genome.fa.s238.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold238
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1453955

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862664--862817	81	1.9	80	83	1	200	42	11	23	22	1.86
862736--863001	35	7.0	35	67	17	138	45	11	21	21	1.83
862633--862885	116	2.2	115	87	1	355	43	11	22	22	1.85
862699--863033	160	2.1	161	84	2	442	45	11	22	21	1.83
862860--863083	115	1.9	115	85	3	308	47	10	20	21	1.80
863086--863173	30	3.0	30	78	8	83	37	11	28	22	1.89
863259--863503	93	2.6	93	83	5	284	28	11	29	29	1.92
863442--863773	93	3.6	93	85	4	318	31	14	25	29	1.94
863510--863800	93	3.1	92	88	2	404	30	15	23	30	1.95
864599--864810	111	1.9	112	84	2	284	39	13	14	32	1.85
865407--865466	22	2.7	21	77	12	66	5	15	1	78	1.00
866656--866754	49	2.0	49	98	0	189	32	27	12	28	1.92
866705--866913	65	3.2	66	85	5	264	26	24	15	33	1.95
867590--867646	20	2.8	20	89	2	78	36	8	19	35	1.83
867684--867721	20	1.9	20	94	0	67	26	10	10	52	1.68
870170--870431	79	3.3	76	81	7	285	27	20	11	39	1.88
870207--870470	78	3.4	75	76	11	253	28	21	11	38	1.88
870331--870601	129	2.1	129	84	8	347	28	23	9	38	1.86
870408--870531	50	2.4	52	80	11	139	29	22	7	41	1.80
870456--870679	79	2.8	80	84	4	260	29	25	9	35	1.87
876716--876783	33	2.1	32	89	8	102	33	16	14	35	1.89
876852--876876	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876835--876897	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
879370--879418	13	3.8	13	97	0	89	32	18	16	32	1.93
885674--885698	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
885657--885719	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
885707--885746	20	2.0	20	95	0	71	35	12	20	32	1.90
886033--886072	16	2.4	16	87	4	53	12	10	0	77	0.99
891614--891639	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
891700--891772	20	3.6	20	77	3	92	31	17	13	36	1.89
891678--891772	41	2.3	42	96	1	174	30	16	12	40	1.86
894219--894295	20	3.6	20	74	19	66	44	15	14	25	1.84
896310--896340	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
900402--900427	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
900488--900560	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
900466--900560	41	2.3	42	94	1	165	30	17	12	38	1.87
901837--901862	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
904082--904126	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
905930--905968	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
907975--908051	20	3.6	20	72	16	73	27	15	16	40	1.89
908177--908216	22	2.0	20	85	14	55	25	20	5	50	1.68
909846--909917	36	2.0	36	97	0	135	33	2	23	40	1.69
910566--910591	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
911576--911694	60	2.0	60	91	0	193	41	17	11	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914629--914658	14	2.1	14	93	0	51	73	3	0	23	0.98
917158--917233	40	1.9	40	94	0	134	46	1	18	34	1.58
917158--917224	23	3.2	23	68	24	74	47	0	16	35	1.47
917198--917752	81	6.9	80	80	7	556	32	10	25	30	1.90
917197--917753	161	3.5	162	83	4	682	32	10	25	30	1.90
920186--920237	20	2.5	20	87	3	77	32	15	9	42	1.79
920269--920310	21	2.0	20	86	4	57	40	11	19	28	1.87
920410--920664	64	3.8	64	75	10	199	33	14	23	28	1.94
922193--922251	29	2.0	29	96	0	109	44	1	30	23	1.64
932707--932782	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
932706--932791	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
932697--932815	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
947330--947363	16	2.1	16	100	0	68	50	0	5	44	1.26
947664--947719	21	2.8	21	72	5	62	39	8	14	37	1.77
