genome.fa.s197.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold197
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  573162

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  1  of  5  ( 502 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6683--6766	30	2.8	30	82	5	91	34	0	2	63	1.08
6809--6849	21	1.9	21	85	14	57	51	7	0	41	1.30
14407--14450	8	5.5	8	84	10	54	79	4	2	13	0.98
14407--14450	16	2.8	15	86	10	61	79	4	2	13	0.98
14407--14460	9	6.5	8	79	14	56	79	3	1	14	0.95
14413--14459	16	2.8	16	87	6	67	80	4	2	12	0.94
14463--14582	64	1.9	64	92	0	204	37	20	18	24	1.94
15409--15483	20	3.8	19	91	3	114	26	16	13	44	1.84
17788--17953	51	3.2	52	82	6	180	31	25	10	33	1.89
17889--18110	78	2.8	77	85	5	275	28	24	13	32	1.93
18048--18165	51	2.3	51	81	5	148	30	27	11	29	1.92
18148--18221	28	2.6	28	85	10	98	22	31	21	24	1.99
18205--18318	51	2.2	51	88	0	174	28	24	14	32	1.94
18019--18313	158	1.9	158	79	5	337	27	25	14	32	1.95
18177--18508	130	2.5	129	77	6	364	27	23	13	36	1.92
26673--26726	19	2.8	19	91	2	81	38	11	12	37	1.79
27640--27694	19	2.8	20	86	8	69	78	9	9	3	1.08
27891--27924	13	2.6	14	90	9	54	79	11	8	0	0.94
28871--28996	66	1.9	65	83	4	164	26	29	16	26	1.97
28937--29088	29	5.2	28	74	15	112	30	27	17	25	1.97
28883--29240	155	2.3	154	81	4	409	29	28	16	25	1.97
29090--30958	28	65.8	28	75	11	1017	28	29	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30197--30271	29	2.6	28	79	4	87	21	36	13	29	1.91
30242--30368	33	3.9	33	84	5	150	22	28	12	36	1.91
30256--30490	66	3.8	63	75	11	207	23	27	11	37	1.89
30252--30385	33	4.1	33	83	4	128	23	27	11	36	1.90
30432--30520	29	3.0	29	81	6	108	24	30	12	32	1.92
30434--30520	30	2.9	30	83	6	106	25	29	12	32	1.93
30405--30517	59	1.9	57	82	10	138	25	30	10	33	1.90
30524--30881	111	3.2	112	79	5	411	28	29	18	22	1.98
30860--30907	24	2.0	24	91	0	78	31	20	20	27	1.98
30974--31176	29	6.7	31	75	11	156	23	32	10	33	1.89
30961--31178	61	3.6	59	72	16	171	24	31	10	33	1.89
31184--31317	62	2.2	62	82	2	153	31	29	21	17	1.97
31177--31341	31	5.3	29	76	9	123	33	30	20	16	1.94
32154--32200	8	5.8	8	85	5	58	78	4	2	14	0.99
32147--32208	25	2.5	24	78	5	70	75	4	1	17	1.05
32154--32208	17	3.3	17	82	12	78	78	5	1	14	1.02
33845--34048	33	6.3	33	85	7	219	19	30	13	36	1.90
33852--33939	31	2.9	31	89	5	117	23	30	15	29	1.96
33920--35451	34	45.8	33	81	7	1300	18	31	12	37	1.88
35448--35544	49	2.0	49	86	8	135	23	24	17	34	1.96
35442--35569	49	2.8	43	75	15	132	23	25	19	32	1.98
35609--35640	15	2.1	16	94	5	57	31	18	9	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36036--36111	19	4.0	19	100	0	152	36	15	15	31	1.90
36777--36810	15	2.3	15	89	0	50	32	26	0	41	1.56
36798--36962	31	5.3	31	73	7	122	23	27	13	35	1.92
36799--36951	61	2.5	62	81	8	186	24	27	14	33	1.94
36800--37793	34	30.1	32	77	10	314	20	30	12	36	1.90
36916--37793	34	26.3	33	80	7	688	19	31	12	36	1.89
37983--38061	39	2.0	39	87	0	113	29	29	20	21	1.98
37807--38064	137	1.8	141	84	4	353	25	26	18	29	1.98
44770--44824	18	3.0	19	78	7	60	58	0	0	41	0.98
45085--45185	43	2.3	44	88	5	152	28	15	7	47	1.74
47125--47168	2	22.0	2	90	9	72	50	0	2	47	1.13
47610--47687	39	2.0	39	94	0	138	26	16	14	42	1.86
52606--52641	16	2.3	16	90	4	56	27	2	11	58	1.46
52922--52946	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
53544--53587	22	2.0	23	86	4	63	25	0	4	70	1.06
