genome.fa.s231.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold231
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1009718

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163905--164124	110	2.0	112	90	3	354	45	9	8	36	1.67
163770--164282	268	1.9	267	96	0	945	46	9	8	35	1.67
164015--164570	158	3.6	157	91	3	889	46	10	8	34	1.68
164390--164850	219	2.1	216	84	5	610	46	7	8	37	1.62
171694--171775	15	5.2	15	69	21	60	0	25	0	74	0.82
171695--171758	26	2.6	24	78	11	58	0	26	0	73	0.84
172853--172882	15	2.1	14	93	6	51	40	0	0	60	0.97
172939--173017	32	2.5	31	85	4	106	58	0	1	40	1.06
172950--173003	18	3.2	18	69	28	55	55	0	0	44	0.99
173305--173360	11	4.9	11	75	16	51	66	1	1	30	1.12
173295--173393	27	3.8	26	74	11	85	63	3	1	32	1.16
173307--173368	19	3.4	19	78	10	67	66	1	1	30	1.11
173361--173425	20	3.6	19	69	26	61	53	0	0	46	1.00
173351--173439	32	2.7	33	86	8	119	55	0	0	44	0.99
173354--173405	24	2.0	27	82	14	65	55	0	0	44	0.99
173694--173755	21	3.0	21	80	2	63	37	0	3	59	1.13
173722--173779	28	2.1	28	83	6	73	32	0	1	65	1.03
173705--173779	24	3.1	24	72	16	82	34	0	1	64	1.02
173807--173862	16	3.4	16	76	11	60	41	0	1	57	1.09
173972--174008	16	2.2	16	90	9	56	37	2	0	59	1.12
174032--174106	37	2.0	40	89	7	120	37	1	1	60	1.14
174075--174112	19	2.1	18	90	9	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174129--174276	61	2.4	61	80	6	156	48	7	7	36	1.59
174252--174287	17	2.1	17	89	5	54	61	0	0	38	0.96
174465--174512	24	2.0	23	84	8	60	64	14	6	14	1.47
175064--175211	10	15.0	10	70	14	78	56	2	1	39	1.22
175248--175311	25	2.5	26	82	2	76	64	1	0	34	1.03
175443--175488	24	1.9	24	82	8	58	63	0	0	36	0.95
175419--175474	16	3.5	16	75	20	55	58	0	0	41	0.98
175452--175488	12	3.2	12	96	3	67	62	0	0	37	0.96
175497--175536	9	4.0	10	84	12	55	0	22	0	77	0.77
175497--175536	20	2.0	20	85	9	55	0	22	0	77	0.77
175516--175559	23	1.9	23	90	9	72	0	22	0	77	0.77
175495--175558	15	4.1	16	75	11	62	0	21	0	78	0.76
175765--175821	21	2.8	20	80	15	64	49	0	1	49	1.11
175762--175824	18	3.4	18	83	14	83	50	0	1	47	1.10
179634--179667	17	1.9	18	88	5	52	41	5	2	50	1.42
179627--179745	52	2.4	48	84	8	139	47	4	1	47	1.31
179720--179783	13	5.0	13	70	14	53	43	3	1	51	1.26
181943--181967	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
182642--182669	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
184044--184089	20	2.2	21	84	7	58	50	2	6	41	1.40
185222--185288	19	3.3	19	73	19	55	55	0	4	40	1.20
185224--185291	21	3.3	21	73	19	54	55	0	4	39	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185222--185289	20	3.3	20	78	11	75	55	0	4	39	1.20
189988--190073	29	2.9	30	75	16	81	41	1	13	43	1.52
190410--190457	23	2.1	23	96	0	87	50	4	14	31	1.62
191053--191090	19	2.1	18	85	14	51	28	21	2	47	1.64
195911--195942	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
211674--211706	2	16.5	2	93	0	57	45	0	0	54	0.99
215499--215547	18	3.0	16	81	18	57	26	4	6	63	1.36
218883--218944	21	3.2	20	78	19	69	38	0	1	59	1.07
220213--220266	26	2.1	26	82	6	65	55	7	5	31	1.51
220254--220286	13	2.6	13	90	4	50	81	3	0	15	0.80
220717--220794	32	2.4	32	78	6	86	65	5	2	26	1.27
220705--220757	22	2.4	22	74	3	52	67	1	1	28	1.11
227182--227243	25	2.5	25	76	10	65	54	1	0	43	1.09
227817--227883	30	2.2	31	86	7	93	56	1	1	40	1.17
228060--228104	23	2.0	22	82	4	54	37	22	8	31	1.85
231231--231273	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
