genome.fa.s181.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold181
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  968729

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135895--135919	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
135960--136026	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
135982--136006	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
137417--137470	23	2.4	23	87	6	76	38	12	7	40	1.72
140775--140823	25	1.9	26	91	4	82	53	14	18	14	1.74
140927--140959	14	2.3	15	89	5	50	45	3	0	51	1.16
144028--144082	21	2.6	21	94	0	92	29	18	21	30	1.97
152414--152481	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
156087--156127	19	2.1	20	86	13	59	29	0	4	65	1.13
156379--156439	20	3.0	20	78	7	61	47	4	3	44	1.41
171509--171564	4	14.0	4	92	0	94	28	0	23	48	1.51
174935--174983	25	1.9	26	88	12	75	53	16	18	12	1.73
179413--179531	1	119.0	1	79	0	112	0	5	6	88	0.64
179415--179533	29	4.0	31	82	12	151	0	6	6	86	0.70
179413--179531	58	2.1	57	92	4	195	0	5	6	88	0.64
188273--188327	21	2.6	21	94	0	92	29	18	21	30	1.97
193767--193806	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
193794--193836	18	2.4	18	81	14	54	53	0	0	46	1.00
194344--194390	23	2.0	25	83	8	62	44	2	4	48	1.34
194681--194727	23	2.0	24	88	12	71	74	0	0	25	0.82
194724--194832	52	2.1	52	83	10	134	54	1	0	43	1.17
194866--194932	28	2.3	30	82	10	86	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203323--203378	27	2.0	29	93	6	98	83	5	10	0	0.78
203323--203381	29	2.0	29	90	6	93	83	5	11	0	0.81
206795--206826	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
207909--207949	18	2.3	18	100	0	82	39	34	4	21	1.75
207909--207957	18	2.7	18	93	0	71	36	36	6	20	1.78
208457--208546	44	2.0	44	100	0	180	31	4	6	57	1.44
211410--211442	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
211926--211970	22	2.0	22	83	8	56	46	0	0	53	1.00
212035--212080	22	2.0	23	84	12	60	63	2	2	32	1.19
212269--212320	17	3.1	16	81	13	61	48	0	0	51	1.00
212639--212697	30	1.9	31	82	3	75	42	0	1	55	1.09
212958--213010	18	2.9	17	81	10	61	41	0	1	56	1.10
214264--214325	23	2.6	23	77	10	63	43	0	0	56	0.99
214282--214322	5	8.6	5	84	15	52	36	0	0	63	0.95
214351--214425	18	4.1	18	67	14	55	48	0	1	50	1.09
214422--214457	19	1.9	18	88	5	54	61	0	0	38	0.96
216366--216415	9	5.4	9	78	4	55	48	2	2	48	1.24
216369--216403	10	3.7	10	88	11	56	51	0	0	48	1.00
216474--216526	21	2.6	21	81	3	72	41	0	0	58	0.98
216473--216532	25	2.4	24	86	5	75	40	0	0	60	0.97
216796--216831	13	2.8	13	91	0	54	36	0	5	58	1.22
216823--216850	8	3.5	8	100	0	56	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218616--218655	15	2.6	15	88	11	55	50	5	5	40	1.46
218822--218873	16	3.3	15	86	2	59	57	1	0	40	1.10
220042--220082	18	2.3	18	91	0	64	63	0	0	36	0.95
220027--220082	21	2.7	21	83	5	60	58	1	1	37	1.19
221106--221140	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
223482--223532	2	25.5	2	91	0	84	45	3	0	50	1.20
226286--226473	102	1.8	102	83	6	247	48	5	7	38	1.55
227439--227507	25	2.7	26	84	10	81	46	0	0	53	1.00
228186--228244	21	2.9	21	75	12	59	44	0	1	54	1.10
228183--228225	14	2.9	15	83	13	54	48	0	0	51	1.00
228269--228320	27	1.9	27	84	7	70	50	7	3	38	1.50
228267--228326	27	2.2	27	76	5	68	53	6	3	36	1.44
233345--233403	31	1.9	31	92	0	100	42	1	0	55	1.09
233330--233394	16	4.1	16	86	4	87	36	0	3	60	1.13
