genome.fa.s251.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold251
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  763550

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109--772	33	20.7	33	70	16	321	38	11	29	21	1.88
103--231	69	1.9	67	88	4	197	37	8	29	24	1.85
182--410	124	1.8	124	85	3	327	39	10	29	20	1.86
337--656	158	2.0	155	86	5	439	37	12	29	20	1.89
377--683	65	4.9	62	77	12	218	37	12	28	21	1.90
528--654	32	4.1	28	83	8	92	39	12	28	19	1.88
820--969	59	2.5	59	89	4	214	26	12	34	27	1.92
830--944	29	3.9	30	75	14	105	26	12	34	26	1.92
863--960	30	3.3	29	78	13	110	25	12	33	28	1.92
2150--2210	9	6.9	9	79	9	72	1	1	11	85	0.75
7566--7644	20	3.8	20	76	12	79	39	8	12	39	1.75
7771--7809	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
10122--10160	21	1.9	20	89	5	60	35	12	12	38	1.82
15388--15451	9	6.8	9	77	8	56	84	4	9	1	0.83
16448--16951	55	9.1	54	88	6	681	27	28	20	22	1.99
16448--16951	164	3.0	163	90	4	744	27	28	20	22	1.99
16451--16947	219	2.2	218	87	5	714	27	28	21	22	1.99
17162--17217	21	2.7	21	91	0	94	33	8	21	35	1.85
17255--17317	32	2.0	32	90	0	99	36	9	15	38	1.81
17254--17320	19	3.8	19	70	22	65	37	8	14	38	1.78
17360--17385	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
17340--17406	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19746--19885	51	2.7	53	83	7	178	29	26	10	33	1.90
19860--19935	27	2.8	28	88	9	104	22	35	19	22	1.96
19892--20123	80	2.9	80	77	4	193	26	28	13	31	1.94
22187--22258	2	37.0	2	80	5	85	47	2	2	47	1.31
22187--22258	29	2.5	29	97	0	135	47	2	2	47	1.31
24202--24240	20	2.0	20	84	0	51	58	2	0	38	1.12
24216--24388	51	3.4	51	84	7	208	53	5	1	39	1.32
24344--24422	35	2.3	35	95	0	140	43	6	2	48	1.42
24292--24477	89	2.1	90	86	3	259	51	5	1	41	1.34
24378--24558	53	3.4	52	87	3	245	54	4	0	40	1.25
24808--24961	53	2.9	53	83	4	202	53	3	5	37	1.39
25235--25594	200	1.8	200	80	0	441	38	14	9	37	1.79
25496--25539	22	2.0	22	81	0	52	36	4	6	52	1.49
27854--27912	24	2.5	24	77	5	66	74	0	18	6	1.03
28288--28324	2	18.5	2	88	0	56	43	0	5	51	1.24
28288--28324	16	2.3	16	100	0	74	43	0	5	51	1.24
29830--29854	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
34329--34409	36	2.3	35	81	10	85	71	9	13	4	1.28
35738--36529	27	28.9	27	89	2	1172	23	33	13	29	1.93
35738--36529	55	14.5	54	91	2	1172	23	33	13	29	1.93
35738--36529	82	9.6	81	90	3	1156	23	33	13	29	1.93
36515--36829	32	9.8	32	91	1	470	31	33	18	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37849--37907	24	2.5	24	77	5	66	74	0	18	6	1.03
38287--38323	2	18.5	2	88	0	56	43	0	5	51	1.24
39829--39853	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
42545--42613	27	2.5	27	86	6	86	24	7	21	46	1.77
42690--42735	20	2.3	20	88	0	65	10	50	4	34	1.57
47264--47309	20	2.3	20	88	0	65	10	50	4	34	1.57
51681--51728	14	3.5	14	74	5	53	43	2	14	39	1.57
55497--56198	166	4.2	167	85	6	816	28	10	8	51	1.65
55497--56198	331	2.1	333	82	6	850	28	10	8	51	1.65
55537--56289	166	4.5	163	81	8	736	29	11	9	50	1.69
55600--56289	331	2.1	331	80	6	770	29	11	8	50	1.68
61693--61760	33	2.1	32	83	10	84	33	11	19	35	1.88
62747--62774	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
64953--65002	27	2.0	26	84	11	68	26	38	16	20	1.92
66929--66956	3	9.3	3	100	0	56	32	0	35	32	1.58
71505--71544	13	3.1	13	85	0	62	32	12	15	40	1.84
73098--73134	17	2.2	17	100	0	74	29	18	21	29	1.97
73417--73476	30	2.0	30	93	0	102	38	8	23	30	1.84
