genome.fa.s231.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold231
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1009718

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672807--672862	18	3.1	18	86	0	67	44	17	19	17	1.87
673239--673263	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
673677--673723	14	3.2	14	87	6	58	48	2	0	48	1.13
673983--674039	23	2.5	23	77	5	62	57	0	0	42	0.98
678352--678394	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
679574--679598	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
682350--682386	2	18.5	2	94	0	65	48	48	2	0	1.15
686495--686546	22	2.4	22	93	0	86	25	3	23	48	1.68
686495--686552	22	2.6	21	86	5	80	24	5	22	48	1.71
691420--691451	16	1.9	17	93	6	57	18	6	15	59	1.57
692931--692955	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
694318--694350	17	1.9	17	93	0	57	15	3	0	81	0.80
694314--694351	8	4.8	8	84	9	51	13	2	0	84	0.73
697813--697852	20	2.0	20	85	0	53	37	0	0	62	0.95
698902--698928	8	3.4	8	100	0	54	37	0	0	62	0.95
698999--699072	22	3.3	23	80	14	66	59	0	0	40	0.97
698997--699072	24	3.1	24	80	16	68	57	0	0	42	0.98
699426--699476	15	3.3	15	78	13	59	52	1	0	45	1.12
699607--699669	24	2.6	24	73	19	58	50	0	6	42	1.27
711806--711885	23	3.4	23	77	10	65	47	2	1	48	1.23
711866--711917	15	3.3	15	71	10	50	42	1	1	53	1.23
712469--712523	18	3.3	17	78	17	62	52	3	1	41	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
714930--714968	20	1.9	21	84	5	53	43	5	5	46	1.48
718677--718704	14	2.0	14	100	0	56	57	7	0	35	1.26
719924--719994	27	2.6	27	84	6	81	25	5	22	46	1.73
720071--720116	20	2.3	20	84	0	56	10	47	4	36	1.58
724495--724565	27	2.6	27	86	6	90	23	5	23	46	1.74
724642--724686	20	2.2	20	88	0	63	11	48	4	35	1.59
725451--725493	22	1.9	23	85	4	61	53	0	9	37	1.33
726489--726559	27	2.6	27	84	6	90	26	4	22	46	1.70
731063--731144	28	3.0	27	82	12	103	21	7	23	47	1.75
737160--737236	36	2.2	35	90	4	120	45	6	2	45	1.43
740084--740143	16	3.8	16	88	0	93	11	15	31	41	1.82
740403--740537	16	8.5	16	77	8	123	13	14	32	39	1.85
740403--740537	32	4.2	32	76	8	141	13	14	32	39	1.85
740408--740537	47	2.7	47	80	3	154	13	14	33	39	1.85
741874--741907	17	2.0	17	94	0	59	17	2	0	79	0.86
743966--743991	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
745667--745693	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
745923--745955	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
747550--747609	3	20.0	3	85	0	75	33	8	0	58	1.28
747906--747959	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
749893--749944	18	2.8	18	75	13	52	51	0	1	46	1.12
750297--750328	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751556--751598	3	14.3	3	95	0	77	65	0	32	2	1.06
754516--754582	34	2.0	34	88	5	100	49	0	0	50	1.00
754545--754592	24	2.2	22	85	14	64	43	0	0	56	0.99
754528--754597	31	2.1	33	84	10	90	41	0	0	58	0.98
754621--754647	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
754990--755020	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
755083--755138	29	1.9	29	85	7	78	39	0	0	60	0.97
755091--755147	29	2.0	29	87	12	84	35	0	0	64	0.93
756018--756055	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
756385--756418	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
757022--757055	2	17.5	2	87	6	52	47	0	2	50	1.16
757025--757054	15	2.0	15	93	0	51	43	0	3	53	1.17
758938--758968	16	1.9	16	93	0	53	32	6	0	61	1.21
758942--758996	20	2.7	20	80	11	58	32	3	0	63	1.12
