genome.fa.s238.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold238
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1453955

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1172057--1172828	389	2.0	390	80	4	889	35	13	19	31	1.91
1171581--1173292	865	2.0	865	84	1	2248	35	13	18	31	1.90
1172446--1182990	476	22.1	475	83	4	12243	36	13	18	30	1.90
1175486--1175537	27	1.9	27	100	0	104	48	15	7	28	1.73
1184200--1184225	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1186452--1186496	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1188301--1188331	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1189269--1189341	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1189287--1189362	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
1189269--1189362	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
1189401--1189426	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1195721--1195793	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1195739--1195814	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
1195721--1195814	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
1195853--1195878	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1202338--1202451	51	2.2	51	90	0	174	30	13	26	29	1.94
1202238--1202479	130	1.9	130	82	8	314	30	14	27	26	1.95
1202417--1202666	108	2.3	107	80	3	297	35	16	23	24	1.95
1204966--1205036	20	3.5	20	92	3	117	42	12	18	26	1.86
1205822--1205984	42	3.8	42	71	13	125	41	13	24	20	1.88
1205778--1205984	88	2.4	86	84	4	256	42	13	24	19	1.86
1205964--1206225	61	4.3	61	86	3	316	27	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1206244--1206493	56	4.4	55	85	7	329	24	20	27	27	1.99
1206244--1206492	117	2.2	110	87	7	354	24	20	27	27	1.99
1206416--1206594	94	1.9	91	86	9	225	26	20	27	25	1.99
1207541--1207574	12	2.8	12	90	4	50	0	0	11	88	0.52
1207541--1207576	17	2.1	17	90	10	56	0	0	11	88	0.50
1207541--1207576	8	4.4	8	86	6	54	0	0	11	88	0.50
1207537--1207576	10	4.0	10	84	12	55	0	0	12	87	0.54
1216682--1216707	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1220398--1220543	79	1.8	79	80	0	175	28	15	30	26	1.96
1220483--1220592	51	2.2	51	88	0	157	32	10	26	30	1.89
1220389--1220627	130	1.8	129	82	7	304	32	14	26	27	1.94
1220582--1220647	28	2.4	27	83	16	82	30	15	30	24	1.95
1220687--1220760	28	2.7	29	78	16	77	25	22	31	20	1.98
1220534--1220772	108	2.2	108	81	3	293	34	15	24	25	1.95
1222605--1222661	13	3.9	13	74	24	51	35	12	17	35	1.87
1222618--1222680	19	3.7	18	72	24	64	33	11	17	38	1.85
1222604--1222688	32	2.7	32	94	0	152	32	11	17	37	1.86
1222733--1222757	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1222766--1222894	52	2.5	52	94	0	231	35	18	18	27	1.94
1227054--1228210	398	2.9	398	91	1	1801	38	13	16	31	1.88
1228238--1238888	476	22.5	475	82	4	11979	36	13	18	31	1.90
1233004--1233697	159	4.4	157	67	9	420	36	13	18	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1239638--1239663	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1242189--1242213	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1248367--1248392	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1248775--1249663	476	1.9	472	85	3	1221	36	13	18	31	1.90
1249499--1249834	170	2.0	170	85	2	460	35	13	17	33	1.89
1249033--1250311	647	2.0	646	87	2	1861	36	13	18	31	1.90
1249680--1265827	159	102.1	158	64	10	1714	36	13	18	31	1.90
1249669--1254562	476	10.3	476	83	3	5692	36	14	18	31	1.90
1249669--1254562	938	5.2	935	82	4	5539	36	14	18	31	1.90
1254397--1254732	170	2.0	170	85	2	451	33	13	19	33	1.90
1254567--1293094	476	81.2	472	80	5	36226	36	14	18	30	1.90
1270195--1271159	159	6.0	159	66	13	489	36	14	18	30	1.91
1279722--1280466	159	4.7	158	71	10	455	36	14	18	30	1.91
