genome.fa.s226.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold226
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1170647

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134820--134853	2	16.5	2	93	6	59	47	2	0	50	1.16
141029--141106	35	2.2	35	88	0	111	38	10	10	41	1.73
141868--141892	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
145746--145781	16	2.2	17	90	5	56	52	0	0	47	1.00
146638--146679	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
149373--149415	2	22.0	2	90	4	70	51	2	0	46	1.13
149516--149604	35	2.5	36	73	12	85	48	0	0	51	1.00
155873--155907	14	2.4	15	85	9	54	57	0	0	42	0.99
156284--156316	3	11.0	3	93	0	57	66	3	0	30	1.06
158889--158960	24	3.0	24	89	2	83	48	0	0	51	1.00
158881--158944	15	4.5	15	69	25	50	50	0	0	50	1.00
158899--158960	24	2.6	24	97	0	115	46	0	0	53	1.00
159755--159814	9	6.2	9	78	14	66	40	0	5	55	1.22
159756--159812	28	2.0	29	89	6	89	36	0	5	57	1.21
159788--159829	17	2.4	18	84	11	61	33	0	11	54	1.37
159757--159798	5	8.8	5	84	10	61	40	0	2	57	1.12
159959--159996	19	2.0	19	85	10	51	60	0	0	39	0.97
160281--160313	5	6.6	5	96	0	57	54	0	0	45	0.99
160640--160709	19	3.6	19	75	7	70	37	0	0	62	0.95
160717--160765	26	1.9	26	87	4	73	48	0	0	51	1.00
160767--160800	17	1.9	18	88	5	52	47	0	0	52	1.00
161470--161498	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161472--161510	11	3.5	11	89	3	51	76	2	0	20	0.90
163584--163630	22	2.1	22	96	0	85	34	8	10	46	1.69
163623--163684	24	2.6	24	100	0	124	35	22	11	30	1.89
167208--167283	32	2.4	33	84	4	93	44	3	0	51	1.20
168143--168189	16	2.7	18	77	16	62	38	0	0	61	0.96
168143--168195	9	6.2	9	75	16	51	37	0	0	62	0.96
168141--168200	16	3.8	15	80	20	61	36	0	0	63	0.95
168141--168213	32	2.2	34	81	13	82	38	0	0	61	0.96
168558--168613	17	3.2	18	77	5	53	60	0	1	37	1.07
174299--174329	9	3.3	9	91	8	53	74	0	0	25	0.82
174793--174849	29	2.0	29	86	6	80	36	0	1	61	1.07
174922--174985	9	7.1	9	77	18	53	39	0	0	60	0.97
174981--175023	10	3.9	11	83	16	54	62	0	0	37	0.95
174975--175025	11	4.5	12	81	16	56	58	0	0	41	0.98
180075--180116	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
182451--182493	11	4.1	10	83	16	52	37	2	0	60	1.10
182604--182657	18	2.9	18	86	8	65	70	3	0	25	1.04
182621--182663	22	2.0	22	86	9	61	76	0	2	20	0.89
183523--183564	22	1.9	22	85	0	57	40	0	2	57	1.12
185325--185353	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
185738--185955	34	6.5	34	85	5	282	40	27	7	24	1.82
185736--185955	67	3.3	67	88	1	323	40	27	7	24	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190021--190083	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
190389--190605	34	6.4	34	85	5	280	40	27	7	24	1.82
190387--190605	67	3.3	67	88	1	321	40	27	7	24	1.82
195246--195283	16	2.4	16	90	0	58	52	0	7	39	1.31
195618--195664	17	2.8	17	96	0	85	25	12	12	48	1.77
195667--195714	16	3.0	15	76	11	51	22	14	20	41	1.89
197507--197549	15	3.0	14	83	13	52	53	2	2	41	1.26
197526--197560	17	2.1	17	88	0	52	54	0	0	45	0.99
197599--197669	24	2.9	23	76	16	63	46	1	1	50	1.18
197780--197840	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
198100--198195	13	7.4	12	67	22	52	55	2	1	41	1.18
202478--202914	216	2.0	216	90	0	687	40	10	12	35	1.78
206344--206385	15	2.6	17	82	17	54	57	0	0	42	0.99
209645--209688	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
211764--211806	6	7.2	6	97	0	77	46	0	53	0	1.00
