genome.fa.s190.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold190
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1396844

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885712--885880	73	2.3	71	82	6	196	24	15	26	33	1.95
885762--885916	73	2.1	72	80	4	168	25	15	25	33	1.95
885937--886064	68	1.9	67	88	1	193	23	17	23	35	1.95
885952--886242	68	4.2	67	77	7	201	21	15	27	35	1.94
888219--888311	44	2.1	44	95	0	168	31	8	23	36	1.85
890057--890082	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
890121--890196	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
890141--890214	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
890121--890214	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
892665--892703	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
892689--892767	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
892905--892936	8	4.0	8	100	0	64	62	25	0	12	1.30
896624--896668	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
898884--898909	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
898948--899023	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
898968--899041	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
898948--899041	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
902430--902522	44	2.1	44	95	0	168	30	8	23	37	1.85
907633--907678	24	1.9	24	86	8	67	17	17	17	47	1.83
917237--917266	8	3.6	8	91	8	51	90	0	10	0	0.47
917237--917266	9	3.4	9	95	4	53	90	0	10	0	0.47
917325--917388	28	2.3	29	81	8	87	12	14	9	64	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917325--917396	28	2.6	28	79	0	81	12	16	8	62	1.53
918390--918428	19	2.1	19	100	0	78	53	10	15	20	1.70
923306--923383	28	2.8	28	82	5	86	46	25	12	15	1.81
923692--924779	52	21.0	50	77	7	695	25	24	16	33	1.95
923692--924783	104	10.5	104	75	6	802	25	24	16	33	1.95
925637--925681	23	2.0	23	100	0	90	17	35	24	22	1.95
931795--931835	21	2.0	21	90	4	66	43	9	14	31	1.78
935048--935150	29	3.7	29	79	7	131	41	15	19	23	1.89
935801--936309	42	12.1	42	72	8	336	34	18	28	18	1.94
935801--936309	84	6.1	84	83	2	472	34	18	28	18	1.94
935801--936306	126	4.0	126	74	5	403	34	18	28	17	1.94
937664--937693	8	3.8	8	95	0	51	6	10	0	83	0.81
937674--937719	23	2.0	24	83	12	60	13	8	2	76	1.11
941903--941941	21	1.9	20	94	5	69	74	17	5	2	1.12
942876--943419	141	3.8	140	79	10	589	37	10	10	40	1.75
943257--943290	11	3.1	11	86	0	50	70	5	0	23	1.09
943117--943417	151	2.0	151	84	2	399	40	10	9	39	1.73
943279--943525	129	1.9	130	83	4	320	33	11	11	43	1.77
943933--944304	156	2.4	156	83	0	413	27	14	18	39	1.89
947364--947388	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
949133--949689	160	3.5	158	75	9	429	32	16	12	38	1.86
957172--957226	20	2.8	20	80	0	65	41	14	10	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
957133--957269	70	1.9	71	86	1	195	43	11	16	29	1.83
957209--957290	24	3.3	24	69	29	73	45	9	18	26	1.80
958276--958478	102	2.0	99	83	2	253	33	12	24	29	1.92
963144--963274	52	2.5	51	80	6	138	32	13	26	26	1.94
979597--979735	28	5.0	28	80	2	136	33	25	16	24	1.96
979596--979734	56	2.5	56	83	1	163	33	25	16	24	1.96
979725--979869	34	4.3	34	71	8	118	20	31	10	37	1.86
979860--980001	43	3.2	43	80	11	176	25	26	18	30	1.98
979866--980135	49	5.8	46	70	17	175	26	24	17	30	1.97
980860--980915	19	2.8	19	83	5	67	41	12	17	28	1.86
980960--980984	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
988802--988848	22	2.1	23	92	4	78	27	21	8	42	1.81
996815--996871	20	2.8	20	75	0	69	40	12	12	35	1.80
997532--997586	26	2.1	26	100	0	110	32	30	18	18	1.95
1004584--1004622	13	3.0	13	96	0	69	35	15	15	33	1.89
