genome.fa.s227.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold227
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  617646

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  2  of  5  ( 505 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203171--203297	30	3.9	33	76	14	122	83	10	3	2	0.87
203168--203288	34	3.8	33	81	8	135	84	11	1	2	0.80
204357--204652	55	5.3	55	84	5	299	30	28	18	22	1.97
204354--204656	111	2.7	110	83	6	333	30	28	18	23	1.98
204701--205000	61	5.0	61	80	8	296	26	26	19	28	1.98
204969--205261	42	7.2	39	69	21	126	20	27	12	39	1.89
204995--205145	42	3.5	44	80	10	150	17	27	12	41	1.86
205812--205866	19	2.8	20	89	8	85	38	12	14	34	1.84
205906--205969	19	3.7	18	76	23	75	37	12	14	35	1.83
205923--205947	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
205906--205966	32	1.9	32	96	0	113	36	13	14	36	1.85
208400--208775	51	7.4	51	73	11	288	30	24	12	32	1.92
208508--208543	17	2.1	17	94	0	63	22	38	25	13	1.91
208554--208779	103	2.2	105	83	4	289	30	24	12	33	1.92
208759--208834	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
208788--208991	78	2.6	79	81	4	234	24	29	17	28	1.97
215693--215726	17	2.0	17	88	0	50	50	17	26	5	1.69
221360--221426	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
221380--221404	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
221470--221494	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
221503--221622	52	2.3	52	97	0	222	35	18	17	29	1.94
224859--224901	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228551--228588	10	3.6	11	89	10	62	86	13	0	0	0.56
228548--228591	11	3.9	11	88	5	70	88	11	0	0	0.51
228548--228591	23	1.9	23	90	0	70	88	11	0	0	0.51
228549--228588	21	2.0	21	95	5	73	87	12	0	0	0.54
228834--228869	1	36.0	1	88	0	54	94	2	2	0	0.37
228834--228876	12	3.2	13	90	9	61	90	4	4	0	0.54
228922--228950	10	2.9	10	100	0	58	93	6	0	0	0.36
229947--230326	62	5.9	61	85	8	438	21	33	13	32	1.92
229924--230331	34	12.6	33	74	17	313	20	32	13	32	1.92
230105--230156	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
230333--230469	33	4.2	32	84	7	177	29	35	17	17	1.93
230333--230469	65	2.1	65	87	5	197	29	35	17	17	1.93
230470--231398	49	19.7	49	84	8	1268	25	26	18	30	1.98
230614--230681	22	3.1	22	62	26	54	23	25	20	30	1.98
230465--231407	92	10.1	92	92	2	1413	25	26	17	30	1.98
230798--230865	22	3.1	22	62	26	54	23	25	20	30	1.98
232132--232156	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
232196--232249	20	2.7	20	100	0	108	42	11	11	35	1.76
232165--232301	72	1.9	72	96	0	256	36	16	16	30	1.91
235655--235679	13	1.9	13	100	0	50	88	8	4	0	0.64
235656--235697	14	2.9	14	85	7	57	85	7	7	0	0.73
235656--235697	15	2.8	15	85	10	59	85	7	7	0	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236708--237644	55	16.9	55	90	3	1411	28	28	20	22	1.98
238381--238457	21	3.7	21	85	3	102	35	14	16	33	1.89
238493--238560	19	3.9	19	74	21	67	35	11	14	38	1.83
238514--238538	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
238495--238557	32	2.0	32	90	0	99	34	12	15	36	1.86
240940--241313	51	7.4	51	71	14	254	31	24	11	32	1.91
241048--241083	17	2.1	17	94	0	63	22	38	25	13	1.91
241297--241372	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
241406--241460	28	1.9	29	92	3	94	20	21	20	38	1.94
241326--241529	78	2.6	79	78	3	214	25	28	16	29	1.97
243919--244027	51	2.1	51	84	0	146	32	19	11	36	1.88
244064--244233	79	2.2	80	78	8	186	27	21	14	37	1.92
247916--247949	13	2.6	13	85	0	50	85	8	0	5	0.75
249176--249242	26	2.6	27	74	11	68	37	10	11	40	1.77
249264--250139	28	31.3	28	85	3	1048	27	30	18	23	1.98
