genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold26
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1656043

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841102--841166	31	2.1	31	97	0	121	30	18	27	23	1.97
841723--841785	32	2.0	32	100	0	126	34	17	15	31	1.92
842605--842651	19	2.4	20	92	3	78	48	12	10	27	1.74
842712--842762	20	2.5	20	90	3	75	33	15	9	41	1.80
846366--846467	41	2.5	42	83	1	134	42	13	22	21	1.88
846446--847575	62	18.4	61	83	5	1146	31	18	24	25	1.97
846689--846785	50	1.9	50	91	4	160	34	19	20	25	1.96
846628--846843	111	1.9	111	89	3	337	32	19	22	25	1.98
848257--848281	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
848237--848303	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
848344--848368	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
857345--857461	51	2.3	51	86	4	164	28	11	30	29	1.91
857398--857545	79	1.9	77	85	2	206	29	14	29	27	1.95
857479--857575	51	1.9	51	87	4	142	36	12	24	26	1.91
857300--857577	130	2.1	130	81	3	328	33	12	25	28	1.92
860689--860786	51	1.9	51	91	0	160	30	23	10	35	1.88
860818--860915	51	1.9	51	85	8	137	29	27	9	33	1.88
860687--861090	130	3.1	130	78	8	383	28	25	11	34	1.90
860688--861079	129	3.0	128	78	7	389	28	25	11	34	1.91
863382--863406	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
866275--867587	654	2.0	654	98	0	2563	33	14	19	32	1.92
872731--872771	20	2.0	20	95	0	73	34	24	12	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872760--872809	19	2.5	20	83	3	66	34	22	16	28	1.95
875603--875659	28	2.0	28	96	0	105	40	19	10	29	1.85
878282--878320	15	2.4	16	87	8	53	43	2	7	46	1.46
878940--879041	51	2.0	52	86	1	143	26	11	9	51	1.69
894042--894096	20	2.8	20	97	0	101	27	21	14	36	1.93
896415--896470	3	18.7	3	81	0	67	30	28	0	41	1.57
896415--896477	12	5.2	12	84	0	72	30	28	0	41	1.56
896425--896485	21	2.9	21	90	4	88	27	29	0	42	1.56
901343--901376	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
902297--902329	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
903468--903508	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
903508--903556	2	24.5	2	95	0	89	48	0	51	0	1.00
905606--905871	144	1.8	144	83	0	352	32	13	24	29	1.93
905403--906234	360	2.3	360	93	1	1418	32	15	22	29	1.95
905966--906516	144	3.8	144	89	0	773	33	13	22	30	1.93
906046--906598	288	1.9	288	82	4	677	34	13	20	30	1.92
908206--908244	20	2.0	20	85	10	53	35	12	2	48	1.55
908431--908484	13	3.4	17	73	21	62	70	0	0	29	0.88
908418--908492	30	2.5	30	85	10	109	66	0	1	32	1.00
909425--909479	29	1.9	28	88	3	83	45	7	0	47	1.30
909533--909574	21	2.1	21	83	16	54	33	11	0	54	1.37
909623--909676	21	2.6	21	84	0	63	40	14	0	44	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
910003--910051	27	1.9	25	84	12	64	26	4	22	46	1.69
910005--910094	28	3.4	27	78	6	85	26	6	20	46	1.75
910150--910195	20	2.3	20	84	0	56	10	47	4	36	1.58
914579--914647	28	2.5	28	88	2	95	24	5	21	47	1.72
914579--914668	28	3.4	27	81	6	94	25	6	21	46	1.75
914724--914769	20	2.3	20	84	0	56	10	47	4	36	1.58
915396--915607	104	2.0	107	88	6	324	40	9	9	40	1.70
915801--915890	45	2.0	45	88	0	135	30	12	15	42	1.83
919136--919168	16	2.1	16	100	0	66	30	6	18	45	1.73
919739--919783	8	5.4	9	77	17	53	44	0	0	55	0.99
920168--920209	17	2.6	17	85	7	52	64	0	0	35	0.94
920448--920495	18	2.4	20	83	16	64	29	0	0	70	0.87
920419--920507	28	3.1	28	73	17	85	30	2	1	66	1.11
920952--920985	18	2.0	18	88	11	54	32	0	0	67	0.91
921908--922084	84	2.1	84	98	0	345	24	7	9	59	1.53