233559--233648	32	2.9	32	81	3	94	35	12	7	44	1.71
234669--234708	2	20.0	2	89	0	62	50	5	0	45	1.23
234569--234934	128	2.9	127	93	2	637	40	4	15	38	1.69
234797--234839	2	21.5	2	90	0	68	51	4	0	44	1.22
236004--236046	6	7.2	6	89	0	68	53	0	30	16	1.43
235999--236055	18	3.2	18	85	7	73	57	0	28	14	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240074--240127	27	2.0	27	96	0	99	29	16	22	31	1.96
241805--241840	18	2.0	18	94	0	63	36	27	13	22	1.92
243410--243455	19	2.4	19	96	0	83	41	13	10	34	1.79
248280--249262	32	32.9	28	77	10	623	22	17	30	29	1.97
248299--248832	28	18.3	29	75	11	336	22	18	30	28	1.97
249129--249313	28	6.6	28	72	6	106	28	16	28	27	1.97
249127--249290	55	2.9	55	79	8	186	26	16	28	28	1.97
249198--249564	27	13.4	27	77	4	306	31	14	29	24	1.95
249265--249564	137	2.2	137	82	5	392	33	14	29	23	1.94
264575--264661	29	3.1	26	70	15	66	60	0	3	35	1.13
265230--265276	23	2.0	25	83	8	62	34	4	10	51	1.56
265252--265282	16	1.9	16	100	0	62	32	9	12	45	1.75
267036--267252	34	6.4	34	85	5	280	40	27	7	24	1.82
267034--267252	67	3.3	67	88	1	321	40	27	7	24	1.82
267807--267857	23	2.1	25	89	7	79	62	13	1	21	1.40
268460--268502	15	2.9	15	82	6	52	0	25	0	74	0.82
268452--268506	24	2.3	24	82	14	69	0	20	0	80	0.72
268452--268507	18	3.5	17	83	11	66	0	21	0	78	0.75
269161--269236	20	4.2	17	88	9	75	63	0	0	36	0.95
269171--269228	28	2.1	27	81	12	64	63	0	0	36	0.94
269167--269228	8	8.0	8	71	20	51	64	0	0	35	0.94
269186--269238	12	5.0	12	75	25	57	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269182--269238	20	2.9	20	97	2	107	61	0	0	38	0.96
272793--272822	15	2.0	15	100	0	60	26	20	0	53	1.46
273451--273475	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
273679--273731	24	2.2	24	83	3	63	39	1	1	56	1.21
274714--274753	17	2.4	17	87	8	55	35	0	0	65	0.93
275419--275471	27	2.0	27	88	0	79	43	7	11	37	1.69
280891--280941	10	5.3	10	80	17	63	27	0	0	72	0.85
280895--280927	17	1.9	17	100	0	66	30	0	0	69	0.88
280892--280941	22	2.3	21	89	3	73	28	0	0	72	0.86
283375--283425	9	5.6	10	84	11	58	29	0	0	70	0.87
283372--283425	17	3.0	20	76	20	64	31	0	0	68	0.90
283379--283442	24	2.5	27	80	12	73	31	0	1	67	1.00
283403--283448	24	1.9	24	81	0	56	32	0	4	63	1.14
283919--284022	13	8.4	13	67	23	55	44	0	0	54	1.06
283961--284055	6	16.5	6	68	18	51	49	0	1	49	1.07
283975--284019	15	3.2	15	72	15	51	48	0	0	51	1.00
284823--284863	12	3.4	12	83	12	57	56	2	41	0	1.13
287442--287467	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
288950--289450	175	2.9	169	78	9	533	46	5	5	41	1.50
289362--289414	18	2.7	20	75	22	58	49	3	3	43	1.38
289563--289611	14	3.4	14	76	15	55	48	0	2	48	1.12
290314--290374	9	6.7	9	74	10	61	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290314--290409	37	2.6	37	78	13	101	31	0	0	68	0.90
290658--290682	7	3.6	7	100	0	50	32	12	32	24	1.91
292476--292535	23	2.7	23	78	17	63	30	0	0	70	0.88
294255--294287	17	1.9	17	93	0	57	39	21	9	30	1.84
296373--296421	25	2.0	25	88	8	73	46	0	2	51	1.12
298646--298683	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
315189--315258	24	3.0	23	80	12	81	40	0	0	60	0.97
315719--315747	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
317840--317878	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
324736--324805	35	2.0	36	88	2	106	45	5	10	38	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7