genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold201
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  841227

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3--1326	27	48.8	26	76	8	1017	28	15	30	25	1.95
199--403	78	2.6	79	79	6	189	30	15	28	25	1.96
3--1326	82	16.3	81	78	5	1031	28	15	30	25	1.95
21--1266	325	3.8	325	78	7	595	28	14	30	25	1.95
3--1326	54	24.4	54	77	7	1130	28	15	30	25	1.95
1346--3802	27	89.9	27	75	10	938	26	31	14	28	1.95
1344--3829	54	46.0	53	78	8	2092	26	31	14	28	1.95
1335--3829	81	30.8	80	78	7	2044	26	31	14	28	1.95
2269--2397	69	1.9	69	87	6	190	28	25	13	32	1.93
3758--3831	27	2.7	27	87	0	103	24	33	17	24	1.96
5023--5141	29	4.3	26	86	7	78	25	32	11	30	1.91
4981--7199	27	81.3	27	76	6	1775	25	29	14	29	1.95
8471--8534	33	1.9	33	84	6	85	32	14	15	37	1.87
10540--10593	20	2.7	20	94	2	90	29	20	11	38	1.87
11330--11549	78	2.8	78	82	4	273	35	12	25	27	1.92
11330--11557	79	2.9	78	82	3	280	35	11	25	27	1.91
12449--12501	20	2.7	20	93	0	88	35	20	13	30	1.91
12490--12514	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
13766--13805	21	1.9	21	89	0	62	35	17	15	32	1.91
15793--15853	18	3.2	18	76	23	63	29	11	14	44	1.81
15577--16251	228	3.0	228	98	0	1296	39	12	15	32	1.85
16021--16081	18	3.2	18	76	23	63	29	11	14	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21742--21768	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
21817--21880	33	2.0	32	87	9	94	39	15	15	29	1.89
24468--24512	20	2.2	21	92	4	74	31	17	11	40	1.85
25193--25245	12	4.5	12	79	6	56	75	1	16	5	1.08
25425--25449	12	2.1	12	100	0	50	0	0	8	92	0.40
25930--25962	10	3.4	10	87	8	50	18	9	12	60	1.57
25901--25956	28	2.0	28	85	0	76	17	7	14	60	1.55
25934--26497	58	9.7	57	75	9	322	25	12	17	45	1.82
25982--26200	59	3.7	59	78	4	210	24	11	15	48	1.78
25949--26329	117	3.3	114	78	6	302	24	11	17	46	1.81
28477--28677	79	2.6	78	81	2	215	29	16	28	25	1.97
28629--28700	28	2.6	28	84	10	94	23	18	34	23	1.96
28555--28754	107	1.9	108	83	5	262	30	15	27	27	1.96
28688--28909	52	4.3	51	81	5	248	32	12	25	29	1.92
28841--28991	82	1.9	79	84	4	203	29	14	27	29	1.95
28928--29046	51	2.3	53	85	7	154	33	11	21	32	1.90
28789--29042	133	1.9	131	84	4	341	31	13	25	29	1.94
32383--32502	52	2.3	52	95	0	213	28	17	19	35	1.94
32383--32522	52	2.7	52	86	4	185	29	17	20	33	1.95
32511--32535	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
32576--32642	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
32598--32622	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35045--35070	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
35024--35090	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
35110--35177	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
35132--35156	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
35113--35175	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
35232--35289	21	2.8	21	97	0	107	36	20	12	31	1.89
38934--39006	20	3.7	19	87	7	85	28	15	17	38	1.90
39036--39100	33	2.0	33	85	11	89	33	15	16	33	1.91
40357--40408	27	2.0	27	84	3	70	34	15	21	28	1.94
42724--42862	51	2.7	51	86	1	179	43	11	14	30	1.81
42898--42971	20	3.6	20	79	3	76	35	18	8	37	1.81
43999--44075	21	3.7	21	77	3	75	16	10	32	40	1.83
44105--44178	22	3.4	22	79	7	80	35	10	12	41	1.77
44428--44511	22	3.8	22	80	9	64	34	8	13	44	1.73
45621--45677	22	2.6	22	80	0	69	50	14	7	28	1.68
