genome.fa.s260.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold260
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1006324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1791--2378	55	10.4	55	81	11	658	24	20	26	28	1.99
2184--2268	27	3.1	27	61	15	66	23	18	29	28	1.98
6884--6916	9	3.7	9	88	12	50	30	27	0	42	1.56
8501--8569	33	2.1	33	89	5	104	39	18	11	30	1.87
8526--8550	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
8597--8650	19	2.8	19	78	10	65	33	14	14	37	1.88
8639--8663	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
11444--11499	20	2.8	20	97	0	103	30	12	10	46	1.76
17432--17488	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
17565--17589	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
17546--17608	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
17545--17611	19	3.8	19	75	22	74	37	11	14	35	1.84
17651--17676	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
17631--17697	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
20144--20219	27	2.8	27	90	6	109	23	32	21	22	1.98
20202--20371	52	3.3	53	74	14	165	29	25	12	32	1.92
20360--20432	29	2.6	28	84	6	85	23	32	19	24	1.97
26350--26548	79	2.5	79	81	3	204	30	16	28	25	1.96
26503--26574	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
26563--26899	52	6.4	52	69	17	203	31	12	25	29	1.93
26719--26789	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
26449--26841	107	3.7	106	72	12	345	30	14	27	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26456--26901	212	2.1	212	87	4	632	31	13	26	28	1.94
26778--26896	51	2.3	53	84	7	145	33	10	22	32	1.89
29260--29285	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
29239--29305	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
29325--29392	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
29347--29371	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
29328--29390	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
29428--29508	20	4.1	20	96	3	146	30	9	19	39	1.84
36749--36920	52	3.3	52	96	0	317	29	17	17	35	1.93
36749--36940	104	1.8	104	89	2	305	30	17	17	34	1.93
36929--36953	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
40712--40785	9	8.6	8	80	16	69	83	13	2	0	0.74
40710--40774	14	4.6	14	81	11	80	84	15	0	0	0.62
40709--40785	29	2.6	28	81	4	82	83	14	2	0	0.76
41752--42381	55	11.2	53	85	8	706	28	27	19	23	1.99
41752--42381	165	3.7	164	83	9	813	28	27	19	23	1.99
44254--44329	27	2.8	27	86	9	102	25	32	19	22	1.97
44313--44481	52	3.3	51	76	15	161	30	26	11	32	1.91
44145--44546	212	1.9	212	85	5	562	29	26	12	31	1.93
48544--48605	15	4.1	16	72	15	60	20	0	6	72	1.06
52603--52662	21	2.9	21	71	11	61	25	0	3	71	1.01
53529--53600	20	3.6	20	80	10	76	20	2	8	68	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60049--60122	30	2.4	29	78	12	78	47	2	9	40	1.50
60719--60753	17	2.1	17	89	5	54	42	0	0	57	0.99
61664--61735	20	3.6	19	80	14	65	43	18	8	30	1.79
61682--61735	20	2.7	20	88	2	72	42	16	9	31	1.80
61588--61819	113	2.1	112	85	2	313	41	16	9	32	1.81
61588--61845	113	2.3	112	83	2	304	41	15	10	32	1.81
62788--62842	25	2.2	26	90	3	85	38	7	20	34	1.80
64674--64732	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
65011--65036	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
64991--65054	32	2.0	33	93	3	112	29	14	15	40	1.86
65794--65834	20	2.0	20	100	0	82	48	9	0	41	1.36
67612--67636	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
69719--69749	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
73477--73535	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
73815--73840	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
73795--73858	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
75955--76136	84	2.2	84	96	0	337	39	8	23	29	1.83
77474--77498	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
78112--78169	19	3.1	18	78	14	64	31	31	0	37	1.58
84881--85058	90	2.0	90	92	2	295	24	19	19	37	1.94
85323--85356	6	5.7	6	92	0	59	2	35	11	50	1.54
86308--86372	20	3.6	20	69	26	72	29	16	12	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86305--86378	33	2.2	33	97	0	139	32	16	12	39	1.85
86445--86469	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
97122--97172	25	2.0	25	100	0	102	33	19	7	39	1.81
98012--98096	42	2.0	42	90	4	136	32	14	5	47	1.68
98089--98148	30	2.1	28	84	9	77	11	13	0	75	1.06
98078--98179	35	2.9	34	78	15	100	13	11	0	73	1.15
104467--104520	27	2.0	27	100	0	108	29	11	14	44	1.80
107685--107728	17	2.5	18	77	7	54	47	2	0	50	1.13
108127--108204	19	4.1	19	79	15	72	46	1	0	52	1.08
109906--109960	3	17.0	3	78	14	56	69	3	27	0	1.05
109896--109956	9	6.9	9	75	14	56	73	3	22	0	0.97
109910--109955	13	3.5	13	82	11	67	69	4	26	0	1.07
109906--109960	26	2.1	26	100	0	110	69	3	27	0	1.05
111933--111965	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
116271--116491	69	3.2	69	94	1	390	41	16	9	32	1.81
123336--123364	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
125695--125794	51	2.0	51	81	0	119	26	20	14	40	1.90
125751--126128	79	4.8	77	77	6	301	26	23	15	33	1.95
138517--138557	22	1.9	22	90	5	66	85	7	2	4	0.81
139524--139685	61	2.7	61	87	2	220	25	27	17	29	1.98
139707--140342	62	10.3	62	81	6	727	24	26	18	30	1.98
139711--140340	248	2.5	249	86	3	880	24	26	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140311--140573	42	6.4	39	73	11	125	20	24	13	41	1.88
140333--140617	41	6.8	41	75	9	193	19	24	12	43	1.86
140333--140620	83	3.4	83	76	9	280	19	24	12	43	1.86
141211--141239	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
142912--142988	21	3.7	21	85	3	102	35	12	18	33	1.89
143024--143091	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
143045--143069	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
143026--143088	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
143131--143156	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
143111--143177	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
145515--145631	51	2.4	48	83	12	132	29	23	11	34	1.91
145613--145689	27	2.8	27	92	5	120	23	35	19	22	1.96
145753--145922	52	3.3	50	80	6	187	28	27	12	31	1.93
145856--146063	108	1.9	106	83	6	267	27	27	15	29	1.96
145514--146058	291	1.9	284	87	4	806	27	28	14	30	1.95
145937--146090	78	1.9	81	85	8	219	27	28	14	29	1.95
159483--160164	289	2.4	283	84	8	855	27	27	19	25	1.99
159480--160163	55	12.0	55	84	10	724	27	27	19	25	1.99
160846--160911	19	3.8	18	77	22	79	36	12	15	36	1.84
160865--160889	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
160844--160908	32	2.0	32	96	0	121	36	12	15	35	1.85
160951--160976	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160931--160997	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
163263--163360	51	1.9	51	82	12	121	30	23	11	34	1.90
163361--163437	27	2.8	27	92	5	120	23	35	19	22	1.96
163501--163647	51	2.8	51	82	6	170	27	29	12	31	1.93
163262--163822	290	2.0	285	85	5	772	27	28	13	30	1.94
163685--163838	79	1.9	80	87	6	224	27	29	13	29	1.94
175741--175766	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
175723--175787	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
179838--179875	15	2.4	16	82	8	51	47	18	18	15	1.83
182079--182125	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7