genome.fa.s263.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold263
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1338270

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  6  of  10  ( 1134 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762201--762266	28	2.4	27	78	12	71	43	0	0	56	0.99
762248--762302	21	2.6	21	88	5	76	54	0	0	45	0.99
762830--762863	3	11.3	3	93	0	59	61	0	2	35	1.11
763351--763422	21	3.7	20	76	14	78	56	1	0	41	1.07
764474--764508	17	2.1	17	88	0	52	48	17	2	31	1.61
765800--765825	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
769322--769354	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
769741--769781	11	3.5	11	81	12	55	2	19	0	78	0.87
770137--770182	23	2.0	23	82	0	56	19	17	13	50	1.78
770885--770990	45	2.2	48	81	6	128	29	21	30	18	1.97
771023--772283	32	40.8	32	88	4	1705	18	18	32	30	1.95
772266--772867	27	22.0	27	93	1	1024	27	14	35	22	1.93
772266--772867	82	7.3	81	94	1	1024	27	14	35	22	1.93
772826--772919	46	2.0	46	95	0	170	36	10	28	24	1.89
772887--772944	30	1.9	31	89	3	91	32	15	27	24	1.95
780322--780354	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
780740--780780	11	3.5	11	81	12	55	2	19	0	78	0.87
780740--780794	24	2.3	22	77	17	56	9	20	0	70	1.13
781135--781180	23	2.0	23	82	0	56	19	17	13	50	1.78
785109--785147	12	3.2	12	88	0	60	10	12	48	28	1.74
793766--793814	19	2.7	17	85	14	71	61	0	0	38	0.96
793762--793816	19	3.1	17	80	14	67	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793811--793876	18	3.6	17	76	11	60	43	0	3	53	1.16
793801--793862	25	2.5	25	86	2	81	43	0	3	53	1.17
794732--794802	25	2.7	25	75	18	65	25	0	4	70	1.05
795616--795645	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
796131--796259	29	4.3	29	77	13	120	55	1	2	40	1.22
796304--796377	30	2.5	30	75	0	76	31	6	5	56	1.48
797704--797787	32	2.5	33	79	15	91	45	0	1	53	1.08
797752--797834	24	3.5	23	81	6	94	38	1	0	60	1.05
797947--797992	19	2.5	17	80	16	56	56	0	4	39	1.19
798005--798047	23	2.0	21	86	9	59	55	0	0	44	0.99
798382--798425	23	2.0	22	86	4	61	70	0	0	29	0.88
798390--798436	18	2.6	17	78	15	51	65	0	2	31	1.04
799520--799570	25	2.0	25	100	0	102	56	7	11	23	1.61
801473--801511	19	2.1	18	85	4	51	28	0	5	66	1.12
801733--801775	2	21.5	2	85	0	59	53	0	2	44	1.13
805847--805891	22	2.1	21	88	12	65	62	0	0	37	0.96
806232--806260	14	2.1	14	100	0	58	24	0	0	75	0.80
807003--807049	17	2.8	17	78	12	51	46	0	0	53	1.00
808216--808267	22	2.4	22	96	3	97	46	11	13	28	1.78
808992--809021	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
809368--809408	20	2.0	20	86	9	57	41	0	0	58	0.98
809541--809575	17	2.1	17	94	0	61	51	2	5	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811088--811219	66	2.0	67	93	1	230	46	1	1	50	1.19
812347--812415	12	5.1	15	72	16	53	39	1	0	59	1.06
812357--812439	36	2.3	35	80	14	87	38	2	0	59	1.11
812347--812488	51	2.7	50	78	14	146	39	1	0	59	1.06
812348--812443	39	2.4	42	78	18	114	39	2	0	58	1.10
812977--813019	17	2.5	18	81	11	63	51	2	0	46	1.13
813488--813532	23	2.0	22	87	12	65	40	0	0	60	0.97
817711--817746	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
819299--819323	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
825360--825431	36	2.1	33	87	7	99	59	4	0	36	1.17
827090--827120	15	2.1	15	93	0	53	51	0	29	19	1.47
828862--828901	19	2.1	19	100	0	80	27	30	17	25	1.97
830795--830828	16	2.2	15	89	5	50	61	0	0	38	0.96
831507--831567	24	2.6	23	79	5	68	50	4	4	39	1.45