53544--53599	23	2.4	22	82	11	58	25	0	8	66	1.21
54374--54444	24	3.0	24	72	0	61	73	5	0	21	1.04
55785--55844	30	2.0	30	100	0	120	53	6	0	40	1.27
55785--55864	30	2.7	30	90	7	110	52	5	0	42	1.23
57851--57899	17	2.9	17	81	3	64	81	0	18	0	0.69
57852--57919	12	6.0	12	71	10	54	77	0	19	2	0.89
57847--57901	18	3.3	17	87	7	78	83	0	16	0	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57848--57900	15	3.2	16	84	12	72	83	0	16	0	0.66
63674--63778	31	3.3	32	82	5	142	32	27	17	22	1.96
69253--69332	34	2.5	31	75	13	81	17	31	17	33	1.93
69259--69714	29	15.2	30	76	8	270	23	29	13	33	1.93
69276--69661	120	3.2	121	75	7	288	23	29	12	34	1.92
69337--69732	90	4.4	88	75	8	347	25	29	12	32	1.92
69700--70059	31	11.5	32	73	11	214	31	32	16	19	1.94
69709--70059	64	5.6	62	75	9	293	31	31	17	19	1.95
69709--69880	91	1.9	91	83	4	222	31	34	17	16	1.93
69740--69861	60	2.0	60	87	0	172	33	35	14	16	1.89
69723--70059	95	3.6	95	78	9	275	32	31	16	19	1.94
70126--70378	52	4.9	52	76	4	190	26	24	13	35	1.93
70123--70356	104	2.2	103	78	4	245	25	23	14	36	1.92
70870--70944	20	3.8	20	76	0	78	37	13	9	40	1.77
70870--70947	40	2.0	39	84	2	102	37	12	10	39	1.78
70961--71034	20	3.7	20	100	0	148	39	10	14	35	1.82
70859--71034	91	1.9	91	82	6	223	34	13	11	40	1.81
79404--80691	59	22.6	54	81	8	524	27	32	17	23	1.96
79404--79821	82	5.1	81	87	2	489	24	33	15	26	1.95
79404--81110	28	59.8	28	85	5	1768	27	32	17	22	1.97
79687--81110	145	9.9	144	86	6	1816	27	32	18	21	1.97
79614--81054	435	3.3	432	91	2	2197	27	32	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81740--81814	20	3.8	20	76	0	78	37	13	9	40	1.77
81740--81817	40	2.0	39	84	2	102	37	12	10	39	1.78
85532--85556	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
87621--87671	20	2.5	20	93	0	84	11	21	37	29	1.89
90745--90796	21	2.5	21	69	12	52	32	17	21	28	1.96
90843--90867	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
90823--90888	32	2.0	33	88	2	98	34	12	13	39	1.82
90929--90953	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
90962--91090	52	2.5	52	92	0	204	35	17	17	30	1.92
100695--100741	19	2.3	20	89	7	69	42	8	19	29	1.80
100839--100983	52	2.8	52	89	0	218	28	15	13	41	1.86
104532--104574	11	4.1	11	79	11	54	37	0	0	62	0.95
105134--105184	26	2.0	26	84	0	66	39	0	0	60	0.97
105505--105556	23	2.4	21	87	12	70	30	1	0	67	1.02
105514--105556	12	3.7	12	79	17	54	32	2	0	65	1.06
105668--105715	18	2.6	18	76	6	51	54	27	18	0	1.44
106198--106244	24	1.9	25	87	12	71	53	0	0	46	1.00
106633--106720	27	3.4	25	77	12	79	69	0	1	29	0.96
106637--106720	13	6.3	13	72	14	55	67	0	1	30	0.98
107053--107091	2	19.5	2	89	0	60	2	46	0	51	1.14
113427--113518	28	3.2	28	73	10	78	59	0	1	39	1.04
113449--113505	23	2.6	23	86	8	84	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113470--113516	18	2.7	17	78	12	51	63	0	0	36	0.94
115415--115454	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
116752--116808	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
116765--116826	13	3.7	18	75	22	71	35	12	16	35	1.87
116750--116833	32	2.7	31	92	3	141	35	13	14	36	1.85
116912--117040	52	2.5	52	96	0	240	34	17	18	28	1.94
122571--122599	14	2.0	15	93	6	51	75	0	6	17	1.01
122574--122614	8	5.1	8	85	8	57	85	0	2	12	0.70
122613--122669	21	2.7	21	91	0	96	35	10	17	36	1.84
122725--122792	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5