genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold190
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1396844

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127806--127896	39	2.3	40	81	9	114	37	4	23	35	1.75
128541--128566	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
128523--128586	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
130212--130246	3	11.7	3	93	0	61	31	0	2	65	1.07
136414--136443	15	2.0	15	93	0	51	53	3	0	43	1.17
136162--136493	168	2.0	168	90	0	529	42	10	7	39	1.68
141806--141934	52	2.5	52	88	0	204	28	15	19	36	1.92
142027--142103	19	4.4	19	75	18	85	40	15	10	33	1.81
142039--142101	32	2.0	32	93	0	108	34	15	12	36	1.86
147796--147995	57	3.5	58	81	6	198	27	12	15	46	1.80
150724--150754	15	2.1	15	100	0	62	38	0	45	16	1.47
154263--154292	11	2.7	11	89	0	51	80	0	0	20	0.72
154495--154542	22	2.2	22	84	0	60	68	12	4	14	1.34
154504--154543	11	3.6	11	86	0	53	72	12	2	12	1.22
154581--154628	24	2.0	24	95	0	87	52	10	8	29	1.65
156050--156116	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
156557--156631	21	3.5	22	79	15	95	34	10	22	32	1.89
156619--156649	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
156673--156809	53	2.6	53	94	1	238	26	17	18	37	1.93
156890--156930	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
157754--157859	56	1.9	56	86	3	151	46	17	10	25	1.80
161384--161440	20	2.8	20	97	0	105	42	10	17	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162375--163302	28	32.5	28	83	4	1023	24	17	29	28	1.97
162347--163302	57	16.7	57	84	5	1064	24	17	29	28	1.97
162369--163302	400	2.3	400	97	0	1780	24	17	29	28	1.97
164485--164537	24	2.2	24	86	6	72	1	1	11	84	0.77
164486--164538	15	3.5	15	80	10	63	1	1	13	83	0.82
178482--178556	20	3.8	20	78	0	78	38	13	14	33	1.85
179732--179782	20	2.5	20	87	0	66	35	7	15	41	1.76
180896--181004	54	2.0	54	92	0	182	39	10	10	40	1.73
181136--181226	39	2.4	37	87	3	119	54	13	2	29	1.50
181154--181237	39	2.2	39	86	2	116	54	14	4	26	1.59
186374--186437	13	5.4	13	73	21	68	37	12	15	34	1.85
186353--186450	33	3.0	33	93	3	162	37	14	14	33	1.86
186387--186453	20	3.7	20	74	25	85	37	16	14	31	1.89
196981--197037	16	3.6	16	72	9	53	12	14	40	33	1.83
196968--197040	32	2.3	32	97	0	137	10	16	38	34	1.84
196969--197025	19	3.3	19	63	27	54	10	17	36	35	1.84
196993--197043	16	3.2	16	72	10	59	7	13	41	37	1.74
197156--197242	31	2.8	31	84	6	106	24	17	39	19	1.92
197899--197944	10	4.6	10	80	15	51	23	2	0	73	0.94
198299--198350	20	2.5	20	78	3	50	30	15	13	40	1.86
199064--199176	53	2.2	51	82	6	129	41	14	19	24	1.88
202713--202775	19	3.6	19	72	24	75	41	15	14	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202731--202788	13	4.0	13	72	23	53	41	15	13	29	1.86
202713--202808	32	3.0	32	92	1	156	42	15	13	28	1.85
211742--211799	19	3.1	18	85	11	80	36	15	15	32	1.89
211713--211777	32	2.0	33	87	3	96	32	16	12	38	1.86
211743--211798	20	2.8	20	89	7	80	33	16	16	33	1.91
211843--211895	13	4.5	13	71	26	55	32	11	16	39	1.85
213033--213085	20	2.6	19	88	5	70	35	16	7	39	1.78
221248--221285	11	3.5	11	80	20	53	57	0	10	31	1.32
223310--223449	51	2.7	52	88	1	201	40	13	15	30	1.86
225662--225714	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
225646--225714	33	2.1	33	86	5	95	31	13	17	37	1.88
226813--226895	19	4.7	19	78	17	106	32	10	18	38	1.85
226814--226876	32	2.0	32	96	0	117	33	11	19	36	1.87
226833--226857	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
226981--227106	52	2.4	52	90	2	182	36	17	18	27	1.93
