genome.fa.s246.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold246
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1425817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113534--113563	5	5.8	5	92	7	51	80	0	0	20	0.72
113715--113760	21	2.5	17	80	19	56	60	0	0	39	0.97
113728--113770	15	2.9	15	80	16	54	65	0	0	34	0.93
113725--113771	21	2.2	21	92	0	76	65	0	0	34	0.93
113724--113771	8	6.6	7	81	15	53	64	0	0	35	0.94
113724--113771	15	3.3	14	77	16	53	64	0	0	35	0.94
113906--114022	25	4.7	25	70	19	77	52	1	0	45	1.10
113906--113974	25	2.7	26	80	12	81	52	0	0	47	1.00
114162--114234	14	5.0	14	72	18	60	41	0	0	58	0.98
114088--114195	37	3.0	35	74	19	107	47	1	0	50	1.11
114150--114224	31	2.4	33	84	6	102	45	0	0	54	0.99
114100--114226	19	6.6	19	68	22	61	44	1	0	54	1.09
114163--114233	16	4.7	16	73	22	64	40	0	0	59	0.98
114177--114250	29	2.6	26	74	17	67	39	0	1	59	1.06
114738--114802	30	2.2	30	83	5	78	43	0	0	56	0.99
114940--114969	5	6.0	5	92	0	51	76	0	23	0	0.78
116124--116175	2	26.0	2	88	0	77	44	0	0	55	0.99
116304--116334	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
117364--117396	14	2.4	14	94	0	57	69	0	3	27	1.03
123404--123434	16	1.9	16	100	0	62	35	12	12	38	1.82
128095--128121	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
128121--128146	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128389--128432	22	2.0	23	82	13	56	52	0	0	47	1.00
130723--130752	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
132580--132738	11	15.0	11	71	13	93	39	0	0	59	1.07
132572--132728	20	7.6	20	68	18	70	39	0	0	59	1.07
132582--132731	17	9.1	17	68	19	61	40	0	0	59	1.02
132615--132683	31	2.4	31	81	18	87	47	0	0	52	1.00
132646--132716	26	2.8	25	85	8	74	38	0	0	61	0.96
132678--132731	15	3.4	15	82	7	63	29	0	0	70	0.88
133648--133683	13	2.4	16	86	13	51	52	2	2	41	1.30
136376--136416	11	3.8	11	87	6	57	53	0	0	46	1.00
136378--136416	21	1.9	20	89	5	60	53	0	0	46	1.00
138309--138354	20	2.2	20	80	3	56	54	2	0	43	1.12
138732--138767	5	7.0	5	87	6	54	41	0	0	58	0.98
138734--138768	11	3.3	11	84	8	54	37	0	0	62	0.95
139738--139787	25	1.9	27	88	8	77	54	0	2	44	1.11
139738--139793	25	2.1	27	83	6	71	53	1	1	42	1.21
144496--144534	18	2.2	18	86	9	53	48	0	2	48	1.15
145387--145417	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
147583--147652	22	3.0	22	82	16	56	34	1	1	62	1.13
147612--147671	29	2.1	28	84	9	77	38	0	0	61	0.96
147534--147665	16	8.2	16	68	23	66	38	0	0	59	1.08
147616--147678	29	2.2	29	80	5	74	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147790--147855	29	2.4	28	80	10	73	54	0	0	45	0.99
147843--147902	28	2.1	29	87	9	88	56	0	0	43	0.99
148453--148482	10	3.0	10	95	0	51	0	43	0	56	0.99
150218--150270	27	2.0	27	88	0	79	20	30	16	32	1.95
153281--153312	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
155542--155655	58	2.0	58	98	0	219	37	19	14	28	1.91
156993--157057	26	2.4	27	85	10	89	50	0	0	49	1.00
157048--157093	16	2.9	16	78	12	51	32	0	2	65	1.05
157093--157167	28	2.7	28	79	4	71	54	0	1	44	1.08
158072--158105	16	2.1	16	88	0	50	50	8	35	5	1.58
158244--158279	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
158415--158479	29	2.2	30	76	13	73	43	1	0	55	1.09
158777--158824	20	2.4	20	82	6	62	60	4	0	35	1.16
162835--162888	14	3.8	14	83	11	65	48	0	0	51	1.00
168010--168050	19	2.1	20	90	4	66	46	0	0	53	1.00
168063--168105	16	2.7	16	82	13	61	37	0	0	62	0.95
