genome.fa.s238.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold238
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1453955

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162408--162467	12	4.8	12	87	6	75	0	6	8	85	0.76
162391--162467	24	3.0	26	80	16	81	0	10	7	81	0.86
174928--175098	51	3.3	51	77	4	180	33	11	25	29	1.91
175081--175156	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
177632--177657	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
177611--177677	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
177697--177751	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
186434--186459	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
189001--189039	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
189025--189103	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
191119--191149	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
192953--192997	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
195213--195238	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
200956--201119	54	3.1	54	81	0	204	12	15	10	60	1.59
203480--203586	52	2.0	53	90	1	171	34	7	26	31	1.84
203533--203864	81	4.1	81	78	8	311	37	12	23	27	1.90
203533--203885	162	2.2	162	83	5	437	36	12	23	26	1.91
206227--206324	52	1.9	51	85	6	135	44	11	15	28	1.80
206373--206428	20	2.7	21	80	5	60	32	17	10	39	1.84
206393--206446	20	2.6	21	88	2	74	35	16	7	40	1.77
211832--211905	21	3.6	20	79	3	67	33	13	10	41	1.79
213277--213570	80	3.7	80	76	8	235	37	9	24	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215962--216100	51	2.7	51	83	5	172	43	12	14	30	1.82
217304--217364	21	2.9	21	75	7	61	29	4	0	65	1.13
217664--217701	18	2.1	18	95	0	67	76	2	10	10	1.12
221478--221521	22	2.0	22	86	4	63	75	2	22	0	0.92
221866--222462	239	2.5	231	78	8	607	32	8	7	51	1.60
223564--223631	19	3.9	18	76	23	83	35	11	16	36	1.85
223566--223628	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
223585--223609	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
223650--223704	20	2.8	20	100	0	110	30	14	10	43	1.80
223691--223716	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
226084--226468	52	7.4	53	71	13	167	29	25	12	32	1.93
226106--226206	53	1.9	51	82	7	123	33	23	9	32	1.88
226190--226264	27	2.7	28	89	2	107	24	34	20	21	1.96
226248--226474	52	4.4	49	79	7	202	28	25	12	33	1.92
228403--228448	23	2.0	23	86	0	65	47	21	6	23	1.74
228408--228458	23	2.2	22	80	10	57	50	17	5	25	1.68
232346--232385	19	2.0	20	90	4	64	32	7	5	55	1.50
232801--232854	24	2.2	24	83	0	72	11	18	20	50	1.77
233005--233100	45	2.1	45	98	0	183	25	0	20	54	1.45
233005--233136	45	2.9	45	86	2	113	25	2	19	53	1.57
244356--244402	16	2.9	16	83	0	58	53	2	6	38	1.39
244384--244431	25	2.0	24	88	8	71	54	0	2	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246231--246265	18	1.9	18	94	0	61	65	0	0	34	0.93
250389--250413	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
250371--250440	33	2.1	34	86	7	99	27	14	20	38	1.91
253047--253071	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
253933--253985	18	2.8	19	82	5	72	54	0	1	43	1.11
259000--259042	21	2.0	21	95	0	77	20	9	34	34	1.85
260861--260928	22	3.3	20	69	18	59	58	0	0	41	0.98
261705--261754	20	2.5	21	87	12	79	48	0	0	52	1.00
261705--261755	19	2.6	19	84	9	68	47	0	0	52	1.00
261771--261823	18	2.9	18	72	10	54	62	0	0	37	0.96
261798--261862	30	2.2	31	83	8	82	60	1	0	38	1.07
261798--261879	29	2.8	31	78	9	82	56	1	0	42	1.07
262188--262232	23	2.0	23	90	0	72	31	0	2	66	1.04
262182--262224	18	2.5	16	85	11	50	30	0	2	67	1.03
262342--262390	18	2.9	18	74	17	52	55	0	0	44	0.99