923145--923197	26	2.1	25	89	3	79	32	1	1	64	1.15
923259--923302	16	3.0	16	71	25	51	43	4	2	50	1.35
923573--923630	21	2.8	21	97	0	107	36	3	24	36	1.72
926824--926863	21	1.9	21	84	0	53	37	7	2	52	1.43
926914--926971	27	2.1	27	93	0	98	37	3	10	48	1.54
933624--933729	48	2.2	48	86	0	140	59	14	10	16	1.61
933853--933882	14	2.1	14	100	0	60	43	26	0	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
934729--934756	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
937395--937430	18	1.9	19	88	5	56	30	2	5	61	1.33
938853--938916	18	3.6	18	81	6	67	31	32	6	29	1.82
939203--939262	32	1.9	32	83	12	81	50	5	3	41	1.41
939203--939262	31	1.9	30	83	12	77	50	5	3	41	1.41
941253--941297	23	2.0	22	83	16	56	44	6	0	48	1.29
941491--941553	29	2.2	29	88	0	90	42	7	3	46	1.49
942750--942784	8	4.4	8	92	0	52	57	0	0	42	0.99
942751--942781	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
950301--950371	27	2.6	27	88	6	99	46	23	7	22	1.76
954849--954919	27	2.6	27	88	6	99	46	23	7	22	1.76
956497--956533	17	2.2	18	90	9	60	48	10	0	40	1.38
956815--956854	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
958317--958375	22	2.6	23	83	8	84	52	0	0	47	1.00
958329--958375	20	2.2	21	85	7	60	51	0	0	48	1.00
958388--958433	23	2.0	22	84	12	58	43	4	2	50	1.34
958749--958798	8	6.6	8	75	13	52	36	0	0	64	0.94
958749--958800	23	2.3	22	96	3	95	34	0	0	65	0.93
958810--958857	20	2.4	20	76	16	55	64	2	0	33	1.05
963273--963300	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
963300--963344	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
963776--963806	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
964609--964650	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
965203--965239	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
967181--967205	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
967161--967227	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
967268--967295	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
967301--967452	52	2.9	52	93	3	250	34	17	18	29	1.94
970940--971001	30	2.1	29	85	5	81	33	3	3	59	1.29
971523--971564	23	1.9	21	85	9	57	54	0	2	42	1.13
972168--972205	17	2.2	18	85	4	51	42	0	0	57	0.98
975349--975393	20	2.1	22	84	8	58	75	0	8	15	1.03
988288--988440	60	2.5	60	98	0	297	35	15	18	30	1.92
989893--989919	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
989904--989959	19	2.9	19	86	2	76	32	17	12	37	1.88
991614--991648	3	11.7	3	87	0	52	40	0	31	28	1.57
993176--993281	30	3.5	30	69	11	90	25	15	17	41	1.89
993223--993252	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
993173--993301	62	2.1	63	89	4	199	26	16	16	41	1.89
994763--994820	1	58.0	1	75	0	53	87	6	1	3	0.70
994763--994820	9	6.6	9	81	13	59	87	6	1	3	0.70
994763--994819	17	3.4	17	83	11	64	87	7	1	3	0.71
994787--994835	19	2.5	20	86	3	64	85	2	10	2	0.76
994787--994835	10	5.1	9	83	11	53	85	2	10	2	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995912--996060	61	2.4	62	84	1	183	26	26	19	26	1.99
995912--996084	61	2.8	60	78	4	175	27	27	19	25	1.98
995784--996295	217	2.4	211	83	7	642	26	28	18	26	1.98
996105--996552	61	7.5	61	81	6	476	25	26	19	28	1.99
996101--996552	124	3.8	122	81	7	497	25	26	19	28	1.99
996125--996552	185	2.4	182	83	5	512	25	26	19	28	1.99
996531--996601	37	1.9	36	91	2	115	8	29	16	45	1.77
996585--996900	41	7.8	41	73	11	204	20	25	12	42	1.86
996730--996890	83	1.9	83	81	9	195	22	26	10	40	1.86
997494--997519	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8