genome.fa.s186.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold186
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1043505

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  6  of  6  ( 709 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772708--772786	8	9.8	8	80	15	83	86	12	0	1	0.64
772708--772787	19	4.3	19	80	19	89	86	12	0	1	0.64
772709--772792	13	6.3	13	78	8	80	85	11	0	2	0.68
773874--774579	61	11.8	61	82	5	773	26	27	19	26	1.99
773874--774579	121	5.9	121	83	6	784	26	27	19	26	1.99
776495--776528	17	2.0	17	94	0	59	41	11	32	14	1.82
779950--780004	21	2.6	21	88	0	74	18	20	0	61	1.34
779958--780008	21	2.4	21	90	0	75	17	19	0	62	1.32
781531--781622	32	2.7	33	81	16	109	34	22	11	30	1.91
782065--782129	33	2.0	33	90	0	103	35	21	9	33	1.85
782064--782128	20	3.6	20	65	26	54	35	21	9	33	1.85
782098--782202	52	2.0	51	94	1	183	38	16	16	29	1.90
782373--782422	22	2.2	22	85	3	64	36	12	8	44	1.71
784126--784181	28	1.9	29	89	7	87	23	25	19	32	1.98
784077--784308	129	1.8	127	87	3	349	28	26	12	32	1.93
784154--784270	51	2.3	49	88	5	171	32	28	11	28	1.91
784252--784326	28	2.7	28	87	4	107	24	30	18	26	1.98
784204--784407	107	1.9	107	84	6	270	26	26	15	30	1.96
784280--784539	79	3.3	79	81	4	263	25	24	16	33	1.96
785710--785738	15	1.9	15	100	0	58	44	0	27	27	1.54
791815--791844	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
801767--801819	20	2.7	20	85	2	72	32	15	16	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802828--802998	52	3.2	51	69	18	139	23	24	13	38	1.91
802658--803069	220	1.9	218	84	1	554	24	22	14	38	1.91
802658--803057	110	3.6	110	84	1	498	24	23	14	38	1.92
803033--803364	52	6.4	52	83	3	366	24	20	16	37	1.93
812028--812078	20	2.5	21	80	3	59	43	5	15	35	1.71
815311--815367	20	2.8	20	100	0	114	40	10	19	29	1.85
828420--828469	20	2.5	20	84	12	75	36	16	8	40	1.77
828381--828516	71	1.9	70	89	1	209	30	17	9	41	1.81
830986--831110	20	5.8	20	68	20	72	29	16	12	41	1.85
830976--831141	50	3.5	50	73	16	172	27	18	12	41	1.86
831036--831112	20	3.8	20	81	6	102	32	15	11	40	1.84
832463--832488	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
841248--841301	20	2.6	21	77	11	58	25	12	18	42	1.86
841927--842017	39	2.3	39	79	11	105	32	21	6	38	1.80
843698--843738	21	1.9	22	90	5	66	51	4	17	26	1.65
848878--848942	33	2.0	33	87	6	96	27	15	16	40	1.89
848898--848923	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
854711--854737	14	1.9	14	100	0	54	81	18	0	0	0.69
855955--856198	28	8.7	29	81	10	260	29	31	15	23	1.96
856893--856976	20	3.7	20	71	27	69	28	15	13	42	1.84
858735--858799	32	2.0	33	87	3	96	40	18	16	24	1.91
861257--861297	13	3.2	13	92	0	64	46	14	9	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867495--867551	19	2.9	19	89	5	78	35	17	17	29	1.93
867536--867561	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
878186--878219	16	2.1	16	100	0	68	76	5	11	5	1.14
878905--878935	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
943085--943155	26	2.6	28	82	13	94	22	19	35	22	1.96
943270--943412	50	2.8	50	76	9	148	34	8	25	30	1.86
943480--943537	30	1.9	30	82	6	73	25	15	34	24	1.95
945884--945939	20	2.8	20	83	0	76	46	8	14	30	1.75
946655--947110	55	8.3	55	73	13	359	22	19	30	27	1.98
946648--947110	109	4.2	109	77	10	428	22	19	30	27	1.98