833125--833187	25	2.4	27	81	5	76	55	0	3	41	1.16
833098--833172	15	5.2	15	72	24	63	65	0	0	34	0.93
833605--833643	19	2.0	20	90	9	64	43	0	0	56	0.99
835114--835162	21	2.4	21	77	16	57	55	0	2	42	1.11
836604--836651	19	2.5	20	73	6	55	50	0	4	45	1.21
838972--839018	20	2.3	20	75	13	51	44	4	0	51	1.21
838994--839049	26	2.3	24	79	11	62	46	1	0	51	1.11
839942--839997	21	2.7	21	82	17	64	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840629--840667	17	2.3	17	81	0	51	51	7	10	30	1.64
841456--841512	16	3.5	16	74	11	53	42	0	1	56	1.10
841430--841519	35	2.5	37	74	18	93	42	0	4	53	1.21
841730--841801	35	2.1	35	82	7	85	61	0	2	36	1.11
842283--842325	24	1.9	23	86	13	63	34	0	0	65	0.93
844316--844390	23	3.3	23	76	9	64	54	0	0	45	0.99
844326--844392	22	3.0	22	76	10	73	53	0	0	46	1.00
844881--844925	18	2.4	19	88	3	65	64	0	0	35	0.94
844875--844924	6	8.3	6	79	16	59	66	0	0	34	0.92
845104--845129	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
845197--845235	4	9.0	4	84	15	51	25	0	2	71	0.98
845197--845249	12	3.8	13	83	16	54	30	0	1	67	1.01
845197--845249	16	3.7	14	85	14	65	30	0	1	67	1.01
845639--845683	20	2.2	20	88	0	63	44	4	6	44	1.50
846256--846293	15	2.5	16	83	12	53	55	0	0	44	0.99
846256--846296	14	2.7	15	85	7	57	56	0	0	43	0.99
848350--848443	46	2.0	46	100	0	188	39	8	14	37	1.77
850245--850292	23	2.1	23	88	7	71	29	0	0	70	0.87
850247--850289	17	2.4	19	88	7	63	27	0	0	72	0.85
850354--850413	17	3.6	16	80	13	68	63	1	0	35	1.05
851513--851565	18	2.9	18	85	0	70	35	11	28	24	1.90
851522--851601	18	4.4	18	76	6	81	31	18	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855838--855951	57	2.0	57	91	3	185	32	16	17	33	1.93
856567--856598	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
857254--857289	13	2.8	13	91	4	56	33	0	2	63	1.08
858639--858679	21	2.0	21	95	4	75	65	0	0	34	0.93
858639--858692	19	2.8	20	80	11	58	61	0	0	38	0.96
858663--858708	19	2.4	19	86	13	60	54	2	0	43	1.12
858838--858869	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
859030--859089	23	2.7	23	82	7	70	63	0	0	36	0.95
859410--859462	22	2.4	23	84	6	74	50	1	0	47	1.12
862274--862482	47	4.4	47	86	0	283	30	12	16	39	1.87
862636--862686	17	3.0	18	77	13	63	17	19	0	62	1.32
862419--862932	250	2.0	254	95	2	937	24	14	5	54	1.62
863136--863189	27	2.0	27	96	0	99	24	9	7	59	1.54
869354--869454	27	3.7	26	85	5	112	24	7	19	47	1.76
869553--869587	13	2.7	13	86	0	52	20	42	5	31	1.75
871514--871571	26	2.2	27	78	6	66	53	5	1	39	1.33
872221--872414	97	2.0	98	93	1	336	25	25	11	37	1.90
872938--873230	107	2.7	107	80	8	337	32	11	8	47	1.70
872938--873255	108	3.0	108	79	7	353	32	11	8	47	1.69
874490--874620	69	1.9	69	90	3	210	37	12	6	43	1.69
876285--876326	21	2.0	21	85	0	57	50	0	0	50	1.00
877359--877391	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877773--877802	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
880663--880689	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
889344--889575	50	4.6	50	91	0	365	30	21	19	28	1.97
891467--891646	50	3.7	49	87	3	256	32	18	19	29	1.96
891984--892027	14	3.0	15	87	9	56	43	0	0	56	0.99
893346--893535	95	2.0	95	100	0	380	46	9	5	38	1.59
898247--898280	17	2.0	18	88	11	54	55	2	0	41	1.15
898548--898599	21	2.4	23	78	12	65	59	0	0	40	0.97
899197--899242	24	1.9	24	86	8	67	43	23	8	23	1.82
899235--899328	27	3.5	27	92	0	152	48	23	9	18	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10