genome.fa.s260.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold260
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1006324

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185329--185362	17	1.9	18	94	5	61	47	11	0	41	1.40
191594--191620	6	4.5	6	100	0	54	55	14	0	29	1.40
191729--191857	26	5.0	26	98	0	231	51	7	27	12	1.66
192177--192273	44	2.2	43	81	1	104	29	36	24	9	1.87
192236--192278	19	2.3	19	88	4	61	23	39	27	9	1.85
193220--193319	51	1.9	52	82	8	123	31	24	12	33	1.91
193326--193402	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
193419--193914	51	9.5	51	75	8	365	29	25	11	33	1.91
193426--193914	104	4.7	101	71	11	378	29	25	11	33	1.91
193217--193836	262	2.4	257	92	2	1019	28	26	12	32	1.93
193431--193811	211	1.8	211	82	5	493	28	25	12	32	1.93
193902--193973	28	2.6	28	86	4	92	25	34	16	23	1.95
193418--194022	314	1.9	313	90	1	953	28	26	12	32	1.92
193929--194131	79	2.6	78	79	3	219	26	30	15	28	1.96
205435--205488	12	4.8	11	78	10	56	83	9	1	5	0.88
205433--205493	21	2.7	22	85	14	72	81	9	3	4	0.94
206455--206657	95	2.1	95	91	1	336	26	31	17	25	1.97
206696--206783	26	3.3	26	67	14	79	26	31	20	21	1.98
206584--207114	55	9.4	55	85	6	641	27	26	20	25	1.99
206587--207114	174	3.1	167	86	8	726	27	26	20	25	1.99
207737--207769	6	5.5	6	100	0	66	54	15	0	30	1.41
207875--207924	26	2.0	26	96	4	93	52	8	28	12	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208241--208382	18	7.8	18	70	11	101	30	36	23	9	1.86
208233--208382	55	2.7	54	84	8	180	31	36	23	8	1.85
208603--208636	10	3.6	10	84	15	54	17	0	5	76	0.98
209255--209354	51	1.9	52	83	4	130	31	25	11	33	1.90
209454--209949	51	9.5	51	75	8	367	29	25	11	33	1.91
209469--209949	104	4.6	102	71	10	389	29	25	11	33	1.91
209252--209871	262	2.4	257	91	3	985	29	25	12	32	1.92
209444--210059	314	2.0	313	90	3	972	29	25	12	32	1.92
209932--210008	28	2.7	29	86	4	95	24	35	18	22	1.96
209962--210166	79	2.6	79	82	3	243	25	29	16	29	1.96
210811--210875	33	2.0	33	87	0	94	33	13	15	36	1.87
210950--211078	52	2.5	52	94	0	222	34	18	17	30	1.94
214804--214860	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
215111--215136	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
215507--215555	17	2.9	17	77	17	57	34	0	0	65	0.93
215732--215781	14	3.6	14	74	15	59	42	2	0	56	1.11
215734--215794	27	2.3	27	91	0	95	39	1	1	57	1.18
215780--215817	19	2.0	19	89	0	58	34	0	2	63	1.09
215796--215844	25	1.9	26	83	4	64	48	0	0	51	1.00
218334--218363	7	4.3	7	100	0	60	60	0	0	40	0.97
219706--219747	18	2.4	18	88	7	61	78	0	21	0	0.75
219785--219835	26	2.0	26	96	3	95	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219786--219839	15	3.9	15	71	26	55	48	0	0	51	1.00
220468--220499	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
220673--220744	35	2.1	35	94	0	126	33	4	18	44	1.69
220691--220801	54	2.1	54	98	0	213	36	2	21	39	1.68
220871--220919	22	2.4	20	83	10	64	57	4	8	30	1.47
221048--221079	14	2.1	16	88	11	50	50	0	0	50	1.00
221169--221231	32	2.0	32	82	11	78	47	1	0	50	1.10
221209--221249	16	2.5	17	84	11	50	51	0	0	48	1.00
221479--221534	26	2.1	26	83	6	67	44	0	5	50	1.25
221643--221687	19	2.3	20	84	3	56	44	4	4	46	1.43
221791--221841	15	3.3	15	74	17	50	54	1	1	41	1.22
221274--222101	423	1.9	436	90	4	1351	43	2	4	48	1.39
229703--229907	79	2.6	79	82	4	227	29	21	9	39	1.85
232319--232380	16	3.8	16	71	2	52	50	27	6	16	1.69
234898--235041	67	2.1	67	89	0	216	21	18	20	38	1.93
