genome.fa.s186.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold186
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1043505

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109817--109868	22	2.3	23	90	6	79	53	1	0	44	1.11
113568--114329	156	4.9	155	80	4	712	39	20	16	23	1.92
113681--114329	314	2.1	312	81	2	748	39	20	16	23	1.92
113681--114340	157	4.2	157	80	6	617	39	21	16	23	1.92
116195--116568	165	2.3	165	81	6	438	50	7	10	32	1.64
116301--116726	167	2.6	164	79	9	438	50	6	11	31	1.64
126414--126488	33	2.3	33	92	0	123	21	24	20	34	1.96
126824--126870	25	1.9	25	82	4	60	48	2	19	29	1.60
127016--127068	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
127058--127082	13	1.9	13	100	0	50	40	16	20	24	1.91
127071--127120	20	2.5	20	86	0	64	34	16	16	34	1.90
128766--128861	48	2.0	48	100	0	192	25	29	8	37	1.85
130693--130731	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
132808--132838	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
136900--136924	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
136966--137038	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
136945--137021	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
136945--137038	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
138371--138411	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
144751--144775	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
144728--144795	33	2.1	33	91	2	111	32	13	17	36	1.89
144882--144931	20	2.5	20	86	0	64	34	16	16	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150844--150892	21	2.4	21	83	6	57	34	18	0	46	1.49
153202--153259	19	3.1	18	82	9	71	36	15	13	34	1.87
153290--153352	33	1.9	33	83	6	83	38	12	14	34	1.84
154274--154325	20	2.6	20	100	0	104	30	5	19	44	1.74
154403--154429	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
154414--154468	19	2.9	19	94	0	92	30	16	14	38	1.89
154497--154548	20	2.6	21	84	9	72	30	15	23	30	1.95
155340--155397	27	2.1	27	90	0	89	41	12	6	39	1.69
157443--157550	48	2.2	49	81	4	121	36	15	15	32	1.90
160744--160797	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
161353--161389	14	2.5	15	95	4	67	51	16	0	32	1.45
161384--161446	21	3.1	21	74	17	62	25	30	4	39	1.76
161597--161632	17	2.1	17	94	0	63	44	19	11	25	1.83
169315--169379	20	3.7	19	71	28	63	32	16	12	38	1.86
169334--169397	13	5.4	13	78	17	68	34	15	12	37	1.85
169315--169413	33	3.0	33	88	1	137	33	16	13	37	1.87
174169--174395	43	5.3	43	69	9	135	44	14	23	18	1.86
174169--174396	85	2.7	85	81	6	282	44	14	23	18	1.86
174583--174697	55	2.1	55	85	1	151	41	11	24	22	1.86
174647--174997	35	10.0	35	81	6	300	43	11	20	24	1.85
174561--174726	90	1.8	90	83	5	219	40	11	23	24	1.87
174650--174997	70	5.0	70	81	3	344	43	11	20	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174647--174997	141	2.5	140	80	5	377	43	11	20	24	1.85
174961--175071	30	3.7	29	74	15	75	40	9	24	26	1.84
177599--177647	21	2.4	21	80	10	57	48	20	10	20	1.78
179425--179469	21	2.2	20	82	17	58	22	15	17	44	1.86
182142--182193	21	2.5	21	75	9	54	46	9	13	30	1.75
182181--182249	20	3.4	20	74	4	75	28	11	13	46	1.78
182181--182236	21	2.7	21	83	2	60	30	10	12	46	1.76
182930--183350	61	7.2	60	70	13	227	38	11	24	25	1.89
183070--183830	52	14.0	52	69	16	303	39	13	22	24	1.90
183004--183830	113	7.5	113	82	6	831	39	13	22	24	1.90
183362--183679	61	5.6	60	74	14	294	39	13	22	24	1.90
183361--183725	112	3.2	113	89	2	538	39	13	22	24	1.90
183058--183685	329	1.9	330	88	1	954	39	12	23	24	1.89
183058--183830	329	2.3	327	83	5	907	39	13	22	24	1.90