213433--213471	18	2.2	18	100	0	78	43	5	20	30	1.73
214257--214295	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
217778--217825	19	2.5	19	76	6	53	47	0	0	52	1.00
217770--217831	29	2.1	29	82	11	74	46	0	0	53	1.00
220787--220812	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
223941--223976	16	2.2	16	90	0	54	30	0	0	69	0.89
224237--224278	21	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224811--225035	106	2.1	109	84	11	300	37	19	9	33	1.85
227214--227256	2	21.5	2	90	0	68	48	4	0	46	1.22
228235--228279	14	2.8	17	74	22	51	62	0	0	37	0.96
228251--228290	18	2.2	19	90	4	64	55	0	0	45	0.99
228238--228288	18	3.3	15	75	17	50	62	0	0	37	0.95
228314--228349	18	1.9	19	88	5	56	63	0	0	36	0.94
228540--228596	23	2.5	22	78	13	62	40	0	1	57	1.09
228545--228631	16	4.9	18	72	26	71	44	0	1	54	1.07
228593--228620	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
228576--228631	14	3.2	19	76	23	52	46	0	0	53	1.00
228890--228929	17	2.4	17	87	8	55	37	0	2	60	1.11
229160--229234	16	4.7	16	81	0	87	36	0	5	58	1.21
229224--229357	10	13.0	10	68	19	55	46	0	2	50	1.16
229162--229243	32	2.6	32	80	0	92	36	0	4	58	1.20
229300--229357	5	11.8	5	85	14	77	56	0	0	43	0.99
229296--229358	19	3.2	20	86	10	94	53	0	0	46	1.00
229552--229596	17	2.4	19	85	10	58	44	0	0	55	0.99
231841--231919	29	2.8	26	77	18	79	51	0	0	48	1.00
231977--232020	16	2.8	16	80	16	56	43	2	4	50	1.35
232515--232564	22	2.3	22	82	6	57	30	2	4	64	1.23
232726--232775	21	2.4	21	86	3	57	52	0	0	48	1.00
232736--232775	21	2.0	20	95	5	71	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232752--232844	46	2.0	46	83	4	116	45	3	0	51	1.17
232742--232816	10	7.9	10	73	21	56	49	1	0	49	1.09
233655--233690	17	2.1	17	90	10	56	66	0	0	33	0.92
234326--234359	12	2.7	13	86	9	52	41	0	0	58	0.98
234446--234487	18	2.3	18	84	15	59	64	4	0	30	1.14
234705--234734	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
234733--234765	3	11.3	3	87	6	50	30	0	3	66	1.06
235179--235203	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
235946--235979	2	17.0	2	88	11	52	0	47	2	50	1.16
238217--238263	11	4.4	11	81	5	51	42	0	0	57	0.98
238223--238260	16	2.4	16	86	0	58	44	0	0	55	0.99
238427--238528	8	12.6	8	74	16	59	58	0	0	40	1.04
238477--238514	4	9.2	4	83	16	51	71	0	0	28	0.87
240132--240170	13	3.2	13	85	7	55	41	0	2	56	1.13
241989--242029	22	1.9	21	90	5	64	36	0	4	58	1.20
242288--242399	8	12.6	9	70	26	53	40	0	0	58	1.04
242318--242430	8	13.0	8	72	17	59	39	0	0	59	1.04
242296--242428	20	6.8	20	69	24	72	41	0	0	57	1.04
242306--242404	16	5.9	17	72	21	77	38	0	1	60	1.04
242352--242435	32	2.6	31	79	9	78	40	0	1	58	1.06
242346--242436	40	2.4	37	76	16	89	39	0	1	59	1.05
242775--242810	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244466--244500	17	2.0	18	94	5	63	74	0	20	5	1.02
245201--245246	21	2.1	22	84	4	58	41	0	2	56	1.11
245429--245502	7	10.4	7	73	13	53	40	2	0	56	1.13
247107--247148	22	2.0	21	86	13	59	61	0	2	35	1.09
247506--247538	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
252564--252695	37	3.6	37	79	10	135	33	13	19	33	1.91
252632--252725	37	2.5	37	86	6	120	37	14	15	31	1.89
253837--253865	11	2.6	11	100	0	58	82	0	0	17	0.66
254080--254108	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
256144--256176	15	2.2	15	89	10	50	72	0	0	27	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8