946967--947092	61	2.1	60	89	1	189	22	18	34	25	1.96
947134--947421	60	4.9	60	84	7	365	22	19	30	27	1.98
946873--947266	161	2.5	157	86	4	544	23	18	31	26	1.97
947133--947361	115	2.0	115	90	0	359	22	19	30	27	1.98
953837--953874	13	2.9	13	88	11	60	34	18	15	31	1.92
955938--955963	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
955920--955983	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
958183--958232	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
962279--962324	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
964714--964739	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
964696--964759	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
967612--967682	1	71.0	1	74	0	52	1	1	11	85	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
967613--967681	8	8.9	8	76	12	72	1	1	11	85	0.73
967602--967681	14	5.8	13	80	15	65	1	2	12	83	0.80
967596--967673	22	3.3	23	87	8	104	1	2	12	83	0.82
967581--967682	9	11.2	9	74	12	66	0	6	9	82	0.89
967597--967682	23	3.8	21	80	14	91	1	3	11	83	0.82
980098--980264	79	2.1	78	85	6	221	35	14	21	28	1.93
980220--980294	28	2.7	28	80	12	82	26	21	29	22	1.99
980162--980450	107	2.7	108	76	7	286	32	14	25	26	1.95
980386--980551	51	3.3	51	83	2	192	33	11	24	30	1.91
980489--980661	79	2.2	79	82	7	201	32	14	26	26	1.95
980614--980689	28	2.7	28	91	4	118	23	17	35	23	1.95
980536--980733	107	1.9	107	90	4	319	32	12	27	27	1.93
983073--983137	20	3.6	20	73	26	81	44	13	13	27	1.82
983091--983122	13	2.5	13	94	0	55	43	15	12	28	1.83
983519--991291	475	16.4	474	83	4	9029	31	18	14	35	1.91
992883--992964	33	2.5	33	80	7	87	48	0	37	13	1.42
992913--992992	42	1.9	42	84	0	106	47	0	40	12	1.41
997607--1000627	475	6.3	475	78	8	3036	32	18	14	35	1.91
1002884--1005782	966	3.0	967	99	0	5703	34	14	22	29	1.93
1006275--1006347	19	3.7	19	80	5	83	36	16	13	32	1.88
1006957--1007053	42	2.3	41	79	11	110	41	13	29	15	1.85
1007146--1008267	55	19.9	55	84	8	1225	23	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1007146--1008301	171	6.8	171	85	7	1246	24	20	27	27	1.99
1007617--1007758	28	5.1	28	61	16	80	25	21	26	26	1.99
1007645--1007730	27	3.1	27	62	15	68	25	20	27	25	1.99
1012496--1012558	32	2.0	32	87	6	92	30	14	14	41	1.85
1014599--1014641	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
1015083--1015121	13	3.0	13	92	0	69	35	15	15	33	1.89
1022373--1022507	52	2.6	53	79	8	159	33	8	26	31	1.87
1029555--1029603	13	4.2	13	70	24	54	34	16	16	32	1.91
1029555--1029623	34	2.1	32	89	10	104	33	15	15	34	1.90
1029703--1029727	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1029716--1029757	20	2.1	20	100	0	84	26	14	19	40	1.89
1030871--1030940	28	2.5	27	86	4	86	25	18	32	22	1.97
1030928--1031098	52	3.3	51	76	8	175	32	12	25	29	1.92
1031081--1031153	27	2.7	27	85	6	94	23	21	31	23	1.98
1030821--1031239	212	2.0	211	86	3	592	32	12	26	28	1.93
1033444--1033498	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
1033518--1033589	19	3.8	19	98	0	135	37	15	11	36	1.83
1033578--1033602	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1033663--1033716	21	2.6	21	96	0	99	37	20	9	33	1.84
1034399--1034923	55	9.3	55	85	8	609	23	20	28	27	1.99
1035838--1035915	18	4.4	17	76	12	68	1	12	3	82	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6

The End!