1006701--1006731	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1008536--1008580	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1015855--1015880	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1015835--1015898	32	2.0	33	87	9	96	28	14	15	42	1.86
1031264--1031318	21	2.7	21	88	8	78	23	16	12	47	1.81
1033666--1033764	50	1.9	52	86	10	141	32	25	10	32	1.89
1033656--1034048	51	7.6	51	70	10	206	30	26	10	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1033882--1034048	52	3.2	51	80	5	201	31	26	8	32	1.87
1034062--1034296	79	3.0	79	78	5	260	25	27	14	31	1.95
1035733--1035803	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
1035786--1035871	34	2.5	34	92	0	145	32	17	20	29	1.96
1035914--1035944	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
1035978--1036003	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1036473--1036539	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1038048--1038101	20	2.7	20	88	5	74	35	16	16	31	1.92
1040048--1054212	472	30.0	473	84	2	17134	35	13	19	30	1.91
1042197--1053730	159	73.0	159	65	11	2085	35	14	19	30	1.91
1057131--1057223	46	2.0	46	95	0	168	39	9	23	26	1.86
1059000--1059075	12	6.9	11	74	15	52	40	1	47	10	1.46
1058999--1059108	42	2.6	42	89	0	166	41	1	46	10	1.48
1064022--1065855	474	3.9	476	87	2	2566	35	14	18	31	1.91
1064166--1065848	158	10.6	155	66	12	528	35	14	18	31	1.91
1066073--1066231	71	2.2	71	96	0	291	32	18	18	30	1.95
1066234--1066260	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1066244--1066300	19	2.9	19	84	2	78	29	15	19	35	1.93
1066329--1066397	33	2.1	33	89	5	104	33	11	17	37	1.86
1066356--1066395	20	2.0	20	95	0	71	37	10	15	37	1.80
1067076--1068112	159	6.6	158	68	12	507	37	13	18	30	1.89
1068184--1072588	158	27.9	158	65	11	683	36	14	18	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1067075--1074771	476	16.2	476	85	3	8560	37	13	18	30	1.90
1069379--1073944	159	28.8	159	65	13	573	36	13	18	30	1.90
1074340--1075170	438	1.9	429	82	6	1021	38	12	18	30	1.87
1075201--1084201	473	19.0	472	85	2	11311	35	13	19	30	1.91
1075201--1084201	948	9.5	946	86	2	11394	35	13	19	30	1.91
1075424--1084135	159	55.2	157	65	13	993	35	14	19	30	1.91
1083987--1084401	221	1.9	221	84	4	568	34	13	21	29	1.92
1084207--1085826	474	3.4	474	84	3	2031	35	13	19	31	1.91
1088752--1088844	46	2.0	46	93	0	159	38	9	24	26	1.86
1090590--1090665	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1090589--1090674	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1090580--1090698	42	2.8	42	90	0	184	42	2	47	8	1.47
1095441--1095472	16	2.0	16	93	0	55	12	25	21	40	1.88
1095983--1096007	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1096074--1096103	13	2.2	14	94	5	53	40	16	13	30	1.87
1096059--1096123	33	2.0	33	84	6	87	38	12	16	32	1.86
1100723--1100956	118	2.0	118	86	0	324	36	16	17	29	1.92
1100838--1102247	473	3.0	470	85	3	1925	36	14	18	30	1.90
1100919--1102180	158	8.0	158	66	12	457	36	14	18	30	1.90
1103863--1103994	42	3.1	42	86	2	185	45	1	43	9	1.44
1103887--1103953	21	3.2	21	70	16	66	44	2	41	10	1.54
1103938--1103987	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1113442--1113549	21	5.3	18	66	30	58	10	48	1	39	1.48
1113445--1113563	42	2.8	42	93	0	202	9	46	1	42	1.46
1113478--1113553	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1115670--1120324	474	9.8	475	87	2	6341	36	14	18	30	1.91
1115673--1120324	950	4.9	948	87	2	6531	36	14	18	30	1.91
1115714--1120317	158	29.1	155	65	16	957	36	14	18	31	1.91
1120542--1120700	71	2.2	71	97	0	300	32	20	18	28	1.96
1120703--1120729	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1120778--1120846	33	2.1	33	86	5	95	31	11	18	37	1.87
1122546--1125553	158	18.9	156	65	13	551	36	14	18	31	1.90

Tables:   1   2   3   4   5