genome.fa.s186.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold186
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1043505

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1285--1323	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
3097--3153	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
3077--3177	32	3.1	32	95	1	175	34	10	17	36	1.85
3075--3172	19	5.8	18	70	28	81	33	11	17	37	1.85
3248--3428	52	3.5	52	96	0	326	35	17	19	28	1.94
7684--7739	20	2.8	20	89	2	78	30	16	12	41	1.85
7768--7821	20	2.7	21	82	5	67	35	14	16	33	1.90
8505--9165	52	12.8	52	78	6	531	32	16	25	26	1.96
8545--9113	156	3.7	155	87	4	690	31	16	25	26	1.96
12258--12292	16	2.1	17	89	5	54	2	20	0	77	0.90
12406--12448	20	2.2	20	83	4	52	4	11	2	81	0.93
12422--12461	20	2.0	20	85	9	55	7	7	2	82	0.92
14131--14183	20	2.6	20	85	8	72	32	13	11	43	1.79
16959--17002	20	2.1	21	95	4	81	38	9	13	38	1.77
16935--16998	33	1.9	33	84	6	85	40	9	15	34	1.80
17868--18398	101	5.4	99	86	3	610	33	18	24	23	1.97
18359--18835	39	11.0	40	70	19	293	27	19	27	26	1.99
18313--18747	87	5.0	87	89	1	658	28	19	25	26	1.99
18216--18736	174	2.9	172	86	4	691	29	19	26	25	1.98
18572--18885	48	6.9	48	76	13	322	27	19	27	25	1.99
18572--18885	136	2.3	135	91	1	495	27	19	27	25	1.99
18708--18881	87	2.0	87	94	2	305	26	19	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19022--19917	33	28.4	33	76	13	779	35	12	31	20	1.90
19042--19821	27	25.2	27	71	20	146	34	12	32	20	1.90
19205--19794	60	9.5	60	78	13	529	34	12	31	20	1.91
19022--19794	187	4.1	191	81	10	732	34	12	31	20	1.90
19069--19888	94	8.7	93	76	15	576	35	12	31	20	1.90
19447--19917	121	3.8	126	82	10	289	35	13	31	19	1.91
19892--20129	31	7.9	31	83	4	281	31	15	29	23	1.95
19892--20139	61	4.1	61	82	5	292	32	14	29	23	1.94
19905--20129	123	1.9	119	87	7	328	30	14	30	24	1.95
25007--25127	52	2.3	52	95	0	215	28	17	18	35	1.93
25007--25147	52	2.7	52	87	4	196	30	17	18	34	1.94
25136--25160	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
25226--25250	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
25204--25270	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
26213--26281	22	3.2	21	66	25	54	30	17	26	26	1.97
26147--27198	49	21.7	49	86	3	1497	29	18	26	25	1.98
26147--27198	384	2.7	384	94	1	1807	29	18	26	25	1.98
27198--27338	34	4.2	34	93	0	241	19	17	36	27	1.93
27198--27338	67	2.1	67	93	2	239	19	17	36	27	1.93
27320--28132	34	24.4	34	80	14	821	31	12	34	20	1.91
27341--28160	71	12.4	66	82	11	849	32	13	34	20	1.91
27321--28134	169	4.9	167	83	11	877	31	12	34	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27985--28098	27	4.0	26	71	21	93	28	14	34	22	1.94
27876--28132	61	4.0	62	82	9	281	32	13	33	21	1.91
29204--29239	12	3.1	11	92	8	54	2	11	0	86	0.68
36413--36533	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
36413--36553	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
36542--36566	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
36632--36656	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
36610--36676	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
40364--41149	401	2.0	401	93	0	1358	24	21	26	27	1.99
43819--44019	52	3.9	52	95	1	341	29	17	19	33	1.95
44008--44032	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
44095--44119	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
44177--44218	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
51478--52035	31	17.7	31	80	8	560	24	29	14	32	1.94