235538--235562	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
237443--237516	22	3.4	21	81	9	69	36	2	31	29	1.72
238000--238072	20	3.7	19	81	7	67	27	16	17	38	1.91
238101--238169	33	2.1	33	86	5	95	31	15	17	34	1.92
240003--240501	161	3.0	165	80	9	572	30	10	8	50	1.67
240010--240544	167	3.2	164	79	7	539	30	9	8	51	1.65
240874--240908	10	3.5	10	96	0	61	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250069--250367	130	2.3	130	81	7	331	34	12	25	27	1.92
250220--250338	51	2.3	51	89	0	184	31	11	26	30	1.92
250323--250398	28	2.7	30	90	8	115	25	17	34	23	1.96
250417--250457	18	2.3	18	91	0	64	39	2	31	26	1.70
250438--250702	79	3.4	79	84	0	314	34	13	25	26	1.93
253024--253049	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
253444--253469	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
253426--253489	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
255088--255129	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
255518--255682	84	2.0	84	82	7	201	52	3	18	24	1.61
257901--257986	43	2.0	43	97	0	163	32	11	24	31	1.91
260073--260141	34	2.0	34	100	0	138	37	20	24	17	1.93
260498--260663	42	3.9	42	81	7	208	38	16	25	19	1.92
260635--260955	61	5.4	62	79	7	291	26	20	26	25	1.99
260819--260955	55	2.5	56	82	2	195	24	18	26	29	1.98
260963--261151	61	3.1	61	84	3	238	27	17	30	24	1.97
260756--261559	217	3.7	214	82	7	839	25	19	29	25	1.99
261024--261326	156	1.9	155	86	4	432	26	19	30	24	1.98
261254--261552	55	5.3	54	88	7	386	22	21	28	28	1.99
261185--261552	171	2.1	168	85	9	487	23	20	29	26	1.99
261185--261552	116	3.2	116	85	9	504	23	20	29	26	1.99
262524--262587	18	3.4	19	77	10	69	0	4	9	85	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262524--262587	12	5.2	12	84	5	67	0	4	9	85	0.72
274372--274672	130	2.3	130	82	5	358	33	14	25	26	1.94
274526--274644	51	2.3	51	86	0	175	31	14	26	27	1.95
274616--274700	28	2.9	28	84	5	89	29	18	30	21	1.97
274629--274703	28	2.7	28	87	0	105	25	18	32	24	1.97
274686--274802	51	2.3	51	85	4	164	29	12	27	30	1.93
274497--274830	158	2.1	158	79	6	372	32	14	26	27	1.95
274738--275036	79	3.8	79	85	3	408	33	15	23	27	1.94
274738--275036	158	1.9	157	89	3	469	33	15	23	27	1.94
277001--277074	20	3.7	19	85	7	94	41	12	16	29	1.84
277505--277530	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
277486--277550	33	2.0	33	84	6	87	41	15	15	27	1.87
277583--277622	20	2.0	20	90	4	64	40	12	10	37	1.77
283707--283744	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
283856--283901	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
290152--291289	332	3.4	328	84	5	1387	52	9	11	26	1.68
290152--291297	167	6.9	164	83	7	1310	52	9	11	26	1.68
291804--291860	20	2.8	20	83	0	78	31	10	14	43	1.79
291723--291908	70	2.6	71	87	2	241	30	14	11	43	1.81
292341--292375	17	2.1	17	100	0	70	71	22	0	5	1.07
296255--296795	167	3.2	164	85	4	683	50	9	12	26	1.71
299790--299843	28	1.9	28	88	0	81	24	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299801--300317	79	6.6	80	80	4	496	27	23	14	34	1.93
299801--300319	158	3.3	157	82	3	603	27	23	14	34	1.93
299801--300284	237	2.0	237	83	3	598	27	23	14	34	1.93
299801--300369	237	2.4	235	80	6	567	28	23	13	34	1.92
313964--314010	21	2.2	22	88	3	69	6	21	0	72	1.07
313976--314013	12	3.2	12	85	10	51	2	23	0	73	0.95
314405--315011	166	3.6	166	76	14	546	50	8	12	28	1.69
314405--314943	165	3.2	166	77	12	471	50	7	12	28	1.68
885577--885702	28	4.5	28	82	10	136	24	16	30	28	1.97
885679--886202	36	14.6	36	69	14	197	23	16	25	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5