genome.fa.s197.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold197
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  573162

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  3  of  5  ( 502 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253915--254405	79	6.2	79	87	2	664	34	13	24	28	1.93
253915--254408	237	2.1	236	88	3	733	34	13	24	28	1.93
254364--254431	26	2.5	26	85	4	82	22	14	33	29	1.94
254232--254588	184	1.9	183	91	1	581	33	13	24	29	1.93
254160--254665	263	1.9	262	85	2	694	33	13	24	27	1.93
254312--254514	105	1.9	106	88	3	311	31	12	25	31	1.93
254390--254750	79	4.6	78	83	4	458	32	14	25	26	1.95
254416--254749	157	2.1	158	87	3	478	33	14	25	26	1.95
254702--254777	27	2.8	28	81	2	91	23	21	32	22	1.98
256020--256101	41	2.0	41	100	0	164	14	21	12	51	1.75
256249--256291	13	3.3	13	81	12	52	23	0	6	69	1.12
256716--256819	42	2.5	41	81	10	122	44	11	27	16	1.82
256867--256969	45	2.4	43	85	12	124	37	14	25	22	1.92
256952--257328	61	6.3	61	80	9	440	27	19	26	25	1.99
256953--257306	121	2.9	121	89	2	534	28	19	25	25	1.99
257254--257428	94	1.9	94	88	7	266	23	20	30	25	1.98
257347--257604	55	4.4	56	82	10	288	24	19	28	27	1.99
257347--257573	116	2.0	110	85	6	303	23	19	28	27	1.99
258555--258619	23	2.8	23	81	6	60	3	6	9	81	0.96
258580--258619	8	4.9	8	87	12	55	2	0	10	87	0.63
258591--258619	15	1.9	15	100	0	58	0	0	10	89	0.48
263455--263521	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263475--263499	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
263564--263588	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
263597--263721	52	2.4	52	93	0	214	36	18	16	28	1.93
270618--270663	19	2.4	20	86	13	62	84	15	0	0	0.62
270900--270931	16	2.0	16	93	0	55	84	9	6	0	0.78
271885--271997	31	3.7	30	83	8	147	25	29	17	27	1.98
271885--272037	32	4.9	31	80	10	152	24	29	15	30	1.96
271884--272020	62	2.2	63	85	3	188	25	29	15	29	1.96
271915--272622	66	11.0	62	77	11	237	19	34	13	32	1.91
272107--272490	33	12.2	27	80	11	120	19	36	13	31	1.90
271981--272749	162	4.8	161	90	4	1058	19	34	13	32	1.90
271919--272749	195	4.3	197	84	8	909	19	34	13	32	1.91
272626--272685	27	2.2	27	87	0	84	18	38	15	28	1.91
272001--272749	357	2.1	351	90	5	1168	18	34	13	32	1.90
272790--273966	49	24.8	49	79	9	1201	25	24	17	32	1.97
272785--273904	92	11.9	92	87	6	1435	25	25	17	32	1.97
272790--273904	141	7.9	141	83	7	1236	25	24	17	32	1.97
274840--274906	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
274860--274884	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
274982--275106	52	2.4	52	93	0	214	36	18	16	28	1.93
285917--286052	51	2.6	50	78	6	139	35	13	22	27	1.93
285993--286288	79	3.7	79	94	0	513	32	14	25	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286273--286342	27	2.6	28	90	6	117	21	14	35	28	1.92
286060--286551	263	1.9	263	90	0	795	33	13	25	28	1.93
286323--286662	79	4.3	78	87	3	466	35	14	22	27	1.93
286139--286472	184	1.8	184	88	0	515	33	12	24	29	1.93
285992--286683	342	2.0	343	88	0	1028	33	14	24	27	1.94
286989--287063	1	75.0	1	75	0	69	88	8	0	4	0.64
287000--287063	30	2.2	30	88	5	96	87	9	0	3	0.64
287303--287339	16	2.2	17	90	4	58	86	8	5	0	0.70
288327--289081	35	21.8	35	84	6	907	21	33	11	33	1.89
289092--289155	33	1.9	33	93	0	110	29	32	18	18	1.95
289155--290361	49	24.6	49	74	14	713	25	26	17	30	1.97
289609--290375	49	16.1	45	81	10	717	24	26	17	31	1.97
289601--290428	95	8.6	98	89	6	1024	24	26	17	31	1.97
290092--290362	92	2.9	92	95	1	470	25	24	18	31	1.97
290686--290750	33	2.0	33	87	0	94	35	13	13	36	1.85