168071--168120	10	5.2	10	75	18	52	34	0	0	66	0.92
168990--169038	7	6.7	7	77	9	53	59	0	2	38	1.09
172012--172243	81	2.7	85	79	11	267	40	11	18	29	1.86
172713--172765	21	2.5	21	77	19	56	67	11	9	11	1.41
179069--179102	15	2.3	15	89	0	50	23	0	0	76	0.79
179835--179925	31	3.0	31	75	18	84	46	2	0	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180110--180142	15	2.1	16	88	5	50	24	0	6	69	1.10
180196--180221	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
182374--182423	3	16.7	3	95	0	91	64	0	2	34	1.05
182786--182828	16	2.6	16	85	7	50	44	0	2	53	1.13
184066--184117	23	2.3	23	83	9	63	51	0	0	48	1.00
201627--201825	98	2.0	99	87	6	289	24	14	11	49	1.76
205241--205356	30	3.9	30	78	5	110	37	21	6	34	1.80
205309--205380	29	2.5	29	86	4	92	41	20	2	34	1.67
211347--211372	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
211852--211906	19	3.1	19	70	24	55	36	0	5	58	1.21
211898--211992	40	2.3	41	81	12	108	46	1	0	52	1.07
211928--212003	38	2.0	38	82	7	93	47	1	0	51	1.09
213325--213495	85	2.0	85	94	0	297	25	14	22	37	1.92
215696--215752	28	2.0	28	93	0	96	29	12	28	29	1.93
217022--217083	32	1.9	33	86	3	90	46	3	1	48	1.28
217499--217564	23	3.0	20	77	22	62	53	1	1	43	1.19
218171--218218	19	2.7	17	78	12	51	45	0	2	52	1.12
218184--218239	23	2.5	22	83	11	69	41	0	3	55	1.17
218463--218495	15	2.1	16	94	5	59	78	9	0	12	0.95
218687--218727	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
224068--224118	2	25.5	2	100	0	102	0	49	0	50	1.00
226378--226441	29	2.2	29	78	15	69	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227018--227043	11	2.4	11	100	0	52	42	0	0	57	0.98
227611--227658	15	3.1	15	85	5	69	14	0	20	64	1.28
227611--227665	16	3.4	16	87	5	76	18	0	18	63	1.31
227719--227762	9	5.1	9	88	5	65	65	0	0	34	0.93
227713--227762	18	3.0	17	88	8	68	66	0	0	34	0.92
228145--228184	18	2.2	19	86	8	57	57	5	0	37	1.21
229557--229594	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
234357--234403	20	2.2	22	85	11	62	25	6	17	51	1.69
235469--235504	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
236301--236356	21	2.6	22	72	10	55	33	1	3	60	1.24
241169--241206	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
243746--243820	27	2.6	30	79	16	86	48	1	0	50	1.09
245757--245817	14	3.9	17	85	12	71	55	0	1	42	1.09
245313--246280	498	1.9	500	97	1	1854	45	6	3	43	1.48
246657--246705	15	3.3	15	82	2	55	38	0	0	61	0.96
247243--247363	29	3.7	33	73	20	103	54	0	0	44	1.05
247307--247368	11	5.5	11	74	14	56	53	0	0	46	1.00
247696--247739	11	3.5	12	85	14	54	65	0	0	34	0.93
248001--248091	41	2.2	41	86	0	119	43	2	10	42	1.52
249207--249231	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
251038--251074	19	1.9	19	94	0	65	35	10	10	43	1.75
251039--251175	53	2.6	53	88	3	195	28	14	16	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251163--251216	20	2.7	20	80	8	65	29	14	16	38	1.89
251255--251295	21	2.0	21	85	9	57	39	7	12	41	1.70
252447--252480	16	2.2	15	94	5	59	55	0	0	44	0.99
252623--252701	30	2.7	28	75	16	79	53	2	0	44	1.14
252643--252684	22	1.9	22	85	0	57	59	0	0	40	0.97
252920--253085	5	34.2	5	62	21	50	42	0	0	57	0.98
252954--253043	34	2.8	33	82	12	91	47	0	0	52	1.00
252964--253052	29	2.8	33	81	10	96	46	0	0	53	1.00
253026--253108	25	3.6	24	72	21	79	34	1	0	63	1.02
253016--253113	43	2.3	43	78	7	119	39	1	0	59	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8