genome.fa.s251.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold251
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  763550

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
524976--525105	59	2.2	59	87	0	179	32	27	16	23	1.96
524401--525136	28	24.6	28	74	12	237	29	29	17	23	1.97
524655--525387	65	11.6	65	75	11	301	29	30	17	23	1.97
524654--525378	130	5.7	130	73	13	339	29	30	17	23	1.97
525461--525600	52	2.7	51	80	6	156	25	26	12	35	1.92
525493--525813	113	2.9	112	83	2	410	25	24	14	35	1.94
526567--526629	9	7.5	8	81	15	74	74	9	1	14	1.13
526568--526629	16	3.7	16	79	14	63	74	9	1	14	1.15
526633--526667	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
539300--539666	79	4.6	78	75	7	303	26	24	13	35	1.92
539378--539663	158	1.8	159	81	3	362	25	24	13	36	1.92
539653--540217	79	7.2	78	76	6	435	27	23	13	35	1.93
539536--539771	131	1.8	131	86	0	346	26	24	12	36	1.91
539443--539838	210	1.9	210	81	5	487	26	24	12	36	1.92
539653--540216	158	3.6	157	78	5	566	27	23	13	35	1.93
546514--547230	61	11.8	61	84	2	715	26	26	17	29	1.97
547313--547463	70	2.2	70	84	2	205	21	24	14	39	1.91
547453--547595	42	3.4	42	88	2	207	19	25	11	43	1.85
548330--548385	20	2.8	20	86	0	85	50	10	10	28	1.71
548373--548427	20	2.7	21	85	2	76	25	10	12	50	1.73
548394--548492	51	1.9	52	85	4	137	26	14	15	44	1.84
549446--549506	32	1.9	32	96	0	113	26	19	13	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
549936--550005	36	2.0	36	85	2	97	32	14	27	25	1.94
549973--550032	31	2.0	31	83	9	79	30	16	25	28	1.97
552032--552377	79	4.4	79	77	8	312	26	22	13	37	1.91
552106--552295	80	2.4	79	80	2	202	26	24	13	36	1.92
552270--552481	115	1.8	115	84	2	291	27	19	12	39	1.88
552111--552642	274	1.9	274	79	6	587	27	22	13	36	1.91
552812--552881	28	2.5	28	83	0	95	24	27	22	25	2.00
552386--552854	79	6.0	78	75	9	393	28	22	13	35	1.92
552755--552952	107	1.9	106	85	4	274	25	23	17	33	1.96
552736--552962	107	2.1	105	80	6	269	25	24	16	33	1.96
552840--552991	79	1.9	79	84	0	205	26	22	16	34	1.95
553167--553205	19	2.1	19	100	0	78	48	15	15	20	1.81
557023--557049	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
557033--557089	19	2.9	19	84	2	78	31	17	17	33	1.93
557119--557183	33	2.0	33	90	6	105	33	10	18	36	1.86
559434--559598	79	2.1	78	83	5	199	40	14	27	17	1.88
561411--561448	19	2.0	19	100	0	76	15	26	31	26	1.96
567308--567380	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
567326--567401	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
567308--567401	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
567441--567465	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
573600--573637	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
575431--575492	32	1.9	32	100	0	124	25	3	25	45	1.69
576114--576186	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
576132--576207	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
576114--576207	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
576247--576271	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
580055--580089	17	2.1	17	94	0	61	22	25	5	45	1.74
581933--581957	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
588066--588091	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
588044--588111	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
590599--590684	37	2.3	38	97	2	165	25	15	15	44	1.85
591081--591284	32	6.7	30	76	11	123	31	31	15	22	1.94
591030--591680	28	22.6	28	79	9	582	30	30	17	21	1.96
591030--591680	171	3.8	170	81	7	656	30	30	17	21	1.96
591715--591836	49	2.7	43	77	14	145	24	22	18	34	1.96
