genome.fa.s246.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold246
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1425817

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3087--3118	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
4943--4991	23	2.1	22	82	10	62	51	0	2	46	1.12
4961--5005	17	2.6	18	86	6	58	62	0	0	37	0.96
5048--5088	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
10064--10176	27	4.1	26	72	18	79	42	0	0	56	1.05
10066--10179	18	6.3	17	67	22	54	42	0	0	56	1.05
10126--10191	32	2.0	33	88	2	98	45	0	0	54	0.99
10139--10191	14	3.5	14	76	18	52	47	0	0	52	1.00
13933--13974	20	2.1	20	86	0	57	66	2	0	30	1.04
14781--14883	15	6.8	16	68	23	53	56	0	0	43	0.99
14813--14882	27	2.5	27	80	13	72	57	0	0	42	0.99
14776--14867	16	5.8	15	78	14	71	57	0	0	42	0.98
14780--14870	48	1.9	47	82	10	114	58	0	0	41	0.98
15121--15158	20	1.9	20	84	10	51	39	0	0	60	0.97
15154--15215	13	4.5	13	72	21	54	38	0	3	58	1.15
15150--15228	17	4.8	16	75	16	65	37	0	2	59	1.11
15335--15369	4	8.8	4	87	0	52	28	0	2	68	1.04
15704--15794	8	11.4	8	70	23	50	57	0	0	42	0.99
15692--15788	32	2.9	32	79	10	81	58	0	2	39	1.10
15703--15789	32	2.7	31	86	10	113	58	0	0	41	0.98
15703--15795	27	3.5	28	72	21	85	58	0	0	41	0.98
15960--15990	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24077--24101	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
24173--24228	24	2.3	24	78	0	58	28	1	1	67	1.10
24681--24716	15	2.5	14	86	4	54	80	0	11	8	0.90
24757--24781	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
25681--25720	20	1.9	20	90	10	62	15	0	12	72	1.12
26149--26262	59	2.0	57	80	3	129	35	9	7	48	1.63
26364--26403	21	2.0	20	90	5	62	32	5	0	62	1.17
26388--26480	28	3.5	28	69	19	81	30	1	2	66	1.10
26352--26485	12	10.8	12	67	15	60	32	2	1	63	1.16
26455--26489	12	2.9	12	91	0	52	34	0	0	65	0.93
26478--26547	15	5.0	15	70	22	62	41	0	0	58	0.98
26478--26554	28	2.8	29	72	18	74	41	0	0	58	0.98
28499--28550	24	2.2	24	86	6	70	50	0	0	50	1.00
28510--28549	15	2.9	14	82	10	55	47	0	0	52	1.00
28502--28551	14	3.5	14	83	5	64	50	0	0	50	1.00
28502--28558	29	2.0	29	83	6	73	50	1	0	47	1.11
31068--31126	16	3.7	16	70	20	52	59	0	1	38	1.08
32000--32046	14	3.4	14	80	11	53	59	0	2	38	1.09
33874--33919	20	2.2	20	88	7	65	52	0	0	47	1.00
34436--34484	26	1.9	25	83	4	62	36	0	4	59	1.17
38368--38420	24	2.2	23	75	15	54	33	1	0	64	1.05
38385--38419	12	2.8	13	83	16	56	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40476--40524	16	3.1	16	82	11	57	65	0	0	34	0.93
40460--40515	10	5.7	10	79	12	53	58	0	0	41	0.98
44495--44526	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
44701--44745	21	2.1	21	84	12	56	35	2	8	53	1.45
45010--45050	15	2.7	15	82	14	57	65	0	0	34	0.93
45010--45051	17	2.7	17	79	20	56	64	0	0	35	0.94
45750--45817	34	2.0	35	85	8	95	32	8	5	52	1.56
49285--49334	17	2.9	17	77	16	59	42	0	0	58	0.98
49333--49372	19	2.0	20	85	4	55	65	0	0	35	0.93
50176--50263	23	3.7	23	68	14	61	44	0	1	54	1.07
51302--51338	15	2.5	16	83	16	53	32	0	0	67	0.91
52517--52603	31	2.8	32	75	13	83	47	0	2	50	1.13
52556--52606	21	2.4	22	86	3	77	49	0	0	50	1.00
52852--52885	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
54215--54245	12	2.6	12	94	0	53	32	38	19	9	1.84