1291602--1292835	159	7.8	160	67	12	481	36	13	18	30	1.90
1293089--1315881	476	48.4	475	88	3	32755	37	13	18	29	1.90
1293089--1315811	937	24.1	942	92	2	32252	37	13	18	29	1.90
1300155--1315381	159	97.0	158	63	16	1490	37	13	18	29	1.90
1317463--1317841	207	1.8	207	100	0	758	35	11	18	34	1.87
1321900--1321941	22	1.9	22	90	0	66	40	4	33	21	1.74
1321907--1321981	22	3.6	21	77	15	75	41	2	30	25	1.69
1321934--1321971	19	2.0	20	89	5	60	42	2	18	36	1.64
1322505--1322529	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1322584--1322634	20	2.5	20	87	6	68	35	13	17	33	1.89
1323612--1324172	279	2.0	279	85	2	750	32	17	14	35	1.90
1323896--1333280	951	9.9	952	78	6	7794	31	18	13	36	1.90
1323891--1333280	476	19.8	475	80	5	7867	31	18	13	36	1.90
1329690--1330319	316	2.0	316	84	3	834	30	18	14	36	1.91
1329216--1330818	795	2.0	788	83	4	2057	31	18	13	36	1.89
1331569--1331873	161	1.9	162	85	3	427	34	18	10	35	1.86
1333290--1334418	478	2.4	473	84	4	1390	36	13	19	30	1.90
1333584--1334271	159	4.3	158	67	12	395	35	14	19	31	1.91
1336840--1351529	476	30.9	474	83	3	16841	36	13	18	31	1.90
1336953--1358959	159	138.5	159	64	12	2963	36	13	18	31	1.90
1350707--1352403	855	2.0	857	84	3	2220	37	13	18	30	1.90
1351546--1362142	475	22.4	475	83	3	12541	36	13	18	31	1.90
1351546--1359249	158	48.6	156	65	13	1668	36	13	18	31	1.90
1360230--1360876	158	4.1	159	68	14	397	37	12	18	31	1.89
1359523--1362077	159	16.2	159	64	13	602	36	14	18	30	1.91
1362426--1363107	159	4.3	154	69	13	443	36	15	16	31	1.90
1362405--1364060	158	10.4	157	65	12	465	36	13	18	31	1.89
1362234--1364025	475	3.8	472	85	2	2218	36	13	18	31	1.89
1372358--1372433	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1372357--1372442	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1372348--1372466	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1377658--1378304	343	1.9	343	94	1	1145	35	16	18	30	1.93
1378006--1382128	475	8.7	474	82	5	4695	36	13	18	31	1.90
1378951--1381549	158	16.4	157	66	13	724	36	13	18	31	1.90
1381726--1382530	403	2.0	403	86	2	1143	35	14	18	30	1.91
1382125--1383996	475	3.9	476	84	3	2370	36	13	18	31	1.89
1388208--1389346	476	2.4	475	87	2	1624	33	19	12	34	1.89
1390965--1391083	42	2.8	42	89	2	177	42	2	45	9	1.49
1396057--1408371	475	25.8	476	82	5	13253	32	19	13	34	1.91
1398561--1405386	159	43.2	157	64	14	677	32	19	13	34	1.91
1402141--1402179	18	2.1	19	86	13	55	23	10	10	56	1.63
1400508--1405414	158	31.1	155	64	16	667	32	19	13	35	1.90
1405395--1405524	43	3.0	43	98	0	251	37	13	9	39	1.77
1406166--1408357	158	13.9	156	64	17	512	31	19	14	35	1.91
1408328--1408457	43	3.0	43	100	0	260	36	13	9	40	1.77
1407854--1408932	562	1.9	560	85	1	1478	32	17	12	36	1.88
1409290--1410060	386	2.0	386	86	1	1087	32	20	12	34	1.90
1408817--1410533	863	2.0	859	90	2	2674	32	19	13	34	1.90
1409866--1410517	159	4.1	159	66	12	346	32	19	13	34	1.91
1417057--1423179	476	12.9	476	86	2	7807	32	19	13	34	1.91
1418812--1422390	158	22.6	156	65	13	664	32	19	13	34	1.91
1422826--1423534	355	2.0	355	86	3	998	32	20	13	33	1.91
1423385--1429290	159	37.3	157	65	15	1356	31	19	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1423181--1432221	476	18.9	476	84	3	10175	31	19	13	35	1.90
1429392--1429471	40	2.0	40	100	0	160	35	12	10	42	1.76
1429735--1431831	158	13.2	157	66	15	489	32	18	14	34	1.91
1438572--1438642	18	3.6	18	69	20	52	43	2	43	9	1.52
1438539--1438657	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
1444646--1445293	159	4.1	159	66	11	426	35	14	18	31	1.91
1443632--1445518	476	4.0	475	88	2	2683	35	12	19	32	1.89
1443686--1445518	954	1.9	950	87	2	2410	35	12	19	32	1.89
1447479--1447554	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1447478--1447563	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9