591739--591974	49	4.8	49	82	3	247	26	24	15	33	1.95
591760--592034	101	2.8	100	80	5	288	26	25	16	31	1.96
596712--596764	27	2.0	26	85	7	72	18	11	39	30	1.86
599154--599191	20	1.9	20	100	0	76	50	15	13	21	1.78
599239--599291	20	2.7	20	88	8	81	32	18	11	37	1.87
602277--602309	17	1.9	17	100	0	66	48	0	0	51	1.00
604031--604083	20	2.6	20	81	3	61	41	7	16	33	1.77
604049--604104	20	2.7	21	80	5	69	39	12	17	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
604129--604183	20	2.6	21	77	5	58	43	9	12	34	1.74
607392--607417	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
607370--607437	33	2.1	32	88	2	100	33	14	16	35	1.89
607472--607521	20	2.4	21	86	3	66	30	18	14	38	1.89
607513--607538	13	2.0	13	100	0	52	38	23	15	23	1.92
616170--616195	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
616148--616215	33	2.1	32	88	2	100	33	14	16	35	1.89
616269--616297	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
616281--616331	20	2.5	20	81	6	59	29	15	19	35	1.93
623018--623065	21	2.3	21	96	0	87	25	41	0	33	1.55
629430--629462	3	11.0	3	93	0	57	30	33	0	36	1.58
632538--633023	32	15.2	31	80	8	476	30	33	16	19	1.94
632544--633023	63	7.5	63	81	8	481	30	33	16	19	1.94
632544--633015	129	3.7	126	80	7	515	30	33	16	19	1.94
632544--633000	224	2.0	223	84	5	584	30	33	16	19	1.94
633079--633899	52	15.6	52	73	6	492	23	23	14	38	1.92
633076--633903	104	7.9	104	76	5	695	23	22	14	38	1.91
633688--633963	114	2.4	115	82	4	321	23	23	13	38	1.91
634669--634724	20	2.7	21	86	5	78	44	14	12	28	1.81
635567--636282	155	4.6	157	81	6	773	45	18	8	27	1.78
635567--636291	308	2.3	307	83	5	863	46	18	8	27	1.78
636698--636722	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
636710--636762	21	2.6	21	81	3	63	39	13	15	32	1.85
636823--636848	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
636803--636869	32	2.1	32	91	5	109	34	19	13	32	1.91
641268--641330	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
641287--641311	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
641266--641338	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
641382--641407	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
641362--641428	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
643879--643954	27	2.8	28	85	2	100	23	35	21	19	1.96
643937--644158	52	4.3	51	78	7	214	30	26	11	31	1.92
644146--644217	28	2.6	28	84	8	85	25	36	16	22	1.94
643772--644267	263	1.9	262	90	2	789	29	27	13	29	1.94
644092--644296	107	1.9	107	81	5	243	27	28	14	28	1.95
647961--648004	21	2.0	22	91	4	72	36	0	29	34	1.58
648509--648580	20	3.7	19	75	15	67	38	16	15	29	1.89
648509--648602	20	4.7	20	71	17	63	39	14	15	29	1.88
648652--648677	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
648632--648699	33	2.1	33	88	2	102	35	17	13	33	1.89
650395--650429	6	5.8	6	93	0	61	0	0	14	85	0.59
650911--651537	155	4.1	152	80	6	622	51	7	6	33	1.57
653942--653979	13	3.0	13	84	3	51	47	10	2	39	1.52
654468--654516	24	2.0	24	92	0	80	38	16	12	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
654468--654543	23	3.3	22	85	5	71	32	19	13	34	1.90
664619--664656	20	1.9	20	94	0	67	31	15	10	42	1.81
664671--664725	20	2.8	20	91	0	92	38	7	14	40	1.74
669831--669959	52	2.5	52	94	0	231	28	17	17	35	1.93
669968--669992	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
670035--670132	19	5.8	18	69	28	81	37	17	11	33	1.85
670030--670130	32	3.1	32	94	1	175	36	17	10	34	1.85
670054--670110	13	3.9	13	72	24	51	35	17	12	35	1.87
675437--675487	19	2.7	18	74	11	57	74	7	11	5	1.21
675397--675499	46	2.2	46	83	13	124	71	9	10	7	1.30

Tables:   1   2   3   4   5