genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold26
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1656043

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1329693--1329743	15	3.4	15	77	17	52	64	5	0	29	1.17
1329796--1329836	19	2.2	19	86	8	57	2	24	0	73	0.96
1330550--1330586	13	2.9	13	92	4	58	72	0	0	27	0.84
1330550--1330587	12	3.1	12	88	7	58	71	0	0	28	0.87
1330218--1330996	250	3.1	249	86	4	1105	47	7	10	35	1.66
1331623--1331658	19	1.9	19	94	5	65	77	0	0	22	0.76
1331620--1331669	19	2.6	19	78	9	57	72	0	6	22	1.07
1331809--1331852	23	2.0	22	82	13	54	54	0	6	38	1.27
1332373--1332427	12	4.3	12	74	26	51	65	1	1	30	1.13
1332517--1332557	11	3.9	11	79	20	52	73	0	0	26	0.84
1332506--1332556	26	1.9	27	84	11	70	70	0	0	29	0.87
1332730--1332768	18	2.2	18	86	9	53	2	25	0	71	0.98
1332720--1332774	24	2.3	23	75	9	58	1	23	0	74	0.91
1334171--1334214	7	6.0	7	82	10	52	15	4	0	79	0.89
1334152--1334207	14	3.6	15	76	11	51	21	1	3	73	1.08
1334237--1334297	18	3.1	18	84	15	77	54	1	0	44	1.10
1334384--1334409	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
1334674--1334712	18	2.2	18	90	9	62	30	0	0	69	0.89
1334685--1334728	20	2.3	19	84	11	54	34	0	2	63	1.07
1337635--1337708	19	3.7	19	85	8	78	37	17	16	28	1.91
1340142--1340169	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
1344071--1344120	21	2.4	21	76	6	57	22	14	4	60	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1346318--1346417	33	3.0	33	95	2	175	33	17	15	35	1.90
1346338--1346401	13	5.4	13	75	21	68	34	15	15	34	1.90
1346351--1346416	20	3.7	20	73	26	83	33	18	15	33	1.92
1346446--1346502	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
1346487--1346513	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1351051--1351089	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
1352999--1353040	20	2.0	20	86	4	57	4	30	47	16	1.67
1359599--1359633	10	3.5	10	96	0	61	22	31	20	25	1.98
1359781--1359805	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1359815--1359853	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
1362630--1363068	49	8.9	49	83	6	453	33	16	25	25	1.96
1363088--1363216	28	4.6	27	80	7	141	17	19	31	31	1.95
1364656--1364715	1	60.0	1	76	0	57	5	0	6	88	0.63
1364645--1364703	16	3.4	17	82	13	57	6	1	10	81	0.94
1364646--1364715	19	3.8	19	85	11	76	5	1	8	84	0.84
1364656--1364715	27	2.2	27	93	0	102	5	0	6	88	0.63
1364655--1364705	16	3.0	16	88	8	66	3	0	9	86	0.70
1364656--1364715	19	3.2	18	90	4	84	5	0	6	88	0.63
1380947--1381056	54	2.0	56	82	5	134	31	14	13	40	1.85
1381853--1382074	111	2.0	111	87	1	320	36	13	26	22	1.92
1382243--1382814	66	8.9	64	77	9	420	21	15	31	31	1.94
1382227--1382785	99	5.8	98	78	7	495	22	15	31	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1382243--1382814	31	17.8	32	79	5	496	21	15	31	31	1.94
1382828--1382903	33	2.3	33	78	13	84	42	11	28	17	1.84
1382911--1383071	27	5.7	27	74	15	119	32	12	31	22	1.91
1382864--1383104	88	2.8	86	80	8	254	36	12	29	22	1.91
1383039--1383258	33	6.8	33	77	9	213	36	11	30	21	1.90
1383087--1383258	93	1.8	93	85	2	238	34	11	31	23	1.89
1383136--1383197	27	2.3	27	85	0	88	33	9	33	22	1.87
1383272--1383423	30	5.1	30	83	4	137	34	17	27	20	1.95
1383272--1383423	60	2.5	59	85	6	191	34	17	27	20	1.95
1383246--1383411	90	1.8	91	85	1	235	33	16	28	21	1.95
1383248--1383438	90	2.1	91	82	4	226	34	15	28	21	1.94
1383251--1383424	30	5.8	29	82	4	125	34	16	28	20	1.94
1385166--1385221	20	2.8	20	91	0	85	37	12	12	37	1.81
1385273--1385315	21	2.1	21	83	12	54	25	16	13	44	1.85
1389494--1389558	12	5.4	12	75	14	55	69	3	0	27	1.03
1390317--1390362	24	2.0	24	86	4	67	69	4	13	13	1.33
