genome.fa.s227.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold227
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  617646

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3580--3653	20	3.6	20	75	13	87	33	13	18	33	1.90
3580--3675	42	2.3	42	92	0	156	38	12	17	31	1.87
3714--3739	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
7802--7832	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
9846--9924	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
9911--9949	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
12373--12445	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
12373--12467	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
12506--12531	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
20390--20447	23	2.5	24	97	2	109	63	8	10	17	1.49
21358--21432	20	3.8	20	74	0	60	40	13	14	32	1.85
23290--23318	13	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
27470--27535	20	3.7	20	69	26	74	33	16	12	37	1.86
27490--27549	13	5.1	13	71	22	60	36	15	13	35	1.86
27468--27548	33	2.5	33	95	0	153	34	17	12	35	1.87
27597--27660	33	2.0	32	87	3	92	39	14	15	31	1.87
27758--27798	22	2.0	21	90	9	66	39	12	7	41	1.70
34736--34880	40	3.7	41	79	8	140	35	11	10	43	1.74
35063--35139	3	25.7	3	89	0	91	63	6	2	27	1.32
35561--35612	22	2.4	21	80	3	68	36	17	13	32	1.89
40746--40801	28	1.9	30	85	7	80	41	1	5	51	1.35
40642--41110	149	3.1	147	81	8	511	32	6	8	52	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42352--42705	165	2.1	166	82	7	425	32	12	12	42	1.80
42872--44117	157	8.0	158	79	6	1042	26	12	19	41	1.87
42872--44058	314	3.8	312	81	5	1220	27	12	18	41	1.87
42872--44069	470	2.5	467	80	5	1314	27	12	19	40	1.87
44888--44944	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
44866--44963	19	5.8	18	71	28	90	32	13	17	36	1.88
44868--44968	32	3.1	32	97	1	184	33	12	17	35	1.88
45006--45030	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
45041--45167	52	2.4	52	93	0	209	35	17	18	29	1.93
53617--53642	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
54341--54384	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
56185--56210	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
56413--56444	8	4.0	8	100	0	64	62	25	0	12	1.30
58298--58328	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
60132--60176	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
62402--62427	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
63262--64421	157	7.5	154	77	7	936	38	20	16	23	1.93
63290--64421	311	3.6	312	78	5	901	38	21	16	23	1.93
65826--65871	12	3.8	12	85	5	65	4	23	0	71	1.03
65987--66025	20	2.0	21	90	10	64	15	7	5	71	1.26
66439--66938	167	3.1	163	80	8	490	52	8	10	28	1.65
66516--66938	167	2.6	165	84	6	494	52	7	10	29	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66925--66949	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
68099--68291	82	2.3	81	79	11	214	44	12	22	19	1.85
68356--68488	42	3.2	43	77	10	132	32	22	27	17	1.96
68378--68767	42	9.2	43	71	7	224	31	18	30	19	1.96
68918--69031	42	2.7	42	78	8	133	35	16	25	22	1.95
69502--69797	48	6.2	48	82	3	310	44	17	19	17	1.87
69505--69802	144	2.1	143	84	0	380	43	18	20	17	1.88
69981--70409	90	4.8	90	91	2	641	28	15	28	27	1.96
72036--72077	21	2.0	20	86	13	59	7	19	0	73	1.05
72055--72106	18	2.9	18	74	23	56	11	13	1	73	1.19
72103--72147	21	2.1	22	91	4	74	2	4	11	82	0.91
75657--76959	153	8.4	153	74	8	809	37	21	17	23	1.94
76017--76803	308	2.5	306	77	8	779	37	21	18	22	1.94
78975--79466	166	3.0	165	80	7	473	49	8	14	27	1.73