51468--52035	95	6.0	95	82	7	615	23	29	14	32	1.94
51478--52035	65	8.9	61	83	7	579	24	29	14	32	1.94
52070--52127	27	2.1	28	87	3	82	22	29	13	34	1.93
52048--52781	34	22.9	32	72	18	373	20	32	12	34	1.90
52048--52772	96	7.6	95	84	6	785	20	32	12	34	1.91
52453--52511	27	2.2	26	88	5	91	22	33	13	30	1.92
52604--52788	66	2.8	66	83	8	182	18	32	12	36	1.88
52037--52788	62	11.7	65	74	15	482	20	32	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52874--53166	39	7.0	39	78	11	244	26	27	20	25	1.99
52930--53459	49	11.4	48	74	9	299	24	27	19	28	1.98
52823--53087	136	1.9	136	90	0	422	25	26	18	28	1.98
52874--53267	214	1.8	215	86	3	567	26	27	19	25	1.99
53132--53370	101	2.4	98	81	4	266	24	26	18	30	1.98
53159--53452	150	2.0	148	83	6	371	23	27	18	30	1.97
60724--60749	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
64211--64260	10	5.0	10	76	9	57	84	12	2	2	0.80
65550--66064	31	16.4	31	81	9	533	24	28	14	32	1.95
65540--66064	96	5.5	93	82	8	596	24	28	14	32	1.94
66080--66647	34	17.5	33	76	10	449	19	31	13	35	1.91
66047--66205	61	2.6	62	85	4	214	20	32	12	35	1.90
66078--66626	95	5.7	96	75	13	439	19	30	13	35	1.91
66685--67410	48	15.6	48	71	15	395	25	26	18	29	1.98
66728--67116	39	9.0	39	77	13	188	27	26	18	27	1.98
66772--67410	49	13.6	49	73	13	418	25	26	18	29	1.98
66677--67038	184	2.0	183	87	1	528	26	26	18	29	1.98
66869--67068	87	2.3	86	87	4	294	26	27	19	27	1.99
67088--67410	150	2.2	148	83	6	395	23	27	18	30	1.97
71862--71926	33	2.0	33	84	6	87	32	12	21	33	1.90
73464--73499	16	2.2	16	90	0	54	13	16	11	58	1.63
73715--73753	20	1.9	21	94	5	71	53	0	12	33	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73789--73833	23	2.0	22	83	8	56	33	0	20	46	1.51
74540--74594	20	2.8	20	85	0	65	32	12	18	36	1.88
78359--78479	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
78359--78499	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
78488--78512	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
78552--78621	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
78577--78601	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
79652--79728	30	2.4	30	82	10	82	46	1	2	49	1.23
79716--79759	18	2.4	19	81	11	65	40	0	0	59	0.98
80041--80078	16	2.4	16	82	8	51	44	0	0	55	0.99
80056--80084	13	2.1	14	93	6	51	44	0	0	55	0.99
80303--80364	14	4.5	14	73	16	58	50	1	3	45	1.27
80650--80775	20	5.8	20	70	17	92	26	18	13	41	1.87
80757--80786	13	2.3	13	94	0	51	30	20	10	40	1.85
82017--82101	20	4.7	19	71	20	65	38	18	14	28	1.90
82018--82084	33	2.1	32	88	2	98	41	16	14	26	1.87
82555--82608	18	3.1	18	67	5	56	29	25	3	40	1.73
82540--82608	35	1.9	36	94	2	122	31	27	2	37	1.72
82600--82638	19	2.1	19	95	4	71	12	30	0	56	1.37
84480--84510	13	2.4	13	100	0	62	41	16	12	29	1.85
90432--90462	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
90412--90478	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92790--92915	51	2.5	51	81	5	173	31	23	7	38	1.82
92869--93199	79	4.2	79	85	4	411	26	25	14	32	1.94
94207--94262	17	3.3	17	74	16	53	62	0	0	37	0.95
96111--96138	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
96143--96172	2	15.0	2	92	0	51	50	46	3	0	1.18
96671--96712	18	2.3	18	100	0	84	28	0	16	54	1.42
100714--100856	71	2.0	71	100	0	286	26	13	26	32	1.94
103554--103591	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
104072--104171	49	2.0	49	98	0	191	23	14	36	27	1.93
109766--109844	38	2.2	35	80	13	88	54	2	2	40	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6