genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold201
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  841227

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717496--717681	30	6.5	28	79	6	194	32	32	16	18	1.93
717490--717696	86	2.4	85	78	8	249	30	31	15	21	1.94
717496--717681	58	3.2	57	87	3	275	32	32	16	18	1.93
717669--717752	30	2.7	31	88	5	116	22	32	14	30	1.94
717843--717980	43	3.1	43	85	6	186	24	26	19	29	1.98
717753--718247	49	10.0	49	81	8	356	25	27	15	31	1.96
717753--718078	92	3.4	92	87	7	399	25	26	16	31	1.97
717894--718385	56	9.3	55	77	9	411	24	26	14	33	1.94
717945--718350	52	7.6	52	77	8	336	24	26	14	33	1.94
717943--718385	108	4.1	108	91	1	680	24	27	14	34	1.94
718833--718883	19	2.7	19	96	0	93	31	11	17	39	1.86
718936--718960	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
718969--719097	52	2.5	52	94	0	240	34	18	18	28	1.95
726128--726168	20	2.0	21	85	4	57	39	17	12	31	1.86
726709--726748	19	2.0	20	85	4	55	25	15	17	42	1.88
727351--727416	35	1.9	34	87	3	96	31	13	24	30	1.94
728083--728133	20	2.9	16	75	25	50	70	7	13	7	1.32
731781--731906	52	2.4	52	90	0	207	27	17	17	37	1.92
731950--732033	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
731958--732020	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
731950--732035	32	2.7	32	96	0	163	37	17	12	32	1.88
733093--733154	21	2.9	22	74	13	65	32	20	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732907--733214	87	3.4	89	78	4	325	31	19	24	25	1.98
733129--733227	50	2.0	51	85	2	137	33	12	25	29	1.92
733244--733338	29	3.3	29	81	10	106	16	15	32	34	1.91
733244--733361	29	4.2	29	81	8	102	19	15	33	31	1.93
733285--733371	27	3.1	27	85	3	102	24	17	34	24	1.96
733339--733601	34	7.7	34	89	3	386	36	11	32	19	1.87
733339--733605	69	3.9	68	90	3	385	36	11	32	19	1.88
733614--733724	30	3.8	30	84	5	120	20	17	29	32	1.95
733579--733724	28	5.0	30	79	8	158	23	15	30	30	1.95
737479--737575	20	4.8	21	71	17	89	41	13	15	29	1.85
737502--737594	40	2.3	41	96	1	170	39	12	17	30	1.87
737633--737658	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
741720--741750	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
743604--743635	8	4.0	8	100	0	64	12	0	25	62	1.30
743772--743851	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
743837--743875	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
745719--745811	48	1.9	48	100	0	186	37	8	27	25	1.85
746342--746438	20	4.8	21	71	17	89	41	13	15	29	1.85
746365--746457	40	2.3	41	96	1	170	39	12	17	30	1.87
746496--746521	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
751608--751732	52	2.4	52	95	1	234	26	18	19	36	1.94
751741--751765	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751818--751880	19	3.7	18	72	24	64	36	19	11	33	1.87
751810--751895	32	2.7	32	92	0	145	38	18	10	32	1.85
754804--754858	21	2.5	22	85	11	69	50	0	1	47	1.11
754929--754965	18	2.1	18	94	0	65	59	0	0	40	0.97
756144--756186	10	4.2	10	78	3	50	48	2	2	46	1.27
756140--756204	20	3.3	19	77	14	78	50	3	1	44	1.26
759588--759627	8	4.7	9	87	12	50	47	10	2	40	1.50
759585--759619	8	4.4	8	96	0	61	51	8	0	40	1.33
760420--760467	15	3.4	14	82	11	53	18	4	2	75	1.07
764638--764691	20	2.7	20	88	0	81	38	14	11	35	1.82
764720--764775	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
764741--764803	32	1.9	33	87	3	92	44	11	15	28	1.81
772677--772726	13	4.3	13	72	27	58	40	18	12	30	1.86
774383--774482	34	2.9	34	96	0	182	46	11	13	30	1.77
780618--780651	16	2.1	16	94	0	59	35	8	17	38	1.81