233347--233430	15	5.7	15	72	6	64	41	2	2	53	1.27
233980--234013	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
234334--234407	17	4.3	17	71	20	64	47	0	1	51	1.09
234906--234936	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
234905--234936	11	3.0	11	95	4	57	62	0	0	37	0.95
234906--234939	16	2.1	16	94	0	59	61	0	0	38	0.96
234982--235023	22	1.9	22	85	9	59	35	0	0	64	0.94
235397--235439	22	2.0	22	85	0	59	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235540--235607	21	3.3	21	71	8	59	38	0	2	58	1.13
237422--237471	22	2.3	22	82	6	66	50	2	0	48	1.12
239324--239388	12	5.3	12	69	8	51	52	0	0	47	1.00
239679--239748	9	7.8	9	74	20	58	42	0	0	57	0.99
239931--239983	3	18.0	3	96	3	99	33	0	0	66	0.92
240037--240110	4	19.0	4	82	8	64	78	0	17	4	0.90
240038--240114	27	2.8	29	81	9	92	80	0	15	3	0.85
240839--240879	16	2.6	16	84	0	55	65	0	2	31	1.05
241627--241675	19	2.7	18	90	3	80	85	4	10	0	0.71
241758--241799	14	2.9	15	79	13	52	33	0	0	66	0.92
242966--243009	24	1.9	24	90	9	74	79	0	20	0	0.73
243050--243114	24	2.5	25	80	9	69	36	3	0	60	1.13
243253--243300	18	2.8	17	75	15	53	20	2	8	68	1.26
244744--244794	20	2.7	20	72	6	52	49	0	0	50	1.00
244887--244940	21	2.7	21	83	13	69	37	0	3	59	1.15
245749--245828	29	2.7	29	79	9	99	36	7	2	53	1.43
245847--245911	30	2.2	30	85	0	85	58	6	1	33	1.32
245874--245927	23	2.3	23	96	3	99	61	0	0	38	0.96
245847--245951	53	2.0	53	82	0	129	56	4	1	37	1.32
245894--245984	30	3.1	30	80	10	118	61	1	1	36	1.10
246171--246223	17	3.1	18	75	8	56	41	0	0	58	0.98
246232--246280	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246584--246636	18	2.9	18	73	15	56	37	0	0	62	0.96
246823--246879	11	5.1	11	73	12	53	52	0	1	45	1.11
246862--246897	16	2.3	15	85	4	54	52	0	2	44	1.15
246888--246955	12	5.9	12	75	5	52	42	0	0	57	0.98
247096--247121	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
248186--248249	22	2.9	22	78	2	74	50	20	3	26	1.63
248546--248584	19	2.1	19	85	0	51	61	0	2	35	1.10
252225--252265	19	2.2	19	100	0	82	24	17	41	17	1.89
254577--254818	127	1.9	127	100	0	484	25	13	19	41	1.88
256175--256200	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
259338--259382	17	2.7	16	76	10	54	53	0	2	44	1.13
259334--259382	18	2.9	17	73	8	55	51	0	2	46	1.12
259327--259391	17	3.7	18	71	10	53	52	0	1	46	1.10
259555--259612	15	3.9	15	72	19	50	60	0	0	39	0.97
259916--260087	52	3.2	52	71	17	129	50	0	0	48	1.05
259966--260095	46	2.7	47	78	14	129	52	0	0	46	1.06
260052--260089	20	2.0	18	90	10	58	52	0	0	47	1.00
260369--260409	21	2.0	21	90	4	66	34	2	0	63	1.08
260843--260890	22	2.4	19	89	10	69	66	0	0	33	0.92
260843--260890	10	4.6	11	75	19	50	66	0	0	33	0.92
262266--262294	6	4.8	6	100	0	58	0	17	0	82	0.66
262430--262487	26	2.2	26	84	6	73	43	1	1	53	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262473--262543	16	4.6	16	72	20	53	38	0	0	61	0.96
262795--262868	27	2.8	26	70	13	69	39	0	5	55	1.23
264063--264111	25	2.0	25	84	11	66	46	2	0	51	1.12
264273--264314	17	2.3	18	84	12	59	73	2	0	23	0.94
266629--266711	14	5.6	14	66	14	51	61	0	0	38	0.96
266625--266671	13	3.8	12	78	13	51	65	0	0	34	0.93
266920--267018	15	6.5	15	67	7	58	61	2	0	36	1.07
266879--266952	23	3.2	22	73	9	58	64	4	0	31	1.12
266932--267015	31	2.7	31	94	1	143	57	2	0	40	1.12
266963--267018	10	5.5	10	78	4	67	62	0	0	37	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7