947708--947732	13	1.9	13	100	0	50	40	16	20	24	1.91
947759--947789	13	2.5	13	94	5	55	29	9	12	48	1.73
947770--947824	20	2.8	20	94	0	101	30	10	10	47	1.73
953447--953742	156	1.9	156	79	2	335	40	8	15	34	1.78
954366--954497	34	3.9	34	89	5	187	32	21	12	32	1.92
955081--955146	33	2.0	33	85	5	89	31	15	16	36	1.90
956895--956922	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
963897--963942	21	2.2	21	84	0	56	82	15	2	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
964513--964569	31	1.9	28	86	10	78	40	19	3	36	1.69
965228--965463	30	7.6	30	80	7	258	23	25	16	35	1.95
965220--965463	62	4.0	61	88	3	328	22	25	15	35	1.94
965229--965484	61	4.1	62	85	5	297	24	25	15	35	1.94
965220--965520	62	4.9	61	82	4	203	23	25	14	36	1.93
965478--966657	34	35.8	34	78	8	1094	18	32	12	37	1.87
965607--965694	27	3.0	27	79	17	113	20	35	14	29	1.93
965500--966602	296	3.7	294	84	6	1220	17	32	12	37	1.87
965478--966657	531	2.2	524	89	1	1819	18	32	12	37	1.87
966662--966942	51	5.7	52	80	8	212	25	26	17	29	1.97
966904--966981	39	2.0	39	92	0	129	29	26	20	23	1.99
966779--967126	187	1.9	181	83	7	450	25	26	17	30	1.97
968881--968922	22	2.0	22	90	4	68	50	4	4	40	1.45
969449--969544	34	2.8	34	88	0	147	34	19	12	33	1.90
970005--970061	20	2.8	20	82	17	73	35	15	14	35	1.88
970006--970062	21	2.8	19	87	12	71	33	17	14	35	1.90
975589--975674	19	4.8	18	73	21	74	36	12	16	34	1.87
975631--975655	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
975610--975681	32	2.2	32	97	0	135	34	12	16	36	1.87
975706--975733	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
975762--975804	20	2.1	21	95	4	79	32	23	11	32	1.90
977051--977076	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
977097--977181	20	4.6	20	75	21	87	27	15	14	43	1.85
977112--977181	33	2.1	33	94	0	122	27	15	14	42	1.86
977132--977162	13	2.4	13	100	0	62	29	9	16	45	1.79
979503--979670	51	3.3	51	74	6	187	26	26	14	32	1.94
979504--979689	102	1.8	102	95	0	336	26	25	13	34	1.93
979503--979722	51	4.3	51	71	10	164	28	24	13	34	1.92
979504--979726	102	2.2	102	86	1	304	27	25	13	33	1.93
979706--979782	28	2.7	30	90	7	117	23	31	20	24	1.98
979819--979891	28	2.6	28	80	6	85	21	28	21	27	1.99
979658--979939	110	2.6	108	78	5	311	27	23	15	33	1.95
979875--979991	51	2.3	50	83	5	146	30	25	12	30	1.93
979925--980070	79	1.8	79	84	5	197	26	29	17	27	1.97
990088--990129	21	2.0	21	86	4	59	73	2	11	11	1.18
991534--992296	27	27.7	27	87	3	972	25	33	13	27	1.94
991534--992296	165	4.6	163	87	3	1000	25	33	13	27	1.94
992307--992939	86	7.1	85	81	9	563	31	29	17	20	1.96
992357--992944	32	19.7	32	82	9	274	31	29	17	20	1.96
991896--992939	58	18.1	56	81	9	583	29	31	16	23	1.96
991896--992939	28	36.2	28	83	7	597	29	31	16	23	1.96
993087--993159	21	3.3	21	66	14	56	23	23	15	38	1.92
993029--993276	46	5.3	46	87	1	282	21	26	16	35	1.95
993292--1003406	476	21.4	476	83	3	11559	36	13	18	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
993442--1001778	159	52.8	156	65	14	1338	36	13	18	31	1.89
1002509--1003172	159	4.2	157	67	13	417	34	14	17	32	1.91
1007542--1007999	28	16.2	28	82	4	497	25	16	26	32	1.96
1008343--1008368	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
1009277--1009322	21	2.2	20	82	14	58	26	17	15	41	1.88
1011619--1012168	27	20.1	27	86	3	708	32	13	28	24	1.94
1013514--1013555	14	3.2	13	80	9	50	7	9	2	80	0.97
1013493--1013542	23	2.2	23	85	7	66	8	10	4	78	1.09
1018244--1018484	97	2.5	97	94	0	428	30	14	28	26	1.95
1020878--1020910	17	1.9	17	100	0	66	9	0	6	84	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9