genome.fa.s197.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold197
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  573162

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122727--122789	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
122746--122770	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
122832--122857	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
122812--122878	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
125384--125554	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
125537--125618	28	2.9	28	83	7	105	25	31	15	26	1.96
128071--128116	13	3.6	12	82	11	56	78	17	4	0	0.91
129336--129569	31	7.3	32	77	12	205	22	29	13	34	1.92
129351--129622	31	8.4	33	76	14	187	23	29	13	33	1.93
129336--129568	62	3.7	62	80	12	258	22	29	13	34	1.93
129336--129594	64	4.0	64	79	11	271	22	29	13	33	1.93
129413--129623	34	6.4	33	75	13	120	22	30	13	33	1.92
129729--130763	49	22.1	49	77	11	988	25	25	18	31	1.97
129780--129858	39	2.0	39	92	0	131	27	25	21	25	1.99
129718--130751	92	11.1	90	87	6	949	25	25	18	31	1.98
129729--130754	184	5.5	186	85	7	1214	25	25	18	31	1.97
130557--130763	102	2.1	98	88	4	306	24	25	16	33	1.96
131516--131571	21	2.7	21	94	0	94	37	12	16	33	1.86
131609--131679	32	2.2	32	92	0	115	33	14	16	35	1.89
131628--131652	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
131724--131748	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
131737--131880	52	2.9	49	83	11	184	33	19	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141707--141755	21	2.4	21	80	10	57	38	4	0	57	1.18
156009--156056	6	7.8	6	81	4	60	37	2	60	0	1.09
158262--158310	21	2.3	22	85	3	64	32	8	14	44	1.74
162715--162863	52	2.9	52	88	0	226	31	16	18	34	1.93
162852--162876	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
162938--162962	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
163721--164102	52	7.9	49	76	15	377	30	19	27	22	1.98
163722--164099	95	4.0	95	94	1	634	30	19	27	22	1.98
164148--164304	28	5.4	28	90	3	188	20	17	28	33	1.95
164122--164304	56	3.2	57	86	7	228	21	16	27	33	1.95
164122--164494	30	12.5	30	79	9	223	25	15	28	30	1.96
164278--164368	35	2.6	34	79	5	94	37	12	29	20	1.89
165932--166000	6	12.5	6	73	19	53	0	1	13	85	0.66
165932--166000	21	3.2	21	85	6	93	0	1	13	85	0.66
165932--166002	15	4.8	15	81	13	85	0	1	14	84	0.69
177893--177917	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
180629--180930	152	2.0	152	85	5	414	37	20	19	22	1.94
182931--182972	13	3.2	13	83	9	50	73	2	2	21	1.06
182931--182972	18	2.4	18	80	11	52	73	2	2	21	1.06
183246--183971	166	4.4	163	79	6	719	50	7	11	30	1.67
183246--183964	331	2.2	327	80	7	772	50	7	11	30	1.67
185155--185845	84	8.2	85	73	9	350	33	13	31	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185174--185793	168	3.7	166	81	4	631	33	14	31	21	1.93
185895--186141	44	5.6	44	75	5	212	40	16	22	20	1.91
185895--186142	88	2.8	87	78	4	246	40	16	22	20	1.91
185893--186168	132	2.1	132	89	2	421	39	16	23	20	1.91
185968--186164	44	4.5	45	72	18	164	41	16	23	18	1.89
186171--186364	60	3.2	60	78	5	212	43	12	22	21	1.85
186192--186418	30	7.6	30	70	12	117	42	12	21	22	1.87
186171--186420	120	2.1	120	84	0	329	43	12	22	22	1.86
186233--186418	60	3.1	59	78	6	203	41	12	22	23	1.88
186603--186855	90	2.8	89	82	7	289	29	15	27	27	1.96
187738--187975	117	2.0	118	95	2	435	33	13	23	30	1.93
188695--188743	26	2.0	24	88	8	71	6	18	0	75	1.00
189148--189172	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
197492--197896	32	12.7	32	98	0	774	35	18	12	33	1.88