45861--45891	8	3.9	8	91	0	53	74	3	0	22	0.96
45886--46245	51	7.2	49	76	13	260	38	1	7	52	1.39
45903--46168	140	1.9	143	86	7	382	36	2	7	53	1.42
46044--46253	53	4.0	52	83	7	237	38	1	6	53	1.36
46044--46253	107	2.0	106	85	8	286	38	1	6	53	1.36
46044--46245	54	3.9	52	85	6	248	38	1	6	53	1.37
47175--47201	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47374--47415	2	21.0	2	95	0	75	0	47	2	50	1.14
48386--48414	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
50335--50367	14	2.3	15	89	5	50	45	0	3	51	1.16
53897--53928	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
55122--55165	11	4.1	11	85	5	63	31	2	0	65	1.05
55118--55165	21	2.4	20	86	6	62	31	2	0	66	1.03
55240--55277	17	2.2	17	90	4	58	31	0	0	68	0.90
56050--56087	20	1.9	20	89	10	60	44	13	2	39	1.57
58777--58868	45	2.0	45	100	0	184	40	29	8	21	1.83
59265--59321	11	5.3	11	78	17	57	7	28	1	63	1.30
59260--59321	22	2.9	22	75	20	67	6	27	1	64	1.27
64151--64186	11	3.1	11	92	8	54	8	33	0	58	1.28
66278--66529	78	3.2	78	75	5	274	32	16	17	34	1.92
66493--66568	38	2.0	38	94	0	134	28	21	21	28	1.98
66752--67033	57	4.9	57	72	9	153	46	10	12	30	1.75
68324--68369	17	2.8	16	83	9	56	39	0	8	52	1.33
68696--68742	23	2.0	24	87	4	69	59	6	2	31	1.34
74957--75049	30	3.1	30	88	0	141	27	24	15	32	1.95
77365--77556	96	2.0	94	91	6	307	36	13	23	26	1.91
79888--79925	20	1.9	20	94	0	67	34	7	10	47	1.67
80652--80774	61	2.0	61	90	0	192	37	10	24	27	1.88
80883--81119	52	4.6	52	79	4	266	39	14	21	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80901--81119	103	2.1	104	89	2	334	37	15	22	25	1.93
81290--81541	34	7.8	34	76	13	214	30	13	34	21	1.92
81326--81555	32	7.4	30	74	13	139	30	14	34	20	1.93
81304--81555	63	4.0	62	75	14	198	30	13	34	21	1.92
81290--81555	95	2.8	95	89	0	415	30	13	34	20	1.92
83000--83037	12	3.1	12	88	3	58	0	2	10	86	0.66
92440--92572	72	1.9	71	87	1	194	27	13	12	47	1.78
93436--93489	22	2.5	22	100	0	108	18	9	9	62	1.51
103538--103591	9	5.8	9	88	4	72	85	11	1	1	0.76
104818--105724	28	31.7	28	85	4	1141	29	30	17	22	1.97
104818--105719	200	4.5	200	90	2	1323	29	30	17	22	1.97
104818--105724	228	4.0	226	89	3	1280	29	30	17	22	1.97
106473--106625	40	3.5	40	71	17	126	31	15	11	41	1.82
106473--106538	20	3.3	20	83	8	98	30	18	12	39	1.87
106556--106677	20	5.6	20	72	19	82	29	13	10	46	1.76
106473--106677	91	2.3	91	87	0	302	30	15	10	43	1.80
111667--111888	95	2.4	90	78	9	241	35	12	24	27	1.91
113988--114021	13	2.7	13	90	4	52	41	11	14	32	1.82
116219--116265	21	2.3	21	82	13	62	42	19	17	21	1.89
117113--117242	53	2.5	52	94	2	233	28	17	17	36	1.93
117251--117275	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
117339--117393	13	3.8	13	75	25	56	34	18	12	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117318--117380	19	3.6	19	70	24	66	38	17	11	33	1.85
117313--117413	32	3.1	32	92	1	157	34	18	11	34	1.88
117733--117758	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
118571--118640	35	2.0	35	88	2	106	34	24	5	35	1.79
124543--124595	20	2.7	20	88	2	72	32	11	16	39	1.85
124648--124672	13	1.9	13	100	0	50	32	20	8	40	1.81
130633--130678	21	2.2	21	88	7	67	23	2	26	47	1.63
133351--133400	19	2.5	20	90	3	75	32	12	18	38	1.87
133434--133486	20	2.7	20	88	5	72	33	13	18	33	1.90
136972--137348	31	12.0	31	72	13	220	25	20	13	40	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6