genome.fa.s251.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold251
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  763550

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  2  of  5  ( 560 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183272--183427	61	2.4	63	78	15	176	18	33	11	35	1.87
183228--183438	34	6.5	33	80	12	215	20	33	11	35	1.88
183428--183688	33	8.0	32	84	7	303	28	33	18	19	1.95
183428--183682	98	2.6	98	90	4	415	29	33	18	18	1.95
183428--183681	66	3.9	65	85	5	334	29	33	18	18	1.95
183683--184075	49	8.1	49	81	9	477	24	26	17	32	1.97
183686--184065	92	4.0	93	89	6	568	24	26	17	31	1.97
183873--184073	50	4.0	50	84	5	278	23	25	16	33	1.96
185115--185140	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
185201--185273	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
185179--185273	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
185880--185925	16	2.8	16	93	6	74	30	39	2	28	1.69
187152--187190	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
187176--187254	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
189271--189308	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
193370--193395	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
193456--193528	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
193434--193528	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
194726--194751	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
194708--194771	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
195591--195719	52	2.5	52	90	0	204	37	18	17	27	1.93
200152--200182	16	1.9	16	93	0	53	51	9	9	29	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201816--201849	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
203679--203731	20	2.6	20	82	8	63	45	9	16	28	1.79
203801--203854	20	2.6	21	88	2	74	31	16	11	40	1.84
204647--204815	50	3.3	50	81	5	205	40	1	5	52	1.35
204721--204896	82	2.1	82	84	11	225	38	2	8	50	1.45
204806--205006	50	4.0	52	79	10	206	37	1	5	54	1.36
204691--204950	135	1.9	135	83	7	332	39	1	6	51	1.40
204647--205199	185	2.9	182	78	13	553	39	1	5	53	1.34
204806--205242	103	4.4	101	75	14	366	38	1	5	54	1.32
204979--205050	24	3.2	23	73	15	78	38	0	5	55	1.23
205023--205244	52	4.5	51	78	11	196	40	0	4	54	1.25
205150--205216	22	3.1	21	71	14	55	44	0	2	52	1.16
205145--205247	44	2.3	44	88	5	145	44	0	1	52	1.18
205562--205665	51	2.0	51	98	0	199	51	10	11	25	1.70
209425--209463	20	2.0	20	89	0	60	41	7	17	33	1.79
209519--209637	51	2.3	52	88	1	168	29	10	14	45	1.79
210760--210804	23	2.0	23	82	8	56	44	6	15	33	1.73
212396--212420	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
212502--212553	20	2.7	20	91	8	81	38	17	15	28	1.90
219642--219698	25	2.3	25	100	0	114	43	3	33	19	1.68
219701--219742	22	1.9	22	90	9	68	30	0	30	38	1.58
220302--220326	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220316--220366	21	2.5	21	81	9	61	43	17	11	27	1.84
220427--220452	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
220407--220474	33	2.1	32	91	8	111	35	16	16	32	1.91
227477--227530	21	2.6	21	85	2	74	37	16	12	33	1.87
227589--227653	32	2.0	33	90	3	105	41	15	13	29	1.86
227570--227692	20	6.6	20	70	19	95	36	14	15	33	1.88
228553--228626	35	2.1	36	87	2	105	48	14	12	24	1.78
232115--232243	52	2.5	52	88	0	195	28	15	18	37	1.92
232115--232263	52	2.9	52	85	2	156	30	15	18	35	1.92
232252--232276	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
232321--232391	32	2.2	32	90	5	108	38	15	11	35	1.83
233084--233208	53	2.4	53	80	6	137	36	14	24	24	1.93
233022--233373	174	2.0	173	88	1	526	36	14	25	23	1.93
233287--233750	49	9.8	49	78	9	480	31	18	23	26	1.97
