genome.fa.s238.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold238
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1453955

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
669041--669085	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
671305--671330	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
671400--671455	20	2.8	20	88	0	76	30	16	16	37	1.90
671713--671762	20	2.9	17	85	14	59	76	0	22	2	0.89
679200--679876	27	24.6	28	84	4	684	25	30	13	30	1.94
679200--679841	82	7.8	83	84	3	735	24	30	13	30	1.94
679782--680583	28	27.4	28	81	7	595	31	28	16	23	1.96
679782--680596	122	6.9	115	80	6	655	31	27	16	23	1.96
684938--685020	31	2.6	30	82	16	89	75	4	12	7	1.15
684942--685047	32	3.2	31	77	20	92	72	6	13	7	1.26
688452--688540	41	2.1	42	93	2	153	44	14	11	29	1.80
691582--691635	22	2.5	22	93	0	90	25	3	33	37	1.74
692094--692186	32	2.9	32	77	3	89	22	17	13	46	1.83
692294--692359	32	2.1	32	82	0	78	25	22	15	36	1.93
693244--693292	23	2.1	24	84	3	64	18	8	18	55	1.67
693253--693300	24	2.0	23	84	4	60	22	6	14	56	1.61
695126--695159	17	2.0	17	94	0	59	41	5	2	50	1.42
696528--696553	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
696510--696573	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
698770--698819	21	2.3	21	80	10	57	54	4	20	22	1.61
700617--700647	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
702729--702766	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702878--702923	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
705244--705269	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
705226--705289	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
707809--707851	17	2.6	16	81	7	50	32	0	2	65	1.06
707929--707962	17	2.0	18	88	11	54	35	0	0	64	0.94
709259--709302	16	2.8	16	82	3	54	20	0	11	68	1.20
709296--709376	16	5.1	16	81	4	101	45	1	0	53	1.08
713243--713332	43	2.1	44	89	2	137	52	22	6	18	1.69
713459--713509	18	2.8	18	76	11	50	49	1	1	47	1.24
713750--713782	16	2.1	16	88	11	50	75	6	18	0	1.00
714442--714480	20	2.0	20	90	10	62	61	0	0	38	0.96
715354--715406	20	2.7	20	90	0	79	33	11	13	41	1.80
715449--715473	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
715482--715609	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
722461--722506	15	3.4	14	86	13	62	84	15	0	0	0.62
723803--723917	31	3.7	31	85	4	151	26	33	18	21	1.96
723880--723953	33	2.3	31	80	15	87	20	35	14	29	1.93
723962--724107	37	4.2	36	81	11	180	18	32	13	34	1.90
723954--724259	69	4.1	71	80	15	332	19	33	12	34	1.89
723889--724259	156	2.3	158	92	2	613	20	33	12	33	1.89
724118--724291	37	4.9	36	80	7	203	20	35	11	32	1.88
724023--724195	87	2.0	88	93	1	294	20	32	13	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724118--724291	71	2.4	72	87	5	239	20	35	11	32	1.88
724276--724345	33	2.1	35	91	5	117	25	35	17	21	1.95
724464--724531	21	3.2	21	62	25	52	25	27	19	27	1.98
724443--724510	22	3.1	22	62	26	54	23	25	20	30	1.98
724394--724946	92	5.9	92	90	5	822	24	25	18	31	1.98
724571--725012	193	2.3	195	95	1	780	23	24	18	33	1.97
724345--724957	49	12.9	49	79	10	675	24	25	18	31	1.97
724863--725021	55	3.1	52	74	8	155	23	23	15	36	1.94
725880--725932	20	2.7	20	90	0	79	33	11	13	41	1.80
725975--725999	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
729194--729292	39	2.5	39	83	6	121	37	10	17	35	1.83
729194--729307	39	2.9	39	78	10	101	40	10	15	33	1.82
738107--738159	21	2.5	21	93	0	88	43	9	11	35	1.73
753302--753357	19	2.7	21	78	10	62	44	3	0	51	1.18