759236--759284	19	2.7	18	87	6	71	53	2	2	42	1.24
763043--763082	15	2.7	15	84	0	53	75	0	7	17	1.03
763050--763095	24	2.0	23	86	4	65	73	0	8	17	1.07
768774--768849	5	15.8	5	73	17	54	31	1	0	67	0.99
768777--768848	25	3.0	25	79	8	85	31	1	0	66	1.00
768774--768851	14	5.8	14	72	17	67	32	1	0	66	1.00
768781--768858	25	3.0	24	77	17	75	33	2	0	64	1.08
768808--768869	25	2.5	25	82	15	83	37	3	0	59	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769021--769049	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
770345--770434	27	3.3	28	74	11	71	61	1	0	37	1.04
770908--770961	17	3.2	17	76	5	65	42	0	0	57	0.98
770896--770968	33	2.2	32	85	7	101	49	1	0	49	1.09
770908--770979	33	2.2	33	85	7	94	48	0	0	51	1.00
774518--774702	34	5.5	34	86	1	237	42	27	7	23	1.80
778760--778796	19	1.9	19	94	0	65	29	18	21	29	1.97
779168--779222	24	2.3	24	93	0	92	49	10	0	40	1.38
779912--780014	17	6.0	17	69	17	52	34	0	4	60	1.18
780185--780249	30	2.2	28	78	5	67	40	1	4	53	1.31
780243--780281	18	2.0	20	90	9	64	20	0	0	79	0.73
780274--780323	25	1.9	27	88	8	77	30	2	2	66	1.14
780225--780330	26	4.1	26	69	18	78	28	0	1	68	1.06
782278--782306	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
789258--789316	30	2.0	28	84	12	75	67	0	8	23	1.17
791987--792038	27	2.0	27	88	3	79	80	1	13	3	0.93
792075--792121	20	2.4	19	80	13	51	10	17	2	70	1.26
792884--793010	58	2.2	58	83	4	159	29	5	14	49	1.66
792906--793100	58	3.3	58	81	2	203	29	7	14	48	1.70
794277--794321	14	3.2	14	83	0	54	44	0	2	53	1.13
794273--794316	13	3.2	14	81	12	56	45	0	2	52	1.13
797609--797652	16	2.6	17	82	13	56	63	0	2	34	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797625--797689	22	3.0	23	73	24	68	64	0	4	30	1.14
797856--797902	20	2.3	20	81	3	58	55	6	2	36	1.37
797873--797928	28	2.1	26	86	6	76	57	1	1	39	1.20
798342--798384	22	2.0	23	90	9	72	60	0	0	39	0.97
802958--803099	71	2.0	71	100	0	284	45	19	12	22	1.84
810221--810307	43	2.0	43	90	0	138	52	21	10	14	1.71
810763--810791	14	2.0	15	93	6	51	48	6	27	17	1.72
813151--813197	13	3.4	13	83	16	67	61	0	0	38	0.96
813416--813451	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
815467--815530	30	2.2	29	82	2	74	46	0	4	48	1.23
821107--821138	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
823404--823436	16	2.1	16	88	11	50	48	6	0	45	1.27
823369--823449	41	1.9	40	82	9	99	39	2	0	58	1.12
823509--823549	20	2.1	20	86	4	57	60	0	0	39	0.96
828973--829005	2	17.0	2	87	6	50	48	0	0	51	1.00
829098--829158	15	3.9	15	77	14	61	57	0	0	42	0.98
829098--829174	23	3.1	24	77	19	77	57	0	1	41	1.07
830217--830249	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
832055--832088	12	2.9	12	86	4	52	73	0	26	0	0.83
834528--834582	24	2.3	24	81	6	67	29	1	1	67	1.11
834582--834630	17	2.9	17	78	6	55	46	0	0	53	1.00
834610--834662	26	2.0	26	85	7	72	60	0	1	37	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834885--834932	19	2.5	19	80	12	62	35	0	0	64	0.94
836357--836381	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
837416--837468	27	2.0	27	88	0	79	47	5	9	37	1.60
842857--842885	10	3.0	10	95	5	51	62	0	0	37	0.96
842858--842888	9	3.3	9	95	4	53	61	0	0	38	0.96
842942--842970	13	2.3	13	94	5	51	48	0	0	51	1.00
844800--844832	15	2.1	16	88	5	50	12	21	0	66	1.23
846613--846641	15	2.0	15	93	6	51	27	10	0	62	1.28
848181--848266	44	1.9	45	85	2	120	22	24	0	53	1.46
853414--853442	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7