233287--233753	92	5.0	92	92	2	691	31	17	23	26	1.97
233798--233901	35	3.3	30	73	13	91	29	12	33	24	1.92
235125--235182	1	58.0	1	78	0	62	0	0	10	89	0.48
235126--235184	17	3.6	17	82	17	81	0	0	11	88	0.53
235114--235188	31	2.5	30	77	10	89	0	0	14	85	0.60
235114--235188	36	2.1	36	87	5	107	0	0	14	85	0.60
235113--235178	15	4.5	15	86	7	82	0	0	13	86	0.57
235138--235194	29	2.0	29	86	6	80	1	1	12	84	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241957--242085	52	2.5	52	93	0	231	27	17	18	36	1.93
242163--242265	32	3.2	32	92	0	170	35	18	10	34	1.86
242170--242266	19	5.8	18	70	27	79	36	17	10	36	1.84
245565--245631	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
245585--245609	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
245674--245698	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
245707--245827	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
249490--249877	79	4.9	77	78	8	345	31	14	26	26	1.95
249490--249877	157	2.5	157	82	3	431	31	14	26	26	1.95
249810--249927	50	2.3	51	86	2	175	28	10	28	32	1.90
252225--252278	20	2.7	20	82	5	65	40	11	18	29	1.85
267095--267133	13	3.0	13	76	0	51	35	15	10	38	1.81
267937--267962	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
270180--270224	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
272027--272057	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
274072--274151	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
274137--274175	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
274296--274342	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
274298--274340	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
276724--276749	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
279632--279657	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
279612--279679	34	2.1	32	86	10	93	35	14	14	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280946--281016	20	3.6	19	76	12	72	40	11	14	33	1.81
281983--282617	60	10.8	58	77	10	488	24	29	12	33	1.92
281982--282617	29	21.6	29	76	10	499	24	30	12	33	1.92
281982--282617	30	21.6	30	76	10	412	24	30	12	33	1.92
282603--282949	31	11.0	31	82	4	374	30	29	17	23	1.96
282640--282992	62	5.6	63	83	5	232	30	30	16	22	1.96
283485--283610	52	2.5	51	80	3	137	25	27	15	30	1.96
284363--284481	51	2.3	52	88	1	186	29	19	13	37	1.90
292502--292857	165	2.2	166	85	5	479	29	9	8	52	1.64
293886--293926	13	3.4	12	78	21	50	36	14	14	34	1.87
293886--293942	20	2.7	21	84	15	73	36	17	14	31	1.89
293992--294018	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
294026--294068	20	2.0	20	86	8	59	20	11	25	41	1.86
296282--296321	21	2.0	21	90	5	64	47	0	20	32	1.50
302590--302640	20	2.5	20	90	6	77	35	17	13	33	1.89
302672--302726	19	2.8	20	80	5	67	38	16	12	32	1.86
304266--304302	17	2.2	17	90	9	58	75	0	0	24	0.80
304273--304304	15	2.1	16	94	5	57	71	0	0	28	0.86
304453--304743	139	2.1	141	85	6	387	37	10	9	41	1.73
315411--315472	3	20.7	3	89	0	97	38	0	30	30	1.58
315913--315953	21	2.0	21	90	0	64	68	0	12	19	1.21
315969--316009	21	2.0	21	85	0	55	53	12	17	17	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
316337--316402	33	2.0	33	81	0	78	33	15	15	36	1.88
322907--322962	17	3.6	17	68	26	61	42	0	42	14	1.45
323711--323760	21	2.5	21	80	6	59	30	12	18	40	1.86
325692--325724	17	2.0	17	88	5	50	81	15	0	3	0.80
327172--327222	21	2.5	21	81	9	61	39	15	15	29	1.89
327272--327297	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
327252--327319	33	2.1	33	88	2	102	36	19	11	32	1.88
329799--329873	20	3.8	20	85	3	98	42	13	12	32	1.80
330807--330840	14	2.4	14	95	0	59	44	23	11	20	1.84
334054--334258	102	2.0	103	97	0	385	26	19	13	40	1.88

Tables:   1   2   3   4   5