genome.fa.s238.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold238
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1453955

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9411--9485	20	3.7	21	80	7	93	42	12	10	34	1.77
9408--9485	40	2.0	39	87	7	113	42	12	10	34	1.77
10177--10209	15	2.1	16	88	5	50	48	3	0	48	1.17
12107--12164	27	2.1	27	83	0	71	70	3	1	24	1.12
12641--12680	17	2.4	17	87	8	55	55	0	2	42	1.13
12719--12896	20	9.2	19	65	19	75	66	3	1	28	1.14
12716--12768	22	2.5	20	85	11	63	71	3	0	24	1.02
12721--12903	9	20.3	9	66	25	52	66	3	1	29	1.15
12791--12904	40	3.0	40	78	12	107	63	2	1	32	1.19
12719--12904	38	4.8	38	73	16	125	66	3	1	29	1.14
12866--13050	8	22.8	8	68	18	55	62	3	3	30	1.27
12789--13051	147	1.9	137	82	10	325	62	3	2	31	1.25
13001--13050	17	3.1	15	83	11	55	64	2	2	32	1.16
13333--13364	17	1.9	17	93	6	57	0	25	0	75	0.81
13613--13683	19	3.8	18	78	14	72	30	1	5	61	1.27
13668--13715	21	2.3	20	80	13	53	20	0	6	72	1.05
13680--13764	22	3.6	21	73	25	73	21	2	5	70	1.20
13651--13765	50	2.3	51	86	8	173	23	1	6	68	1.21
16549--16622	32	2.3	32	82	11	82	51	1	6	40	1.37
16631--16677	17	2.6	18	74	9	51	40	0	6	53	1.27
18076--18110	17	2.1	17	94	0	61	22	57	0	20	1.41
19372--19404	17	2.0	17	88	5	50	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20606--20662	29	1.9	30	85	3	80	22	8	14	54	1.67
27405--27449	21	2.1	21	84	8	56	40	0	0	60	0.97
27562--27607	13	3.5	13	75	24	51	32	0	0	67	0.91
29679--29714	18	2.0	18	88	0	54	25	19	2	52	1.59
29823--29860	20	1.9	20	89	10	60	0	21	0	78	0.74
31666--31806	28	5.3	28	74	11	127	39	13	6	40	1.70
31666--31766	27	3.7	27	78	6	114	38	12	5	42	1.68
31666--31806	54	2.7	52	85	5	187	39	13	6	40	1.70
33314--33500	97	1.9	97	80	6	218	35	10	22	31	1.88
35648--35699	20	2.6	20	90	0	77	40	11	13	34	1.81
40070--40396	80	4.1	78	81	4	334	35	12	23	28	1.92
40092--40413	159	2.0	158	82	5	393	35	13	23	27	1.92
40364--40531	51	3.3	50	86	3	205	32	12	26	28	1.93
40291--40625	181	1.9	180	86	4	487	33	12	25	28	1.92
46423--46464	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
46581--46633	26	2.0	26	82	7	63	47	0	0	52	1.00
47491--47546	19	2.9	19	89	2	76	35	14	17	32	1.90
47512--47576	32	2.0	33	88	8	98	41	12	15	30	1.84
48134--48217	44	1.9	44	100	0	168	38	16	4	40	1.70
50049--50074	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
54521--55264	96	7.8	95	84	6	901	39	7	15	37	1.76
58152--58244	1	93.0	1	78	0	78	0	7	5	87	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58152--58247	32	3.0	33	95	4	178	0	9	5	85	0.74
66780--67009	93	2.4	97	90	4	362	37	8	17	36	1.80
66965--67078	57	2.0	57	86	3	158	39	7	23	28	1.83
67253--67335	33	2.5	33	82	7	87	37	6	4	51	1.48
71031--71100	27	2.7	27	83	12	85	48	1	0	50	1.09
71028--71100	32	2.3	32	81	9	78	47	1	0	50	1.09
72642--72696	20	2.7	19	78	10	56	30	0	3	65	1.10
73418--73481	29	2.2	28	83	10	76	57	3	4	34	1.35
81198--81363	60	2.8	60	90	1	255	38	3	7	50	1.49
82247--82287	21	1.9	22	85	14	59	24	2	0	73	0.96
85374--85407	18	1.9	17	88	5	50	58	0	14	26	1.36
85995--86025	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
87148--87191	18	2.4	18	80	0	52	59	2	0	38	1.10
87402--87440	17	2.2	18	86	4	53	71	2	2	23	1.10
87313--87540	124	1.8	124	88	9	349	64	3	5	26	1.30
87928--87982	23	2.3	24	81	9	69	1	30	0	67	1.01
87923--87997	18	4.0	18	75	16	64	2	32	0	65	1.07