251318--251372	20	2.8	20	82	0	74	27	10	16	45	1.80
251911--251953	22	2.0	22	90	0	68	25	32	11	30	1.91
253700--253831	50	2.6	50	86	1	174	25	23	13	37	1.92
253763--254146	158	2.4	158	80	3	425	27	26	14	32	1.95
253764--254149	79	4.9	79	78	2	380	27	25	14	32	1.94
262611--262683	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
262629--262704	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262611--262704	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
262743--262768	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
266830--266860	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
268875--268952	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
268939--268977	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
270798--270870	36	2.0	36	97	0	137	41	5	35	17	1.73
271456--271528	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
271474--271549	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
271456--271549	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
271588--271613	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
282019--282736	62	11.7	62	87	2	986	25	25	18	31	1.97
282019--282736	123	5.8	123	87	3	980	25	25	18	31	1.97
282019--282736	185	3.9	186	87	2	986	25	25	18	31	1.97
282737--282879	55	2.6	54	87	4	196	21	18	28	30	1.97
282901--283224	61	5.4	60	81	8	367	26	20	27	25	1.99
282926--283221	116	2.5	118	84	5	384	28	19	26	25	1.99
284207--284268	1	62.0	1	77	0	61	1	1	8	88	0.64
284218--284268	10	5.2	10	84	11	70	1	0	7	90	0.53
284207--284269	19	3.4	18	82	10	74	3	1	7	87	0.71
284214--284268	29	1.9	28	88	3	83	1	0	9	89	0.57
284207--284266	16	3.6	16	84	8	75	1	1	8	88	0.65
293377--293416	15	2.7	15	96	0	71	30	12	30	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294974--295045	20	3.6	20	76	0	72	34	12	11	41	1.78
296970--297122	76	2.0	76	100	0	306	31	23	18	26	1.97
306847--306876	15	1.9	16	93	6	53	10	30	33	26	1.89
309107--309155	10	4.9	10	87	0	71	85	10	4	0	0.71
309111--309160	19	2.8	18	85	14	68	86	8	6	0	0.72
310388--311266	28	30.9	28	86	3	1091	27	32	18	21	1.97
311192--311320	32	4.1	33	78	9	99	28	27	15	27	1.96
311877--311924	20	2.4	20	89	0	69	37	12	10	39	1.77
317081--317195	51	2.3	51	90	3	178	30	10	26	32	1.90
317181--317254	28	2.7	27	84	14	89	28	20	29	21	1.98
317132--317332	109	1.9	107	82	4	251	31	14	25	27	1.95
317273--317457	76	2.4	76	88	0	271	33	15	24	26	1.95
319852--319924	19	3.7	19	80	5	83	34	16	15	34	1.90
319961--320016	21	2.7	21	100	0	112	35	14	14	35	1.86
320397--320467	1	71.0	1	74	0	52	85	7	7	0	0.73
320404--320467	12	5.3	12	83	5	58	85	7	6	0	0.73
320397--320467	18	3.8	17	77	17	70	85	7	7	0	0.73
321439--321768	181	1.8	183	84	5	454	26	25	18	29	1.98
321439--321768	61	5.4	61	81	5	310	26	25	18	29	1.98
321465--321772	120	2.5	120	81	3	332	26	25	18	29	1.98
322439--322509	15	4.7	14	76	11	52	83	4	7	5	0.92
322459--322509	21	2.5	20	81	9	57	84	3	7	3	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323479--324108	61	10.3	61	73	13	410	26	27	17	27	1.98
323547--323644	48	2.0	48	100	0	196	28	26	17	27	1.98
323676--324114	66	6.9	66	80	6	408	27	27	17	28	1.97
324088--324197	45	2.5	42	81	7	123	21	24	12	40	1.88
324125--324210	41	2.1	41	86	4	120	17	22	13	46	1.83
324439--324494	21	2.7	21	100	0	112	32	21	14	32	1.93
326980--327125	79	1.8	79	85	5	206	25	23	15	34	1.95
327059--327178	51	2.4	51	84	0	159	26	25	15	33	1.95
326948--327253	130	2.4	130	82	4	359	26	24	13	34	1.93
327110--327413	158	1.9	158	85	1	412	28	26	12	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5