genome.fa.s260.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold260
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1006324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809780--809849	23	3.1	22	73	20	65	54	1	0	44	1.09
810610--810659	14	3.3	15	71	18	50	70	0	0	30	0.88
810595--810679	30	2.7	32	84	12	106	64	0	0	35	0.94
810588--810655	22	3.2	22	76	15	63	64	0	0	35	0.94
810588--810667	29	2.6	31	81	18	98	63	0	0	36	0.94
810767--810808	11	3.8	11	78	9	50	64	0	0	35	0.94
811139--811182	14	2.9	15	76	10	54	54	0	0	45	0.99
811172--811234	23	2.7	23	85	9	74	47	1	3	47	1.27
811530--811581	20	2.5	20	81	3	68	55	0	7	36	1.29
811705--811734	13	2.3	13	94	0	51	43	0	0	56	0.99
817966--817996	16	1.9	16	93	0	53	16	0	3	80	0.83
819935--819966	17	2.0	17	88	11	50	62	12	21	3	1.43
820049--820619	42	13.7	41	78	5	430	35	19	30	14	1.91
820080--820625	85	6.5	85	78	5	481	36	19	30	14	1.91
820134--820625	169	2.9	169	79	5	399	36	18	31	13	1.90
820080--820625	127	4.4	127	82	5	646	36	19	30	14	1.91
820564--820694	68	1.9	69	93	1	228	38	15	32	14	1.87
828913--828961	19	2.4	19	80	13	53	44	4	20	30	1.70
833229--833259	16	1.9	16	93	0	53	16	0	3	80	0.83
833636--833671	16	2.2	16	90	0	54	52	16	5	25	1.65
833777--833815	16	2.4	16	84	16	53	74	12	5	7	1.20
835036--835061	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839149--839184	18	1.9	18	88	5	54	63	5	0	30	1.17
841476--841504	15	1.9	15	100	0	58	24	6	27	41	1.80
843392--843438	21	2.2	21	78	17	53	34	0	2	63	1.06
843382--843437	29	2.0	29	86	6	80	35	0	1	62	1.06
843485--843558	11	7.0	11	75	14	59	29	4	0	66	1.10
843485--843573	42	2.2	40	84	8	117	31	3	0	65	1.09
847045--847135	10	9.0	10	74	11	78	64	2	2	30	1.17
847039--847134	39	2.5	39	81	9	135	65	2	2	30	1.15
851288--851531	129	1.9	128	88	2	364	40	9	6	43	1.62
852878--852929	23	2.3	23	80	6	61	51	1	3	42	1.31
857397--857456	21	2.9	20	76	11	59	40	1	0	58	1.08
857381--857432	15	3.5	14	72	12	50	34	1	0	63	1.06
857705--857733	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
857783--857859	21	3.6	21	75	18	61	44	0	0	55	0.99
857946--857987	11	4.0	11	84	6	52	54	2	0	42	1.13
859185--859230	14	3.6	14	77	22	64	71	0	8	19	1.11
859188--859231	13	3.5	13	77	22	58	70	0	6	22	1.11
859179--859231	24	2.2	24	100	0	106	71	0	7	20	1.10
859923--859980	16	3.3	18	79	11	59	31	0	5	63	1.16
859928--859965	19	2.1	19	85	9	53	31	0	5	63	1.17
859947--859993	21	2.2	21	78	17	53	34	0	2	63	1.06
859937--859992	29	2.0	29	86	6	80	35	0	1	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859969--860055	32	2.6	33	72	9	86	40	1	1	57	1.14
860040--860119	19	3.9	20	74	11	81	27	1	0	71	0.94
860045--860119	11	7.2	11	77	7	59	26	1	0	72	0.93
860051--860129	41	1.9	41	92	5	133	30	1	0	68	0.98
860048--860122	10	7.2	11	82	13	88	29	1	0	69	0.97
862819--862951	38	3.5	38	87	1	185	27	29	13	29	1.94
868910--868989	10	7.7	10	71	18	65	63	2	2	31	1.20
868900--868950	26	2.0	26	92	0	84	66	0	1	31	1.03
868893--868985	41	2.3	41	81	7	127	62	3	2	32	1.23
871833--871857	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
871817--871881	32	2.0	33	90	3	105	36	12	16	33	1.87
871919--871943	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
871952--872080	52	2.5	52	94	0	222	34	17	19	28	1.94
875484--875533	16	3.2	16	68	21	52	46	8	8	38	1.63
876940--876987	25	1.9	25	95	0	87	47	41	0	10	1.37
876966--877002	15	2.5	15	95	0	65	51	35	0	13	1.41