74028--74100	20	3.7	19	87	7	85	28	15	16	39	1.89
82880--83157	58	5.0	58	88	5	364	47	12	20	19	1.82
84137--84161	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
84150--84248	20	4.8	20	66	19	69	29	15	22	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85969--86013	20	2.1	22	88	8	67	17	28	35	17	1.93
91011--91041	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
92745--92771	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
93362--93389	14	2.0	14	100	0	56	21	21	14	42	1.88
93534--93772	78	3.1	78	80	0	262	29	30	14	25	1.94
94264--94484	43	5.1	43	75	1	183	17	27	21	33	1.96
94267--94488	86	2.6	85	81	5	232	18	26	21	34	1.96
94454--94716	85	3.1	84	79	4	269	23	29	15	31	1.95
94260--94716	43	10.7	43	70	7	182	21	28	17	32	1.96
95705--96567	166	5.2	165	81	3	812	27	9	9	53	1.64
95720--96650	165	5.6	164	79	7	480	27	10	9	52	1.66
97231--97270	11	3.3	12	82	10	55	72	0	17	10	1.11
98508--98536	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
98580--98636	19	2.9	20	78	5	62	29	14	15	40	1.87
106433--106488	19	2.9	19	91	2	85	33	17	17	30	1.94
106473--106499	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
106836--106899	33	1.9	33	87	0	92	21	18	32	26	1.97
114451--114488	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
118064--118139	24	3.2	24	74	9	75	50	0	6	43	1.28
118212--118255	17	2.5	17	88	3	61	34	0	0	65	0.93
129695--129735	22	1.9	22	85	5	57	51	4	9	34	1.56
133322--133360	21	1.9	21	89	5	62	48	12	17	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134792--134816	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
135538--135576	20	2.0	20	100	0	78	25	35	5	33	1.78
137387--137412	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
137398--137476	20	3.7	20	76	15	77	44	15	15	25	1.85
139492--139522	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
141326--141370	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
143590--143615	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
145141--145176	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
145948--146024	27	2.9	25	75	17	66	49	7	3	38	1.50
148541--148580	20	2.0	20	100	0	80	45	20	10	25	1.81
151073--151149	23	3.3	23	76	5	75	28	2	16	51	1.58
151988--152026	21	1.9	21	89	5	62	61	5	0	33	1.18
152552--153032	157	3.1	156	77	7	479	40	18	14	26	1.90
154703--154763	26	2.3	26	78	10	70	19	1	3	75	1.03
155101--155478	152	2.5	153	79	6	433	49	9	8	32	1.66
156642--156683	22	1.9	22	90	0	66	16	23	11	47	1.80
157500--157556	19	2.9	19	87	5	87	35	14	15	35	1.88
157541--157567	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
157522--157586	32	2.0	32	90	3	103	38	15	16	29	1.90
164453--164514	29	2.1	29	96	0	115	27	19	19	33	1.96
166890--166934	3	15.3	3	90	4	74	64	0	0	35	0.94
166930--166961	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174460--174557	19	5.8	19	72	26	103	33	11	18	36	1.86
174461--174555	32	3.0	32	98	0	181	33	11	18	35	1.87
174480--174536	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
174598--174622	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
174631--174759	52	2.5	52	89	0	204	36	17	17	28	1.93
181703--181728	12	2.2	12	100	0	52	84	15	0	0	0.62
183022--183232	92	2.3	89	86	8	284	23	27	17	30	1.97
183023--183225	30	6.7	29	86	10	241	24	27	18	30	1.98
183210--183354	27	4.9	27	74	19	101	19	33	13	33	1.91
183206--183422	95	2.3	95	88	6	316	19	33	12	33	1.90

Tables:   1   2   3   4   5