54837--54922	29	2.9	29	74	11	84	48	0	1	50	1.08
54816--54910	14	6.5	15	69	20	67	50	0	2	47	1.13
54831--54920	35	2.6	35	78	13	96	50	0	1	48	1.08
55280--55327	22	2.2	22	88	7	71	41	0	0	58	0.98
56341--56383	13	3.4	13	78	15	54	62	2	0	34	1.08
56636--56682	23	2.1	23	84	7	62	51	2	4	42	1.33
59348--59414	18	4.0	16	75	16	57	50	1	0	47	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59338--59436	18	5.9	17	67	25	52	50	1	1	47	1.14
59389--59432	22	2.0	21	83	12	54	56	0	2	40	1.11
59688--59717	14	2.1	14	93	0	51	63	0	0	36	0.95
60528--60559	14	2.1	16	88	11	50	37	0	0	62	0.95
66333--66379	16	3.1	16	90	6	71	44	0	0	55	0.99
66336--66380	20	2.1	22	88	8	67	44	0	0	55	0.99
69704--69733	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
73155--73238	30	2.8	30	75	13	91	51	3	4	40	1.40
73408--73491	43	2.0	43	92	2	143	46	11	7	34	1.68
73788--73832	19	2.2	21	84	11	58	35	0	0	64	0.94
74663--74703	12	3.4	12	82	0	55	51	0	0	48	1.00
74662--74706	18	2.5	18	89	7	65	51	0	0	48	1.00
74673--74714	18	2.3	19	79	4	50	57	0	0	42	0.99
75376--75412	17	2.2	17	90	0	56	48	2	5	43	1.40
76920--76965	23	2.0	23	91	0	74	56	2	0	41	1.11
76920--76979	29	2.0	31	84	12	81	55	1	1	41	1.20
77998--78064	22	2.9	23	86	4	91	37	0	0	62	0.95
78488--78522	16	2.2	16	89	0	52	40	0	0	60	0.97
78647--78700	15	3.7	15	76	20	53	38	1	1	57	1.20
79277--79320	20	2.1	21	83	8	54	52	0	2	45	1.13
79823--79866	15	3.0	14	84	15	54	56	0	2	40	1.11
80295--80336	22	1.9	22	85	9	59	69	0	2	28	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80227--80323	49	2.0	49	80	11	110	56	2	2	39	1.22
80909--80935	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
80935--80962	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
81945--81987	23	1.9	23	85	4	61	41	9	0	48	1.35
83764--83818	24	2.4	23	82	11	69	61	5	0	32	1.19
84159--84191	5	6.4	5	93	6	57	21	0	0	78	0.75
84159--84260	11	8.9	11	72	15	73	33	0	0	66	0.92
84164--84258	35	2.7	36	93	1	165	33	0	0	66	0.92
84164--84281	35	3.4	33	86	8	114	37	0	0	61	1.02
86754--86781	13	2.2	13	100	0	56	21	7	0	71	1.09
86819--86872	28	2.0	26	82	13	65	59	1	0	38	1.08
88219--88264	10	4.5	10	94	5	83	41	0	0	58	0.98
88219--88270	21	2.5	21	93	6	88	44	0	0	55	0.99
89030--89063	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
90602--90627	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
91184--91225	18	2.3	18	80	8	50	42	0	0	57	0.99
93016--93049	18	1.9	17	88	5	50	64	8	8	17	1.47
96099--96148	24	2.1	24	85	3	66	48	0	2	50	1.12
96174--96235	23	2.6	25	80	12	67	61	0	1	37	1.06
97224--97263	19	2.0	19	85	9	53	45	5	0	50	1.23
97247--97289	22	2.0	22	81	9	52	51	4	0	44	1.22
97691--97736	22	2.0	23	83	4	58	45	4	2	47	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98010--98076	19	3.6	18	70	24	50	49	2	0	47	1.16
98012--98080	36	2.0	32	89	10	102	46	2	0	50	1.16
98083--98117	15	2.2	16	90	5	54	8	2	8	80	1.01
98111--98159	11	4.5	11	80	7	55	28	4	0	67	1.09
101278--101309	2	16.0	2	93	0	55	46	3	0	50	1.17
101576--101626	22	2.3	22	84	15	70	62	0	0	37	0.95
107588--107663	21	3.7	20	75	8	64	40	13	1	44	1.51
107959--108016	22	2.6	22	76	17	66	65	0	0	34	0.93
111280--111308	13	2.1	14	93	6	51	62	0	0	37	0.96
111353--111394	20	2.2	19	83	8	50	42	0	4	52	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8