genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold190
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1396844

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5961--6054	28	3.4	27	78	11	91	27	21	26	24	1.99
6012--6165	79	1.9	79	81	5	186	33	14	22	29	1.94
8561--8590	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
8512--8640	62	2.1	63	92	1	215	40	14	17	27	1.88
8530--8637	30	3.5	30	70	13	103	40	15	16	26	1.89
9436--9557	45	2.9	41	78	13	129	45	13	23	18	1.84
9394--9557	86	1.9	87	84	1	222	43	12	25	17	1.85
9225--9551	41	7.7	42	71	13	195	40	12	25	21	1.88
9589--10013	62	6.9	61	81	5	471	30	20	24	24	1.98
9583--10013	124	3.5	123	86	4	539	31	19	24	24	1.98
9584--10018	186	2.4	185	86	2	597	31	19	24	24	1.98
11127--11180	1	54.0	1	81	0	63	0	0	9	90	0.45
11128--11180	9	5.9	9	86	8	81	0	0	9	90	0.45
11129--11180	19	2.9	17	89	10	86	0	0	9	90	0.46
11127--11179	27	1.9	28	96	3	99	0	0	9	90	0.45
17025--17081	13	3.9	13	72	24	51	36	12	17	33	1.87
17005--17102	32	3.0	32	93	1	169	35	11	17	35	1.85
17003--17100	19	5.8	18	71	28	90	34	11	17	36	1.85
17143--17167	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
17176--17252	32	2.4	32	97	0	145	31	20	22	25	1.98
24178--24210	17	1.9	17	93	0	57	87	9	3	0	0.63
24477--24553	21	3.7	20	81	16	77	85	5	5	3	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24477--24550	26	2.9	24	80	11	78	85	5	5	4	0.84
24477--24553	1	77.0	1	71	0	55	85	5	5	3	0.82
25542--26243	31	22.4	31	73	16	395	20	33	14	32	1.92
25622--25680	27	2.1	28	90	3	93	23	33	11	30	1.91
25648--26035	69	5.9	69	74	14	254	20	33	13	32	1.92
25622--25834	34	6.9	29	78	13	137	22	33	13	31	1.92
25819--25922	35	2.8	38	81	12	135	18	32	10	38	1.85
25579--26101	257	2.0	259	83	8	670	20	33	13	33	1.91
25884--26238	89	4.0	85	85	8	413	21	33	15	29	1.94
25884--26238	58	5.9	58	86	6	385	21	33	15	29	1.94
26253--26688	32	13.7	32	85	6	559	28	33	18	19	1.95
26246--26688	125	3.5	125	87	5	624	28	33	18	19	1.95
26694--27079	43	8.1	48	79	11	379	24	25	17	32	1.97
26684--27079	92	4.2	92	86	6	510	23	25	17	32	1.97
26921--27070	52	2.9	52	92	0	246	23	24	17	34	1.96
27971--27996	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
27952--28016	32	2.0	32	93	0	112	35	12	16	35	1.87
27931--28015	19	4.7	19	79	18	92	36	11	16	35	1.85
28057--28081	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
28090--28218	52	2.5	52	92	0	222	37	16	17	29	1.91
38926--39001	28	2.7	29	85	4	93	26	18	31	23	1.97
38984--39100	51	2.3	51	80	2	146	35	11	21	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39036--39239	79	2.6	79	85	1	275	35	11	23	29	1.89
42359--42674	28	11.3	28	86	2	384	25	31	18	24	1.97
42359--42720	84	4.3	84	83	3	386	26	31	18	24	1.97
58827--58966	52	2.7	52	92	0	226	42	12	14	30	1.82
59002--59075	20	3.6	20	81	7	69	31	17	12	39	1.86
61206--61231	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
61211--61725	154	3.3	151	80	7	497	39	17	16	26	1.90
61277--61707	155	2.8	153	79	8	478	39	17	16	26	1.90
61715--62445	364	2.0	364	97	0	1365	39	14	13	32	1.85
75463--75489	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
77371--77412	22	1.9	22	90	0	66	40	4	33	21	1.74
78000--78026	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
78010--78066	19	2.9	19	84	2	78	31	14	17	36	1.89
78096--78168	20	3.7	20	85	3	94	35	15	17	31	1.91
79370--79426	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
79471--79501	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
79455--79523	33	2.1	33	89	5	104	33	14	14	37	1.87
84893--84918	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
84957--85032	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
84978--85050	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
84957--85050	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
87506--87544	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87530--87608	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
89596--89626	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
93688--93713	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
93752--93827	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
93773--93845	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
93752--93845	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
95657--95681	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
97832--98049	32	6.8	32	88	6	316	16	19	34	28	1.94
97832--98051	98	2.3	96	88	3	336	17	19	34	28	1.94
97863--98082	98	2.2	99	84	7	263	20	18	33	28	1.96
98038--98442	35	12.3	34	84	5	333	34	12	31	21	1.91
97832--98099	130	2.0	130	84	6	308	22	18	32	26	1.97
98038--98295	103	2.5	103	87	6	380	36	10	32	19	1.87
98061--98447	68	5.9	64	79	10	302	34	13	31	21	1.92
98267--98442	93	1.9	92	89	3	273	30	15	28	25	1.96
99402--99427	12	2.2	12	100	0	52	0	0	15	84	0.62
99396--99464	30	2.3	30	87	7	97	0	10	8	81	0.89
99404--99465	16	4.0	16	79	10	67	0	8	11	80	0.90
99715--99776	9	7.1	9	82	17	78	0	0	12	87	0.55
99703--99777	24	3.3	23	81	9	73	0	1	13	85	0.67
99713--99767	28	2.0	29	85	7	78	0	0	14	85	0.60
99705--99777	37	2.0	37	83	5	94	0	1	13	84	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99720--99777	15	3.9	14	86	8	80	0	0	12	87	0.53
99718--99761	8	5.6	8	87	12	65	0	0	9	90	0.44
99717--99777	1	61.0	1	80	0	59	0	0	11	88	0.51
103466--103532	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
103999--104024	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
104063--104138	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
104084--104156	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
104063--104156	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
104799--105158	175	2.1	176	98	1	706	33	26	7	31	1.85
108226--108292	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
108758--108783	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
108822--108897	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
108843--108915	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
108822--108915	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
112665--112803	52	2.7	52	88	4	201	32	16	16	34	1.92
113627--113652	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
113607--113670	32	2.0	33	87	3	94	29	14	15	40	1.86
114590--114615	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
114570--114633	32	2.0	33	87	3	94	29	14	15	40	1.86
112879--115769	963	3.0	963	100	0	5782	33	16	17	31	1.93
115553--115578	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
115533--115596	32	2.0	33	87	3	94	29	14	15	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115980--116004	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
115961--116024	33	1.9	33	90	0	101	40	14	14	31	1.85
117539--117592	19	2.8	20	91	2	83	29	14	18	37	1.91
117637--117667	13	2.4	13	94	0	53	32	19	12	35	1.90
117621--117685	33	2.0	33	84	6	87	32	13	18	35	1.90
119738--119763	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
119720--119783	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
121983--122032	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
125931--125969	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
126081--126126	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71

Tables:   1   2   3   4   5