183896--184793	32	28.2	31	79	5	764	20	17	30	31	1.95
183896--184793	63	14.1	64	81	5	878	20	17	30	31	1.95
183896--184794	350	2.6	352	82	4	1029	20	17	30	31	1.95
195336--195723	167	2.3	167	81	5	444	48	9	11	30	1.70
199887--200012	52	2.4	52	97	0	234	26	19	18	35	1.94
200022--200079	21	2.8	21	91	0	89	29	15	15	39	1.88
200097--200194	19	5.8	18	69	28	81	36	16	12	34	1.86
200092--200192	32	3.1	32	94	1	175	35	16	11	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200116--200172	13	3.9	13	72	24	51	33	15	14	36	1.88
200964--201139	49	3.6	49	81	0	208	30	21	23	24	1.99
200964--201159	98	2.0	96	85	3	259	32	20	23	23	1.98
201168--202000	30	28.7	29	85	5	987	18	15	33	31	1.93
201168--201997	58	14.3	58	85	6	1006	19	15	33	31	1.93
201168--201997	88	9.5	86	85	6	1030	19	15	33	31	1.93
203442--203492	10	5.0	10	81	11	59	0	3	9	86	0.70
203444--203479	17	2.1	17	100	0	72	0	0	11	88	0.50
203444--203489	17	2.7	17	90	6	58	0	4	8	86	0.68
210038--210413	78	4.8	78	83	4	422	30	20	10	38	1.87
210038--210413	155	2.4	155	82	5	465	30	20	10	38	1.87
210372--210439	28	2.5	28	85	7	86	29	29	10	30	1.90
210323--210519	106	1.9	105	85	1	277	28	24	10	36	1.88
210400--210570	79	2.2	79	81	7	188	27	24	10	37	1.88
213270--213641	155	2.4	155	78	5	351	38	22	15	24	1.92
213764--213788	11	2.3	11	100	0	50	32	0	16	52	1.44
216009--216447	218	2.0	218	99	0	860	24	22	19	33	1.97
218935--219281	155	2.2	155	83	4	425	40	22	14	23	1.90
227028--227063	13	2.8	13	91	0	54	36	16	8	38	1.79
232939--232967	13	2.2	13	100	0	58	48	13	13	24	1.79
247533--247616	19	4.7	19	73	18	81	32	9	19	39	1.83
247554--247621	32	2.1	32	88	0	100	32	8	19	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247659--247683	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
247692--247820	52	2.5	52	96	0	231	34	18	20	27	1.96
252181--252250	32	2.2	31	80	16	81	44	0	4	51	1.21
252190--252251	32	1.9	33	87	9	92	41	0	3	54	1.16
255872--255918	22	2.0	23	84	8	60	44	6	2	46	1.40
258730--258763	15	2.3	15	90	10	52	88	8	2	0	0.62
259730--259891	62	2.6	61	85	3	218	25	29	16	28	1.97
259902--260510	61	10.3	59	81	8	645	25	28	21	24	1.99
259902--260515	121	5.2	118	82	8	689	25	28	21	24	1.99
264462--264528	33	2.0	33	85	0	89	23	28	17	29	1.97
267311--267922	166	3.7	165	83	4	644	48	9	10	31	1.70
274241--274378	51	2.7	52	82	2	172	40	13	15	29	1.86
275105--275289	52	3.6	52	83	2	237	36	17	22	23	1.95
275838--275900	28	2.2	30	85	5	85	33	11	30	25	1.90
277328--277389	31	2.0	32	90	3	99	40	19	14	25	1.90
281434--281464	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
283543--283581	13	3.0	13	96	0	69	30	12	17	38	1.88
283702--283747	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
286126--286151	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
286108--286171	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
293072--293740	61	11.3	59	84	6	740	25	27	21	24	1.99
297692--297758	33	2.0	33	85	0	89	23	28	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300543--301100	166	3.4	164	84	3	622	48	9	10	32	1.68
300648--301100	166	2.7	166	87	2	626	49	9	9	32	1.66
300543--301183	166	3.9	163	81	6	614	48	9	10	31	1.71
307470--307607	51	2.7	52	82	2	172	40	13	15	29	1.86
308318--308498	52	3.5	52	82	3	222	35	17	23	23	1.95
314650--314680	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
316749--316774	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
316893--316938	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
326248--326916	61	11.3	59	84	6	722	25	28	21	24	1.99
330868--330934	33	2.0	33	85	0	89	23	28	17	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6