79085--79536	166	2.7	166	83	6	490	49	6	15	28	1.69
82774--82839	20	3.3	20	80	0	78	36	12	9	42	1.74
82782--82850	20	3.5	20	78	7	68	34	13	8	43	1.74
90527--90571	20	2.2	21	84	11	58	44	13	11	31	1.78
93088--93324	80	3.0	79	80	5	264	27	27	10	34	1.90
93142--93373	80	2.9	80	78	4	240	28	29	11	30	1.91
94306--94330	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
94402--94452	20	2.6	20	87	3	68	39	19	13	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96046--96076	9	3.4	9	95	0	53	38	0	35	25	1.56
100613--100651	13	3.0	13	92	0	69	30	20	15	33	1.94
100783--100823	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
101088--101128	20	2.0	21	90	4	66	19	48	26	4	1.69
105382--105430	17	2.9	17	85	8	57	4	16	0	79	0.88
105404--105441	17	2.2	17	86	9	51	0	23	0	76	0.79
105396--105440	21	2.1	21	88	8	65	2	22	0	75	0.91
105861--106439	167	3.5	164	77	7	489	49	9	10	31	1.67
106876--106920	22	2.0	22	83	8	56	46	0	8	44	1.34
113606--113643	17	2.3	16	86	8	58	78	10	0	10	0.95
114751--114853	41	2.5	41	83	9	129	22	19	11	46	1.82
114879--114979	31	3.1	34	68	13	84	18	23	13	43	1.86
114848--115284	65	6.7	66	78	9	305	20	20	13	44	1.85
115107--115206	31	3.1	31	66	23	80	21	20	17	42	1.90
114869--115283	130	3.2	128	79	7	392	20	20	13	45	1.85
118618--118766	19	8.7	18	72	26	103	33	12	19	34	1.89
118659--118747	13	5.9	13	72	27	70	33	13	19	33	1.90
118640--118774	32	4.2	32	98	0	234	31	12	20	34	1.90
121959--121984	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
124202--124246	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
126049--126079	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
128159--128197	13	3.0	13	96	0	69	33	12	15	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130745--130770	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
132027--132355	154	2.1	155	84	2	421	29	14	16	38	1.89
135685--135735	23	2.2	22	80	10	57	54	3	1	39	1.30
144665--144694	13	2.3	13	100	0	60	23	6	23	46	1.75
144831--144949	60	2.0	60	80	5	132	28	15	14	41	1.87
148569--148620	20	2.5	21	90	3	79	38	15	19	26	1.91
148726--148871	52	2.8	52	84	3	188	31	18	10	39	1.84
148679--148871	104	1.9	100	82	8	237	31	16	10	41	1.82
151037--151212	97	1.8	95	87	2	262	29	21	10	38	1.87
151042--151268	97	2.3	95	81	5	242	29	22	10	36	1.88
155432--155466	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
157264--157312	2	24.5	2	95	0	89	51	0	0	48	1.00
157488--157523	12	2.8	13	83	8	56	36	0	0	63	0.94
158283--158333	2	25.5	2	95	0	93	49	0	1	49	1.12
159107--159163	30	1.9	30	86	10	82	40	0	22	36	1.55
160184--160386	110	1.8	111	84	1	282	43	12	22	21	1.86
162379--162408	8	3.8	8	90	0	51	53	0	16	30	1.44
163540--163712	55	3.1	55	62	21	124	34	23	14	27	1.94
163520--163745	112	2.0	113	92	0	373	33	23	14	28	1.94
164940--165019	40	2.0	40	97	0	151	35	3	22	38	1.72
166934--166966	17	1.9	17	100	0	66	18	15	24	42	1.88
177680--177847	79	2.1	80	84	4	214	33	12	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177699--177864	79	2.1	78	82	5	199	34	12	24	27	1.92
177825--177950	51	2.5	50	82	6	148	34	11	25	29	1.90
177936--178010	28	2.7	28	89	4	116	25	18	32	24	1.97
177994--178109	51	2.3	51	87	0	160	34	11	22	31	1.89
187905--188044	20	6.7	20	75	12	113	30	16	11	42	1.83
187962--188004	13	3.3	13	93	0	68	32	16	9	41	1.80
190398--190775	79	4.7	79	71	13	277	28	23	13	34	1.92
203169--203288	1	120.0	1	69	0	78	85	10	1	2	0.78
203171--203286	9	13.9	8	81	10	119	84	11	1	2	0.80
203169--203286	25	4.8	23	79	15	121	84	11	1	2	0.79

Tables:   1   2   3   4   5