262347--262439	27	3.4	25	75	18	80	55	0	0	44	0.99
267177--267231	24	2.3	24	75	6	58	41	0	1	56	1.10
267199--267231	11	3.1	11	86	4	50	45	0	0	54	0.99
267356--267380	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
268591--268656	26	2.6	24	75	11	69	34	0	1	63	1.04
269623--269665	21	2.0	21	95	0	77	41	9	6	41	1.64
277445--277519	27	2.8	27	79	0	87	28	4	21	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278545--278604	16	3.7	16	84	2	75	46	20	13	20	1.83
278540--278610	16	4.4	16	82	3	72	43	23	14	18	1.86
281053--281108	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
282019--282093	20	3.8	20	78	3	71	40	13	13	33	1.83
282016--282093	40	2.0	39	84	2	102	39	14	12	33	1.84
282569--284266	29	59.2	29	88	4	2387	22	17	32	28	1.96
282581--284266	143	11.8	143	90	3	2477	21	17	32	28	1.96
282569--284269	57	29.7	56	88	3	2378	21	17	32	28	1.96
285504--285566	1	63.0	1	77	0	63	0	1	9	88	0.57
285504--285566	13	4.8	13	81	9	74	0	1	9	88	0.57
285490--285565	23	3.3	24	85	8	97	1	2	10	85	0.76
298607--298662	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
299573--299647	20	3.8	20	78	3	71	40	13	13	33	1.83
299570--299647	40	2.0	39	84	2	102	39	14	12	33	1.84
302224--302248	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
302204--302267	32	2.0	33	90	3	103	28	15	15	40	1.88
309096--309433	154	2.2	155	75	9	355	33	7	7	51	1.60
315111--315210	19	5.9	19	74	25	107	35	11	15	39	1.82
315113--315207	32	3.0	32	96	0	172	34	11	15	37	1.84
315132--315188	13	3.9	13	74	24	51	35	12	15	36	1.85
315250--315275	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
315230--315296	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315807--315840	17	2.0	17	88	0	50	82	14	2	0	0.79
317799--317968	52	3.3	53	78	11	181	29	24	12	32	1.93
317952--318028	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
317685--318074	212	1.8	212	88	3	597	27	26	14	31	1.95
317690--318107	107	3.9	107	72	9	287	27	27	14	30	1.95
317982--318184	79	2.6	79	81	3	221	25	30	15	29	1.96
320997--321023	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
321008--321064	19	2.9	19	87	10	80	33	17	15	33	1.92
321092--321144	20	2.6	21	79	11	56	35	15	16	32	1.90
321897--321922	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
321875--321942	33	2.1	33	89	8	104	33	16	14	35	1.89
321972--322024	20	2.6	21	82	8	65	28	15	16	39	1.89
322012--322036	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
324464--324530	28	2.4	28	87	0	89	23	17	37	20	1.94
324537--324861	52	6.2	52	67	17	161	32	12	24	29	1.92
324739--324866	51	2.4	51	79	11	141	33	10	24	32	1.89
326461--326486	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
326440--326506	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
326526--326593	19	3.9	18	73	23	74	36	14	11	36	1.83
326529--326591	32	2.0	32	93	0	108	34	15	12	36	1.86
327290--327967	55	12.3	55	92	2	1062	20	19	31	28	1.97
327366--327454	29	3.2	29	66	15	87	20	17	33	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
341497--341563	28	2.4	27	87	9	91	25	17	35	20	1.95
341517--341573	28	2.0	29	82	3	71	31	15	31	21	1.94
341570--341894	52	6.2	52	67	18	170	32	12	25	29	1.92
341713--341783	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
341443--341836	107	3.7	105	70	13	302	30	14	27	27	1.95
341772--341899	51	2.4	51	79	11	141	33	10	24	32	1.89
344257--344282	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
344236--344302	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
344322--344389	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
344344--344368	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9