290794--290818	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
290827--290947	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
295361--295389	12	2.3	13	94	5	51	27	0	3	68	1.05
299846--300255	79	5.2	78	79	6	425	33	14	24	27	1.94
299846--300254	155	2.6	155	82	6	495	33	14	24	27	1.94
302217--302246	8	3.8	8	100	0	60	23	13	26	36	1.92
304347--304405	22	2.7	22	100	0	118	35	15	18	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304592--304654	19	3.6	19	76	24	84	34	12	17	34	1.88
304609--304633	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
304592--304652	32	1.9	32	100	0	122	34	13	18	34	1.89
304696--304720	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
304729--304859	52	2.5	52	89	0	208	35	19	16	29	1.93
312943--312996	20	2.7	20	88	5	74	37	18	14	29	1.91
313023--313060	20	1.9	20	100	0	76	31	15	13	39	1.86
315712--315781	34	2.1	34	91	0	113	25	18	8	47	1.77
316023--316068	23	2.0	23	100	0	92	39	13	17	30	1.87
316215--316264	21	2.4	21	80	6	57	34	14	18	34	1.90
318209--318250	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
323163--323192	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
324888--324917	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
331032--331103	25	2.9	25	83	6	85	62	0	1	36	1.04
332154--332213	24	2.5	25	79	20	74	40	0	0	60	0.97
332143--332215	19	3.7	19	75	21	78	38	0	0	61	0.96
332133--332225	41	2.2	42	83	12	120	39	1	1	58	1.13
332154--332220	24	2.9	21	75	24	55	37	1	0	61	1.05
332225--332288	27	2.3	28	84	13	87	56	0	0	43	0.99
332227--332288	26	2.3	27	84	15	85	54	0	0	45	0.99
332610--332891	110	2.5	113	83	9	333	53	2	2	42	1.26
332864--332917	23	2.4	23	84	3	65	62	5	3	27	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
333224--333577	119	2.9	117	81	13	396	42	3	1	52	1.28
333257--333628	119	3.0	122	78	12	277	42	3	1	52	1.28
334171--334381	89	2.3	90	87	5	300	42	7	18	32	1.77
334307--334546	70	3.4	69	92	1	390	42	9	16	30	1.80
334307--334584	70	4.0	69	87	5	382	43	8	16	31	1.78
339689--339807	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
339722--339797	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
339713--339798	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
339704--339774	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
344969--345331	125	2.9	121	84	9	443	53	1	3	41	1.28
345627--345680	22	2.4	22	84	9	65	27	3	5	62	1.34
345627--345702	23	3.3	23	77	15	75	31	2	3	61	1.28
345628--345703	22	3.3	22	75	14	64	32	2	3	60	1.29
345671--345719	22	2.1	23	85	7	64	44	0	0	55	0.99
346108--346148	14	2.9	14	79	13	57	53	0	0	46	1.00
346099--346169	28	2.6	28	80	12	78	59	2	0	38	1.12
346108--346156	14	3.5	13	79	20	55	57	2	0	40	1.10
346304--346341	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
346714--346741	6	4.7	6	100	0	56	17	0	0	82	0.68
347030--347073	22	2.0	22	82	13	54	50	0	11	38	1.39
347434--347471	16	2.4	16	90	0	58	63	0	5	31	1.17
347711--347745	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347935--347974	21	1.9	21	85	10	55	50	0	2	47	1.14
348094--348118	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
348748--348816	15	4.5	15	80	7	50	30	2	8	57	1.43
348750--348794	15	2.9	15	86	3	54	33	2	8	55	1.43
350104--350170	9	6.9	9	77	19	55	16	4	4	74	1.14
354949--355080	52	2.5	52	100	0	264	27	17	18	37	1.93
355118--355183	32	2.0	33	94	2	116	37	16	12	33	1.86
355139--355163	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
359124--359148	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
359966--359998	12	2.8	12	86	4	50	69	0	3	27	1.03

Tables:   1   2   3   4   5