1390340--1390376	18	2.1	18	95	5	67	75	2	10	10	1.14
1390686--1390728	21	2.2	19	87	8	59	16	0	16	67	1.24
1396582--1396706	20	5.7	20	73	18	97	43	12	14	30	1.82
1397589--1398329	28	25.1	28	84	5	647	22	17	30	29	1.97
1397589--1398329	114	6.3	113	83	6	696	22	17	30	29	1.97
1397589--1398313	171	4.1	172	82	5	713	22	17	30	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1397584--1398316	85	8.2	96	83	7	470	22	17	30	29	1.96
1424504--1424604	31	3.3	31	82	8	136	24	27	15	31	1.96
1426629--1426855	103	2.2	103	87	1	330	27	21	14	36	1.92
1426625--1426882	103	2.5	101	80	5	304	27	22	13	36	1.92
1430128--1430172	13	3.4	14	82	17	60	51	0	0	48	1.00
1430186--1430248	33	1.9	34	93	6	112	47	0	0	52	1.00
1430195--1430260	32	2.1	32	85	5	89	51	0	0	48	1.00
1435407--1435432	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1440370--1440405	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1441168--1441215	26	1.9	24	83	8	60	35	2	4	58	1.29
1441218--1441277	22	2.9	21	81	13	70	61	5	5	28	1.38
1442021--1442104	44	2.0	42	82	11	102	32	7	5	54	1.52
1449264--1449301	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
1450204--1450944	28	25.1	28	84	5	638	22	17	30	29	1.96
1450204--1450944	114	6.3	115	82	6	706	22	17	30	29	1.96
1450199--1450931	85	8.2	96	83	7	452	22	17	30	30	1.96
1450198--1450944	57	12.6	64	84	7	403	22	17	30	29	1.96
1452216--1452255	8	5.1	8	87	6	64	2	0	12	85	0.71
1477135--1477235	31	3.3	31	85	8	145	24	26	15	32	1.96
1479269--1479495	103	2.2	102	86	3	321	27	21	14	37	1.92
1479265--1479522	103	2.5	101	80	5	304	27	22	13	36	1.91
1482720--1482749	14	2.1	14	93	0	51	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1482767--1482811	13	3.4	14	82	17	60	51	0	0	48	1.00
1482805--1482881	33	2.2	35	75	20	88	48	0	1	50	1.09
1482815--1482886	33	2.2	34	90	5	112	50	0	1	48	1.09
1482815--1482889	32	2.3	32	86	11	107	50	0	1	48	1.09
1482834--1482899	32	2.1	32	85	5	89	53	0	0	46	1.00
1491925--1491956	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1492729--1492776	26	1.9	24	83	8	60	35	2	4	58	1.29
1492779--1492840	22	2.8	23	85	7	83	61	4	4	29	1.37
1498198--1498240	21	2.0	21	81	0	50	37	11	6	44	1.68
1506758--1506827	20	3.5	19	81	11	79	31	14	15	38	1.88
1512965--1513018	20	2.7	20	97	0	99	27	14	12	44	1.82
1512964--1513067	20	4.8	20	76	19	91	28	16	13	41	1.86
1512915--1513067	69	2.2	70	91	3	247	28	16	15	39	1.89
1514388--1514412	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1514347--1514538	56	3.3	56	69	18	156	40	11	18	30	1.86
1514403--1514487	32	2.7	32	94	0	152	42	8	16	32	1.78
1514508--1514560	13	3.9	13	72	18	54	37	16	13	32	1.88
1514315--1514538	120	1.9	120	93	0	385	39	10	18	30	1.85
1514628--1514652	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1517917--1518642	166	4.4	167	81	7	773	30	10	8	50	1.66
1517909--1518641	165	4.4	164	81	8	761	30	10	8	50	1.66
1517999--1518642	334	1.9	333	84	7	844	31	10	7	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1518716--1518865	76	2.0	77	89	4	232	29	10	8	52	1.63
1519316--1519357	11	3.6	12	81	15	52	71	0	28	0	0.86
1519325--1519359	11	3.1	12	88	12	56	77	0	22	0	0.78
1520575--1520608	16	2.1	16	88	0	50	73	0	2	23	0.97
1523558--1523583	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1523643--1523715	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1523622--1523715	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
1523622--1523697	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
1524349--1524390	21	2.0	21	100	0	84	52	19	4	23	1.65
1526178--1526215	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8