235672--235746	38	2.1	37	82	12	93	32	6	4	57	1.43
236963--237001	19	2.1	19	100	0	78	46	5	15	33	1.68
237910--237955	12	3.6	12	78	16	56	43	4	13	39	1.63
237911--237967	27	2.1	27	90	6	89	42	5	17	35	1.72
242624--242655	12	2.7	12	95	0	55	18	37	25	18	1.94
242657--242702	12	3.6	12	78	16	56	43	4	13	39	1.63
242658--242714	27	2.1	27	90	0	87	40	5	19	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246428--246471	21	2.2	20	87	4	61	40	2	2	54	1.25
251467--251683	34	6.4	34	84	2	267	25	7	25	40	1.82
251467--251683	102	2.1	101	90	1	344	25	7	25	40	1.82
256091--256307	34	6.4	34	86	1	276	25	8	25	40	1.83
256091--256307	102	2.1	101	90	0	335	25	8	25	40	1.83
265171--265225	28	2.0	28	85	0	74	30	9	14	45	1.76
267949--267982	2	17.0	2	93	0	50	44	0	5	50	1.26
268051--268077	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
267959--268130	94	1.8	93	93	1	299	40	5	7	46	1.56
269117--269219	51	2.0	51	94	0	179	28	13	16	41	1.86
274463--274494	13	2.5	13	95	5	57	25	15	9	50	1.74
274584--274609	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
276995--277045	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
285766--285792	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
288302--288346	23	2.0	23	86	8	65	35	2	4	57	1.31
289488--289556	27	2.5	27	83	6	77	26	7	20	46	1.76
289640--289678	20	2.0	20	89	0	60	12	46	5	35	1.65
294207--294252	20	2.3	20	88	0	65	10	50	4	34	1.57
295449--295510	18	3.6	18	78	6	74	51	0	0	48	1.00
295439--295501	17	3.9	16	76	15	58	52	0	0	47	1.00
299910--299942	6	5.5	6	92	0	57	33	0	30	36	1.58
301179--301206	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303913--303968	25	2.3	25	96	3	105	42	0	3	53	1.18
304432--304469	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
305788--305816	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
305838--305881	22	2.0	22	91	8	72	29	2	0	68	1.02
305838--305877	11	3.6	11	80	12	55	30	2	0	67	1.04
307661--307706	14	3.0	14	77	22	56	50	0	0	50	1.00
307666--307703	18	2.1	18	95	0	67	47	0	0	52	1.00
307672--307716	18	2.6	18	85	3	56	55	0	0	44	0.99
307670--307727	18	3.3	18	77	15	52	53	0	0	46	1.00
307688--307748	27	2.3	28	75	16	67	57	0	0	42	0.98
307722--307759	19	2.0	19	85	10	51	63	0	0	36	0.95
313882--313953	31	2.3	31	80	7	83	23	5	11	59	1.52
315491--315573	16	4.9	18	77	18	65	39	0	0	60	0.97
315496--315564	18	4.0	18	80	12	74	39	0	0	60	0.97
315507--315573	23	2.7	24	76	21	66	38	0	0	61	0.96
315509--315567	16	3.4	18	78	17	72	38	0	0	61	0.96
317768--317839	20	3.6	20	84	0	99	31	13	12	41	1.82
326274--326685	27	15.0	27	74	6	353	23	30	15	31	1.95
326274--326689	55	7.6	55	78	6	267	23	29	15	31	1.95
326268--326677	83	5.0	82	80	5	364	23	30	15	30	1.95
326549--327133	56	10.2	55	77	9	244	28	29	16	24	1.97
326631--327235	28	20.7	28	77	11	443	29	29	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
326673--327245	141	3.9	141	80	10	553	29	28	17	23	1.97
328126--328200	20	3.8	20	80	0	78	34	10	12	42	1.77
330363--330432	27	2.6	27	97	0	131	22	30	20	27	1.98
335148--335197	19	2.6	19	93	0	82	34	12	16	38	1.85
341810--341836	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
341883--341912	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
341866--341933	33	2.1	32	89	10	102	30	14	17	36	1.90
343357--343394	18	2.1	18	95	0	67	34	21	26	18	1.96
343137--343602	239	1.9	239	94	0	824	38	21	18	21	1.93
348469--348508	21	2.0	21	85	5	55	32	17	2	47	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7