753679--753711	16	2.1	16	94	0	57	51	0	9	39	1.34
757944--757986	2	21.5	2	95	0	77	46	0	0	53	1.00
762927--763175	59	4.3	57	79	9	229	27	12	16	43	1.84
762982--763115	30	4.7	30	71	19	90	26	9	17	46	1.79
762949--763062	30	3.9	29	72	16	83	27	12	17	42	1.85
763041--763089	24	2.1	24	88	11	75	28	12	18	40	1.86
762952--763164	113	1.9	112	83	4	277	28	13	15	42	1.84
763011--763164	54	2.8	54	80	5	148	29	12	14	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763072--763157	29	3.0	29	70	16	79	31	15	11	41	1.82
763185--763424	97	2.5	97	78	2	241	33	13	12	40	1.83
763187--763424	49	4.9	48	78	5	194	33	13	13	40	1.83
767747--768242	155	3.2	155	82	5	576	38	20	17	24	1.93
769499--769576	20	3.9	20	93	5	131	30	10	16	42	1.82
769632--769687	21	2.7	21	80	2	60	37	12	8	41	1.74
771634--771790	78	2.0	79	98	1	307	30	6	40	22	1.79
776264--776502	98	2.4	98	93	0	408	31	13	28	26	1.94
778628--778799	90	1.9	89	88	6	260	43	10	15	30	1.80
778674--778751	20	3.9	19	81	8	93	43	11	12	32	1.79
779787--780205	28	14.9	27	82	5	390	23	17	30	28	1.97
779787--780196	56	7.2	56	87	2	543	22	17	30	29	1.97
779787--780196	84	4.8	84	84	3	518	22	17	30	29	1.97
804543--805015	158	3.0	156	83	4	562	38	20	17	24	1.93
806293--806367	38	2.0	37	87	7	107	32	9	16	42	1.79
806293--806367	19	4.0	19	83	16	95	32	9	16	42	1.79
806309--806378	19	3.6	19	78	19	74	31	11	15	41	1.83
806295--806378	39	2.2	38	83	10	100	32	11	16	39	1.85
806419--806474	21	2.7	21	80	2	60	37	12	8	41	1.74
813060--813291	98	2.4	98	95	0	410	32	14	27	25	1.94
815440--815614	90	1.9	91	89	3	273	44	10	14	30	1.79
815488--815614	20	5.8	20	73	17	110	43	10	15	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816607--817026	28	14.9	27	82	6	383	23	17	30	28	1.97
816607--817017	56	7.2	56	86	3	536	22	17	30	28	1.97
816607--817017	84	4.8	84	84	5	522	22	17	30	28	1.97
834047--834203	32	5.0	30	76	11	120	31	24	12	31	1.92
834055--834203	65	2.3	63	81	6	165	32	24	12	30	1.93
835167--835241	36	2.1	36	92	0	123	32	28	9	30	1.88
836185--836245	19	3.5	19	70	25	71	37	8	13	40	1.74
836185--836247	32	2.0	32	96	0	117	38	7	12	41	1.73
841463--841488	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
842814--842959	32	4.5	31	79	14	127	33	21	14	30	1.93
842813--842959	65	2.3	63	82	5	170	34	21	14	30	1.93
843407--843444	20	1.9	20	88	0	58	36	23	7	31	1.84
843433--843457	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
843626--843667	20	2.0	21	90	9	68	38	9	7	45	1.64
845601--845655	20	2.7	21	85	2	76	41	14	16	27	1.87
845687--845754	33	2.1	33	88	2	102	36	19	11	32	1.88
845796--846312	264	2.0	264	100	0	1034	39	21	12	26	1.89
851896--851920	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
851876--851944	32	2.1	33	94	2	122	34	11	17	36	1.86
851982--852006	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
851995--852140	52	2.8	52	91	4	233	34	19	17	28	1.95
855870--855911	22	2.0	20	86	13	59	38	21	0	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858203--858257	20	2.7	21	85	2	76	41	14	16	27	1.87
858290--858341	20	2.7	20	87	3	70	38	21	9	30	1.85
860033--860086	25	2.2	25	83	6	65	7	11	0	81	0.87
862099--862182	44	1.9	44	82	0	105	39	16	23	20	1.92
862230--862834	35	16.6	34	71	13	241	41	12	22	22	1.87
862213--863012	70	10.8	70	70	15	367	43	11	23	22	1.86
862389--862482	46	2.0	46	89	4	145	42	10	26	20	1.84
862387--862592	79	2.6	81	77	8	231	42	12	22	21	1.87
862446--862840	114	3.6	107	78	10	325	42	12	22	22	1.87
862696--862935	45	5.8	43	74	14	150	44	10	22	22	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9