	10.8	4	89	0	68	20	4	0	74	1.00
709392--709509	19	6.8	18	66	27	67	35	13	15	35	1.87
709414--709516	32	3.2	32	92	0	170	33	12	16	36	1.87
709465--709489	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
723262--723361	45	2.2	44	87	8	141	82	12	6	0	0.85
723276--723360	31	2.6	31	81	5	107	83	12	3	0	0.77
723264--723348	1	85.0	1	71	0	53	84	9	5	0	0.76
724783--724989	58	3.6	58	89	3	314	30	32	15	21	1.95
724783--724981	28	7.0	28	79	7	213	31	32	16	19	1.94
724783--724989	86	2.4	86	81	10	271	30	32	15	21	1.95
724962--725051	32	2.8	33	81	6	103	20	31	15	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725085--725199	35	3.4	34	82	7	117	16	30	13	39	1.88
725109--725198	34	2.6	35	85	5	112	18	31	14	35	1.91
725172--725241	30	2.4	29	90	4	106	35	31	17	15	1.91
725263--725496	49	4.7	49	80	4	254	24	25	18	31	1.97
726185--726277	19	5.2	18	75	20	88	34	11	16	37	1.85
726226--726250	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
726207--726275	32	2.2	32	97	0	129	34	11	15	37	1.84
730660--731163	61	8.3	60	79	7	482	26	26	18	27	1.98
730654--731164	122	4.2	121	79	6	534	26	27	18	27	1.98
731152--731258	41	2.6	42	80	4	110	24	23	13	39	1.90
731263--731330	34	2.0	33	88	2	100	17	23	19	39	1.92
734330--734925	79	7.6	79	82	3	655	29	22	13	34	1.92
734338--734925	157	3.7	155	81	5	675	29	23	13	34	1.93
734330--734925	236	2.5	233	81	5	675	29	22	13	34	1.92
734330--734994	79	8.4	78	80	4	574	28	23	13	34	1.93
740289--740471	51	3.6	50	79	5	190	27	13	14	44	1.82
746458--746483	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
755919--755944	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
757793--757848	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
757900--757964	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
757918--757943	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
757900--757964	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761983--762013	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
764094--764131	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
764243--764288	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
766543--766598	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
766668--766693	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
766650--766748	34	3.0	34	97	2	184	45	15	12	27	1.81
766702--766727	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
770492--770522	12	2.6	12	94	0	53	29	25	0	45	1.54
771519--771544	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
781727--781768	22	1.9	22	85	0	57	52	7	14	26	1.67
785513--785538	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
785492--785556	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
785492--785556	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
785608--785660	20	2.7	19	85	5	61	32	18	16	32	1.94
788248--788303	19	2.8	20	81	8	69	33	19	14	32	1.92
788289--788315	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
788270--788334	33	2.0	32	87	3	94	38	18	16	26	1.92
788621--789077	61	7.2	62	76	7	402	24	24	18	32	1.97
788621--789066	126	3.5	123	82	5	464	25	23	18	31	1.98
789101--789206	54	1.9	55	86	1	151	18	23	13	44	1.85
789032--789271	123	1.9	124	81	4	288	20	25	14	39	1.90
789614--789653	14	2.7	16	74	18	50	77	0	22	0	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792761--792889	52	2.5	52	96	0	240	28	18	17	34	1.94
792933--792984	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
792941--793005	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
792933--793003	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
793824--794143	49	7.0	44	79	12	333	30	19	26	24	1.98
793863--794138	49	5.9	48	82	10	347	30	18	26	24	1.98
793728--794143	92	4.4	92	86	3	519	30	18	26	24	1.98
794138--794216	33	2.4	33	89	2	124	18	20	34	26	1.96
794211--794592	34	11.7	34	78	10	295	32	12	32	21	1.91
794211--794526	68	4.8	67	89	4	443	32	12	33	21	1.90
794444--794497	27	2.0	27	96	0	99	24	14	38	22	1.91
794192--794575	126	3.0	126	79	13	422	32	12	33	21	1.91
794499--794656	32	5.1	30	84	6	156	32	16	28	22	1.96
794523--794656	32	4.3	31	86	6	157	32	17	26	23	1.96
794536--794657	31	4.0	30	84	7	129	31	17	27	23	1.97
795939--796003	24	2.7	24	82	2	76	4	6	4	84	0.86
795939--795993	13	4.2	13	81	6	58	1	5	5	87	0.73
795939--796004	12	5.5	11	79	15	60	4	6	4	84	0.85
802895--803023	52	2.5	52	92	0	231	28	19	17	34	1.95
803096--803147	19	2.7	19	93	0	95	40	17	11	30	1.85
804194--804237	14	3.2	13	79	20	54	75	0	25	0	0.81
805773--806292	81	6.4	81	77	7	423	29	27	11	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805904--806292	161	2.4	163	86	2	543	28	28	11	30	1.92
807309--813605	474	13.3	473	82	3	7010	31	18	13	36	1.89
807429--813511	158	38.4	158	66	11	1249	31	18	13	36	1.89
812746--814472	867	2.0	861	84	4	2237	31	18	13	35	1.90
813605--815463	474	3.9	473	81	4	2059	31	18	13	36	1.90
816259--816284	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
819135--819177	20	2.1	21	86	4	61	9	27	44	18	1.80
823668--823693	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
824164--824545	158	2.4	158	79	6	391	33	16	13	36	1.88
824317--825756	474	3.0	475	82	3	1731	30	18	13	37	1.90
825050--827024	809	2.5	800	84	3	2471	30	18	14	37	1.90
825050--827176	803	2.6	800	81	4	2467	30	18	13	37	1.90
826904--827751	159	5.3	158	70	7	484	33	19	13	33	1.91
827039--829797	475	5.8	471	83	3	3116	31	18	13	36	1.89
829836--832636	476	5.9	476	84	3	3385	31	18	13	36	1.89
833387--833412	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
833367--833430	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
833367--833430	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
833808--835372	475	3.3	472	80	5	1659	32	17	13	36	1.89
835773--835798	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
838016--838067	21	2.4	21	78	9	61	63	3	9	23	1.41
841966--842002	13	2.8	13	87	0	56	32	16	16	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843624--843666	22	2.0	20	86	8	59	13	9	13	62	1.53
843840--843891	25	2.0	26	96	3	97	36	0	25	38	1.56
844505--844559	21	2.6	22	83	11	71	34	12	18	34	1.89
844607--844632	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
844589--844652	33	2.0	33	87	9	96	40	17	14	28	1.88
845468--848229	158	17.6	155	66	13	606	31	18	13	36	1.89
845403--848352	475	6.2	475	82	4	3442	31	18	13	36	1.89
848430--853953	475	11.6	476	82	2	6061	31	17	14	36	1.89
853679--854234	282	2.0	285	80	4	638	30	17	13	38	1.89
853968--862793	476	18.7	475	82	4	9706	31	17	14	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6