genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold201
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  841227

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137001--137075	30	2.4	32	80	8	84	20	22	12	45	1.83
136972--137348	62	6.0	62	73	10	257	25	20	13	40	1.89
137238--137442	31	6.7	30	78	8	119	25	17	15	41	1.88
136966--137446	62	7.6	62	72	9	208	24	20	13	41	1.89
137078--137363	152	1.9	154	82	3	371	27	19	13	39	1.89
137056--137406	152	2.3	153	79	6	359	26	19	14	40	1.89
137083--137407	93	3.5	90	75	7	221	27	18	14	39	1.89
138510--138841	148	2.2	147	85	2	441	35	18	19	25	1.95
141232--141274	19	2.2	20	84	12	54	60	2	0	37	1.10
141227--141274	19	2.4	19	80	13	53	58	4	0	37	1.18
141455--141497	19	2.2	20	84	12	54	60	2	0	37	1.10
141450--141497	19	2.4	19	80	13	53	58	4	0	37	1.18
141115--141564	223	2.0	223	99	0	882	50	7	9	32	1.63
142844--143009	45	3.7	45	82	2	201	40	16	22	19	1.91
143184--143490	45	6.8	45	72	12	193	42	20	18	19	1.90
143293--143707	46	9.2	46	65	12	142	40	17	20	20	1.91
143228--143717	91	5.4	91	81	3	472	40	18	20	20	1.91
143181--143490	135	2.3	135	79	9	321	42	20	18	19	1.89
143363--143707	46	7.6	44	69	14	157	39	18	21	20	1.93
143228--143708	182	2.7	179	80	4	529	40	18	20	20	1.92
143677--143788	46	2.4	48	79	7	122	42	15	23	18	1.88
145131--145181	17	3.0	16	83	16	59	0	13	3	82	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145135--145169	14	2.4	15	85	4	54	0	14	0	85	0.59
145537--145579	13	3.2	13	80	9	50	0	13	2	83	0.74
146740--147001	79	3.3	79	84	5	316	35	12	23	28	1.92
146926--147053	51	2.4	52	80	12	145	38	9	23	28	1.86
146854--147095	132	1.8	130	84	5	326	35	11	25	28	1.91
149787--149880	42	2.2	42	83	7	109	50	12	20	17	1.78
149805--149995	42	4.5	42	84	2	195	40	14	22	22	1.90
156371--156493	48	2.5	48	81	6	140	30	10	26	31	1.90
156419--156677	80	3.3	78	77	9	249	34	11	25	28	1.91
156461--156713	80	3.2	79	78	11	268	35	11	24	28	1.91
158563--158637	20	3.8	20	85	3	116	32	16	16	36	1.90
158562--158637	39	1.9	39	97	0	143	31	17	15	35	1.91
164803--164841	20	1.9	21	94	5	71	35	15	17	30	1.91
166773--166816	22	2.0	22	95	0	79	34	4	22	38	1.75
166777--166825	22	2.3	22	82	3	55	38	6	26	28	1.80
167034--167075	21	2.0	21	100	0	84	38	14	4	42	1.66
167325--167483	71	2.2	71	96	0	291	32	20	15	31	1.94
167467--167558	19	4.7	19	89	5	114	29	16	15	39	1.89
167467--167558	39	2.4	39	85	7	116	29	16	15	39	1.89
167524--167663	63	2.2	63	84	2	183	32	19	14	33	1.92
172294--172345	19	2.7	19	90	3	77	25	17	15	42	1.88
172294--172366	20	3.7	19	87	3	83	27	15	17	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172313--172366	19	2.8	19	88	2	72	29	12	18	38	1.88
172411--172441	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
178594--178658	20	3.6	20	67	26	63	32	20	12	35	1.89
178594--178671	33	2.4	33	91	0	129	33	19	11	35	1.88
178649--178673	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
178794--178860	20	3.2	20	91	8	100	31	20	0	47	1.51
181181--181207	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
181191--181247	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
188000--188024	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
188033--188161	52	2.5	52	93	0	222	34	16	17	31	1.92
191630--191954	31	10.3	31	75	9	235	23	17	14	44	1.85
191631--191848	92	2.4	92	80	7	253	24	17	14	44	1.86
191780--191972	35	5.8	33	76	10	128	23	18	13	44	1.86
191630--191949	66	5.0	65	77	10	236	23	17	14	44	1.85
191908--191984	35	2.2	35	85	0	100	28	20	7	42	1.80
196609--196661	20	2.7	20	90	0	88	35	11	15	37	1.83