890357--890415	20	3.0	19	76	16	66	83	10	3	3	0.89
890358--890417	21	2.8	22	79	2	68	85	8	3	3	0.83
890357--890417	14	4.5	13	83	6	68	83	9	3	3	0.87
891853--892009	28	5.6	28	78	4	156	32	32	14	21	1.92
891853--892009	57	2.8	56	79	5	156	32	32	14	21	1.92
892026--892543	49	10.7	49	77	8	479	23	25	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
892049--892507	101	4.7	98	80	9	420	24	25	18	31	1.97
892026--892543	150	3.5	149	81	8	591	23	25	18	32	1.97
892229--892406	87	2.0	90	87	4	263	26	25	19	28	1.99
892148--892508	188	1.9	188	86	2	510	24	25	18	31	1.98
896812--896850	20	1.9	21	84	5	53	48	5	0	46	1.24
898525--898576	20	2.5	21	78	12	63	38	0	1	59	1.08
898537--898577	19	2.2	20	86	8	59	39	0	2	58	1.11
898933--898969	17	2.2	16	95	4	65	67	0	0	32	0.91
902063--902121	30	2.0	30	83	12	77	50	1	6	40	1.39
902547--902587	16	2.4	18	80	8	50	43	2	0	53	1.13
902560--902635	35	2.1	37	83	11	95	44	2	0	52	1.14
903312--903361	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
905134--905175	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
905943--906015	32	2.2	33	83	11	87	57	1	6	34	1.34
907658--907706	25	2.0	23	84	7	62	46	0	0	53	1.00
908361--908412	24	2.2	24	86	6	70	57	0	1	40	1.10
912971--913038	34	2.0	34	91	0	109	42	17	7	32	1.77
916244--916285	14	2.9	15	85	7	59	50	0	0	50	1.00
917112--917150	20	2.1	19	86	13	55	38	0	0	61	0.96
917345--917378	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
917354--917395	20	2.1	20	86	8	59	42	0	0	57	0.99
917749--917795	12	3.8	12	78	15	51	78	2	17	2	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917910--917943	11	2.9	12	82	8	52	23	0	2	73	0.97
917910--917967	23	2.6	23	80	2	64	22	1	5	70	1.16
918318--918358	17	2.3	18	80	12	50	48	0	0	51	1.00
918334--918376	21	2.2	21	84	12	56	55	0	0	44	0.99
918334--918385	21	2.5	22	81	6	54	61	0	0	38	0.96
918416--918446	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
918877--918928	15	3.5	14	81	7	50	55	0	3	40	1.18
919053--919093	21	2.0	21	90	9	66	41	7	9	41	1.66
919623--919654	16	1.9	17	93	6	57	28	6	0	65	1.16
919767--919805	20	2.1	19	86	13	55	38	0	0	61	0.96
919979--920061	35	2.4	34	78	9	89	36	0	1	62	1.03
919982--920024	22	2.1	21	87	12	63	41	0	0	58	0.98
920954--921001	21	2.5	19	83	12	62	50	0	0	50	1.00
920967--921009	21	2.0	21	82	8	52	58	2	0	39	1.11
922129--922163	16	2.1	17	89	5	54	54	0	2	42	1.15
922422--922485	16	3.9	15	76	15	65	45	1	1	51	1.20
922458--922510	23	2.3	22	78	15	54	39	0	1	58	1.09
922494--922537	22	2.0	23	90	4	72	36	0	0	63	0.95
922497--922539	14	3.0	15	80	10	54	37	0	0	62	0.95
922499--922544	22	2.1	22	84	11	60	41	0	0	58	0.98
922927--922987	31	2.0	29	84	6	77	49	3	1	45	1.28
923094--923159	27	2.4	26	83	14	80	59	1	0	39	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923094--923174	28	3.0	28	75	18	73	53	1	1	44	1.16
923199--923245	23	2.1	22	88	4	67	74	2	0	23	0.93
923201--923252	9	5.2	9	79	20	59	76	1	0	21	0.87
929976--930070	50	1.9	49	80	6	111	28	13	16	41	1.87
930359--930389	1	31.0	1	100	0	62	0	0	100	0	0.00
932037--932065	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
934218--934251	17	2.0	17	88	0	50	35	11	11	41	1.78
943202--943236	4	8.8	4	87	0	52	22	0	5	71	1.07
944055--944081	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
944478--944514	3	12.3	3	100	0	74	35	0	32	32	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7