199437--199505	20	3.5	20	82	4	86	30	17	15	36	1.91
201058--201172	16	7.2	16	75	10	101	41	26	17	13	1.87
201065--201173	48	2.3	48	79	6	123	42	28	16	12	1.85
204123--204153	4	7.8	4	92	0	53	3	19	0	77	0.90
207023--207107	41	2.1	41	95	0	152	55	5	16	22	1.62
207381--207405	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
207361--207423	33	1.9	33	87	12	94	30	17	15	36	1.91
208782--208855	37	2.0	37	100	0	148	27	16	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210995--211156	84	1.9	84	81	7	195	24	20	3	51	1.61
213242--213267	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
213357--213412	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
213400--213430	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
213454--213590	53	2.6	53	89	1	211	27	14	18	40	1.89
213560--213630	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
213670--213710	21	2.0	21	85	9	57	39	7	12	41	1.70
216832--216866	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
218528--218578	19	2.6	20	87	3	68	41	11	11	35	1.78
218568--218593	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
219234--219274	2	20.5	2	89	0	64	53	0	0	46	1.00
220114--220156	14	2.9	15	75	3	52	37	2	11	48	1.52
220632--220691	23	2.6	23	84	10	70	41	0	1	56	1.09
220651--220692	16	2.6	17	77	11	52	40	0	0	59	0.97
222080--222121	18	2.3	19	91	4	68	40	0	0	59	0.97
222344--222387	21	2.1	21	91	0	70	43	6	0	50	1.29
223015--223041	7	3.9	7	100	0	54	14	14	40	29	1.86
223177--223209	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
224664--224698	18	2.0	17	94	5	61	34	0	0	65	0.93
225391--225435	23	2.0	23	86	8	65	37	0	2	60	1.09
225384--225450	25	2.7	25	80	13	68	40	0	1	58	1.07
225859--225889	1	31.0	1	93	0	53	0	3	0	96	0.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225962--226030	20	3.5	20	76	7	61	39	0	2	57	1.13
226263--226312	17	3.1	17	74	25	54	44	0	2	54	1.11
226260--226324	32	2.0	33	81	3	78	47	0	1	50	1.10
226751--226786	2	18.5	2	94	5	65	0	50	0	50	1.00
228073--228133	19	3.2	18	78	17	61	37	1	1	59	1.17
228787--228837	25	2.0	25	88	0	75	60	9	1	27	1.39
229915--229958	13	3.3	14	84	9	56	65	0	0	34	0.93
230727--230774	17	2.7	19	78	12	57	60	6	0	33	1.22
230953--231015	16	3.9	16	73	19	60	55	0	0	44	0.99
230950--231007	27	2.1	27	84	9	73	53	0	0	46	1.00
233939--233989	20	2.5	20	84	6	68	37	17	11	33	1.86
234017--234090	20	3.8	19	84	8	87	37	17	13	31	1.89
234681--234727	24	2.0	24	95	0	85	34	23	10	31	1.89
234678--234732	24	2.4	22	82	11	74	38	20	9	32	1.84
236757--237169	79	5.3	78	81	8	473	34	13	25	26	1.93
236767--237170	152	2.6	154	83	3	508	33	13	25	27	1.93
239378--239477	42	2.4	39	79	12	110	42	11	28	19	1.85
239494--239586	42	2.2	42	86	3	125	40	15	24	19	1.90
239570--240154	55	10.3	55	82	8	642	25	20	26	27	1.99
239570--240159	171	3.5	169	82	9	735	25	20	26	27	1.99
239562--240155	226	2.6	227	87	2	831	25	20	26	27	1.99
240075--240162	26	3.3	26	65	9	61	27	20	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241248--241315	1	68.0	1	73	0	55	4	1	7	86	0.74
241249--241315	20	3.5	19	78	19	68	4	1	7	86	0.75
241255--241314	33	1.9	33	86	10	90	5	0	8	86	0.69
241249--241316	17	4.0	17	83	9	68	5	1	7	85	0.80
241255--241304	24	2.1	25	92	7	86	4	0	8	88	0.64
250294--250370	20	3.9	19	76	6	73	33	12	12	40	1.82
250294--250371	40	2.0	39	84	2	102	33	12	14	39	1.84
251279--251334	22	2.5	23	94	5	105	17	10	8	62	1.52
251287--251341	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
253869--253981	51	2.2	52	82	4	131	37	12	22	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5