88001--88064	8	8.7	7	75	17	51	28	1	0	70	0.97
88000--88224	9	25.6	8	66	24	59	30	1	3	65	1.16
88133--88245	48	2.4	48	83	7	140	27	0	3	69	1.05
88212--88256	21	2.1	21	84	8	56	20	0	4	75	0.97
88100--88265	48	3.5	47	77	11	119	28	0	4	66	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89257--89328	20	3.6	20	78	0	90	29	15	15	40	1.88
91678--91918	97	2.5	97	95	0	421	27	14	31	25	1.95
97476--97523	21	2.3	21	85	7	62	75	8	10	6	1.20
98837--99027	27	7.0	27	89	1	274	24	31	14	29	1.95
98812--99042	82	2.8	80	86	5	300	25	30	14	29	1.95
98808--99817	56	17.9	56	86	4	1120	29	28	16	25	1.97
98938--99817	28	31.2	27	85	5	999	29	28	17	24	1.97
98808--99817	84	12.0	83	86	4	1089	29	28	16	25	1.97
99846--99954	49	2.3	48	84	6	134	22	28	18	31	1.97
100663--100737	20	3.8	20	81	0	96	30	14	13	41	1.84
108751--108810	30	2.0	30	96	0	111	41	16	15	26	1.88
116877--116948	30	2.4	29	82	11	92	38	0	2	58	1.13
116894--116949	25	2.1	27	83	9	71	39	0	3	57	1.16
116889--117030	36	4.1	34	70	16	114	40	0	2	57	1.14
117117--117186	29	2.7	25	85	14	90	58	1	0	40	1.07
117118--117186	23	3.0	23	80	15	79	59	1	0	39	1.06
117258--117293	17	2.1	18	89	5	56	52	2	0	44	1.15
118482--118531	25	2.0	25	84	7	66	48	2	0	50	1.12
123158--123248	25	3.5	26	68	18	64	34	2	0	63	1.06
130502--130553	12	3.7	15	82	17	51	76	0	21	1	0.87
130522--130557	12	2.8	12	91	8	54	86	0	13	0	0.58
133777--134777	32	32.7	32	80	7	829	22	18	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133782--135134	32	45.5	28	78	10	353	24	17	27	29	1.97
133777--134777	94	10.9	96	77	8	725	22	18	27	31	1.97
133782--134789	156	6.6	157	78	8	838	22	18	27	31	1.97
134801--135100	28	10.9	27	83	5	327	31	14	29	24	1.95
134801--135100	55	5.5	53	83	7	341	31	14	29	24	1.95
134807--135116	138	2.2	137	85	5	401	32	15	28	23	1.95
136361--136414	20	2.9	18	74	12	56	5	11	7	75	1.16
139290--139352	31	2.0	31	93	0	108	41	12	26	19	1.87
140320--140346	13	2.1	13	100	0	54	0	22	0	77	0.76
140955--141114	31	5.0	31	80	13	180	30	21	19	28	1.97
143015--143104	26	3.4	27	66	13	78	18	12	11	57	1.63
143013--143121	54	2.0	53	98	1	209	18	17	9	55	1.68
143949--144017	31	2.2	33	92	5	115	49	1	7	42	1.39
144562--144616	17	3.4	17	70	25	55	40	1	3	54	1.28
151169--151218	16	3.1	17	72	18	52	56	0	0	44	0.99
153229--153253	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
153760--153857	36	2.9	35	83	8	107	32	11	27	28	1.91
153798--153857	31	2.0	30	90	9	95	28	11	28	31	1.92
156316--156486	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
156469--156544	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
159020--159045	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
158999--159065	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159085--159152	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
159107--159131	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
159088--159150	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
159188--159265	21	3.8	21	86	8	115	32	12	16	38	1.87
159188--159265	41	1.9	41	89	5	122	32	12	16	38	1.87
160013--161431	55	25.4	54	85	7	1774	23	20	28	27	1.99
160059--160148	26	3.3	26	66	19	67	20	18	33	27	1.96
160085--160173	29	3.2	29	65	26	82	21	19	31	28	1.97
160032--161426	225	6.2	221	92	3	1976	23	20	28	27	1.99
161283--161365	26	3.1	26	62	16	60	16	19	31	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9