196723--196747	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
196700--196767	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
196799--196851	20	2.6	20	82	8	63	30	16	15	37	1.90
196839--196863	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
198858--198899	20	2.0	21	90	4	68	4	28	47	19	1.69
199162--199202	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199166--199212	21	2.3	20	82	10	51	42	4	19	34	1.70
199334--199372	13	3.0	13	84	0	60	35	15	17	30	1.91
201446--201486	15	2.7	15	84	3	55	17	19	17	46	1.85
205551--205575	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
205528--205595	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
205627--205679	20	2.6	20	82	8	63	30	16	15	37	1.90
205667--205691	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
206079--206329	28	8.5	28	76	13	200	23	15	29	30	1.96
206189--206601	28	14.1	29	78	8	304	24	14	29	30	1.95
206189--206601	57	7.1	57	79	9	404	24	14	29	30	1.95
206092--206264	94	1.8	94	87	1	256	26	16	28	28	1.97
206186--206597	86	4.7	87	77	10	356	23	14	29	31	1.95
206362--206571	58	3.7	56	78	8	226	23	14	30	31	1.94
209055--209253	80	2.5	79	80	2	193	31	16	27	24	1.96
209209--209282	28	2.6	28	85	10	98	22	20	33	22	1.97
211146--211174	10	3.0	10	95	5	51	0	0	20	79	0.74
211708--211733	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
211687--211753	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
211771--211842	19	4.2	17	74	25	80	38	12	11	37	1.79
211795--211819	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
211776--211838	32	2.0	32	93	0	108	36	14	12	36	1.84
211895--211952	21	2.8	21	94	0	98	41	18	6	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216446--216484	19	2.1	19	95	0	69	25	12	23	38	1.90
226022--226183	40	4.1	40	74	9	143	30	16	14	37	1.89
226224--226269	18	2.4	19	85	7	67	52	8	8	30	1.62
226246--226348	39	2.8	34	73	18	91	43	6	8	40	1.62
226239--226328	39	2.2	40	86	7	130	44	5	8	41	1.59
226191--226305	59	2.0	59	89	5	180	46	7	9	35	1.65
231825--231872	25	1.9	25	91	8	80	79	0	8	12	0.94
231820--231896	11	6.9	11	70	14	50	74	0	12	12	1.09
231850--231896	10	4.7	10	79	7	51	76	0	14	8	1.01
231857--231896	11	3.7	11	83	6	55	72	0	17	10	1.11
233815--233854	13	3.1	13	96	0	71	30	20	15	35	1.93
234323--234389	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
235482--235523	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
237592--237616	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
239371--239410	13	3.1	13	96	0	71	30	20	15	35	1.93
239879--239945	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
240965--241499	167	3.3	165	82	5	561	31	10	8	49	1.67
241636--241680	21	2.1	21	87	0	63	31	4	0	64	1.13
241843--241896	21	2.5	23	76	8	60	68	3	12	14	1.34
247662--247967	166	1.8	166	84	2	418	42	20	10	26	1.85
249628--249667	21	1.9	21	94	0	71	32	0	2	65	1.06
249614--249678	20	3.2	19	80	8	67	29	1	1	67	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250300--250405	56	1.9	55	88	7	162	43	7	15	33	1.74
250597--250663	3	22.3	3	100	0	134	32	0	0	67	0.91
253484--253543	17	3.3	17	67	24	50	18	10	15	56	1.66
253488--253555	21	3.5	20	67	22	54	17	11	13	57	1.65
253471--253549	38	2.1	38	92	0	131	17	11	15	55	1.68
258070--258519	166	2.7	166	83	4	543	34	10	13	42	1.78
258095--258593	166	3.0	161	77	11	481	33	10	13	42	1.79
262506--262546	18	2.3	18	95	0	73	46	24	2	26	1.65
262755--262805	23	2.3	22	80	12	61	58	0	0	41	0.98
264624--264669	19	2.4	20	79	17	53	2	21	0	76	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6