781849--781928	29	2.8	28	83	9	117	18	5	11	65	1.43
783650--784021	166	2.2	168	81	6	443	30	9	11	47	1.72
784555--784583	12	2.5	12	94	5	51	86	0	13	0	0.58
786209--786467	143	1.8	143	81	1	322	23	18	20	36	1.95
786408--787086	155	4.4	155	76	5	559	24	15	20	39	1.92
786322--786811	155	3.2	153	78	5	500	23	14	20	40	1.90
786322--786947	309	2.0	310	82	3	760	24	15	20	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790601--790654	15	3.8	13	73	21	54	75	0	12	11	1.04
790607--790656	15	3.2	16	76	18	61	76	0	12	12	1.04
790579--790656	31	2.6	31	84	6	99	78	0	12	8	0.97
797042--797107	19	3.8	19	69	22	72	37	19	10	31	1.86
797304--797328	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
797799--797865	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
798115--798627	49	10.9	49	83	6	587	31	17	25	25	1.97
798115--798627	92	5.5	92	80	11	474	31	17	25	25	1.97
798115--798581	141	3.3	141	91	0	747	31	17	25	25	1.97
798416--798483	22	3.1	21	66	26	52	30	17	25	26	1.97
798627--798726	33	3.0	33	86	0	137	20	17	32	31	1.95
798800--799123	27	10.7	27	77	14	180	30	14	33	20	1.93
798729--798979	61	4.1	61	94	0	430	33	13	33	19	1.92
798942--799045	35	3.0	35	91	0	163	37	12	33	16	1.86
798881--799070	97	2.0	97	87	2	274	34	13	32	18	1.90
799039--799124	29	3.0	29	91	0	136	26	13	34	24	1.93
799026--799247	31	7.5	30	79	7	156	27	14	31	25	1.95
799019--799247	61	3.8	60	76	10	177	27	15	31	25	1.96
800466--800505	18	2.2	18	100	0	80	17	12	20	50	1.78
800552--800610	21	2.8	22	79	7	68	8	3	10	77	1.08
800560--800612	22	2.3	23	87	3	72	5	1	11	81	0.94
800559--800613	23	2.4	24	81	9	69	5	1	10	81	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800576--800624	22	2.2	22	77	0	53	10	4	8	77	1.10
807557--807654	19	5.8	19	71	26	85	35	15	12	36	1.85
807578--807634	13	3.9	13	74	24	51	33	15	14	36	1.88
807559--807653	32	3.0	32	95	0	172	34	15	12	36	1.86
808689--808738	20	2.4	21	83	9	68	30	18	12	40	1.86
808665--808738	21	3.6	20	80	7	69	31	17	13	37	1.89
809063--809277	112	1.9	113	80	5	249	33	14	14	36	1.88
810104--810356	89	2.8	90	78	10	304	29	28	13	28	1.94
810929--811337	43	9.6	43	68	8	190	20	33	11	34	1.88
810906--811018	43	2.7	42	72	8	111	19	35	11	33	1.88
811108--811334	42	5.3	41	67	11	116	19	32	12	35	1.89
810903--811337	85	5.1	85	77	6	371	19	33	11	35	1.88
810903--811337	170	2.6	170	81	4	518	19	33	11	35	1.88
811278--811400	63	2.0	63	85	3	167	21	36	9	32	1.86
811341--811744	85	4.8	85	80	7	396	19	32	12	35	1.89
811483--811629	43	3.5	42	72	10	129	19	32	13	34	1.91
811341--811744	170	2.4	165	83	4	481	19	32	12	35	1.89
811752--811964	83	2.5	84	77	8	213	17	38	12	31	1.88
811763--812084	85	3.8	84	76	8	287	17	34	13	34	1.90
812367--812651	42	6.7	43	74	6	206	17	30	15	35	1.92
812322--812691	169	2.2	170	81	4	444	18	29	14	36	1.91
811465--812618	42	27.3	42	69	7	438	18	32	13	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812309--812651	85	4.0	85	81	4	338	18	31	14	36	1.91
812367--812684	85	3.8	85	81	2	347	17	29	15	37	1.91
813730--814155	167	2.5	166	78	6	416	30	12	8	48	1.71
813876--814237	166	2.2	167	77	6	376	31	10	9	48	1.69
816375--817321	154	6.1	154	74	9	572	24	19	19	37	1.94
821910--821960	20	2.6	20	90	3	77	25	13	17	43	1.86
824322--824368	21	2.3	20	78	10	51	42	4	19	34	1.70
824490--824528	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
824515--824593	20	3.7	20	73	18	68	40	15	16	27	1.88
828477--828514	19	2.0	20	94	5	69	36	10	10	42	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6